해당 주재원이 해외현지법인에 파견되어 현지법인의 생산·품질 관리 등 업무전반을 관리ㆍ감독을 업무로 하고 있어 이는 해외현지법인의 실적 등에도 영향을 미치는 것으로 볼 수 있으므로 해외주재원 급여는 국외원천소득을 발생시키는 직접경비 성격이 없다고 보기 어려움
해당 주재원이 해외현지법인에 파견되어 현지법인의 생산·품질 관리 등 업무전반을 관리ㆍ감독을 업무로 하고 있어 이는 해외현지법인의 실적 등에도 영향을 미치는 것으로 볼 수 있으므로 해외주재원 급여는 국외원천소득을 발생시키는 직접경비 성격이 없다고 보기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 당초 2017 및 2018사업연도에 약 OOO원의 국세환급을 청구하였고, 이 가운데 일부에 대해서만 인용결정을 받았으며, 이후 청구법인은 국세기본법 제55조 제1항 및 제69조 등에 따라 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 국세기본법 제55조 제1항 에서 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있으며, 국세기본법 제55조 제1항 의 필요한 처분을 받지 못함이란 국세기본법 기본통칙 55-0…3에 따르면 처분청이 국세의 환급 등을 명시적 또는 묵시적으로 거부하는 것을 의미한다. 처분청이 청구법인에게 일부인용하였다는 사실에 대해서는 처분청과 청구법인 간에 다툼이 없어 서로 인정하고 있으므로 처분청이 청구법인의 국세의 환급청구 중 일부를 거부함에 따라 청구법인이 국세기본법 제55조 제1항 에 따른 필요한 처분은 받지 못한 것은 분명하므로 처분청의 일부인용 처분에 대해 그 처분의 변경을 구하는 이 건 심판청구는 적법한 청구에 해당한다.
(2) 해외주재원 급여는 사용료소득(국외원천소득)과 무관하므로 국외원천소득에서 차감하는 경비에 해당하지 않는다. 해외주재원은 청구법인에 해외자회사 생산, 품질 등 현황 등을 실시간으로 보고하고 청구법인은 해외주재원을 통해 청구법인이 수립한 사업전략 및 사업계획을 해외관계법인에 전달하며 이를 이행시키는 관리자 역할도 수행하고 있는데, 이러한 해외주재원 급여는 국외원천소득에서 차감하는 경비의 정의에 부합하지 않는다. 처분청은 청구법인이 사용료소득(국외원천소득)을 해외자회사의 매출액에 비례하여 일정비율로 수취하고 있고, 해외주재원이 해외자회사의 매출 증대에 기여하고 있는 부분이 있으므로 청구법인이 수취하는 사용료소득에 대응하는 간접 경비라는 의견이다. 2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 법인세법 시행령 제94조 제2항 제2호 에 따르면 간접경비는 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용이라 정의하고 있다. 따라서, 간접경비에 해당하기 위해서는 해당 경비로 인해 어떠한 소득이 발생하여야 하고, 해당 경비가 그 소득에 공통적으로 관련된 비용에 해당하여야 한다. 그러나, 청구법인이 부담하는 해외주재원 급여로 인해 청구법인에 직접적으로 발생하는 소득 차체가 존재하지 아니하며 더불어 청구법인의 자체 데이터는 청구법인의 오랜 연구개발 활동을 통해 내재되었거나 축적된 무형의 노하우인데 해외주재원이 자체 데이터 축적에 실질적으로 영향을 미치는 바가 없어 관련 비용으로 보기도 어렵다. 처분청의 의견과 같이 해외주재원 급여를 간접경비로 본다면 사용료소득(국외원천소득)에서 차감하는 비용은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 또는 2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정된 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 에 따라 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하여야 한다.
