쟁점토지의 취득가액 계산은 수익사업 개시일이 속한 2016사업연도의 공시지가를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2005.11.10. 설립되었고, 경기도 구리시 OOO에 위치한 비영리법인으로, 2009.9.30. a 주식회사(이하 “a”라 한다)로부터 경기도 구리시 OOO잡종지 3,361.7㎡ 지분 10분의 4(이하 “쟁점토지”라 한다)와 2010.12.24. 쟁점토지 소재 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 각각 증여받았다.
• 나. 이후 청구법인은 2022.6.30. 구리시장에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도(토지 OOO원, 건물 OOO원)하였고, 2023.3.31. 쟁점토지의 취득일부터 수익사업 종료일까지의 유형자산 처분이익을 계산하여 법인세를 신고·납부하였으나, 2023.5.4. 쟁점토지의 취득가액을 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용한 2016.8.27.의 시가로 하여 유형자산처분이익을 재계산 하여야 한다는 취지의 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 쟁점부동산을 수익사업에 전입하기 전까지의 기간 동안 발생한 처분수입은 법인세법 제4조 제3항 제5호 의 단서에 따른 비과세대상에 해당하지 않고, 청구법인은 고유목적사업과 수익사업에 대하여 구분경리하지도 않은 것으로 보아 2023.9.5. 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 비영리법인의 구분경리에 따르면, ‘비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다’고 규정되어 있다. 쟁점부동산을 양도한 2022사업연도의 법인세를 계산하기 위해서는 2009년의(취득시기)의 취득원가를 적용하는 것이 아니고, 2016년(수익사업시기) 쟁점토지의 공시가액을 적용하여 취득원가를 산정하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인은 2010.12.24.부터 2016.8.26.까지 쟁점부동산을 고유목적사업으로 사용하던 중에 2016.8.27.부터 2018.10.10.까지 일시적으로 주식회사 b에게 임대를 주었고, 이후 2018.10.11.부터 양도일 2022.6.30.까지 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하였다.

• 나. 처분청 의견 (1) 법인세법 시행규칙제76조는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우, 법인세법제113조 제1항에 의하여 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 한 구분경리에 관한 규정이므로, 이 건 쟁점토지의 처분수입(양도소득)을 산출함에 있어 유추 적용할 수 있는 성질의 규정이 아니다(대법원 2017.7.11. 선고 2016두64722 판결). (가) 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 고유목적사업에 사용하다가 수익사업에 전입하여 일정기간 임대업에 사용한 후, 또 다시 고유목적사업에 전입하여 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용 후 쟁점부동산을 처분하는 경우, 쟁점부동산의 처분수입 중 쟁점부동산을 취득한 이후부터 수익사업에 전입하기 전까지의 기간 동안 발생한 처분수입은 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서에 따른 비과세대상에 해당하지 않는다(사전-2022-법규법인-1250, 2023.3.2.). (나) 비영리법인의 고정자산처분수입 산정 시 종전 고유목적사업 사용기간 만큼의 평가이익 상당액을 차감할 수 없고, 법인세법 시행규칙 제76조 는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우, 법인세법 제113조 제1항 에 의하여 각각 다른 회계로 구분하여 기록하도록 한 구분경리에 관한 규정이므로, 쟁점부동산의 처분수입을 산출함에 있어 유추 적용할 수 있는 성질의 규정이 아니다. (다) 비영리 내국법인이 새로 수익사업을 시작한 경우에는 법인세법제110조에 따라 그 개시일부터 2개월 이내에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표와 그 밖의 관련 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 하고, 법인세법제113조에 따라 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 하는 것이나, 청구법인은 위의 규정에도 불구하고 수익사업개시 신고 의무를 이행하지 않았고, 다른 소재지의 동일 법인명의 대한예수장로회 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)를 사업자등록하여 2016년 제2기부터 2018년 제2기까지 부가가치세 신고를 하였으며, 법인세 신고 시에는 고유목적사업과 관련된 선교비를 수익사업의 부동산임대수입에 대응하는 판매비와관리비로 계상하는 등 법인세 과세표준을 과소신고하는 등 구분기장의무를 이행하지 않았다.

(2) 청구법인은 2010.12.24.부터 2016.8.26.까지 쟁점부동산을 고유목적사업에 사용하였다고 주장하나, 청구법인이 수익사업개시 이전까지 쟁점건물을 교육 관련 용도로 사용하였다고 하며 제출한 사진은 48개중 47개 파일이 2011년도에 촬영된 것이고, 2016.1.31.에 촬영된 나머지 1개 파일은 장소를 특정할 수 없어 수익사업개시 전까지 고유목적사업에 계속하여 사용하였다는 청구법인의 주장이 객관적·구체적으로 입증되었다고 보기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 취득가액 계산은 수익사업 개시일이 속한 2016사업연도의 공시지가를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인 의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업 ” 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업 에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 제110조(비영리법인의 수익사업 개시신고) 비영리내국법인과 비영리외국법인(국내사업장을 가지고 있는 외국법인만 해당한다)이 새로 수익사업(제4조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업만 해당한다)을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 신고서에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표와 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산 ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제3조 (수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령 령 으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. (3) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인이 제출한 쟁점부동산의 사용현황은 <표1>과 같다. <표1> 청구법인이 주장하는 쟁점부동산 사용현황 (나) 쟁점부동산의 양도내역은 <표2>와 같다. <표2> 쟁점부동산의 양도내역 (다) 청구법인은 국세청 법규과에 ‘청구법인의 쟁점부동산을 수익사업에 전입하기 전 고유목적사업에 사용한 기간 동안의 처분수입이 비과세되는지’에 대해 질의를 하였고, 국세청장은 “ 쟁점부동산의 처분수입 중 쟁점부동산을 취득한 이후부터 수익사업에 전입하기 전까지의 기간 동안 발생한 처분수입은 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서에 따른 비과세대상에 해당하지 않는 것이다”라고 답변하였다. (라) 청구법인은 2016·2017사업연도 표준손익계산서에 고유목적사업과 관련된 선교비를 수익사업의 부동산임대수입에 대응하는 판매비와 관리비로 계상한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 임차인 주식회사 b와 2016.7.27.부터 2020.7.27.까지 쟁점부동산의 임대차계약을 체결한 것이 상가임대차계약서에서 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 법인세법 제110조 에 따르면, 비영리내국법인이 새로 수익사업을 시작한 경우에는 그 개시일로부터 2개월 이내에 그 사업개시일 현재의 그 수익사업과 관련된 재무상태표를 첨부하여 납세지 관할세 무서장에게 신고하여야 하고, 같은 법 제113조에서는 자산·부채 및 손익 을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있다. 청구법인은 쟁점부동산을 고유목적사업에 사용하다가 수익사업에 전입 후 사용하였으므로, 쟁점부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산할 때, 쟁점토지의 취득가액은 수익사업 개시일 당시의 공시지가로 하여야 한다고 주장한다. 그러나, 청구법인은 수익사업개시 신고 의무를 이행하지 않은 것으로 나타나 수익사업 개시일이 불분명할 뿐만 아니라, 고유목적사업과 수익사업에 대한 회계도 구분하여 기록하지 않아 2016.8.27.을 수익사업 개시일이라고 인정하기 어려운 점, 청구법인이 제출한 사진만으로는 쟁점부동산의 취득일부터 수익사업 개시일까지 쟁점부동산을 고유목적사업에 계속하여 사용하였다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지의 취득가액을 2016사업연도의 공시지가로 보기 어렵다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.