조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점농지 분할거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-중-10568 선고일 2024.05.29

이 건 일련의 양도거래에 조세회피목적 외 다른 특별한 사정은 없는 것으로 보여 이 건 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2021.12.17. 경기도 용인시 처인구 OOO 답 613㎡, 같은 리 465-4 답 91㎡, 같은 리 465-5 답 1㎡ 합계 705㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 OOO원)을 적용하여 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고(납부세액 없음)하였고, 2022.2.16. 같은 리 465 답 983㎡, 같은 리 465-1 답 2㎡, 같은 리 465-2 답 6㎡ 합계 991㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 양수법인에게 양도한 후 2022.4.30. 8년 자경농지에 대한 감면(감면세액: 1억원)을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다. <표1> 쟁점①·②토지 양도 내역 ㅇㅇㅇ
  • 나. 처분청은 2023.5.31.부터 2023.6.19.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점①·②토지의 각 거래가 그 실질이 하나의 거래임에도 2개의 과세기간(2021년 및 2022년)에 거쳐 분할·양도한 후, 세액감면을 과다하게 적용받았다고 판단하였고, 이에 따라 쟁점①·②토지의 양도시기를 최종 잔금청산일인 2022.2.16.로 보아 감면세액을 재계산한 후 2023.9.1. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.3.6. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 이 건 양도와 관련하여 토지분할, 잔금지급시기 등은 청구인이 관여한바 없고, 모두 양수법인의 사정에 의하여 결정된 것이다. (가) 청구인은 2003.10.20. 경기도 용인시 처인구 OOO 답 1,696㎡(이하 “분할전토지”라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2022.3.21. 양수법인과 ‘개발행위가 가능한 경우 계약이 이루어지는 것을 조건’으로 하여 매매계약을 체결하였으나, 양수법인이 개발행위 허가를 받는 과정에서 불가피하게 청구인에게 토지를 쟁점①토지와 쟁점②토지로 분할할 것을 요청하였는바, 당초 부동산매매계약을 무효화하고 분할전토지를 2021.8.26. 쟁점①토지, 2021.12.21. 쟁점②토지로 각 분할하여 매매계약서를 다시 작성하였다. <표2> 2021.8.26. 1차 토지분할 ㅇㅇㅇ <표3> 2021.12.21. 2차 토지분할 ㅇㅇㅇ (나) 잔금 지급시기 또한 청구인이 관여한바 없고, 금리 및 연말 대출한도 등 양수법인의 자금 사정으로 인하여 쟁점①토지의 잔금은 2021.12.21., 쟁점②토지의 잔금은 2022.2.9. 지급하는 것으로 정하게 되었는바, 청구인이 제출한 양수법인 측과의 카카오톡 메신저 대화내용, 문자메시지, 이메일 내용에서 이 건 부동산매매계약이 청구인 측의 조세회피 목적이 아닌 양수법인 측의 개발행위 등 요청에 따라 이루어졌다는 사실이 확인된다.

(2) 민법상 사적자치의 원칙에 따라 서로 다른 계약 당사자간의 자유로운 의사에 따라 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상의 기간 과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질 과세원칙에 위배되는 부당한 과세처분이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 아래와 같은 사정 등에 비추어 쟁점①·②토지의 계약은 별개의 계약이 아니고 하나의 거래로 보는 것이 타당하다. (가) 납세의무자는 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 납세의무자가 조세의 부담을 줄이기 위하여 경제적으로 하나의 거래임에도 형식적으로 중간 거래를 개입시켰다는 이유만으로는 납세의무자가 선택한 거래형식을 함부로 부인할 수 없으나, 가장행위에 해당한다고 볼 수 있는 특별한 사정이 있을 때에는 과세상 의미를 갖지 아니하는 그 가장행위를 제외하고 그 뒤에 숨어 있는 실질에 따라 과세할 수 있다고 보아야 한다(대법원 2013.12.26. 선고 2013두15583 판결 참조). (나) 쟁점①,②토지는 양수법인이 사업장으로 사용하기 위하여 취득한 것으로(쟁점①토지는 2021.11.15., 쟁점②토지는 2021.10.26. 건축허가가 확정되었음) 순차적으로 취득할 이유가 없어 보이는 점, 청구인과 양수법인이 2021.3.22. 작성한 분할전토지 매매계약서와 2021.12.17. 쟁점①,②토지로 나누어 재작성한 매매계약서를 보면, 모두 양수법인의 사업장 신축과 관련된 인허가사항이 기재되어 있고, 쟁점①토지의 계약서 특약사항 제7항에는 ‘쟁점①토지의 소유권이전 등기가 경료된 이후 쟁점②토지에 대한 매수인의 잔금 지급 형태 등의 특별한 사유가 없는 한 매도인은 기타 사유로 인해 본 계약의 해제 등을 할 수 없다’고 기재되어 있는 등 처음부터 쟁점①·②토지를 하나의 계약 대상으로 보아 거래가 진행된 것으로 보이는 점, 계약금과 중도금이 당초 분할전토지 계약서의 내용대로 지급된 이후 잔금을 쟁점①토지(705㎡) OOO원(2021.12.20.), 쟁점②토지(991㎡) OOO원(2022.2.16.)으로 나눠서 지급하는 별도의 계약서가 재작성되었으나, 각 토지의 면적과 잔금에 비추어 볼 때 일반적인 재계약으로 보기 어려운 점, 분할전토지 최초 계약 내용에 따른 잔금지급일인 2021.7.21. 잔금 지급이 지연되어 잔금 중 일부인 OOO원이 2021.12.20. 우선 지급된 것으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어, 과세기간을 달리하여 대금을 받아야 할 특별한 이유가 없어 보이므로 실질과세 원칙에 따라 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지들의 양도를 하나의 거래로 보아 조특법 제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용한 처분의 당부
  • 나. 관련 법률

