쟁점세금계산서 관련 거래가 실물거래 없이 이루어진 것으로 보이고, 청구인이 교부한 가공세금계산서로 거래상대방은 부당하게 세액을 공제하여 부가가치세를 신고함으로써 처분청으로부터 하여금 부과징수를 현저히 곤란하게 하는 등 청구인의 가공세금계산서 수수행위는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는 것으로 보이며, 부정행위로 가공의 세금계산서를 수수한 경우 이와 관련된 세금계산서 관련 가산세도 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당한 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 안양세무서장이 2023.9.6. 청구인에게 한 <별지> 기재에 따른 부가가치세 관련 처분 중 2018년 제2기, 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세의 본세 부분에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 청구인이 쟁점거래처에 쟁점세금계산서를 발급 또는 수취한 행위는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따른 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하지 않으므로 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 건 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 한 것은 부당하다. (가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있으나, ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우’에는 그 부과제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하고 있다. 위 조항의 입법취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 ‘부정행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2013.12.12. 선고 2013두7667 판결 등 참조). (나) 대법원은 납세자가 허위의 매입세금계산서를 교부받아 과세관청이 관련 매입세액을 부인하여 부가가치세를 부과한 사안에 있어 10년의 부과제척기간이 적용되는 부정행위에 해당하기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 세금계산서 상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 방법으로 세금계산서 상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다고 일관되게 판시하고 있다(대법원 2021.12.30. 선고 2021두33371 판결, 대법원 2020.9.24. 선고 2020두40242 판결 등 다수, 같은 뜻임). 조세심판원도 위와 같은 대법원 판결 취지를 원용하여 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 수수하였더라도 관련 당사자들이 해당 부가가치세 상당액을 신고·납부하여 결과적으로 이를 통해 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 보기 어렵다면 부정행위에 해당하지 않는다는 취지로 결정하고 있다(조심 2023서8903, 2023.10.12., 조심 2023서7874, 2023.9.13., 조심 2022광7302, 2023.5.19. 등 다수, 같은 뜻임). (다) 청구인이 영위하고 있는 의약품 도매업은 일반 도매업종과 달리 의약품 유통관리 및 판매질서 유지를 위하여 약사법 등 관련 규정을 준수하여야 하는바, 의약품의 안정성과 불법유통, 요양기관의 부당청구를 방지하기 위해서 의약품은 생산 시 약품별로 일련번호가 부여되어 있고, 이를 공급하는 경우 약사법 제47조의3 제2항 에 따라 바코드 시스템을 통하여 의약품관리 종합정보센터에 그 공급내역을 일일 보고한 후 이에 대한 세금계산서를 발급하고 있다. 일련 바코드 시스템은 매출 시마다 일일보고 후 매출로 인식하여 각 단계별로 세금계산서를 발급하고 있는바, 매월 수많은 일련번호가 부여된 의약품들이 의약품관리 종합정보센터 전산망을 통하여 제약사 및 의약품 도매업체의 사정에 따라 매출보고 및 반품보고가 반복되는데 쟁점매입처와 청구인의 경우 이에 대한 세금계산서 발급이 월 합계가 아닌 일일보고 단위로 이루어졌고, 기존 매출보고에 대한 반품을 하는 경우 수정세금계산서를 발급하여야 하나 잦은 반품보고 발생으로 실무상 (-)공급가액을 기재한 세금계산서를 발급하고 있다. 약사법에 따라 의약품관리 종합정보센터에 의약품 공급내역의 보고가 이루어졌다는 의미는 일련번호와 바코드가 있는 각 의약품을 실제 이전하지 않더라도 매입처로부터 공급받아 판매가능한 상태가 되었다는 것을 의미한다. 