(3) 청구법인의 사용료소득(국외원천소득)에서 차감하는 연구개발비는 법인세법 시행규칙제76조 제6항을 준용하여 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하여야 한다. 처분청은 청구법인의 당초 연구개발비 안분방식이 합리적이라는 의견이나, 이는 타당하지 않다. 우선 안분대상이 되는 연구개발비는 현재 개발 중인 차량에 대한 비용으로 청구법인이 수취하는 사용료소득(국외원천소득)은 개발이 완료되어 내재되었거나 축적된 무형의 노하우의 사용대가이다. 다시 말해, 현재의 사용료소득은 과거에 지출된 연구개발비로 인해 축적된 자체 데이터의 사용을 원인으로 하는 것이고, 현재 지출하는 연구개발비는 향후 사용료소득을 위한 자체 데이터 축적을 위한 것이므로 현재 지출하는 연구개발비로 인해 축적될 자체 데이터가 어떤 국가의 해외자회사가 얼마만큼 사용할지는 추정 자체가 불가능하다. 그럼에도 불구하고 청구법인은 이를 해당 개발 차량의 프로젝트가 종료된 후 해당 차량의 판매가 예상되는 국가를 임의로 추정하여 국가별 연구개발비를 안분하였다. 따라서, 당초 방식으로 국가별로 안분된 연구개발비는 해당 국가의 사용료소득과는 아무런 관계가 없다. 처분청은 청구법인의 당초 연구개발비 안분방식이 합리적이므로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 준용한 방식에 해당한다는 의견이나 이는 타당하지 않다. 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 에서 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 하나, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분하도록 규정하고 있다. 결국, 공통익금과 손금은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정에 따라 안분하는 것을 원칙으로 하되, 이를 적용하기에 특별히 불합리한 사유가 있는 경우에 한해 작업시간 등 국세청장이 정하는 기준에 따라 안분계산하는 것이므로, 청구법인의 당초 연구개발비 안분방식이 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 방식보다 합리적인지 여부와 무관하게 청구법인에게 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 방식을 적용하기에 특별히 불합리한 사유가 존재한다면 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호 이외의 국세청장이 정하는 기준을 적용하여야 한다. 이처럼 청구법인의 사용료소득(국외원천소득)에서 차감하는 연구개발비 안분방식으로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정을 적용함에 있어서 특별히 불합리한 사유는 존재하지 아니하고, 더불어 당초 연구개발비 안분방식은 사용료소득의 산정과도 상관관계가 존재하지 아니하는 등 합리적인 안분방식이라 보기 어렵다. 기획재정부 유권해석(기획재정부 국제조세제도과-829, 2018.9.6.)을 보더라도 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 의 규정이 신설되기 이전부터 과세관청은 국외원천소득과 관련된 간접경비에 대해서는 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하는 것을 관행으로 삼아왔음이 명확하다. 그러므로, 2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 신설된 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 의 규정은 국외원천소득과 관련된 간접비용의 배분 방식에 대해 기본의 관행을 명문화한 것임을 다시 한번 확인할 수 있다. 따라서, 청구법인의 연구개발비 중 사용료소득(국외원천소득)에서 차감하는 비용은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하여 산정하여야 한다. 국외원천소득에서 차감하는 간접비용은 기획재정부 유권해석(기획재정부 국제조세제도과-829, 2018.9.6.) 등 및 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 의 개정 취지에 비추어 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 가 신설되기 이전 사업연도에도 신설된 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 와 동일하게 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 준용하여 안분하여야 한다. 처분청은 청구법인이 2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 인해 신설된 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 의 소급적용을 구하고 있다는 의견이나, 이는 처분청이 청구주장을 오해한 것으로 사료된다. 청구법인은 일관되게 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 가 신설되기 이전부터 기획재정부 유권해석(기획재정부 국제조세제도과-829, 2018.9.6.)에 따라 국외원천소득에서 차감하는 간접비용은 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 준용하여 산정된다. 그리고, 이는 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 의 개정 취지 및 개정 이후의 기획재정부 유권해석(기획재정부 국제조세제도과-470, 2019.10.24.)과 조세심판원 선결정례(조심 2019서2407, 2021.3.19.)를 통해서도 확인된다. 