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 조세특례제한법(2021.3.16. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점①·②토지 양도와 관련하여 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정 내역은 아래 <표4>와 같은바, 처분청은 쟁점①·②토지의 각 양도거래를 하나의 양도거래로 보아 자경농지에 대한 공제한도 1억원만을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 경정·고지하였다. <표4> 이 건 양도소득세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ (나) 분할전토지 당초 매매계약과 관련하여 보면, 청구인은 2003.10.20. 분할전토지를 취득하여 보유하던 중 2021.3.22. 양수법인에게 분할전토지를 매매대금 OOO원에 양도하는 매매계약을 체결하였고, 당초 매매계약서상 대금 지급일자는 계약금 2021.3.22., 중도금 2021.4.21., 잔금 2021.7.21.로 확인되며, 분할전토지 당초 매매계약서 특약사항의 주요내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 분할전토지 당초 매매계약서 특약사항의 주요내용 ㅇㅇㅇ (다) 이후 양수법인은 분할전토지를 2개의 필지로 나눠서 개발을 진행하였고, 청구인은 양수법인의 요청에 따라 2021.8.26. 분할전토지를 쟁점①토지와 매산리 465-3 답 705㎡로 1차 분할, 2021.12.21. 위 465-3 답 705㎡를 쟁점②토지로 2차 분할하였으며, 쟁점①·②토지 건축물대장에는 양수법인이 쟁점①토지에 2층 근린생활시설(건축허가일자: 2021.11.15.), 쟁점②토지에 3층 근린생활시설(건축허가일자: 2021.10.26.)을 각 신축한 것으로 나타난다. (라) 청구법인과 양수법인은 2021.12.17. 당초 분할전토지매매계약을 무효로 하고, 쟁점①·②토지 매매계약서를 다시 작성하였는바, 각 매매계약서의 주요 내용과 양수법인의 대금지급 내역은 다음과 같다.

1. 쟁점①토지 매매계약서를 보면, 매매대금 OOO원 중 계약금 OOO원의 지급일자는 2021.12.17., 잔금 OOO원의 지급일자는 2021.12.20.이고, 특약사항 제1항에는 ‘매도인의 협조에 의해 매수인이 득한 개발행위허가 등은 유효하다.’고 기재되어 있으며, 제7항에는 ‘쟁점①토지의 소유권 이전 등기가 경료된 이후, 잔여 필지(쟁점②토지)에 대한 매수인의 잔금 지급 해태 등의 특별한 사유가 없는 한 매도인은 기타 사유로 인해 본 계약의 해제 등을 할 수 없다’라고 기재되어 있다.