부가가치세법 제9조 제1항 에서 ‘재화의 공급’은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 정의하고 있고, 대법원은 ‘재화를 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화를 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서 부가가치세법상 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다’고 판시하고 있다(대법원 2012.11.15. 선고 2010도11382 판결 참조). 일반적인 재화거래와는 달리 의약품 실물이 의약품 도매업체의 사업장에 실제 입고되지 않더라도 의약품 제조업체에서 일련번호를 부착하여 의약품 관리센터에 보고되면 일반적으로 해당 의약품의 소유권이 의약품 도매업체에게 귀속된 것으로 보아 매입세금계산서를 수취하게 되고, 해당 의약품의 반품이 없다면 매입 보고된 의약품 도매업체의 계속적인 점유가 가능한바, 이는 민법 제189조 (점유개정)에 따라 동 의약품을 인도받은 것으로 볼 수 있다. 청구인이 세무조사 기간 중 문답에서 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 수취한 세금계산서가 맞다고 진술한 이유는 이러한 인식에 기인한 것이다. (라) B㈜의 경우 청구인의 쟁점매입세금계산서 수수에 대한 경정청구 또는 수정신고를 한 사실이 전무하고, ㈜A의 경우 2020년 3월 새로운 경영진으로 교체되어 2020년 8월경 2016년 제2기〜2020년 제1기 과세기간의 세금계산서에 대하여 모든 매출 건과 반품 건을 취소하는 수정신고 및 경정청구를 하였으나, 이는 결국 동일한 금액의 매출 건 및 반품 건을 취소하는 것이므로 수정신고 및 경정청구 이후에도 당초 쟁점매입세금계산서 수수에 따른 부가가치세가 달라지는 건 없다고 볼 수 있다. 따라서 청구인은 쟁점매입처가 발급한 쟁점세금계산서를 수취함에 따른 매입세액의 공제를 전혀 받지 못하였고, ㈜A이 비록 수정신고 및 경정청구를 하였다고 하더라도 이로 인하여 당초 신고‧납부한 부가가치세를 환급받는 효과는 전혀 없는바, 결과적으로 쟁점매입세금계산서 수취에 따라 실질적으로 조세수입의 감소는 전혀 없었다고 볼 수 있다. 따라서 청구인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점매입세금계산서는 비록 실물의 이동은 없었더라도 실제 현존하는 의약품 재고를 매입처로부터 매입함에 따른 것이고, 특히 쟁점매입처인 ㈜A 및 B㈜는 코스닥 상장기업으로 국내외에서 높은 점유율을 가진 중견제약업체로서, 청구인은 의지와 상관없이 쟁점세금계산서를 발급 및 수취한 것일 뿐 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위에 해당하지 않는다. (마) 청구인이 쟁점매출처에 쟁점매출세금계산서를 발급한 행위는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 만든 것이라고 볼 수 없다. 청구인은 쟁점매입처로부터의 ‘밀어내기 매출’로 인하여 매입세금계산서가 일시적으로 크게 증가함에 따라 발생할 수 있는 부가가치세 환급을 막기 위하여 쟁점매출세금계산서를 발급하게 되었으나, 2017년 제1기～2018년 제1기 과세기간 중 쟁점매출처에 발급한 쟁점매출세금계산서에 대하여 전부 반품처리하였다. 청구인과 쟁점거래처는 당초 발급한 세금계산서 금액 범위 내에서 여러 차례에 걸쳐 과다발급된 부분에 대하여 매출취소하는 세금계산서를 발급하고, 해당하는 부가가치세를 정상적으로 과세관청에 신고·납부하였으므로 이 같은 사실과 법령의 입법취지, 관련 판례 등에 비추어 청구인과 쟁점거래처에게 쟁점세금계산서를 수수함에 따른 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 볼 수 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 부당하다. (바) 2023년 3월 쟁점매입처인 ㈜A에 대한 가공거래 혐의로 범칙조사가 진행되면서 청구인은 공황장애 및 우울증으로 불면증까지 겪었고, 조사과정에서 검찰에 고발되어 형사처벌을 받을 수 있다는 두려움과 강한 압박감으로 힘든 상황이 지속되어 처분청의 의견에 제대로 항변하지 못하였을 뿐 청구인이 쟁점세금계산서를 수수한 행위 등이 “사기나 그 밖의 부정한 행위”를 하였음을 인정한 것이 아니다. (사) 청구인이 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 수취한 행위는 의약품 도매업 특성상 실물이 실제 입고되지 않더라도 의약품 제조업체에서 일련번호를 부착하여 의약품 관리센터에 보고하게 되면 그 소유권이 의약품 도매업체에게 귀속된 것으로 보아 매입세금계산서를 수취하게 되고, 청구인은 해당 의약품들을 판매하거나 반품처리를 할 수 밖에 없기 때문에 이는 실질적인 매출‧매입거래를 바탕으로 이루어지는 것으로 인식하게 되는바, 재화의 실물거래 없이 발급하는 가공세금계산서를 발급받은 사실을 인정할 수가 없으므로 해당 세금계산서 수취 행위에 대하여 세금계산서 불성실 가산세 등을 부과한 처분은 부당하고, 제척기간도 5년을 적용함이 타당하다.