청구법인은 법인세법 시행규칙제47조 제1호가 신설되기 이전인 청구법인의 2017사업연도 및 2018사업연도의 국외원천소득에서 차감하는 간접비용도 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 준용하여 재산정을 하여야 한다고 주장한다. 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 가 신설되기 이전 사업연도의 국외원천소득에서 차감하는 간접비용의 안분방식은 납세자가 선택할 수 없고, 청구법인의 당초 국외원천소득에서 차감하는 간접비용의 안분방식은 청구법인의 세무상 지식의 부족 및 단순한 오류에 불과하므로 이는 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정의 적용을 배제하는 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 단서 규정에서 정하는 기타의 사유로 불합리한 경우에 해당하지 아니한다. 처분청은 청구법인이 당초 법인세를 신고할 당시에는 청구법인에게 유리한 방식으로 국외원천소득에서 차감하는 간접비용의 안분방식을 합리적으로 선택하였다는 의견이나, 과세관청은 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 가 신설되기 이전부터 일관되게 국외원천소득에서 차감하는 간접비용의 안분방식에 대해서는 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 만을 준용하고 있다. 즉, 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 가 신설되기 이전에도 국외원천소득에서 차감하는 간접비용의 안분방식에 대해서는 납세자가 이를 선택할 수 없고, 일괄적으로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 준용하여야 한다. 따라서, 납세자가 법인세법 시행규칙 제47조 제1호 가 신설되기 이전에 국외원천소득에서 차감하는 간접비용의 안분방식으로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 에서 정하는 방법 이외의 방법을 적용하였다면 과세관청은 납세자의 유불리와는 관계없이 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 에서 정하는 방법으로 경정할 수 있다. 그리고, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 을 적용함에 있어서 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정을 우선적으로 적용하는 것이 원칙이고, 단서 규정은 각 호의 규정을 적용함에 기타의 사유로 불합리한 경우에 한해서만 적용이 가능하다. 그러므로, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 의 단서 규정에 따른 작업시간 등의 기준을 적용할 수 있어도 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정을 적용함에 특별한 불합리성이 존재하지 아니하는 한 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정을 적용하여야 한다. 처분청은 청구법인의 당초 국외원천소득에서 차감하는 간접비용 안분방식은 청구법인의 세무상 지식부족 및 단순오류에 불과함에도 이를 청구법인의 합리적인 의사결정을 한 것이라 전제한 후 이는 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 의 단서 규정에서 정하는 기타의 사유로 불합리한 경우에 해당하므로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정을 적용할 수 없다는 과도한 유추해석을 적용하고 있다. 따라서, 이미 앞서 언급한 바와 같이 사유로 2017사업연도 및 2018사업연도에 국외원천소득에서 차감하는 안분 방식으로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 각 호의 규정을 적용할 수 없다는 처분청 의견은 타당하지 않으므로 이는 받아들이기 어렵다.
(1) 처분청은 청구법인에 대한 경정청구에 대한 거부통지를 한 적이 없고, 청구법인의 수정 경정청구서상 청구세액을 환급하는 경정을 하였다. 청구법인은 수정 경정청구서를 제출하면서 처분청의 결정에 이의가 없다는 의사표현을 한 것이므로 해당 심판청구는 위법하다. 처분청은 청구법인이 제출한 수정 경정청구서상 청구세액에 대한 환급통지 외에 다른 결과통지를 한 적이 없으므로 처분청이 경정청구 거부처분을 하였다는 청구주장은 잘못된 것이다. 또한, 청구법인은 수정 경정청구서는 환급세액의 재계산을 위한 것이라 주장하나, 기 제출한 수정 경정청구서는 새로운 경정청구서로서 첨부된 법인세 신고서 일체가 수정된 청구서이다. 처분청이 수정 경정청구서를 받은 이유는 해당 쟁점에 대한 이의가 없음을 확인하기 위한 것이었고 단순히 환급세액의 재계산을 위한 것이었다면 세액 재계산과 관련된 서류만 제출받았을 것이다. 청구법인은 유선통화 등을 통해 상기 쟁점에 대한 처분청의 의견에 이의가 없다는 의사표현을 수차례 하였고, 그 결과물로 수정된 경정청구서를 제출하였다. 국세기본법 제15조 에 따르면 납세자는 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 처분청의 환급결정 과정에서 처분청에 해당 쟁점에 대해 이의가 없다는 의견을 전달하였음에도 이에 반하여 이 건 심판청구를 제기하였는바, 이는 명백히 객관적으로 모순되는 행위에 해당하는 것으로 보인다. 처분청과 청구법인의 이해관계가 상충하는 관계라 할지라도 기본적인 신의성실의 원칙은 지켜져야 하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청은 청구법인의 경정청구 내용대로 법인세를 경정하여 환급한 것이므로 이 건 심판청구는 불이익한 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 심판청구에 해당한다.
