청구법인이 주장하는 쟁점재료비를 ‘연구개발과 관련된 재료비’로 보아 연구개발비세액공제 대상에 포함해야 한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구법인은 2010년 11월 설립된 반도체장비 제조업을 주업으로하는 법인으로 2012.6.8. OOO로부터 인정받은 연구개발 전담부서를 보유하고 있다.
• 나. 청구법인은 2017∼2020사업연도 법인세 신고 시 연구전담요원의 인건비에 대해서만 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구·인력개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용받았는데, 법인세 신고내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 2017∼2020사업연도 법인세 신고내역 ㅇㅇㅇ
• 다. 청구법인은 쟁점세액공제액을 OOO원으로 수정하여 2022.7.7. 2017사업연도부터 2020사업연도까지의 법인세에 대한 수정신고서를 제출하였다가, 2022.12.21. 경정청구를 제기하여 2017∼2020사업연도에 지출한 재료비 OOO원을 연구인력개발비에 포함하여 2017사업연도 법인세 OOO원, 2018사업연도 법인세 OOO원, 2019사업연도 법인세 OOO원, 2020사업연도 법인세 OOO원 등 합계 OOO원을 환급하여 달라고 청구하였다.
• 라. 처분청은 위 재료비가 쟁점세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보아 2023.3.20. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.6.9. 이의신청(이의신청 시에는 경정청구와 달리 연구인력개발비에 포함해 달라는 재료비를 OOO원으로 정정하였는데, 이하 OOO원을 “쟁점재료비”라 한다)을 거쳐 2023.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 연구개발 전담부서에서 지출한 쟁점재료비는 연구개발 활동을 위해 소요된 금액인바 쟁점세액공제를 적용함이 타당하다.

(1) 청구법인은 중고반도체 생산 장비를 구입한 후 이를 새로 제작(refurb)하여 납품하는 사업을 영위하는 업체로 오래 사용되어 폐기된 중고반도체 장비를 개조하여 기능을 보완하기 위해서는 연구개발 활동이 필수적이다. (가) 청구법인이 연구개발하는 장비는 삼성전자에서 생산하는 초정밀반도체가 아닌 저가 반도체(박막공정용 반도체 등) 생산을 위한 것인데, 저가반도체 장비는 신규 제작보다는 20년 이상된 중고장비를 개조하여 생산된 제품이 시장에서 주로 거래되고 있다. 청구법인은 반도체 생산업체들이 폐업하면 중고장비를 매입하여 그 당시 반도체 생산흐름에 부합할 수 있도록 장비를 개조한 후 거래처에 납품제안을 하고 있는데, 거래가 성사될 수 있도록 하기 위해서는 개조된 중고반도체 장비의 성능이 우수해야 하는바, 이를 위한 연구개발활동은 필수적이다. (나) 청구법인의 연구원들은 ㈜A에서 박막공정 개발업무에 12년 이상 종사하였던 창립 멤버로 청구법인의 박막장비 Refurb 기술수준은 세계에서 가장 앞서 있다. (다) 청구법인의 주된 활동은 연구개발을 통해 매입한 중고반도체 장비의 성능을 향상시키는 것이고, 처분청의 의견처럼 거래처의 주문에 맞춰 제품을 생산하거나 납품한 제품을 유지·보수하는 활동을 수행하지 않는다. 처분청의 의견처럼 청구법인이 반도체장비를 거래처의 요구에 맞춰 주문생산하거나 유지 보수 활동을 하기 위해서는 이에 따른 많은 인력이 필요(최소 100명 이상)할 것인데, 청구법인은 연구개발을 통해 제품성능 향상에 주력하다 보니 대표이사를 포함하여 10명 이내의 직원이 근무하고 있다.

(2) 청구법인은 매입한 중고반도체 장비의 성능향상을 위해 1∼3년씩 소요되는 연구프로젝트를 진행하며 프로젝트별로 소요된 원재료의 구매내역을 엑셀 파일로 관리하고 있다. 청구법인은 이 건 경정청구 시 구입한 중고 반도체 생산 장비를 전면 해체한 후 사실상 다시 제작한 경우에 준하는 경우에만 투입된 원재료의 구입비용을 쟁점세액공제 대상으로 하면서, 일부 개조를 위해 투입된 원재료의 구입비용은 쟁점세액공제 대상에서 제외하는 등 최대한 보수적으로 쟁점세액공제 대상 재료비를 산정하였다.

