조세심판원 심판청구

이 건 심판청구가 적법한지 여부

사건번호 조심 2023중10116 선고일 2024-02-13 조세심판원

[요지] 청구법인은 소득금액변동통지를 받은 날부터 90일이 경과하여 경정청구를 제기하였고, 경정청구기간이 도과된 후 청구법인이 제기한 경정청구에 대한 처분의 회신은 단순한 민원회신의 성격을 가지므로 이를 심판청구의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단됨

[참조결정] 조심2023중1011

[주 문] 심판청구를 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구법인은 식품원료를 생산하여 A(주) 등에 공급하는 법인으로, 2018∼2019사업연도에 청구법인의 대표이사인 B 및 주주 C, D(이하 “대표이사 등”이라 한다)로부터 특허권 등을 합계 OOO원(이하 “쟁점대가”라고 한다)에 양수하였다.
  • 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.9.9.부터 2020.11.8.까지 청구법인의 2010∼2019사업연도에 대한 통합조사를 실시한 결과, 실제 근무하지 않은 인원에게 지급한 가공급여 및 대표이사 등에게 특허권 등의 양수대가로 지급한 쟁점대가를 손금불산입하고 상여로 소득 처분하여 2021.1.12. 청구법인에게 소득금액변동 통지하였다.
  • 다. 청구법인은 소득금액변동통지에 따라 대표이사 등에게 상여 처분된 금액에 대해 2021.2.9. 원천징수이행상황신고서(근로소득분)를 제출하고 OOO원을 납부하였고, 이후 청구법인은 2023.7.10. 가공급여는 10년의 부과제척기간 적용대상이 아니고, 특허권 등의 양수대가를 손금불산입 한 처분은 조세법률주의를 위배한 처분이라고 주장하며, 기신고․납부한 근로소득 원천세 중 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인이 제기한 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 청구기간을 도과한 부적법한 청구로 보아 2023.8.21. 각하(통지)하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 [쟁점①] (1) 청구법인이 제기한 경정청구는 소득금액 변동통지에 의한 자진 납부한 세액에 대해 5년 이내에 청구하였으므로 청구 적격에 아무런 하자가 없음에도 처분청은 이를 오인하여 각하하였다. [쟁점②] (2) 국세기본법 제14조는 이 건 처분의 근거 법령이 될 수 없다. (가) 조사청은 청구법인이 특허권 등을 부당하게 취득하고, 부당한 대가를 지급한 것으로 보았지만, 처분의 근거 법령을 법인세법이 아닌 국세기본법 제14조를 제시하였다. 실질과세란 ‘경제적 실질’에 따라 담세력을 기준으로 조세를 부과하는 납세 원리이지만 헌법이 선언하고 있는 조세법률주의 원칙에 따라 현행 조세법은 실질과세라 하더라도 ‘법적 실질주의’를 따르고 있다.

1. 국세기본법 제14조 제1항은 과세물건의 실질 귀속자를 납세의무자로 한다는 귀속의 실질을 규정한 조항이므로 원천적으로 이 건 처분의 근거 조항이 될 수가 없다. 만약, 조사청이 같은 법 제14조 제2항을 처분의 근거로 삼았다면 해당 조항이 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있으므로 국세기본법 제14조 제2항 자체가 아닌 특정 세법이 처분의 근거 법령이 되어야한다.

2. 만약, 처분과 관련된 특허권 등 자산의 양수도 거래가 청구법인과 특수관계자 간에 이루어진 거래이므로 만약 이 거래를 국세기본법 제14조 제3항에 따라 부인하였다면, 이는 일반 세법이 아닌 ‘부당행위계산부인 규정을 적용하는 것’을 말하는 것이므로 법인세법 제52조가 근거 법령이 되는 것이므로 국세기본법은 어떠한 경우이든 처분의 근거 법령이 될 수 없다. (나) 부당행위계산부인 규정은 특수관계자 간 거래에서 발생하는 조세회피행위에 대하여 실질과세를 적용하는 규정이다. 청구법인이 특수관계인 대표이사 등으로부터 법인 자산을 취득하고 대가를 지급하였으므로 실질과세를 적용한다면 법인세법 제52조를 적용하여야 하며, 이 법령에 따라 특허권 등의 자산이 법인의 업무와 관련된 자산인지 혹은 업무와 무관한 자산인지, 지급한 대가는 정당한 것인지 혹은 과다한 것인지 등을 조사하고 판단하여 결정하였어야한다. 하지만 조사청은 법인세법 제52조가 규정하는 과세요건을 적용하거나 이에 따라 관련된 사실을 조사하거나 과세 사유를 제시함이 없이 ‘특허권 등은 양수도 거래 자체가 성립될 수 없는 것’이라는 초법적 판단만으로 거래를 부인함으로써 조세법률주의를 위배하였다. 조사청의 이러한 결정은 실질과세가 경제적 실질주의가 아닌 법적 실질주의를 따르고 있다는 사실에 무지하기 때문이며, 실질과세를 적용한다고만 하면 세법이 과세요건을 규정하지 않은 사안에 대해서도 아무렇게나 과세할 수 있다고 보는 실질과세 조세 원리에 대한 몰이해 때문으로 보인다.