2. 쟁점②토지 매매계약서를 보면, 매매대금 OOO원 중 계약금 OOO원의 지급일자는 2021.12.17., 잔금 OOO원의 지급일자는 2022.2.28.으로 나타나고, 특약사항은 쟁점①토지 계약서와 동일하며, 양수법인은 1차 및 2차 대금은 당초 분할전토지 매매계약서상 계약금(2021.3.22.) 및 중도금 지급일자(2021.4.21.)에 각 지급하였고, 3차 및 4차 대금은 아래 <표7>과 같이 지급한 것으로 확인된다. <표6> 2021.12.17.자 매매계약서상 대금지급일자 ㅇㅇㅇ <표7> 양수법인의 실제대금 지급 내역 ㅇㅇㅇ (마) 양수법인의 소명자료를 보면, 분할전토지에 공장을 신축하기 위하여 개발행위허가 및 건축허가를 진행하였으나, 도로 문제 등으로 인허가가 지연되었고, 잔금지급 시기를 늦춘 이유는 정책자금 대출상품이 나오는 시기인 2022년 1월 또는 2월경에 맞춰 잔금을 지급하기 위함이었다는 내용이 확인되며, 청구인과 양수법인 사이에 2021.12.17. 작성된 사유서에는 ‘저리 대출을 위하여 2022.2.28.까지 잔금을 지불할 수 있도록 협의하여 계약하기로 한다’고 기재되어 있고, 등기부등본에서는 양수법인이 2022.2.16. 쟁점①·②토지에 채권최고액 OOO원의 근저당권을 설정(근저당권자: OOO)한 것으로 나타난다. (바) 청구인이 제출한 증빙에서는 양수법인 직원 aaa(영업부 차장)이 청구인에게 분할전토지의 개발허가, 필지 분할, 잔금 지급 시기 조정과 관련하여 이메일 등으로 전송한 주요 내용이 아래 <표8>와 같이 나타난다. <표8> 청구인이 제출한 이메일, 카카오톡 메신저 등의 주요내용 ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 양도와 관련하여 토지분할, 잔금지급시기 등에 관여한바 없고, 모두 양수법인의 개발허가, 자금사정 등에 의하여 결정된 것이므로 쟁점①·②토지의 각 양도거래를 하나의 양도거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이나, 사법상 계약자유의 원리를 존중하여 쟁점토지에 대한 분할양도 계약사실을 인정할 수 있다 하더라도, 이 건은 청구인이 쟁점토지를 분할등기하여 과세연도를 달리하여 양도함에 따라 결과적으로 자경농지에 대한 감면한도를 추가 적용하여 양도소득세를 신고한 건이므로 이러한 신고가 실질에 부합되는지 여부는 세법상 실질과세의 원칙을 적용하여 판단하여야 할 것이고, 세법상 실질과세의 원칙을 적용함에 있어서는 거래 당시의 정황이나 사회통념, 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여야 할 것인바(조심 2022중7196, 2022.12.21. 참조), 당초 청구인은 2021.3.22. 양수법인과 분할전토지 매매계약을 체결한 후 양수법인으로부터 2021.3.22.과 2021.4.21. 매매대금 OOO원을 각 수령하였음에도 불구하고, 이후 2021.8.26.과 2021.12.21. 필지를 분할하여 2021.12.17. 당초 분할전토지 매매계약을 무효로 하고 쟁점①·②토지 매매계약서를 각각 다시 작성하였는데, 이렇듯 일괄 양도하기로 합의한 분할전토지에 대하여 2개의 과세기간(2021년 및 2022년)에 거쳐 분할·양도한데 대한 특별한 이유에 대하여 청구인은 개발 및 건축허가를 위한 양수법인의 요청에 따라 토지를 분할하였고, 2022년 출시되는 저금리 대출을 받기위해 잔금시기를 조정하였다고 주장하나, 2021.12.17. 재계약 전에 이미 계약금 및 중도금이 당초 매매계약서의 내용대로 모두 지급되었고, 쟁점①·②토지에 건축허가도 모두 완료된 상태였던 점을 고려할 때, 양수법인이 쟁점②토지의 잔금을 마련하기 위하여 쟁점①토지를 먼저 취득하여 해당 토지를 담보로 대출을 받기 위한 목적이라면 분할양도를 한 이유가 설명이 되겠지만, 이 건의 경우 양수법인이 2022.2.16. 쟁점①·②토지에 근저당권을 설정한 것으로 확인되는 등 그러한 사정 등이 확인되는 것도 아니므로 과세연도를 달리하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용받기 위함 외에는 양수법인이 쟁점①토지를 연내 우선 취득해야 할 특별한 사정이 나타나지 않는 점, 양수법인이 차년도 출시되는 저금리 대출을 받기 위해서 잔금시기를 조정한 것이라면, 굳이 쟁점①토지의 잔금지급일만을 2021년 12월로 달리 정할 합리적인 이유가 설명되지 아니하는 점, 쟁점①토지와 쟁점토지②는 당초 하나의 토지에서 지번이 분할되어 물리적으로 하나의 토지로 인식되고, 청구인과 양수법인은 같은 날 쟁점①·②토지에 대한 매매계약을 체결하였으며, 매매대금도 동일 당사자 간에 수수되는 등 쟁점①·②토지 각각의 매매계약을 독립된 거래로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 실질과세원칙을 적용하여 쟁점①·②토지의 양도를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)