조세심판원 심판청구

쟁점토지가 명의신탁 재산이라는 청구주장의 당부

사건번호 조심 2023중10483 선고일 2024-01-23 조세심판원

[요지] 쟁점토지의 양수인이 * 명의 법인계좌로 억원을 입금한 사실이 나타나는 반면, 주어진 자료로는 청구인이 양수인으로부터 쟁점토지의 양도대금을 받은 사실이 나타나지 아니하고 ***는 물류장 시설부지를 취득하기 위하여 쟁점토지를 취득할 수 없어 당시 대표이사인 청구인 명의로 취득하였다고 청구인에게 쟁점토지의 양도대금을 지급한 사실이 없다고 진술하고 있는 점 등 쟁점토지가 청구인 소유의 토지라고 단정하기 어려워 보이는 측면이 있어 보임 그러나 쟁점토지 양도대금의 귀속여부가 불분명해 보이는 점 등이 있으므로 양도대금이 청구인에게 귀속되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

[참조결정] 조심2018중4437

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 1998년 주식회사 A의 출자로 설립된 후 A의 백신사업부를 인계받아 백신의 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인으로, 2001.4.30. 글로벌 제약회사인 OOO 및 OOO(이하 합하여 “OOO”라 한다)과 소아용 5가 혼합 백신(OOO)의 공동 개발 및 제조를 제휴하기로 하는 Collaboration Agreement(이하 “협업계약”이라 한다)를 체결하였고, 2006년 11월경 혼합백신 개발에 성공하였으며, OOO로부터 4가 백신을 수입[원재료 원가 + 매출총이익(판매가격-원가)의 60%]하여 청구법인이 생산한 1가 백신을 혼합한 5가 백신인 OOO을 생산·판매하였다(이하 협업계약에 의한 OOO 개발 및 생산·판매 거래를 “쟁점거래”라 한다).
  • 나. 중부지방국세청장은 2015.12.14.부터 2016.4.29.까지 청구법인의 2013사업연도의 법인세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 공동사업으로 판단하여 OOO가 청구법인의 사업장에 국내 고정사업장을 둔 것으로 하여 사업자등록을 하였고, 2016.8.12.부터 2016.10.25.까지 OOO 국내 고정사업장의 2009∼2015사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, OOO 국내 고정사업장이 4가 백신 원재료를 청구법인에게 공급하고 수취해야 할 원재료 대가보다 초과하여 수취한 금액을 OOO 공동사업에서 발생한 수익으로 보아 법인세를 부과하였으며, 국세청 감사관실은 2017.11.27.부터 2017.12.15.까지 중부지방국세청에 대한 종합감사를 실시하여 쟁점거래를 공동사업으로 간주하였으면 ‘OOO 공동사업자’를 직권으로 사업자등록을 하여야 하고, OOO 공동사업자를 거래 당사자로 보아 부가가치세 납세의무를 부담하도록 하여야 한다고 지적을 하였다.
  • 다. 처분청은 이에 따라 ① 청구법인이 OOO로부터 4가 백신을 수입하면서 수취한 수입계산서는 OOO 공동사업자가 수취하였어야 하는 것으로 보아 공급받는 자가 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 불공제하고, ② 청구법인이 직접 생산한 1가 백신을 원재료로 사용한 것은 청구법인이 OOO 공동사업자에게 매출한 것으로 보아 매출세액 및 세금계산서불성실가산세를 가산하여 2013년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였으며, ③ 청구법인과 OOO가 5가 백신을 해외시장에 판매한 것을 OOO 공동사업자가 판매한 것으로 보아 OOO 공동사업자에게 영세율 과세표준 신고불성실가산세 및 사업자미등록가산세를 적용하여 2012년 제1기∼2015년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 결정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2018.10.5., 2018.12.27. 및 2019.2.27. 심판청구를 제기하였으나, 기각 결정을 받았으며(OOO), 1심(OOO 판결) 및 2심 소송(OOO 판결)에서 기각 판결을 받고, 현재 대법원에서 소송이 계류중이다(OOO).
  • 라. 인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.5.31.부터 2023.9.25.까지 청구법인에 대한 2018사업연도 법인세 세무조사, 2023.5.31.부터 2023.10.3.까지 관련인인 OOO에 대한 법인세제 조사 및 OOO 공동사업자에 대한 2016∼2018년 귀속 부가가치세 통합조사를 실시한 결과, OOO의 생산은 2017년 6월 종료되었고, 최종적인 해외 매출은 2017년 10월까지 발생하였으며, 이에 대하여 공동사업자로 부가가치세를 무신고하였음을 확인하고 처분청에 과세자료를 통보하였다.
  • 마. 처분청은 청구법인과 OOO가 5가 백신을 해외시장에 판매한 것을 OOO 공동사업자가 판매한 것으로 보아 OOO 공동사업자에게 영세율 과세표준 신고불성실가산세 및 사업자미등록가산세를 적용하여 아래 <표1>과 같이 2016년 제2기∼2017년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 2023.7.21. 및 2023.11.10. 청구법인에게 각 결정·고지하였다. <표2> 처분청의 과세내역 ㅇㅇㅇ
  • 바. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.19. 및 2024.2.1. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 대법원은 공급되는 재화의 소유자가 부가가치세 납세의무자가 되어야 한다고 일관되게 판단하고 있으므로 재화의 소유자인 청구법인이 아닌 공동사업자에게 가산세 등을 부과한 처분은 위법·부당하다. (가) 부가가치세법상 재화의 공급은 ‘계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것’으로, 대법원 판결(대법원 2017.5.18. 선고 2012두22485 판결)에 따르면 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부는 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 하는데, 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용·소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로 재화의 공급자는 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 그 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미하고, 결국 공급되는 재화의 소유자가 해당 거래의 부가가치세 납세의무자가 되어야 한다. (나) 이러한 판례의 일관된 입장에 비추어 볼 때, 원재료의 소유권을 이전받고 최종 제품의 소유권을 이전해주는 자가 개별적 거래의 주체로서 부가가치세법상 납세의무자로 확정되어야 한다. 이 건에서 소유권을 받고 이전해준 자는 공동사업자가 아닌 청구법인이므로 청구법인이 부가가치세의 납세의무자이다. 원재료의 대가를 산정하기 위한 이익분할법을 사용하였다고 하여 부가가치세법상 납세의무자와 거래주체가 변경된다면, 이익분할법을 사용하는 많은 거래에서 부가가치세 납세의무자가 임의로 변경될 수 있어 납세자의 예측가능성과 법적안정성을 해치게 된다.