(3) 조사청은 청구법인이 ‘특허권 등’을 취득한 사실에 대하여 ‘양수도 거래 자체가 성립될 수 없는 것’이라는 이유를 들어 부인하였으나, 청구법인이 취득한 ‘특허권 등’은 청구법인의 기업 경쟁력 유지ㆍ강화를 위한 필수 불가결한 자산이다. (가) 조사청이 청구법인과 특수관계자 간 이루어진 특허권 등의 거래를 부인하는 데는 특허권 등은 법인이 스스로 발명하고 취득할 수 있는 자산이라는 오해에서 비롯되고 있다. 조사청은 법인이 할 수 있는 발명을 개인에게 위탁하였다는 이해에 근거하여 이를 부인한 것이며, 조사청은 ‘발명’은 자연인(사람)만 할 수 있는 ‘자연인 고유의 지적 능력’이라는 사실에 무지한 태도를 보인다. ‘특허권 등’의 산업재산권은 ‘발명(고안)’의 과정과 발명의 ‘상업화 또는 시제품 생산을 위한 시험과 검증’ 그리고 ‘등록(출원)’의 과정으로 나뉘어 형성되는 권리이다. 즉, 기업이 특허권 등 산업재산권을 취득하기 위해서는 반드시 ‘자연인’ 누군가로부터의 ‘발명(고안)’에 의존해야 하며, 기업 연구소가 상업화와 시제품 생산을 위한 실험과 시험을 분담하였다고 해도 법인은 사람이 아니므로 발명자가 될 수 없다. (나) 또한 특허권 등에 대한 조사청의 이해에는 발명의 권리는 법인에 무상으로 넘겨야 한다는 그릇된 인식이 깔려 있다. ‘발명’은 그 자체가 교환가치 또는 평가 가치를 가지고 있는 개인 고유의 경제 자산임에도 이를 무턱대고 부정하였다. 그리고 만약 OOO원의 교환가치 또는 평가가치가 있는 발명자의 권리를 대가 없이 회사에 이전한다면, 법인세법 제15조 제3항 및 같은 법 시행령 제11조 제5호에 따라 법인은 무상으로 받은 OOO원을 익금 산입하고 법인세를 부담하여야한다. 조사청의 이런 태도는 ‘발명’을 ‘불가침의 고유 권리’로 규정하는 특허법, 발명진흥법 등 관련 법령에 비추어 볼 때 어처구니없는 논리이지만 이러한 왜곡된 이해에 따라 조사청은 청구법인이 취득한 특허권 등을 부인하였다. (다) 청구법인은 A(주) 등의 대기업에 ‘가쓰오 부시 엑기스’ 등 식품 원료를 공급하는 소량 맞춤형 주문 생산 전문기업으로써 특허권과 같은 지적 자산의 보유는 기업의 명운이 걸린 중요한 현안이고, 중소기업에 있어 경영자는 가장 오랜 근속자이자 가장 탁월한 기술자인바, 대표이사 B은 지금도 가쓰오 부시 연구 활동을 계속하고 있는 법인의 가장 유능한 개발자이자 발명자이다. (라) ‘특허권 등’ 산업재산권은 기업의 신뢰도 제고와 기업의 경쟁력을 차별화하는 중요 수단이 될 뿐만 아니라 소위 ‘특허 사냥꾼’으로 불리는 잠재 위험으로부터 기업을 보호하고, 기술의 독자성을 고수하는 필수 수단이다. 청구법인은 또 가업승계라는 장기적 계획 하에 지금의 예속적인 하청구조에서 벗어나 독자적인 시장 구축을 위한 계획에 따라 실용신안권, 디자인권을 주주이자 대표이사 B의 자녀인 C, D로부터 취득하였으며, 이를 기반으로 미래의 경영을 구상하였다가 조사청의 잘못된 결정으로 인하여 장기적 계획에 큰 차질을 빚고 있다.

(4) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변은 다음과 같다. (가) 조사청은 청구인의 경정청구는 국세기본법 제45조의2가 규정하는 90일이 경과하였으므로 2023.7.10. 제기한 경정청구는 법률상 원인이 없음을 주장하고 있지만, 국세기본법이 규정하는 ‘처분이 있음을 안 날’ 또는 ‘처분의 통지를 받은 때’란 소득금액변동통지서의 송달이 아니라 고지서가 송달되는 것을 말한다. 법인세법 제70조는 ‘세액을 결정 또는 경정한 경우 이를 내국법인에 알리도록’ 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제109조는 ‘통지’를 ‘납부고지서에 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부’하는 것이라고 규정하고 있다. 따라서 납부고지서에 의하지 아니한 결정 및 경정의 통지는 90일의 청구 기간을 적용받지 아니한다.