(3) 청구법인은 당초 연구개발전담부서에서 근무한 직원들에 대한 인건비만을 쟁점세액공제 대상으로 하여 법인세 신고를 하였으나, 이후 처분청으로부터 연구개발 업무에 종사한 직원들의 청구법인 발행주식의 보유 지분율이 10%를 초과하여 세액공제를 받지 못한다는 사 실을 안내받고 이에 따라 수정신고를 한 후, 당초 누락한 쟁점재료비를 연구개발비에 포함하여 쟁점세액공제를 적용해 달라고 신청하였다. (

• 가) 청구법인은 연구개발 전담인력의 인건비만 연구개발비에 포함 하여 쟁점세액공제를 적용받아도 납부할 법인세액이 거의 없어 당초 법인세 신고 시에는 쟁점재료비를 연구개발비에 포함하지 아니하였다. (나) 처분청은 청구법인에서 연구개발업무를 전담한 직원이 없는 등 연구개발활동을 한 것으로 보기 어려우므로 연구개발활동에 소요된 재료비 역시 발생할 수 없다는 의견이나, 구체적인 증거 없이 청구법인의 연구개발활동을 부인할 수는 없다.

1. 처분청은 해외 출입국 내역이 잦다는 이유로 연구개발 전담부서의 직원이 연구개발 외에도 해외 제품판매 업무 등을 수행한 것으로 보았으나, 해당 직원은 연구개발업무에 참고하고자 해외에 위치한반도체 완제품 생산공정을 견학간 것으로 해외 출장 역시 연구개발 활동의 일환이다.

2. 청구법인의 대표이사는 처분청의 청구법인에 대한 현장확인 시 전반적인 연구개발·납품절차, 법인의 인적구성에 대하여 자세히 설명하였음에도 불구하고, 처분청 직원은 이를 제대로 듣지 않았고, 연구개발 전담부서 소속 직원들이 구체적으로 어떤 업무를 하였는지도 제대로 확인하지 않으면서 청구법인에서 연구개발 업무를 담당한 직원이 없다고 보았다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 주장하는 업무가 조특법상 연구개발활동에 해당된다고 보기 어렵다. (가) 조특법 제2조 제1항 제11호에서 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제1조의2에서 연구개발에는 ① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동이 포함되지 않는다고 규정하고 있다. 또한 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제2조 제5호에서 “연구개발활동”이란 과학기술 분야 또는 특정지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정을 말한다고 규정하고 있다. (나) 이와 같은 관련 법령에 비추어 보면 “연구개발”이란 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’, ‘지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 활동’, ‘체계적이고 창의적인 활동’에 해당할 것을 그 핵심적인 지표로 하고, 이 때 순수한 기초연구활동뿐만 아니라 과학기술의 연구 및 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 활동도 연구개발의 범주에 포함될 수 있겠지만, 그것이 기존에 이미 상용화․사업화된 기술과 동일성이 인정되는 범위 내에서 이를 다소 보완 또는 변형함으로써 약간의 효율성이나 편리함을 더하였다거나, 특정 고객의 기호에 맞추어 주관적인 만족도를 높이는 정도의 것으로는 부족하고, 기존의 제품이나 기술과 획기적인 차별성이 인정되는 새로운 제품이나 기술의 개발을 목적으로 하는 연구개발활동이어야 할 것이다. 이런 점에서 볼 때 청구법인이 제출한 연구개발계획서 중에서 Cable, Magnet, Power Supply 개발(다변화 및 국산화) 등은 연구개발의 범위에 포함된다고 보기 어렵다.