(2) 설령 수입주체와 수출주체를 청구법인이 아닌 공동사업자라고 하더라도, 청구법인에게는 가산세를 면제할 정당한 사유가 존재한다. (가) 세법상 가산세는 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 경우 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다. (나) 이 건에서 청구법인은 소유권을 이전받고 이전하였으며, 대금도 직접 지급하고 수취하였기에 본인이 납세의무자라고 생각해서 신고의무를 이행한 것이므로 가산세까지 부과하는 것은 형평에 반한다.특히 부가가치세가 이미 납부된 상황에서 가산세를 추가로 과세하고, 이익분할법을 사용하였다고 하여 부가가치세 납세의무자를 공동사업자로 변경해야 한다는 세법 규정이나 판례, 선례 등이 전혀 존재하지 않으므로 당사자들이 전혀 의도하지 않았던 공동사업체를 전제하여 사후적으로 거래관계를 재구성하는 경우 납세자의 의무해태를 탓할 수 없다고 할 것이므로 가산세 부과대상에서 제외하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO는 협업계약을 통해 OOO을 공동으로 개발한 공동사업자에 해당하므로 재화의 소유권을 거래한 자는 공동사업자이다. (가) 청구법인과 OOO는 협업계약에 따라 OOO에 대한 개발비용을 각 법인별 약정비율만큼 부담하고, 수익을 6:4의 비율로 분배하며, 연구실적 및 기술을 공동으로 소유하고, 공동의 운영위원회를 설치하여 연구개발과 관련된 운영계획, 예산, 가격정책 등을 결정하고 있었으므로 공동사업자에 해당한다. 청구법인과 OOO는 2001.4.30. 신제품 OOO을 개발하기 위해 협업계약을 체결하였고, 동 계약에는 신제품 개발에 관한 내용 뿐만 아니라 향후 제품생산 및 판매에 이르기까지 모든 사항을 기술하고 있으며, 출자비율에 따른 손익분배, 사업의 성과에 따른 이익이나 손실 분배약정, 공동사업에 사용된 협업기술을 합유형태로 소유하고, 양 당사자는 공동으로 사업운영에 직접 관여하며, 협업 당사자 모두를 사업의 대외적인 활동주체로 표현하는 등 협업형태를 이루고 있다. (나) 동일한 쟁점에 관한 조세심판원의 결정과 법원의 판례 모두 공동사업으로 인정하였다. 동일 쟁점의 과거 세무조사 및 종합감사와 관련한 조세심판원의 결정과 법원의 판결 모두 청구법인 측의 주장을 기각하였고, 현재 3심 진행 여부는 미확정 상태인 점을 볼 때, 이 건 역시 청구법인의 주장은 이유 없으므로 기각하는 것이 타당하다.