1. 조사청이 주장하는 청구인에 대한 소득금액변동통지서는 결정을 알리는 문서가 아니라 결정과 관련한 ‘신고 안내문’이다. 조사청이 세무조사를 통해 결정된 내용을 세무조사 결과통지라는 형식을 갖추어 소득금액변동통지서를 청구인에게 전달하였다고 해서 그 통지가 세법이 규정하는 ‘처분이 있음을 안날’ 또는 ‘처분의 통지를 받은 때’라고 주장하지만 이는 소득금액변동통지서의 의미를 오해하였기 때문이다. 소득세법이 세무서장 또는 지방국세청장이 법인 소득금액을 ‘배당ㆍ상여 및 기타소득’으로 결정 또는 경정하는 경우 법인에 대하여 소득금액변동통지를 하도록 규정하는 것은 법인세법에 따른 처분에 의한 소득은 비록 그 귀속일이 과년이라 할지라도 처분일(결정 또는 경정일)이 속하는 과세연도에 납세의무가 성립하기 때문이다. 그리고 처분과 관련된 법인세 또는 소득세는 국세기본법이 ‘신고 결정 세목’으로 규정하고 있어 반드시 납세자에게 신고 기회를 부여하여야한다. 소득금액변동통지는 이러한 이유로 시행하는 것이며, 신고 결정 세목을 신고 절차 없이 정부가 직접 결정을 하게 되면 국세기본법에 반하기 때문에 ‘통지’를 하는 것이며 그렇기 때문에 세법은 소득금액변동통지를 결정과 경정의 통지 절차인 고지와 구분하여 규정하는 것이다.

2. 만약 청구인이 소득금액변동통지 내용을 반영하여 법인 원천세를 신고하지 아니하거나 납부 하지 않았다면 처분청은 고지서를 발부하였을 것이며, 이와 관련된 경정청구는 고지서에 의하여 ‘안날’ 또는 ‘통지’(고지서)를 받은 날이 확정되었을 것이므로 그로부터 90일 이내에 경정청구를 제기하여야 하는 것이 마땅하다고 생각하나, 청구인은 조사청의 소득금액변동통지에 따라 새롭게 부여된 법정 신고기일(통지서를 받은 달의 다음 달 10일) 내에 법인세(원천세)를 자진신고하고 납부 하였으므로 고지에 의한 절차와는 다른 절차로 납세가 이루어진 것이 분명하다. 조사청이 인용한 대법원 판례는 납세자의 항고소송의 정당성을 인정하는 판례인데 조사청은 그 중 일부를 아전인수격으로 인용하여 본 청구의 부당성을 주장하는 근거로 삼고 있으나, 판례는 법문이 아닌데도 그 일부를 법문처럼 인용하여 세법을 적용하는 것은 아무런 정당성이 없으며, 성문법주의를 채택하는 경우 성문법(세법)과 판례가 서로 어긋난다면 마땅히 세법을 따라야 하는 것이지 버젓이 세법의 명문 규정이 있는데도 이를 무시하고 판례를 앞세운다면 세법은 무용지물이 되는 것이며, 이러한 처분은 법 적용의 기본 원칙과 조세법률주의를 부정하는 처사이다. (나) 조사청은 특허권과 상표권, 디자인권의 등록과 취득 경위에 대한 문답 자료를 요약하여 제출하고 있으나, 그 내용은 법인에 양도한 대표이사 등이 실제 권리의 창설자가 아닐 수 있다는 의구심을 담은 질문을 반복하고 있을 뿐, 실제 권리의 창설자가 누구인지 제3의 인물이 있다면 그 사실을 확정하는 증거를 제시하거나 제3의 인물로부터 사실 내용을 확인하여 이를 제시한 사실은 없다.

1. 특히 상표권과 관련하여 개발부 공용 폴더 속에 상표권 관련 자료가 있다는 사실을 문제로 제기하고 있으나, 왜 상표권 관련 폴더를 개발부 직원에게 공유하면 안 되는지 그러한 폴더의 공유가 상표권 개발자를 부인할 수 있는 어떤 근거가 되는지, 아무런 설명도 관련된 법령상의 근거를 제시하지도 않았다. 또 상표권은 권리자가 권리등록 이전에 사용하던 상표와 유사하다고 해서 무슨 문제가 되는 것인지 이전의 상표 역시 권리자의 도안에 의하여 사용되었다는 답변이 있고 이를 반박할 아무런 사실적 법률적 근거가 없음에도 불구하고 무슨 근거로 상표권의 등록을 부인한다는 것인지 합리적이고 타당한 이유를 도무지 짐작할 수가 없다. 국세기본법은 국세 부과의 원칙 중 근거과세 원칙을 두고 있고 ‘조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야한다’라고 명확하게 규정하고 있는바, 단순히 의구심을 담은 질문을 던졌다고 해서 그 질문 행위가 곧 증거가 될 수는 없는 것이며, 질문을 하였다고 하더라도 명백한 증거를 수집하지 못하였다면 조세 부과의 요건 중 사실 요건이 확정되었다고 볼 수 없다.