(2) 청구법인은 연구노트 등의 증빙을 제출하지 않아 연구개발 내역 및 연구개발과정에서 투입된 원재료가 무엇인지를 구체적으로 확인할 수 없었고, 청구법인이 구입한 원재료가 연구개발을 위해 사용되었는지를 확인할 수 있는 회계처리 내역도 제시되지 아니하였다. 따라서, 청구법인이 제시한 자료만으로는 쟁점재료비가 쟁점세액공제 대상이 되는 연구개발비에 해당하는지를 확인할 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

청구법인이 주장하는 쟁점재료비를 ‘연구개발과 관련된 재료비’로 보아 연구개발비세액공제 대상에 포함해야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO의 연구소 검색서비스에서 조회되는 청구법인의 연구소 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 연구소 현황 ․ 연구소명(전담부서명): 연구개발전담부서 ․ 연구소 소재지: OOO (청구법인 소재지) ․ 최초 인정일: 2012.6.8. ․ 연구분야: 기타(과학기술)

(2) 청구법인이 2017∼2020사업연도 법인세 신고 시 제출한 ‘쟁점세액공제 명세서’상 연구 및 인력개발비 발생명세 작성내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 당초 법인세 신고 시 연구 및 인력개발비 발생명세 작성내역 ㅇㅇㅇ

(2) 청구법인은 당초 법인세 신고 시 쟁점세액공제 대상 연구 및 인력개발비 명세에 A·B에 대한 인건비를 포함시켰다가, A·B 대한 인건비를 제외하여 2017∼2020사업연도 법인세 수정신고서를 2022.7.7. 제출하였고, 2022.12.21. 쟁점재료비를 쟁점세액공제 대상 연구 및 인력개발비에 포함하여 경정청구를 제기하였는데, 경정청구 당시 청구법인이 작성한 ‘쟁점세액공제 명세서’상 연구 및 인력개발비 발생명세 작성내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 연구 및 인력개발비 발생명세 작성내역 ㅇㅇㅇ

(3) 국세통합전산망에서 확인되는 청구법인의 연도별 급여지급 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구법인의 연도별 급여지급 내역 ㅇㅇㅇ * 청구법인이 작성한 연구개발계획서상 연구전담인원으로 기재된 사람은 C, A, B, D 등 4명이고, 청구법인은 쟁점세액공제 명세서 작성 시 2017·2018년에는 A 및 B에 대한 인건비를, 2019·2020년에는 A에 대한 인건비를 발생한 연구 및 인력개발비로 기재함

(4) 처분청은 청구법인의 경정청구 검토 시 청구법인의 사업장을 방문(2023.3.2.)한 사실이 있는데, 이에 따라 작성한 현장확인 보고서의 주요 내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 처분청에서 작성한 현장확인 보고서의 주요 내용 (전략)

(중간생략)

• (대표자 등 확인) 2023.3.2.(목) 14경 사업장 방문 시 대표자 C, 과장 E이 사업장에 있었으며, 대표자는 청구법인 근무 전 A(現 B)에서 반도체 관련 엔지니어로 근무하였다고 진술함

• (사업내용 확인) 청구법인은 반도체 박막공정 전문 엔지니어가 설립한 법인으로, 현재 반도체 공정 부분 중 중고장비 시장을 타깃으로 하여, 중고반도체 장비의 Refurb를 통한 장비공급과 공정 관련 서비스를 제공하고 있음 (중간 생략)

③ 현장확인 시 확인된 사항

• 청구법인의 기업연구소는 사업장의 2층 사무실 내부에 연구전담부서 사무실이 있으며, 전담부서 안 책상 3개, 컴퓨터 2대가 구비되어 있었음

• 2012년 6월 기초진흥 및 기술개발지원법에 의거 상기 사업장으로 연구개발 전담부서를 등록한 것으로 확인됨

• 방문 당시 전담연구원 A 외 2인 모두 외부 미팅 중으로 연구활동 내용을 직접 확인할 수 없었으며, 대표자 C으로부터 법인의 반도체 장비 공급을 위한 연구활동 내용 설명, 안내를 듣고 법인의 주요 사업내용은 중고 반도체 장비를 유지, 수선, 개조 등을 거쳐 기능향상, 내용연수 등을 증진시켜 고객사인 B, 말레이시아 등에 중고 반도체 장비 공급 및 관련 서비스를 제공하는 것으로 확인되었으나, 연구노트 등을 통한 구체적 연구활동 내역 및 청구한 재료가 연구개발활동에 어떻게 투입되었는지를 확인할 수 있는 객관적 자료는 확인되지 않음