(2) 청구법인에 대한 가산세 부과처분은 적법하다. (가) 쟁점거래를 공동사업으로 판단한다면, 거래의 귀속이 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 하므로, 청구법인이 OOO(5가 백신)을 해외 시장에 판매한 거래에 대한 영세율 과세표준 신고는 청구법인이 아닌 공동사업자의 명의로 하였어야 하고, 청구법인과 OOO는 공동사업자에 해당하므로 부가가치세법상 공동사업자를 별도 등록하였어야 하나, 이를 누락하였으므로 사업자 미등록 가산세가 고지되는 것이 타당하다. (나) 세법상 가산세는 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과하는 행정상의 제재로서, 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때, 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다. (다) 청구법인은 각 당사자들이 의욕하지 않았던 공동사업자를 전제하여 거래를 재구성하는 경우 납세자의 의무 해태를 탓할 수 없으므로 가산세 부과대상에서 제외해야 한다고 주장하나, 청구법인은 OOO와 체결한 협업계약 내용 상 이익을 분배하고 비용을 공동 분담하며, 운영위원회를 구성하여 OOO 제조 및 판매에 관한 전반적인 사항을 협의하는 등으로 공동사업을 영위하여 왔는바, 이와 같은 공동사업의 운영 방식이나 내용 등에 비추어볼 때 청구법인이 공동사업자 사업자등록을 하고 부가가치세 납세의무를 이행해야한다는 점을 인지하지 않았다고 보기에는 무리가 있다. 따라서 청구법인이 공동사업자 등록을 하지 않고 부가가치세 납세의무를 미이행한 점은 청구법인이 주장하는 납세자의 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다고 할 것이고 동일 쟁점의 과거 세무조사 및 조세심판원의 결정과 법원의 판결이 모두 청구법인 측의 주장을 기각하였으므로 가산세 부과처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 청구법인이 공동사업을 영위한 것으로 보아 영세율신고불성실가산세 및 사업자미등록가산세를 부과한 처분의 당부

② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인에게 부가가치세를 부과한 세부내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인에 대한 부가가치세(가산세) 고지 내역 ㅇㅇㅇ

(2) 청구법인과 OOO 간에 체결된 계약서 등의 내용은 다음과 같다. (가) 2001.4.30. 체결한 협업계약(Collaboration Agreement)의 주요 내용은 다음과 같다. 당사자 A-1: OOO (소재지: 독일) 당사자 A-2: OOO (소재지: 이탈리아) 당사자 B-1: OOO (소재지: 네덜란드) 당사자 B-2: ㈜AOOO (소재지: 대한민국) OOO백신 독일 상호변경이력: OOO → OOO → OOO

2. OOO백신 이탈리아 상호변경이력: OOO → OOO → OOO

3. 청구법인 주주변경이력: ㈜A → OOO → OOO(OOO그룹→ OOO 그룹)