2. 발명자(고안자, 창작자) 등은 자연법칙을 이용한 기술 창작행위자로서 이전에 없던 물질과 기술과 방법 등에 대한 창작 권리를 등록하고 법으로 보호받는 자를 의미한다. 특허법은 무권리자의 발명에 대해서는 특허 등록을 할 수 있는 권리를 인정하지 아니하며, 발명자 등의 권리는 그 누구도 임의로 승계 받거나 부정할 수 없는 불가침의 권리이다. 다만, 발명자 등은 2인 이상이 될 수 있고, 권리 등록 이후 특정인이 발명자로서의 자신의 권리를 인정받지 못했다면 소송을 통해 발명자임을 인정받아 발명자를 변경하거나 공동발명자로 보아 권리를 인정할 수 있을 뿐 이외에는 발명자를 부인하거나 변경할 수 있는 다른 경우는 존재하지 아니한다. 세법이나 국세청 훈령 역시 특허 등 산업재산권의 발명자 등을 부인할 수 있는 아무런 규정을 두고 있지 아니하므로 발명자 등 판단은 전적으로 특허법이나 직무발명보상법 등 관련 타 법률을 따를 수밖에 없다. (다) 조사청의 답변을 보면, 국세기본법 제14조에 의거 특허권 등 대가는 법인의 손금에 산입할 수 없다고 주장하나, 이러한 답변은국세기본법세법을 구분하지 못하고, 국세기본법세법으로 오인하고 있다. 법인세를 부과하면서 국세기본법에 근거하여 처분한다는 것은 조세법 법령 체계를 전면 부정하는 처사이다.

1. 국세기본법은 ‘국세에 관한 기본적이고 공통적인 사항과 납세자의 권리ㆍ의무 및 권리구제에 관한 사항을 규정’하는 ‘총칙법’이다. 총칙법은 세법에 대하여 일반법이며, 세법국세기본법에 대한 특별법에 해당한다. ‘1세목 1세법 주의’ 원칙과 ‘특별법 우선의 원칙’에 따라 법인세 납세는 법인세법에 따라 이루어진다. 만약, ‘제14조’에 근거하여 법인세를 부과할 수 있다면 법인세법은 존재 의미를 완전히 상실하게 되며, ‘제14조’는 아무런 과세요건도 규정하고 있지 아니하므로 ‘모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의무를 진다’(헌법 제38조)라고 선언하는 조세법률주의 역시 완전한 허구가 된다.

2. 조사청이 이처럼 어처구니없는 답변을 하는 것은 특허권 등의 양도가 특수관계자 간에 이루어진 조세회피행위로 보고 이에 대한 과세요건을 찾았음에도 법인세법에서 과세 근거 규정을 찾지 못했기 때문이며, 실질과세를 적용하면 조세회피행위에 대한 과세가 가능한 것으로 판단하고 국세기본법제14조를 근거 법령으로 제시한 것 같으나, ‘제14조’ 각 항의 조문이 스스로 실질과세를 적용하더라도 세법을 적용하도록 명백히 규정하고 있다. 국세기본법 제14조는 ‘사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.’(제1항) ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 (중략) 그 실질 내용에 따라 적용한다.’(제2항) ‘연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다’(제3항) 라고 명시함으로써 실질과세를 적용하더라도 세법을 적용한다고 규정할 뿐 국세기본법을 적용한다고 규정하고 있지 않다.

3. 또한 조사청은 법인세법 제19조(손금의 범위)와 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 그리고 제43조(상여금 등의 손금불산입)를 열거하며 과세 경위를 설명하고 있는데, 조사청은 사실상 특허권 양도에 따른 대가를 기타소득이 아닌 상여로 ‘의제’하여 결정한 것이며, 청구법인이 대표이사 등으로부터 취득한 특허권 등 무형자산을 실체가 없는 자산으로 ‘의제’한 것이며, 독립된 감정인의 평가가액에 근거하여 거래한 가액을 무가치한 자산으로 ‘의제’하여 결정한 것이므로 답변서가 나열하고 있는 주장들은 장황하기만 할 뿐 실지 과세 내용과는 아무런 상관이 없는 주장이다.