이상과 같이 청구법인은 중고 반도체 장비를 Refurb하여 고객이 원하는 사양의 장비를 공급하고 관련 장비의 유지보수 서비스 등을 제공하고 있으며, 대표자 C의 설명에 의하면 Refurb하여 공급한 반도체 장비의 설치 및 장비라인 재구성 용역 등은 별도 인력을 구인하여 사업소득으로 지급하였다고 하나, 2017년∼2021년 사업소득지급명세서상 5개년도 총 OOO원이 사업소득으로 지급이 확인되고 있어 전담연구원은 연구개발활동만 하는 것이 아닌 공급한 반도체 장비 유지, 보수를 위한 A/S 활동을 위하여 직접 거래처, 해외의 고객사의 요청에 따른 장비의 생산라인 재구성 개선 서비스 업무 등을 상당 부분 겸하고 있는 것으로 판단됨 마지막으로 세액공제대상 재료비와 관련하여 연구노트, 일지 등을 통한 연구활동 내역 및 이에 사용된 재료비 내역 등이 확인되지 않고, 그 밖에 제출한 재료비가 연구개발에 사용되었음을 증명할 객관적 증빙 및 이에 대한 원장, 분개장 등을 통한 매입․사용내역 역시 확인이 되지 않으며, 시험용 시설 구입비용 등은 세액공제 대상이 아닌바, 청구한 재료비가 연구개발 활동을 위한 직접 재료비로 사용된 것으로 보기 어려운 것으로 사료됨

(7) 청구법인이 심판청구 시 제출한 주요 입증 자료상 연구개발활동과 관련된 주요 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 조직구성은 아래 <그림1>과 같다. <그림1> 청구법인의 조직구성 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인의 주요 사업분야는 아래 <그림2>와 같다. <그림2> 청구법인의 주요 사업분야 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인이 제시한 연구인력개발 수행이력은 아래 <그림3>과 같다. <그림3> 연구인력개발 수행이력 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인이 보유한 특허 내역은 아래 <그림4>와 같다. <그림4> 청구법인의 특허보유 내역 ㅇㅇㅇ * 특허정보검색서비스에서 조회한 결과 청구법인이 해당 특허를 출원한 때는 2021년 4월, 2021년 10월인 것으로 확인됨 (마) 청구법인이 제시한 연구개발 과제 선정과정은 아래 <그림5>와 같다. <그림5> 연구개발 과제 선정과정 ㅇㅇㅇ (바) 청구법인이 연구개발을 통해 개량된 중고반도체 생산 장비를 촬영한 것이라며 제출한 사진은 아래 <그림6>과 같다. <그림6> 연구개발을 통해 개량된 중고반도체 생산 장비 ㅇㅇㅇ (사) 청구법인이 연구개발 과제별로 목표, 수행계획, 연구개발 내용 등을 정리하여 제출한 자료는 아래 <그림7>과 같다. <그림7> 청구법인이 제출한 연구과제별 내용 등 ㅇㅇㅇ (아) 청구법인이 제시한 연구개발 효과는 아래 <그림8>과 같다. <그림8> 청구법인이 제시한 연구개발 효과 ㅇㅇㅇ

(8) 청구법인이 제출한 연구과제별 원재료 사용내역은 아래 <그림9>와 같다. <그림9> 연구과제별 원재료 사용내역 ㅇㅇㅇ * 연구과제명, 날짜, 매입처, 품명, 공급가액, 구입직원명, 사용목적(연구개발)이 기재되어 있음