4. 상호변경이력: ㈜AOOO → ㈜B → ㈜C 전문 A. OOO 및 OOO는 각각 백신 연구, 개발 및 제조 분야에서 전문지식을 축적해왔으며, B. OOO 및 OOO는 한가지 이상의 소아용 5가 혼합백신의 공동개발 및 제조의향에 관한 의향서를 2000.12.1.자로 체결하였다. C. OOO 및 OOO 및 ㈜AOOO은 의향서에 의도된 프로젝트와 관련하여 이전되는 모든 재료와 관련된 각자의 권리 및 의무에 관한 재료이전계약서를 2000.12.11.자로 체결하였다. D. OOO 및 OOO 및 ㈜AOOO은 중복된 불필요한 비용을 절감하고 아이디어를 교환하며 제휴를 하지 않을 경우보다 훨씬 더 신속하게 결과물을 개발하기 위한 목적으로 본 계약서에 규정된 조건 및 조항에 의거하여 한가지 이상의 소아용 5가 혼합 백신의 연구, 개발 및 제조를 제휴하고자 한다. 제3조 관리 3.1 운영위원회: 당사자는 운영위원회를 설립해야 한다. 운영위원회는 4명의 위원으로 구성되며, 이중에서 2명은 OOO가 지명하고, 나머지 2명은 OOO 및 ㈜AOOO이 지명키로 한다. 3.2 기능: 기능운영위원회가 떄때로 수행하는 여타 기능외에도 운영위원회는 (a) 매년 11월 30일까지 차기 연도의 연간 계획 및 예산 수립을 지시하고, 승인해야 한다. (b) 제휴 및 개발 계획과 관련하여 연간계획 및 예산에 대하여 제휴 및 이행의 진척도와 결과를 모니터링하고 검토해야 한다. (d) 급여, 수당, 실험실 재료 및 비품, 비자본설비, 감가상각, 수리 및 유지보수, 연구개발활동과 관련된 기타 일반 직접 경비와 같은 모든 관련 비용을 포함하여 각 당사자의 FTE에 할당되는 금액을 매년 정해야 한다. (j) 전반적으로 본 제휴계약서의 조항 및 조건에 의거하여 제품의 연구, 개발 및 상용화를 관리해야 한다. (k) 벌크공급게약서 및 공급 및 제조계약서의 부속서 G의 조항에 준하여 내려야 할 모든 결정을 검토해야 한다. (l) 각 당사자가 적용하는 전반적인 가격 정책을 정기적으로 검토해야 한다. 제4조 연구 및 개발 4.1 연구 및 개발: 각 당사자는 제휴 및 개발 계획과 해당 연간 계획 및 예산에 보다 자세히 규정되어 있는 모든 제휴 개발 활동을 공동으로 수행해야 한다. 4.2. R&D비용: 범주는 다음과 같다. (a) 연구서비스 (b) 임상전 및 임상개발 (C) 한국에서의 제품의 초기 등록을 위한 초기 허가의 신고 및 허가와 관련된 금액과 비용 4.3. 제품 등록: 3.2항(기능)의 조건에 의거하여 각 당사자는 각자의 판매 및 시판 지역에서 모든 IND 및 BLA를 준비하여 신청하고 관리해야 한다. 각 당사자는 그러한 신청과 관련하여 협의하고 모든 합당한 지원을 상대 당사자에게 제공해야 한다. 달리 법률로 요구되는 경우를 제외하고, 각 당사자는 제휴를 대표하여 자신의 이름으로 각자의 판매 및 시판 지역에서 모든 시판 권한을 유지해야 한다. 4.4. R&D 공급품의 제조: 3.2항(기능)의 조건에 의거하여 연구개발에 필요한 모든 공급 제품의 제조는 제품 및 개발계획에 규정된 바와 같아야 한다. 제5조 상용화 5.1 시판 및 판매: 각 당사자는 다음과 같이 각자의 판매 및 시판 지역에서 당사자를 대신하여 제품을 시판하고 판매할 독점적인 권한을 가진다. (a) OOO 및 ㈜AOOO 지역은