4. 조사청은 국세기본법 제14조 제2항에 대법원 판례(2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결)를 대입시켜 ‘조세의 부담을 회피할 목적으로 하는 과세요건 사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에도 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세 정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다’고 장황한 주장을 펴고 있다. 하지만 제14조 제2항은 ‘과세표준 계산의 실질’을 규정하는 원칙이며, 과세표준에 직접 대응하는 요소는 필요경비이다. 과세표준은 일반적으로 총수입금액에서 필요경비를 공제함으로서 산출되는 금액이며, 필요경비를 공제하는 방식이 소득별, 세목별로 다르고, 원천적으로 필요경비를 인정하지 아니하는 소득도 있으므로 특정 과세물건을 어떤 유형의 ‘과세물건’(소득, 수익, 재산, 행위)으로 보느냐에 따라 과세표준은 많은 편차를 드러낸다. 이러한 이유로 제2항이 실질과세로서 의의를 갖는 것이지 대법원 판례 내용과는 아무 관련이 없다. 그리고 대법원 판례는 제14조 제1항의 원칙을 적용하여 간주 취득세를 부과한 처분과 관련된 판례이다.

5. 조사청이 쟁점 거래에 대하여 실질과세를 적용하여 과세하려 했다면 우선 국세기본법 제14조 제3항을 검토했어야한다. 조사청은 특수관계자 간에 이루어진 거래에 대하여 ‘의제’하여 과세하였기 때문이다. 그런데 조사청은 제3항을 근거로 제시하지 아니하였으며, 그렇게 한데는 이유가 있다. 제3항이 ‘의제’와 무관한 실질과세 규정처럼 보였을 것이기 때문이다. 하지만 제3항이 바로 ‘의제’에 따라 실질과세를 적용하도록 규정하는 조항이고, 세법은 실질과세라 하더라도 조세법률주의 원칙에 따라 경제적 실질주의가 아니라 법적 실질주의를 따르고 있으며, 그렇기 때문에 비록 조세회피행위라 하더라도 법으로서 규정하고 있지 아니하는 경우에는 과세하지 아니한다는 사실을 규정하는 조항이다.

6. 총칙법인 국세기본법세법에 대해 일반법에 해당하며, 세법은 세목별 과세요건을 규정하는 법률로서 특별법에 해당한다. 특별법은 그 입법목적이 ‘특허권 양도는 부당행위계상부인을 적용하지 아니한다’라는 사실 등과 같은 특수한 사항을 규율하는데 있고, 특수관계자 간 거래를 통한 조세회피라 하더라도 법인세법이 과세하지 않는다고 명시한 소득을 총칙법인 국세기본법을 끌어들여 과세한다면 특별법 우선의 원칙을 위배한 위법한 처분이다. 특별법 우선의 원칙에 따라 세법국세기본법에 우선하여 적용됨으로써 국세기본법 제14조 제3항이 규정하는 ‘이 법 또는 세법을 적용한다’라는 조문은 대립하거나 상충하지 않고 유효하게 성립할 수 있게 된다.

7. 국세기본법을 근거 법령으로 삼았다는 것은 세법이 아닌 명분을 내세워 과세했다는 것이고 조세법률주의가 아닌 공무원의 자유심증주의로 과세한 것이다. 그리고 아무리 판례가 어떻다고 해도 성문법주의를 채택하는 경우 판례는 그 자체로는 법적 구속력을 갖지 않는다는 것이 상식이다. 그러므로 법 규정과 판례가 서로 어긋난다면 마땅히 성문법을 좇아야 하는 것이지 판례가 성문법을 우선할 수는 없다. 성문법인 세법은 실질과세를 적용하더라도 특허권 등의 양수거래를 지금과 같이 과세할 수 없도록 규정하고 있으므로 세법에 반하는 판례는 과세 처분에서 참조할 아무런 이유가 없다. 이처럼 조사청은 부과 처분에 있어 법률 체계에 대한 일반 이해나 성문법주의의 기본 원리에 대한 심각한 무지의 행태를 드러내고 있다. 세무공무원은 모름지기 세법으로 말하고 행동해야 함에도 이 건과 관련 없는 판례나 사례들로 과세하는 반세법 반성문법주의는 마땅히 지양되어야 할 뿐 아니라 국민의 재산권을 침해하는 중대한 위법행위이므로 엄중히 제재되어야한다.

  • 나. 처분청 의견 [쟁점①] (1) 소득금액 변동통지는 ‘과세표준 및 세액을 증가시키는 결정 또는 경정’에 해당되므로 90일 이내에 경정청구 하여야한다. (가) 국세기본법 제45조의2 제1항 단서 규정에 따르면, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 대법원은 아래와 같이 소득금액변동통지의 처분성을 인정하였다.