(2) 청구인과 쟁점거래처는 쟁점세금계산서와 관련하여 부가가치세를 면탈하지 않았고, 결과적으로 국가의 조세수입 감소가 없는 점 등을 감안하면 청구인이 처음부터 조세의 부과징수를 불가능하게 하였다거나 현저히 곤란하게 하였다고 보기 어려우므로 일반과소신고가산세(10%)를 적용하는 것이 타당하다. (가) 국세기본법 제47조의3 제1항 에서 부당과소신고의 경우 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준이나 세액 계산의 기초가 되는 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우 과세관청으로서는 과세요건을 발견하고 부과권을 행사하기 어려워 부정한 방법으로 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반한 납세자를 제재하는 데 있고, 국세기본법 시행령제12조의2 제1항에 따른 “부정행위”란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말하고 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하여 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2021.12.30. 선고 2017두72256 판결, 대법원 2017.4.13. 선고 2017두72256 판결 등, 같은 뜻임). (나) 또한 납세자가 실물거래 없이 발행한 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 하기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서 상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다. (다) 청구인과 쟁점거래처 간의 쟁점세금계산서 관련 거래는 조세를 회피하겠다는 부당한 목적을 가지고 이루어진 거래가 아니고, 쟁점세금계산서에 해당하는 부가가치세를 정상적으로 과세관청에 신고·납부하였음에도 불구하고 실물거래 없는 세금계산서가 과세관청에 제출되었다는 사정만으로 청구인이 조세포탈의 의도를 가지고 위계 기타 부정한 적극적 행위로 과세관청의 과세요건사실의 발견을 불가능하게 하거나 과세관청으로 하여금 착오 등을 유발하게 하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점세금계산서 수취 및 발급에 대하여 부정과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다.