• 전세포 제품에 대하여 OOO와 같은 전세계의 초국가기관이다. (b) OOO 지역은

• 전세포 제품에 대하여 OOO 및 ㈜AOOO 전세포 제품지역을 제외한 전세계 민간 시장 및 전세계 공공시장이다. 5.2 제조: OOO 및 ㈜AOOO은 다음과 같이 모든 당사자가 요구하는 제품을 제조하거나, 운영위원회의 승인을 조건으로 제품을 조달해야 한다. (a) OOO 및 ㈜AOOO 지역에 판매하기 위한 제품과 관련하여 벌크공급계약서에 의거 (b) OOO 지역에 판매하기 위한 제품과 관련하여 공급 및 제조계약서에 의거 5.3. 이전가격: 제품과 관련된 이전가격은 공급 및 제조계약서의 부속서 G와 벌크공급계약서에 의거하여 산출해야 한다. 제6조 지불 6.2 상용화 이전의 R&D 비용 분담 (a) OOO 및 ㈜AOOO과 OOO는 다음과 같이 본 제휴계약서에 의거한 활동과 관련하여 초래된 모든 R&D 비용을 분담해야 한다.

• 전세포제품에 관한 제휴에 대하여 OOO 및 ㈜AOOO은 2000.12.1. 이후에 초래된 R&D 비용의 40%를 부담하고, OOO는 60%를 부담해야 한다. 제7조 지적재산 7.2 제휴 기술의 소유권 (a) 소유권: 모든 제휴 기술은 OOO 및 ㈜AOOO과 OOO에게 공동 소유권이 있다. (b) 라이선스: 제14조(해지)에 달리 명시된 경우를 제외하고, 어떠한 당사자도 상대 당사자의 사전 서면 동의없이 제휴 기술에 관한 자신의 이권을 타인에게 인가할 수 없다. 7.6 상표: 각 당사자는 각자의 지역에서 제품에 대하여 복수의 상표를 사용할 권리가 있으며, 다만 본 제휴계약서의 3.3항에 준하여 지명된 시판 분과위원회가 그러한 상표의 사용을 승인해야 한다. 제9조 재료 9.4 제휴 재료: OOO 및 ㈜AOOO과 OOO는 모든 제휴 재료를 공동으로 소유하며, 어떠한 상대 당사자도 상대 당사자의 사전 서면동의 없이 제3자에게 여하한 제휴 재료를 제공할 수 없다. (나) 2001.4.30. 체결한 대량공급계약(Bulk supply Agreement)의 주요 내용은 다음과 같다. 전문 B. OOO, OOO 및 ㈜AOOO은 제휴계약서의 조건에 따라 OOO 및 ㈜AOOO이 판매할 제품의 제조에 사용되는 재료를 동사에 공급하는 공급계약서를 체결하기로 합의하였다(본 계약서는 그 구체적인 내용임) 제3조 제품 구매 및 공급 3.1 구매 및 공급 계약: 본 계약서의 조건에 따라 OOO 및 ㈜AOOO은 제품에 관한 계약서 요구조건을 충족하기 위해 필요한 OOO의 벌크재료를 OOO로부터 구입하며, 본 계약서 제4조에 따라 최소 계약 요구량을 제조하는데 최선의 노력을 기울인다. 제4조 판매예측 및 주문 4.2. 후속 예측 자료: OOO의 벌크재료에 대한 각각의 확정 주문은 동 재료에 대해 제품을 판매하는 첫 2년 동안은 해당 분기에 대한 가장 최근이 비구속 판매예상치의 75%에 미달하거나, 또는 125%를 초과해서는 안된다. 그 이후에는 가장 최근의 비구속 판매예상치의 90%에 미달하거나 110%를 초과해서는 안된다. 확정주문은 취소할 수 없다. 제5조 상업적 거래조건 5.2 구매가격: 본 계약서에 첨부된 부속서 G에 따라 계산한 이전 가격으로 한다. ※부속서 G