과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고, 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 할 의무를 부담하며, 만일 이를 이행하지 아니하는 경우에는 가산세의 제재를 받게 됨은 물론이고 형사처벌까지 받도록 규정되어 있는 점에 비추어 보면, 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서, 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 봄이 상당하다. <표1> 대법원 2006.4.20. 선고 2002두1878 판결 위 판결에서 확인할 수 있듯이 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정된다. 이처럼 소득금액변동통지를 받음과 동시에 세액이 자동으로 결정되는 이상 소득금액변동통지는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 규정하는 ‘과세표준 및 세액을 증가시키는 결정 또는 경정’에 해당한다. 따라서 과세관청의 소득금액변동통지가 있는 경우 위에서 규정한 ‘과세표준 및 세액을 증가시키는 결정 또는 경정’에 해당하여 단축된 경정청구기간(90일)이 적용된다. (나) 경정청구기간이 도과한 후 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없는바(대법원 2015.3.12. 선고 2014두44830 판결 등 참조), 앞서 살펴본 바와 같이 처분청은 2021.1.12. 청구법인에 법인세를 경정 고지함과 동시에 소득금액변동통지를 하였고, 청구법인은 소득금액변동통지 통지서를 받아 2021.2.9. 대표이사 등의 근로소득에 합산하여 근로소득 원천징수세액을 신고ㆍ납부하였다. 청구법인은 늦어도 2021년 1월에는 소득금액변동통지 처분이 있음을 알았다고 볼 수 있는바, 그로부터 90일이 지난 2023.7.10. 경정청구를 하였으므로 청구법인의 경정청구는 그 청구기간을 도과하여 이루어진 것으로서 부적법하고, 처분청이 이를 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. [쟁점②] (2) 청구법인이 대표이사 등 사주일가로부터 양수한 특허권 등은 등록 이전부터 청구법인이 개발하였거나 사용하였던 것으로서 당초부터 청구법인에 귀속된 것이다. (가) 청구법인의 연구소는 HACCP팀장 및 생산개발팀, 품질개발팀, 연구개발팀으로 구성되어있으며, B은 청구법인의 대표이사이기도 하면서 실질적으로 연구소장을 겸임하고 있는데, B은 청구법인의 특허를 개발하는 ‘업무’를 한 것이지, 청구법인과 독립적으로 특허를 개발할 목적으로 개인적인 연구를 한 것이 아니다.

1. 청구법인이 양수한 특허권은 개발부에서 작성한 제품 표준공정도에서 확인할 수 있듯이 여러 공정을 거치는 것으로, 다양한 실험 및 검사가 필요하고 그에 따른 설비와 비용이 소요되므로 특허 출원을 위해서는 청구법인의 인적 물적 시설 이용이 필수적이다. B 대표이사도 청구법인의 사업과 관련하여 거래처로부터 요청이 들어와서 본인의 경영 노하우를 토대로 청구법인의 개발부서에 레시피를 제공하여 샘플을 만들어보면서 제품을 개발하였다고 답변한 것을 보면, 쟁점 특허권의 개발은 청구법인의 대표이사이자 연구소장으로서 본연의 업무를 하였던 것이다.

2. 이와 같이 쟁점 특허권은 청구법인 연구소에서 개발하였고, 2015년부터 이에 대한 매출이 발생한 사실이 확인되는 점 등으로 보아 당초부터 청구법인의 무형자산인 것으로 확인된다. 그러나 B은 법인자금을 특허권 양도를 통해 유출할 목적으로 2018년 7월에 쟁점 특허권을 본인 명의로 등록한 후 2018년 9월 이를 양도하는 형식을 취한 것이다. (나) 상표권을 등록 및 양도한 C은 청구법인에 2010년 입사하였으며, 조사 당시 청구법인의 경영기획팀 과장이었다. C은 입사하기 전인 2009년에는 대학 재학 중이었는데 그 당시 상표권을 제작하여 회사에서 적용하였다고 주장하나, 청구법인에서 작성한 ‘E㈜ 홈페이지 개선안’ 내용에 따르면 상표권은 청구법인의 로고로서 이미 2005년부터 사용되던 것으로 확인되며, 청구법인의 개발부(연구소) 공용폴더를 보면 청구법인의 연구소에서 상표 및 디자인 등의 업무를 하고 있는 것으로 확인된다. (다) 디자인권을 등록 및 양도한 D는 청구법인에 2010년 입사하였으며, 조사 당시 청구법인의 영업부 과장이었다. D는 입사하기 전에는 대학(영문학과) 재학 중이었는데 그 당시 교반날개 디자인을 개발하였다고 주장하나, D와 작성한 문답서 및 대표이사 B과 작성한 문답서를 비교해 보면 D는 실제로는 교반날개 제작에 대해 상세히 알지 못하는 것으로 판단되고, 식품 제조회사에서 사용하는 기계에 대한 부품 개발은 통상적으로 해당 업무를 실제로 하면서 실무를 쌓아온 경력이 있는 제조 또는 연구 부서의 직원이 하여야 하는 것으로서, 영문학과에 재학 중인 학생의 아이디어를 채용하여 문제가 발생한 설비 부품을 개선하였다는 것은 납득하기 어렵다. 또한 2019년 11월에 디자인권을 D 명의로 등록한 후 2019년 12월에 즉시 이를 양도하는 형식을 취한 것은 통상적인 디자인권에 대한 대가라고 보이기 보다는 법인자금을 유출하기 위한 수단으로 디자인권을 등록하였던 것으로 보인다. (라) 법인의 유보된 자금을 사주일가에게 지급하기 위한 목적으로 특허권 등을 양수하는 방식은 전문 컨설팅 업체와의 상담, 연구노트 대리 작성 업체 등을 통해 체계적으로 이루어진 것으로 확인되고, 특허권 등을 양수하기 위한 증빙을 갖추기 위해 연구노트를 대리로 작성하는 업체를 통해 연구노트를 작성하고 대가를 지급하였던 것으로 확인된다.