(1) 쟁점세금계산서와 관련하여 청구인에게 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세(가산세 포함)를 부과한 처분은 적법하다. (가) 대법원은 ‘납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제 또는 환급을 받는 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위하여는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함에 따라 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다’고 판시하였다(대법원 2018.5.30. 선고 2018두35711 판결 참조). (나) 대전고등법원은 매입자가 공사대금 및 부가가치세를 매출자에게 지급하지 않고 매입세액을 공제받은 사건에서 ‘ 원고 등은 건설에 이 사건 도급계약에 따른 공사대금을 지급하지 않음은 물론 부가가치세 상당액조차 지급하지 않았으면서도 건설로부터 발급받은 허위의 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였음을 알 수 있으므로, 원고 등은 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것임을 잘 알고 있었다고 봄이 타당하므로 원고 등이 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받은 것은 사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세를 환급·공제받은 경우에 해당하여 원고들에 대한 이 사건 부가가치세의 부과제척기간은 10년이다’라고 판시한 바 있다(대전고등법원 2015.4.30. 선고 2014누11777 판결 참조). (다) ㈜A은 2020년 2월 말 경영진이 교체되었는데, 가공매출 거래가 있다는 사실을 인지한 새 경영진의 요구에 의해 한영회계법인 등으로부터 자체 회계감사를 받았고, 그 결과 2016년 제2기∼2020년 제1기에 실물거래 없이 매출세금계산서 및 매출취소세금계산서를 발급한 사실을 확인하였으며, 이에 스스로 가공매출임을 시인하면서 매출감하여 부가가치세 수정신고 및 경정청구를 하였다. (라) 조사청은 ㈜A 조세범칙조사 시 심문조서 작성 과정에서 ㈜A이 가공매출을 하게 된 이유는 목표매출실적을 달성하기 위하여 전 경영진의 지시에 따라 실제 제품 출고없이 월별 가공매출 금액을 ERP 시스템에 입력하고 세금계산서를 발급한 것이고, 이후, 발급한 금액에 대하여 이후 여러 과세기간에 걸쳐 매출취소세금계산서(반품 세금계산서)를 발급하는 방식으로, 당초 발급한 가공매출에 상당하는 금액을 취소하여 가공매출을 관리한 사실을 전·현직 직원의 진술로 확인하였다. (마) 청구인은 처분청의 세무조사 당시 심문조서 작성 과정에서 ㈜A으로부터 쟁점매입세금계산서를 최초로 수취하게 된 경위는 ㈜A의 영업사원이 목표매출실적을 달성하기 위하여 청구인에게 제의를 하여 거래하게 되었다고 하였고, B㈜와의 거래 경위는 ㈜A과 동일한 형태로 B㈜의 영업사원이 목표매출실적을 달성하기 위하여 청구인에게 제의를 하여 거래하게 되었으며, 쟁점매출처에 쟁점매출세금계산서를 발급한 경위는 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 매입세금계산서를 수취하다 보니 매출자료가 필요해서 매출처의 허락을 받고 발급하게 되었다고 진술하였다. (바) 청구인이 쟁점매입처가 4년 6개월(2016년 제2기∼2020년 제1기)이라는 장기간에 걸쳐 실물거래 없이 OOO원이라는 고액의 가공 매출세금계산서를 발급할 수 있게 동의하고, 쟁점매출처에는 가공매입에 따른 매출자료가 필요하여 거래처 협조를 받아 실물거래 없이 OOO원의 가공 매출세금계산서를 발급한 것은 ㈜A이 가공매출임을 스스로 밝히지 않고 과세관청의 세무조사에 의하여 밝혀지지 않았더라면 과세관청으로서는 조세탈루 사실을 알 수 없는 내용으로, 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위인 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 따른 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당한다. (사) 청구인은 쟁점매입세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받아 부가가치세가 과소 납부된다는 사실을 인식하였고, 거래처인 ㈜A은 경정청구를 통하여 환급을 받아 결과적으로 국가의 조세수입 감소가 발생하였으며, 이러한 행위를 부정행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하지 않는다면, 고지세액이 발생한 2016년 제2기∼2018년 제1기 과세기간에 대해서는 고지를 못하고, 2018년 제2기∼2020년 제1기 과세기간에 대해서는 환급처리만 해야 하므로 국가의 조세수입이 감소하는 결과가 발생하게 된다. 따라서 쟁점세금계산서를 수취 및 발급한 행위는 ‘사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈한 경우’에 해당되므로 처분청이 부과제척기간 10년을 적용하여 부가가치세를 부과한 당초 처분은 정당하다. (아) 세금계산서 불성실 가산세에도 부과제척기간은 10년을 적용하는 것이 타당하다.