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 연구개발비 세액공제 대상이 되는 부품 등은 조특법 시행령 제9조 제1항 및 별표6에 따라 기업부설연구소에서 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발활동에 직접 사용하는 것이어야 하며, 그 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 위한 활동이어야 하는 것인데, 동 연구개발비 세액공제 제도의 취지가 각종 연구기관, 기업이나 단체 및 기업의 연구개발전담부서 등에 의한 연구개발을 장려할 목적에서 그 대가로 지급되는 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는 데에 있는 점을 고려하면, 관계 법령에서 규정하는 일정한 조건을 갖춘 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만이 연구개발비 세액공제 대상이 된다 할 것이다(조심 2020전8006, 2020.12.22., 같은 뜻임). 이 건의 경우 청구법인은 2012.6.8. OOO로부터 인정받은 연구소를 보유하고 있고, 청구법인이 제시한 조직도, 연구개발 과제 등에 연구개발 담당 직원이 명시되어 있는바 청구법인은 연구개발활동을 수행할 수 있는 조직을 갖추고 있었던 것으로 보이고, 청구법인은 연구개발 활동내역을 입증하기 위해 연구개발 수행이력, 연구개발 과제선정 및 그에 따른 연구과제 수행계획 등을 제시하고 있는바, 청구법인과 같이 20년 이상 된 중고 반도체 장비를 구입하여 이를 개조하여 납품하는 사업을 영위하기 위해서는 성능 개선이 필수적이므로 이를 위한 연구개발활동이 필요하다는 청구주장이 신빙성이 있어 보이며, 청구법인은 법인 명의로 출원·등록한 특허권을 보유하고 있고, 처분청에서 작성한 현장확인 보고서의 내용대로 청구법인의 전담연구원으로 등재된 직원들이 연구개발활동 외에 다른 서비스 업무도 수행하고 있다고 하더라도 이를 근거로 청구법인이 연구개발활동을 수행하지 아니하였다고 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구법인은 기술적 진전 등을 위한 연구개발활동을 하고 이를 위해 상당수의 부품이나 원재료를 사용하였을 것으로 보인다. 다만, 청구법인은 연구개발활동 당시 작성한 연구노트나 일지 등을 통해 발생한 재료비 내역 등을 명확하게 제시하지 못하고 있는바 청구법인이 제출한 자료만으로는 연구개발활동을 위해 지출된 재료비와 연구개발활동과 무관하게 반도체 장비를 납품하는 과정에서 발생한 재료비를 구분하는 것이 어려우므로 처분청이 청구법인이 제출한 연구과제별로 투입된 원재료 내역 정리 자료(그림9) 등을 기초로 청구법인이 2017사업연도부터 2020사업연도까지의 연구개발을 위해 지출하였다고 주장하는 재료비 중 조세특례제한법제10조에 따른 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상이 되는 연구용으로 사용된 금액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. “연구개발”이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다. 제10조【연구․인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인의 연구개발 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2024년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용하며, 제1호 및 제2호를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 납세의무자의 선택에 따라 그 중 하나만을 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 미래 유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인정되는 기술로서 대통령령으로 정하는 기술(이하 “신성장ㆍ원천기술”이라 한다)을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장ㆍ원천기술연구개발비에 가목의 비율과 나목의 비율을 더한 비율을 곱하여 계산한 금액

• 가. 기업유형에 따른 비율

1. 중소기업에 해당하는 경우: 100분의 30

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 25(중견기업의 경우에는 100분의 40, 중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업인 경우: 100분의 25

③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동에 지출한 금액 중 과학기술분야와 결합되어 있지 아니한 금액에 대해서는 자체 연구개발에 지출한 것에 한정한다.

⑥ 자체 연구개발에 지출하는 연구개발비가 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의3 제1항 각 호에 해당하는 사유 등 대통령령으로 정하는 사유로 인하여 연구개발비에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 대통령령으로 정하는 날 이후 지출하는 금액에 대하여 제1항에 따른 세액공제를 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제1조의2【정의】조세특례제한법(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제11호에서 "대통령령으로 정하는 활동"이란 다음 각 호의 활동을 말한다.

2. 시장조사, 판촉활동 및 일상적인 품질시험

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사ㆍ분석하는 활동

5. 특허권의 신청ㆍ보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치 확인 등 조사ㆍ탐사 활동

8. 이미 기획된 콘텐츠를 단순 제작하는 활동

9. 기존에 상품화 또는 서비스화된 소프트웨어 등을 복제하여 반복적으로 제작하는 활동 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

2. 국가, 지방자치단체, 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관 및 지방공기업법에 따른 지방공기업으로부터 연구개발 또는 인력개발 등을 목적으로 출연금 등의 자산을 지급받아 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 금액

② 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장ㆍ원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용

• 가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장ㆍ원천기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장ㆍ원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
• 나. 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법 제2조제2호 에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

⑨ 법 제10조 제1항 제1호를 적용받으려는 내국인은 신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리해야 한다. 이 경우 신성장ㆍ원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용을 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비로 안분하여 계산한다.

⑩ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 작성ㆍ보관해야 한다.