(3) 위와 같이 사실상 법인에 유보된 이익을 분여하기 위해 당초부터 청구법인에 귀속된 특허권 등을 대표자 등의 명의로 등록 후 청구법인에 양도하는 형식을 취한 것으로 판단되므로, 청구법인이 대표이사 등에게 지급한 쟁점대가는 국세기본법 제14조 등에 따라 법인의 손금에 산입될 수 없는 것이다. (가) 국세기본법 제14조 제2항은 ‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다’고 규정함으로써 실질과세의 원칙을 선언하고 있다. 이는 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조). (나) 법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권, 디자인권 기타 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이나, 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 법인세법 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 제1호, 법인세법 시행령 제43조(상여금 등의 손금불산입)의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 대가를 지급하였더라도, 해당 대가가 지적재산권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조 제1항에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야한다(부산고등법원 2022누23043 선고 2023.10.6. 판결 참조). (다) 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지적재산권 가치의 일부가 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있는바(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결 등 참조), 대표이사 등은 청구법인의 업무와 무관하게 개인적인 독립된 지위에서 특허권, 상표권, 디자인권을 개발한 것처럼 보이기 위해, 조사청과 문답서 작성시 B은 청구법인 설립 이전에 특허권을 개발하였다고 주장하였고, C과 D는 청구법인 입사 전인 대학교 재학시절 청구법인에 적용할 목적으로 상표권과 디자인권을 제작한 것이라고 주장하나, 청구법인 설립 이전에 해당 특허권을 개발하였다거나 청구법인 입사 전에 상표권 디자인권을 제작하였다는 청구법인의 주장은 이에 대한 구체적인 근거가 없고 납득하기 어려운 주장으로 신빙성이 없다. 오히려 해당 특허권은 거래처로부터 요청이 들어와 B이 대표이사 및 연구소장으로서 청구법인의 연구소에 지시하여 개발하게 된 것이고, 상표권은 C이 제작하였다는 주장보다 이전부터 청구법인이 사용하고 있던 것으로 확인된다. 디자인권 또한 D가 영문학과 재학시절 청구법인의 제품 제조시 발생한 설비의 문제점을 개선하기 위해 제작한 것이라고 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점

① 이 건 심판청구가 적법한지 여부

② 특허권 등의 양수대가를 손금불산입한 이 건 처분은 조세법률주의를 위배한 처분이라는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부 개정된 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

소득세법 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지에 해당하는 소득이 있는 자, 소득세법 제119조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제8호까지, 제10호부터 제12호까지의 규정에 해당하는 소득이 있는 자 또는 법인세법 제93조 제1호ㆍ제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 자(이하 이 항 및 제52조에서 "원천징수대상자"라 한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항부터 제3항까지의 규정을 준용한다. 이 경우 제1항 및 제2항 각 호 외의 부분 중 "과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자"는 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 소득세법 제164조, 제164조의2 및 법인세법 제120조, 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자"로, 제1항 각 호 외의 부분 중 "법정신고기한이 지난 후"는 "연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후"로, 제1항 제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로, 제1항 제2호 중 "과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액"은 "원천징수영수증에 기재된 환급세액"으로 본다.

1. 원천징수의무자가 소득세법 제137조, 제138조, 제143조의4, 제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

2. 원천징수의무자가 소득세법 제146조 및 제156조에 따라 원천징수한 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

3. 원천징수의무자가 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우

(2) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부 개정된 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다. 제20조(자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입) 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 법인세법 시행령(2018.2.13. 법률 제28640호로 일부 개정된 것) 제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다. 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

  • 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
  • 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산

  • 가. 서화 및 골동품. 다만, 장식·환경미화 등의 목적으로 사무실·복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다.
  • 나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차·선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차·선박 및 항공기를 제외한다.
  • 다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산 제50조(업무와 관련이 없는 지출) ① 법 제27조 제2호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주 등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소·건축물·물건 등의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 대·중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

2. 해당 법인의 주주 등(소액주주 등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비·관리비·사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