1. 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2 다목에서 규정하고 있는 가공세금계산서 관련 가산세는 자료상 업체가 가공의 세금계산서 등을 수수하더라도 매출·매입금액을 맞추어 본 세액의 포탈이 없는 경우 사기·그 밖의 부정한 행위임에도 불구하고 10년의 부과제척기간을 적용하지 못하는 문제를 해결하고자 개정(2010.12.27. 개정, 2011.1.1. 시행)한 것으로, 법 개정 취지를 고려할 때에도 청구인은 위에서 살펴본 바와 같이 사기나 그 밖의 부정한 행위로 가공의 쟁점세금계산서를 수수한 경우에 해당하여 이와 관련된 세금계산서 불성실 가산세도 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다(조심 2019서3002, 2020.3.3. 등 참조).
2. 처분청의 조사 과정에서 확인된 바에 따르면, ① ㈜A은 세금계산서에 기재된 공급가액이 실물거래 없이 기재된 것임을 스스로 인정하면서 2016년 제2기부터 2020년 제1기에 이르는 과세기간 동안의 부가가치세 수정신고 및 경정청구를 하였던 점, ② ㈜A은 조사청의 조세범칙조사 과정에서 청구인에게 세금계산서를 발급한 이유에 대하여, 전 대표자의 지시에 따라 재화의 실질적 거래 없이 매출을 늘리기 위함이었다는 취지로 진술한 점, ③ 청구인은 조세범칙혐의 심문과정에서 실물거래 없이 세금계산서를 수수했음을 시인하는 진술을 한 점, ④ 청구인은 쟁점거래처 등으로부터 재화를 운송받거나 쟁점거래처 등에 운송한 내역 또는 거래대금을 지급하거나 지급받은 내역 등과 같이 실질적인 거래를 입증할 수 있을 만한 자료를 제출하지 못한 점 등이 확인된다.
3. 부가가치세법은 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시켜 부가가치세만이 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 가지고 있음을 감안하여, 업자가 정당한 사유 없이 이에 위배하여 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서 불성실 가산세를 부과하도록 한 것이고, 이와 같은 규정과 입법취지에 비추어 보면 세금계산서 불성실 가산세는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니한다(대법원 2016.11.10. 선고 2016두31920 판결 참조).
4. 청구인은 실물거래가 없다는 점을 분명히 인식한 상태에서 쟁점세금계산서 수수 등의 행위를 한 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 쟁점세금계산서 수수 등의 행위를 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 세금계산서 불성실 가산세를 부과한 처분은 적법하다.
(2) 쟁점세금계산서와 관련하여 청구인에게 부정과소신고가산세를 부과한 처분은 정당하다. (가) 청구인이 쟁점세금계산서를 수수 및 발급한 행위는 과세관청의 세무조사에 의하여 밝혀지지 않았더라면 과세관청으로서는 조세탈루 사실을 알 수 없는 내용으로 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우를 의미한다(대법원 2013.11.28. 선고 2013두12362 판결 참조)고 보아야 한다. (나) ㈜A 스스로도 수정신고한 과세기간에 대해서는 ‘사기 기타 부정한 행위’로 인정하고 부정과소신고가산세 40%를 적용하여 신고하였고, 청구인은 쟁점매입세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받아 부가가치세가 과소납부된다는 사실을 인식하였으며, 거래처인 ㈜A은 부가가치세를 신고·납부한 후 경정청구를 통하여 환급을 받아 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소가 발생하였으므로 청구인이 쟁점매입세금계산서 등을 수수한 행위는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 ‘사기 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈한 경우’에 해당하므로, 부정과소신고가산세(40%)를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
① 적법한 심판청구인지 여부(2018년 제2기, 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세 본세 관련)
② 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 발급 및 수취하였다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하여 부가가치세(부정과소신고가산세 등 포함)를 부과한 처분의 당부
(1) 국세기본법(2019.12.31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[역외거래{ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다}에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(역외거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 국세기본법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위"란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.
(3) 조세범 처벌법(2015.12.29. 법률 제13627호로 개정된 것) 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(4) 부가가치세법(2019.12.31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
(5) 약사법 제47조의3(의약품관리종합정보센터의 지정ㆍ운영 등) ① 보건복지부장관은 의약품의 생산ㆍ수입ㆍ공급 및 사용내역 등 의약품유통정보의 수집ㆍ조사ㆍ가공ㆍ이용 및 제공을 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 관계 전문기관 또는 단체를 의약품 유통정보관리기관(이하 “의약품관리종합정보센터”라 한다)으로 지정하여 그 업무를 수행하게 할 수 있다.