⑪ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 【별표 6】연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)

• 가. 자체연구개발

1. 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)에서 근무하는 직원 (연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다. 가) 소득세법 제22조 에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액 나) 소득세법 제29조 및 법인세법 제33조 에 따른 퇴직급여충당금 다) 법인세법 시행령 제44조의2제2항 에 따른 퇴직연금등의 부담금 및 소득세법 시행령 제40조의2제1항제2호 에 따른 퇴직연금계좌에 납부한 부담금

2. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다) 및 소프트웨어(문화산업진흥 기본법 제2조 제2호 에 따른 문화상품 제작을 목적으로 사용하는 경우에 한정한다)ㆍ서체ㆍ음원ㆍ이미지의 대여ㆍ구입비

3. 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제25조의3 제3항 제2호 가목에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용

• 나. 위탁 및 공동연구개발

1. 다음의 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비, 판매시점 정보관리 시스템 설비 등 기업의 사업운영ㆍ관리ㆍ지원 활동과 관련된 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

• 가) 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학
• 나) 국공립연구기관
• 다) 정부출연연구기관
• 라) 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) 마) 산업기술혁신 촉진법 제42조 에 따른 전문생산기술연구소 등 기업이 설립한 국내외 연구기관
• 바) 전담부서등(전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정한다) 또는 국외기업에 부설된 연구기관
• 사) 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법에 따른 연구개발서비스업을 영위하는 기업 또는 영리목적으로 연구ㆍ개발을 독립적으로 수행하거나 위탁받아 수행하고 있는 국외 소재 기업
• 아) 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단
• 자) 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 기업 차) 산업디자인진흥법 제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관
• 카) 산업기술연구조합 육성법에 따른 산업기술연구조합

2. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한정한다)에게 과학기술분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 별표 6 제1호 가목1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목1)에 따른 연구개발서비스업이란 국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법 제18조 제2항 에 따라 과학기술정보통신부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 “연구개발서비스업”이라 한다)을 말한다.

1. 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조의2 제1항 에 따라 과학기술정보통신부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서

② 영 제9조 제2항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서”란 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업으로서 영 제9조 제2항 제1호 가목에 따른 신성장ㆍ원천기술연구개발업무(이하 이 항 및 제4항에서 “해당업무”라 한다)만을 수행하는 국내 소재 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업(이하 이 조에서 “신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등”이라 한다)을 말한다. 다만, 일반연구개발을 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 조직을 신성장ㆍ원천기술연구개발 전담부서등으로 본다.

1. 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우: 그 내부 조직

2. 제1호 외의 경우: 해당업무 및 일반연구개발을 모두 수행하는 전담부서등 및 연구개발서비스업을 영위하는 기업

③ 영 별표 6의 제1호 가목 1)에서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제7호 에 따른 연구전담요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 산업디자인진흥법 시행규칙 제9조 제1항 제1호 에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 같은 법 시행령 제2호 제8호에 따른 연구보조원과 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자

법인세법 시행령제43조 제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주

3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제2조 제5항 에 따른 특수관계인. 이 경우 법인세법 시행령 제2조 제5항 제7호 에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.

④ 영 제9조 제2항 제1호 가목 단서에서“기획재정부령으로 정하는 사람”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 주주인 임원으로서 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람

2. 제2항 제2호에 해당하는 경우로서 해당업무와 일반연구개발을 동시에 수행한 사람

⑭ 내국인은 영 제9조 제9항에 따라 신성장ㆍ원천기술연구개발비와 일반연구ㆍ인력개발비에 공통되는 비용(이하 이 항에서 “공통비용”이라 한다)이 있는 경우에는 전액 일반연구ㆍ인력개발비로 하거나 다음 각 호의 구분에 따라 계산하여 구분경리해야 한다.

1. 인건비 및 위탁ㆍ공동연구개발비에 해당하는 공통비용의 경우: 전액 일반연구ㆍ인력개발비로 한다.

2. 제1호 외의 공통비용의 경우: 다음의 가목 및 나목의 구분에 따른다.

• 가. 신성장ㆍ원천기술연구개발비: 다음의 계산식에 따른 비용
• 나. 일반연구ㆍ인력개발비: 제1호 외의 공통비용에서 가목의 비용을 제외한 비용

⑮ 법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도에 수행한 연구개발 과제별로 별지 제3호의 2서식에 따른 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트를 작성(법 제10조 제1항 제3호를 적용받는 경우에는 연구개발계획서 및 연구개발보고서만 작성한다)하고 해당 과세연도의 종료일로부터 5년 동안 보관해야 한다.