21.2.17. 개정된 소득령§167의3①13 규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
21.2.17. 개정된 소득령§167의3①13 규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는바, 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
(1) 대법원은 일반주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 판시하고 있고(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결), 이에 따라 최근 살고 있던 주택을 팔고 대체주택을 매수하는 과정에서 23일간 주택 3채를 소유한 사람에게 양도소득세 중과세율을 적용한 것은 위법하다는 판결이 내려지기도 하였다(서울행정법원 2023.3.30. 선고 2022구합69513 판결). 정부는 2019.12.16. 종합부동산세는 올리고 양도소득세는 한시적으로 낮추어 다주택자들이 빨리 집을 매각하도록 압박하였고, 청구인으로서는 2018.4.3. 신규주택을 구입한 후 정부 정책에 따라 신규주택인 쟁점주택을 최대한 빨리 매각할 수밖에 없었는바, 청구인의 경우와 같이 일시적 2주택을 해소하기 위하여 종전주택을 매도한 경우에는 투기의 목적을 인정하기 어렵고, 실질과세의 원칙상 1세대 1주택으로 보는 경우에 해당하기 때문에 중과세를 배제하여야 한다.
(2) 또한 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령제167조의3 제1항 제13호는 “제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택”에 해당하면 1세대 3주택자 중과대상에서 제외하도록 명문화하고 있는바, 개정 규정은 1세대 1주택자로서 고가주택 보유자에 대한 세율 적용에 있어 종전 규정의 입법상 미비점을 보완하고 과세당국과 납세자 간의 해석상의 차이를 해소하기 위해 확인적으로 명문화한 규정이므로 동 규정에 부합하는 이 건의 경우에는 당연히 중과세율 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여야 할 것이다. 게다가 쟁점주택의 잔금지급일은 2021.1.15.이고, 개정 시행령의 시행일은 2021.2.17.로 32일의 차이밖에 나지 않는데, 32일의 차이가 있다고 하여 중과세율이 배제되지 않는다고 해석한다면 청구인에게는 너무 가혹한 처사가 아니라 할 수 없는 것이다.
(3) 소득세법령은 감면주택 외 1주택일 땐 고가주택이라도 양도소득세 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있지만, 감면주택 외 일시적 2주택에 대하여는 이와 같은 규정이 없어 장기보유특별공제를 배제하는 한편 중과세율이 적용되게 되는 문제가 발생할 수 있었고, 2021.2.17. 대통령령 개정 전까지 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 심하였다. 게다가 청구인은 당시 세무사의 컨설팅을 받고 양도소득세 신고를 한 것이고 세무사로부터 양도소득세가 중과된다는 이야기를 사전에 들었다면 쟁점주택을 양도하지도 아니하였을 것이다. 청구인은 양도소득세를 의도적으로 축소할 이유가 전혀 없고, 시행령 미비 등으로 해석에 다툼이 있다는 사정에 대하여 알지도 못한 점을 종합하면 청구인에게 의무이행을 기대하기 어려운 사정 내지 정당한 사유가 있다고 볼 수 있다.
(1) 다주택자에 대한 중과제도는 실수요 보호와 단기 투기수요 억제를 통한 주택시장 안정화를 위해 다주택자가 조정대상지역 내에 있는 주택을 양도하는 경우에 기본세율에 10% 또는 20%를 가산하고, 장기보유특별공제를 배제한 것으로, 이는 단기적으로는 다주택자의 주택양도를 유도하고 장기적으로는 다주택 소유를 억제하기 위한 정부의 정책수단 중 하나로 주택이라는 한정된 재화가 일부 사람에게 집중적으로 소유되는 것을 막아 다수 국민의 주거생활 안정을 도모하고자 하는 공익실현의 취지이다.
(2) 청구인이 쟁점주택을 양도한 후 2021.2.17. 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 가 개정되어 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택은 1세대 3주택으로 보는 주택에서 제외하도록 개정되었으나, 개정 규정은 시행일(2021.2.17.) 이후 양도하는 분부터 적용되는 것으로서 개정 규정의 시행일 이전에 양도된 쟁점주택에 대하여 개정 규정을 적용할 수 없다.
(3) 청구인은 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고・납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의・과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 정당한 사유에 관한 법리오해나 신의성실의 원칙에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.
① 일시적 3주택자에 대하여 장기보유특별공제 적용을 배제하고 중과세율을 적용한 처분의 당부
② 가산세 감면의 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
(2) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것) 제55조(세율) 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택
4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다. (3) 소득세법 시행령(2021.1.5. 법률 제31380호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.
⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.<후단 생략> 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조제2항의 규정을 준용한다. 제167조의3(1세대3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
5. 조세특례제한법 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) 제167조의10(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택
3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료ㆍ요양하는 장소와 같은 시ㆍ군에 소재하는 주택으로서 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우의 해당 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 해당 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
4. 제155조 제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택
5. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 사람이 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(세대를 합친 날부터 10년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
6. 1주택을 소유하는 사람이 1주택을 소유하는 다른 사람과 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
7. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 해당 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)
8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]
9. 주택의 양도 당시 법 제99조에 따른 기준시가가 1억원 이하인 주택. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(종전의 주택건설촉진법에 따라 설립인가를 받은 재건축조합의 사업부지를 포함한다)으로 지정ㆍ고시된 지역 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 사업시행구역에 소재하는 주택(주거환경개선사업의 경우 해당 사업시행자에게 양도하는 주택은 제외한다)은 제외한다.
10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택
11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택
12. 법 제95조 제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택 (4) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 부칙 <대통령령 제31442호, 2021.2.17.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호에서 정한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.
② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
(5) 조세특례제한법 제98조의3(미분양주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 국내사업장이 없는 비거주자가 서울특별시 밖의 지역(소득세법 제104조의2 에 따른 지정지역은 제외한다)에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택(이하 이 조에서 “미분양주택”이라 한다)을 다음 각 호의 기간 중에 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체(20호 미만의 주택을 공급하는 경우 해당 주택건설사업자를 포함한다)와 최초로 매매계약을 체결하고 취득(2010년 2월 11일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100(수도권과밀억제권역인 경우에는 100분의 60)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(수도권과밀억제권역인 경우에는 양도소득금액의 100분의 60에 상당하는 금액)을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.
1. 거주자인 경우: 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 청구인 세대는 아래 <표1>와 같이 쟁점주택, 감면주택(조세특례제한법제98조의3 제1항에 따른 미분양주택), 대체주택을 소유하고 있었고, 해당 주택은 모두 조정대상지역 내에 위치하고 있다. <표1> 쟁점주택 양도 당시 주택 보유 현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 2021.1.15. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 이를 1세대 1주택 고가주택의 양도(감면주택을 제외하고 일시적 2주택 보유)에 해당하는 것으로 보아 9억원 초과분에 대해 장기보유특별공제액을 차감하고 일반세율을 적용하여 아래 <표2>와 같이 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였으나, 처분청은 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 조정대상지역 내 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 소득세법 제95조 및 같은 법 제104조에 따라 9억원 초과 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(기본세율에 20% 가산) 적용하여 같은 <표2>와 같이 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다. <표2> 양도소득세 신고 및 경정내역 (다) 2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 소득세법 시행령｣ 제167조의3 제1항 에서 제13호가 신설되어 양도소득세 중과세율의 적용이 배제되는 주택으로 ‘제155조 또는 「조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 추가하였고, 기획재정부에서 발간한 “2021 간추린 개정세법”에서 해당 규정의 개정취지를 양도소득세 중과세율이 적용되는 주택 범위를 합리화하기 위한 것이라고 밝히고 있으며, 해당 규정은 개정 규정의 시행일(2021.2.17.) 이후 양도분부터 적용된다.
(2) 소득세법제95조 제2항 및 제104조 제7항에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 같은 법 시행령(2018.4.1. 대통령령 제28637호로 일부개정된 것) 제167조의3에서 규정한 1세대 3주택 이상인 주택에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하고 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20을 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항에서 중과세율 적용대상 양도주택인 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"을 “국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다”고 규정하면서 그 제5호에서 ‘ 조세특례제한법 제98조의3 에 따라 양도소득세가 감면되는 주택을, 제10호에서 ‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택’을 들고 있는바, 위 규정에 따르면 1세대가 3주택 이상을 소유하였는지 여부를 판단할 때에는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하는 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택 양도 당시 3억 원을 초과하지 아니하는 주택)만을 주택 수 산정에서 제외하고, 각 호에 해당하는 주택이 양도 대상 주택인 경우에는 1세대가 3주택 이상을 소유한 경우에 해당하지 않는다고 보아 소득세법 제104조 제7항 에서 정한 중과세율을 적용하지 않게 된다(서울행정법원 2021.11.3. 선고 2021구단70420 판결, 조심 2021서5783, 2021.12.13., 같은 뜻임).
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택 양도에 대하여 2021.2.17. 개정된 소득세법 시행령을 적용하여야 하므로 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상인 주택에 대한 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 1세대가 3주택 이상을 소유하였는지 여부를 판단할 때에는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하는 주택만을 주택 수 산정에서 제외하고, 양도 대상 주택이 위 시행령 제167조의3 제1항 각 호에 해당하는 주택인 경우에만 1세대가 3주택 이상을 소유한 경우에 해당하지 않는다고 보아 소득세법 제104조 제7항 에서 정한 중과세율을 적용하지 않게 되는데, 이 건의 경우 청구인 세대가 보유한 주택 중 감면주택만이 위 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에서 열거하고 있는 주택에 해당하고, 양도주택인 쟁점주택은 위 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 열거하고 있는 주택에 해당하거나 제10호에서 정한 ‘1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택’에 해당하지 아니하여, 감면주택 및 대체주택을 주택 수 산정에서 제외할 수 없는바, 쟁점주택의 양도는 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하는 점, 2021.2.17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 에서 “제155조 등에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택”이 1세대 3주택 이상 중과세율 적용 대상에서 제외되었으나, 그 부칙 제2조 제2항은 “이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있는바, 처분청에서 쟁점주택 양도에 대하여 개정규정이 아니라 쟁점주택 양도 당시 시행 중인 법령을 적용하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 감면주택 외 일시적 2주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제하는 한편 중과세율이 적용되게 되는지 여부와 관련하여 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 심하였으므로 쟁점주택의 양도가 양도소득세 중과대상에 해당하지 않는다고 믿고 중과세율 적용을 배제하는 등 하여 양도소득세를 신고하였으므로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바, 청구인이 쟁점주택의 양도가 양도소득세 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제 대상에 해당한다는 사실을 알지 못하였다 하여도 이를 가산세 감면의 정당한 사유로 인정하기 어렵고, 우리 원은 양도소득세 납세의무자가 주택 양도 당시 장기임대주택 및 대체주택 등 3주택 이상을 보유한 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분이 적법하다고 결정하고 있었으며(조심 2020서421, 2020.6.25. 외, 같은 뜻임), 달리 감면주택 외 일시적 2주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제하는 한편 중과세율이 적용되게 되는지 여부와 관련하여 세법해석상 의의(疑意)로 인하여 양도소득세를 적법하게 신고할 것을 기대하기 어려웠다는 등의 사정을 인정하기 어려우므로 이와 다른 취지의 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.