② 의약품 품목허가를 받은 자ㆍ수입자 및 의약품 도매상은 의료기관, 약국 및 의약품 도매상에 의약품을 공급한 경우에는 의약품관리 종합정보센터에 그 공급 내역을 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 제출하여야 한다. 다만, 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 공급 내역의 확인이 가능한 방법으로 의약품을 공급한 때에는 이를 생략할 수 있다.
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같다. (가) 청구인은 의약품 도매업을 영위하는 자로서, 처분청은 청구인이 2016년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점매출처에 실물거래 없이 총 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하고, 쟁점매입처로부터 실물거래 없이 총 공급가액 OOO원 의 사실과 다른 세금계산서를 수취한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 고지하였다. (나) 쟁점매입처 중 하나인 ㈜A은 청구인 등의 매출처에 발급한 세금계산서와 관련하여 조사청에 가공매출임을 시인하면서 이를 감하여 줄 것을 내용으로 하는 수정신고 및 경정청구를 하였고, 조사청은 해당 세금계산서 관련 거래를 가공거래로 확정하여 조세범 처벌법에 따른 고발조치를 한 것으로 확인된다. (다) 처분청의 조세범칙 조사과정에서 청구인의 진술 내용(2023.7.21.)은 다음과 같다.
1. 처분청은 청구인에게 ㈜A과의 쟁점매입세금계산서에 대해 거래사실 입증자료를 제출할 것을 요구하였으나, 청구인은 계약서, 결제대금 지급내역 등을 제출하지 못하였고, 심문조서 작성 당시 거래사실 입증자료는 없으며, ㈜A으로부터 의약품 실물이 청구인의 사업장 사무실에 입고된 사실이 없고, 쟁점매입세금계산서의 수취경위는 ㈜A의 영업사원이 매출실적이 필요해서 청구인에게 제의를 하여 실물거래 없이 쟁점매입세금계산서를 수취하였다고 진술하였다.
2. 청구인은 쟁점매입처 중 B㈜에 대하여 ㈜A과 동일한 거래형태로서, B㈜의 영업사원이 매출실적이 필요하여 청구인에게 제의를 하여 이에 동의하였고, 실제 거래 입증자료는 없으며, 거래대금을 지급하거나 지급받은 사실이 없다고 답변하였다.
3. 청구인이 쟁점매출처에 쟁점매출세금계산서를 발급한 것은 쟁점매입처 로부터 실물거래없이 세금계산서를 수취하다 보니 매출세금계산서가 필요하여 거래처의 허락을 받고 발급하게 되었고, 실제 거래사실을 입증할 자료는 없다고 진술하였다.