2. 초기 이전 가격 계산: OOO의 벌크 재료의 초기 기간 이전 가격은 유닛(unit) 당 계산하며, 초기 기간 예상 총마진(the Projected Gross Margin= the Projected Average Net Sales Price minus the Projected Cost of Goods Sold)에 60%를 곱하고, 그 금액에 초기 기간 판매상품의 예상 OOO 원가(Cost of Goods Sold)를 더하여 계산한다. 제11조 제품 리콜 11.1 관련 법률, 규정 또는 제품 규격에 위반함으로써 OOO 및 ㈜AOOO이 제품을 리콜해야 하는 경우, 동사는 리콜을 주선할 책임을 부담한다. OOO 및 ㈜AOOO은 제품 리콜 사유가 발생하는 경우, 이를 지체없이 OOO에게 통지해야 한다. OOO는 모든 리콜과 관련해 OOO 및 ㈜AOOO과 제휴해야 한다. OOO 및 ㈜AOOO은 해당 리콜 비용을 모두 책임져야 한다. 단 다음의 경우는 그렇지 않다. (a) 해당 리콜이 오로지 OOO의 계약서 위반에 기인한 경우, 이때는 OOO가 리콜비용을 부담한다. (b) 해당 리콜이 부작용으로 인한 경우로서 부작용의 원인이 OOO 및 ㈜AOOO 또는 제3자의 작위 또는 부작위에 전적으로 기인한 것이 아닌 경우, 이때에는 양 당사자가 리콜비용을 공동으로 부담한다. 양 당사자[OOO, OOO]들의 고위 경영진들은 2001.4.30.자로 체결된 협력 계약과 그 수정된 사항 그리고 이전에 발생하거나 아래 제2항에 정의된 바에 따라 정지기한 동안 OOO의 모든 공급지연 또는 물량 부족 및 OOO의 생산에 필요한 OOO의 벌크재료의 공급지연에 관한 계약들과 관련한 모든 크레임과 불화와 관련하여 남아 있는 분쟁을 우호적으로 해결하기 위한 선의의 시도를 위한 화해제안을 논의하였다.

○ OOO 측의 관심사

• 이윤과 투자를 60%대 40%에서 50%대 50% 또는 다른 합의된 비율 및 OOO과 OOO간에 추진하는 평등한 협력관계를 반영하고 OOO 제품의 미래를 강화할 수 있는 여타 조건으로 재조율

• 벌크공급계약에 따라 최소한 합의한 바에 따른 최소 잔여기간까지 OOO가 공급할 최소 수량

• 이익 배분 지급시기 및 이익 배분을 지급해야 하는 상황

○ OOO 측의 관심사

• 협력 계약서의 제14.6항에 명시된 위약금 조항의 삭제 또는 개정

• 각 당사자가 협력계약을 통해 기여한 가치를 반영하도록 영업 및 이익의 배당을 재조율

• 최소한 합의된 잔여기간까지 OOO이 매입해야 하는 최소 수량 (다) 2013.2.1. 체결한 화해합의서(Settlement Agreement)의 주요 내용은 다음과 같다.

(3) 이 건과 같은 쟁점에 대하여 청구법인은 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세에 대한 불복을 2018.10.5., 2018.12.27. 및 2019.2.27. 우리 원에 제기하였고, 우리 원은 2020.6.8. 기각 결정을 하였고, 이후 인천지방법원의 1심 판결과 서울고등법원의 2심 판결을 거쳐 현재 대법원에 계류중이며, 우리 원 및 법원에서는 청구법인과 OOO는 공동사업을 영위하였다고 봄이 타당하고, 이에 대하여 공동사업자미등록가산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 결정(판결)하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 부가가치세법상 납세의무자는 재화를 인도 또는 양도하는 자이어야 하므로 재화의 소유자인 청구법인이 이 건 부가가치세 납세의무자가 되는 것이 타당하다고 주장하나, 청구법인과 OOO는 단순한 협력관계를 넘어 OOO의 제조·판매를 위해 공동으로 사업을 영위하고자 운영위원회의 설립, 비용의 공동분담, 협력기술과 협력재료의 공동소유 등의 규정을 포함하여 협업계약을 체결한 것으로 나타나므로 OOO 공동사업을 영위한 것으로 보이고, 이에 따라 부가가치세법상 납세의무자는 청구법인과 OOO의 공동사업자로 보아야 하는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(OOO 등, 같은 뜻임). (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하며(대법원 1999.9.17. 선고 98두16705 판결 등 참조), 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는 것이지만, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2021.1.28. 선고 2020두44725 판결 등 참조). 청구법인은 당사자들이 공동사업체를 전혀 의도하지 않았으므로 이에 대하여 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 사정이 있었던 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 청구법인은 OOO와의 협업계약에 따라 이익을 분배하고 운영위원회를 구성하는 등으로 공동사업을 영위하여 왔는바, 그와 같은 공동사업의 운영방식이나 내용 등에 비추어 청구법인이 공동사업체에 관한 사업자등록을 하고 조세를 신고ㆍ납부할 것을 기대할 수 없다고 단정하기는 어려운 점, 협업계약에 따른 청구법인과 OOO 사이의 구체적 내용은 청구법인이 가장 잘 알고 있다고 보아야 할 것이므로 청구법인이 공동사업자 등록을 하지 않고, 세금계산서 발급을 공동사업자 명의로 하지 않은 것에 대하여 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제60조(가산세) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 제8조 제1항 본문에 따른 기한까지 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업 개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액의 합계액에 1퍼센트