4. 해당 법인이 공여한 형법 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

5. 노동조합 및 노동관계조정법 제24조제2항 및 제4항을 위반하여 지급하는 급여 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대 상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2018∼2019사업연도에 아래 <표2>와 같이 대표이사 등으로부터 특허권, 상표권, 디자인권을 양수하였고, 2021.1.12. 조사청은 이를 손금불산입 하고, 대표이사 B 등에게 각 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지 하였다. <표2> 청구법인의 특허권 등의 양수내역

귀속 2018년 2019년 구분 특허권 상표권 디자인권 명칭 가쓰오 오메부시 엑기스 제조방법 가쓰오 오메부시 엑기스 제조설비 청구법인의 상표 교반기용 교반날개 최초 등록 B (대표이사) B (대표이사) C (B의 子) D (B의 子) 출원 번호 OOO OOO OOO OOO 등록일 2018.7.9. 2018.7.9. 2019.11.23. 2019.11.23. 양도일 2018.9.14 2018.9.14 2019.12.24 2019.12.24 금액 OOO원 OOO원 OOO원

(2) 청구법인은 위 소득금액변동통지에 따라 2021.2.9. 원천징수이행상황신고서(근로소득분)를 제출하고 OOO원을 납부하였으며, 수정된 근로소득지급명세를 제출하였다.

(3) 2006년 설립된 청구법인의 연구소의 조직도(조사기간 당시)는 아래와 같고, 청구법인의 연구소는 HACCP팀장 및 생산개발팀, 품질개발팀, 연구개발팀으로 구성되어있으며, B은 청구법인의 대표이사이기도 하면서 실질적으로 연구소장을 겸임하고 있는 것으로 나타난다. <청구법인의 기술연구소 및 HACCP팀 조직도>

(4) 조사청은 B은 청구법인의 대표이사이자 연구소장으로서 청구법인의 특허를 개발하는 ‘업무’를 한 것이라고 답변하며 아래와 같은 문답서 내용을 제출하였다. <대표이사 B의 문답서 작성 내용(2020.11.16. 작성)>

(5) 조사청은 청구법인의 개발부(연구소)에서 특허권(가쓰오오메부시 제조)의 개발업무를 수행하였다며, 2012년에 작성된 제품 표준공정도제품 규격서를 제출하였다. <개발부에서 작성한 제품 표준공정도(2012년 5월)>

(6) 조사청은 주주 C이 양도한 상표권은 청구법인의 로고로서 2005년부터 이미 사용되었고, 청구법인의 개발부(연구소) 공용폴더를 보면 청구법인의 연구소에서 상표 및 디자인 등의 업무를 하고 있는 것으로 확인된다고 답변하였다. <청구법인에서 작성한 홈페이지 개선안(2015년 8월 작성)> <주주 C의 문답서 작성 내용(2020.11.13. 작성)> <청구법인 개발부의 공용폴더 내용>

(7) 조사청은 주주 D가 디자인권을 양도하였지만, 실제로는 교반날개 제작에 대해 상세히 알지 못하는 것으로 판단된다며, D와 작성한 문답서와 대표이사 B과 작성한 문답서를 제출하였다. <주주 D의 문답서 작성 내용(2020.11.13. 작성)> <대표이사 B의 디자인권 관련 문답서 작성 내용(2020.11.16. 작성)>

(8) 조사청은 청구법인의 유보자금을 사주일가에게 지급하기 위해 전문컨설팅업체와 특허권 등을 양수하는 방식을 상담하였고, 연구노트 등을 대리 작성 의뢰하고 대금을 지급하였다며, 대표이사 B과의 문답서를 제출하였다. <대표이사 B의 문답서 작성 내용(2020.11.16. 작성)>

(9) 청구법인은 ‘청구법인이 양수한 특허권 등은 양수도 거래자체가 성립될 수 없으므로 양수금액은 업무무관 가지급금에 해당한다’는 확인서를 작성한 것으로 나타난다.

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제45조의2 제1항 단서는 “결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다”고 규정하면서, 같은 항 제1호에 경정청구 사유의 하나로 “원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”를 열거하고 있고, 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정되고(대법원 2006.4.20. 선고 2002두1878 판결 참조), 이처럼 소득금액변동통지를 받음과 동시에 세액이 자동으로 결정되는 이상 소득금액변동통지는 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에서 규정하는 ‘과세표준 및 세액을 증가시키는 결정’에 해당하는 것으로 보인다. (나) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 국세기본법 제45조의2 제1항 단서는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는 점, 청구법인은 소득금액변동 통지를 받은 날(2021.1.12.)로부터 909일을 경과한 2023.7.10. 경정청구를 제기한 것으로 나타나는바, 경정청구기간이 도과된 후 청구법인이 제기한 경정청구에 대한 처분청의 회신은 단순한 민원회신의 성격을 가지므로 이를 심판청구의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없는 점 등에 비추어, 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. (다) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 각하되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)