(2) 청구인은 쟁점세금계산서 목록과 쟁점거래처와의 거래명세서, 보건복지부의 의약품 일련번호 제도의 운영 안내 내용, 쟁점매입처와의 거래명세서 및 약정서(2017.3.23. 및 2016.12.21.), 공황장애 등의 진단서(2022.1.27.), 다음과 같은 의약품관리 종합정보포털 의약품 공급내역 등을 제출하였다. ㅇㅇㅇ
(3) 또한 청구인은 다음과 같은 법제처의 법령해석 사례(2020.11.30.)를 제출하였다. [질의요지] 약사법 제31조 제1항 에 따른 의약품 제조업의 허가와 같은 법 제45조 제1항에 따른 의약품 판매업의 허가를 각각 받아 의약품 제조업자의 지위와 의약품 도매상의 지위를 동시에 가진 하나의 법인이 의약품 제조업자로서 제조한 의약품을 의약품 제조업자의 지위에서는 출고하고 의약품 도매상의 지위에서는 입고하는 경우가 같은 법 제44조에 따른 “판매”에 해당될수 있는지 여부 [회답] 약사법 제44조 에 따른 “판매”에 해당될 수 있습니다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청이 청구인에게 한 2018년 제2기, 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가치세의 각 처분은 감액경정처분으로, 청구인은 이에 대하여 심판청구를 제기하였으나, 감액경정처분은 그에 의하여 세액의 (일부)취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오게 되는 것으로, 이 건 심판청구에서 청구인이 별도로 불이익함을 다투고 있는 가산세를 제외한 2018년 제2기, 2019년 제2기 및 2020년 제1기 부가가가치세 본세에 대한 심판청구는 부적법한 청구라 할 것이다. (나) 다음으로 청구인은 쟁점세금계산서와 관련된 부가가치세를 정상적으로 신고·납부하는 등 ‘사기 기타 부정한 행위’로 국세를 환급·공제받은 사실이 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용하고, 부정과소신고가산세 등을 포함하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호, 제1호의2에서 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년간 국세를 부과할 수 있고(제1호), 납세자가 위의 부정행위로 부가가치세법 제22조 제3항 및 제6항에 따른 가산세 등의 부과대상이 되는 경우에도 10년간 해당 가산세를 부과할 수 있다(제1호의2)고 규정하고 있으며, 같은 법 제47조의3 제1항 제1호에 따르면 부정행위로 과소신고 등을 한 경우에는 가산세를 중과하고 있다. 살피건대, 이 건은 쟁점매입처 중 하나인 ㈜A이 청구인 등의 매출처에 발급한 세금계산서와 관련하여 조사청에 가공매출임을 시인하면서 이를 감하여 줄 것을 내용으로 하는 수정신고 및 경정청구를 하였고, 청구인은 조사과정에서 ㈜A의 영업사원이 매출실적이 필요하다고 제의하여 실물거래 없이 매입세금계산서를 수취하였으며, 쟁점매입처 로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취하다 보니 매출세금계산서가 필요하여 거래처의 허락을 받고 매출세금계산서를 발급하게 되었다고 진술하는 등 쟁점세금계산서 관련 거래가 실물거래 없이 이루어진 것으로 보이며, 청구인은 공급가액 OOO원의 쟁점매입세금계산서를 수취하고 공급가액 OOO원의 쟁점매출세금계산서를 발행함에 따라 그 차액 상당의 매입세액을 부당하게 공제받을 수 있고, 설령 청구인이 가공매출과 가공매입이 함께 있어 부가가치세(본세)의 추징이 없었다고 하더라도 청구인이 교부한 가공세금계산서로 거래상대방은 부당하게 세액을 공제하여 부가가치세를 신고함으로써 처분청으로부터 하여금 부과징수를 현저히 곤란하게 하는 등 청구인의 가공세금계산서 수수행위는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하는 것으로 보이며(조심 2010중1028, 2010.8.25., 조심 2013구2861, 2014.1.22., 등 참조), 또한 2 010.12.27. 법률 제10405호로 개정된 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2에 사기나 그 밖의 부정행위로 세금계산서불성실 가산세 등의 부과대상이 되는 경우 10년의 부과제척기간을 적용하는 규정이 신설되었고, 그 신설 이유가 ‘부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등의 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 부과제척기간이 적용되도록 하는 것’으로, 부정행위로 가공의 세금계산서를 수수한 경우 이와 관련된 세금계산서 관련 가산세도 10년의 부과제척기간을 적용함이 타당한 점 등에 비추어 부과제척기간 10년을 적용하면서, 관련 부정과소신고가산세 등을 포함하여 청구인에게 이 건 부가가치세(가산세 포함)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 부가가치세 경정·고지 내역 ㅇㅇㅇ
결정 내용은 붙임과 같습니다. [참조결정] 조심2023중1083 / 조심2023서8903 / 조심2023서7874 / 조심2022광7302 / 조심2019서3002 / 조심2010중1028 / 조심2013구2861