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)의 2퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

(2) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것) 제8조(사업장) ① 법 제6조 제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다.

2. 제조업: 최종제품을 완성하는 장소. 다만, 따로 제품 포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와 개별소비세법 제10조의 5에 따른 저유소(貯油所)는 제외한다. 제14조(사업자등록 사항의 변경) ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 세무서장(관할 세무서장 또는 그 밖의 세무서장 중 어느 한 세무서장을 말한다)에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)하여야 한다.

6. 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우 제69조(위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급) ⑭ 전기사업법에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 도시가스사업법에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다. 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 ※ 부가가치세법 기본통칙 8-14-1(공동사업자의 사업자등록 및 정정)

1. 2인 이상의 사업자가 공동사업을 하는 경우 사업자등록신청은 공동사업자 중 1인을 대표자로 하여 대표자명의로 신청하여야 하며, 공동사업자 중 일부의 변경 및 탈퇴, 새로운 공동사업자 추가의 경우에는 사업자등록을 정정하여야 한다.

(3) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

2. 부가가치세법에 따른 사업자가 같은 법 제48조 제1항ㆍ제4항, 제49조 제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고하거나 신고하지 아니한 경우: 제1항 각 호의 구분에 따른 금액에 그 과소신고되거나 무신고된 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 더한 금액 제49조(가산세 한도) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 가산세에 대해서는 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(중소기업기본법 제2조 제1항에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다.

3. 부가가치세법 제60조 제1항(같은 법 제68조 제2항에서 준용되는 경우를 포함한다), 같은 조 제2항 제1호ㆍ제3호부터 제5호까지 및 같은 조 제5항부터 제8항까지의 규정에 따른 가산세 ※ 국세기본법 기본통칙 14-0…2(1인명의로 사업자등록을 하고 수인이 동업하는 경우) 1인명의로 사업자등록을 하고 2인 이상이 동업하여 그 수익을 분배하는 경우에는 외관상의 사업명의인이 누구이냐에 불구하고 실질과세의 원칙에 따라 국세를 부과한다. 25-0…2(공동사업) “공동사업”이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말한다.

(5) 민법 제703조(조합의 의의) ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

(6) 국제조세조정에 관한 법률 제5조(정상가격의 산출방법) ① 정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다. 다만, 제6호의 방법은 제1호부터 제5호까지의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에만 적용한다.

1. 비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 그 거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법(2011. 12. 31. 개정)

2. 재판매가격방법: 거주자와 국외특수관계인이 자산을 거래한 후 거래의 어느 한 쪽인 그 자산의 구매자가 특수관계가 없는 자에게 다시 그 자산을 판매하는 경우 그 판매가격에서 그 구매자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 뺀 가격을 정상가격으로 보는 방법

3. 원가가산방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조ㆍ판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법

4. 이익분할방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거래 쌍방이 함께 실현한 거래순이익을 합리적인 배부기준에 의하여 측정된 거래당사자들 간의 상대적 공헌도에 따라 배부하고 이와 같이 배부된 이익을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

5. 거래순이익률방법: 거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에 있어 거주자와 특수관계가 없는 자 간의 거래 중 해당 거래와 비슷한 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출한 거래가격을 정상가격으로 보는 방법

6. 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법

원본 출처 (국세법령정보시스템)