(2) 청구법인의 국외원천소득은 해외자회사들로부터 수취하는 사용료소득으로 해외자회사들의 매출액에 비례하여 일정비율로 사용료소득을 수취하고 있다. 해외주재원이 해외자회사에서 업무를 수행하면서 해외자회사 매출증대에 기여한 부분이 있으므로 이는 청구법인이 수취하는 사용료소득에 대응하는 간접경비로 보아야 한다. 따라서, 청구주장과 같이 해외주재원 급여가 국외원천소득에 대응하는 직접경비에 해당하지 않는다 하더라도 국외원천소득에서 차감하는 간접경비에 포함되는 것이므로 해외주재원 급여전액을 국외원천소득에 대응하는 경비로 볼 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(3) 2019년 신설된 법인세법 시행규칙 제47조 계산방법이 청구법인에게 유리하다고 하여 합리적인 이유 없이 이를 소급하여 적용하는 것은 타당하지 않다. 청구법인은 기획재정부 유권해석(기획재정부 국제조세제도과-829, 2018.9.6.)에 따라 연구개발비를 국가별 프로젝트 연구개발시간 기준으로 안분하여 국외원천소득에 대응하는 간접경비로 배부하는 것이 합리적이라 판단하여 당초 법인세 신고를 하였다. 청구법인은 당초 정당하게 신고한 간접비용 안분방법으로는 외국납부세액 공제한도를 초과하여 2017년 중국에서 발생한 외국납부세액 OOO원의 공제를 받지 못하게 됨에 따라 청구법인에게 유리한 2019년 신설된 안분방법을 소급하여 적용하기 위하여 2023년에 이르러 2017사업연도 부과제척기간 종료일 당일인 2023.3.31. 해당 경정청구를 하면서 2017∼2018사업연도에 신고한 안분방법이 임의로 추정한 것이므로 이는 합리적이지 않은 것으로 주장한다. 청구법인이 2017∼2018사업연도에 적용한 안분방법이 합리적이지 않다는 청구주장에 대한 입증책임이 청구법인에게 있음에도 청구법인은 자체 데이터라는 모호한 표현을 근거로 하였고, 당초 신고한 방법이 왜 합리적이지 않은 것에 대한 구체적 증빙을 제시하지 못하였다. 청구법인이 제기한 경정청구 검토과정에서 청구법인은 자체 데이터가 무엇이며, 여기에 근거한 결과 값이 왜 임의로 추정한 것인지에 대한 증빙이 없다. 청구법인은 2017∼2018사업연도 법인세 신고 시 외국납부세액 공제한도 계산과 관련한 간접경비 안분을 당시 규정에 따라 적법하게 처리하였다. 청구법인이 당초 관행이라고 주장하는 방법인 비영리법인의 수익사업과 기타사업 사업손익을 구분경리하는 방식을 준용하지 아니하고 2017∼2018사업연도에 신고한 안분방법이 법인세법 시행규칙 제76조 의 단서 규정인 작업시간 및 사용시간을 기준으로 안분하는 방법을 사용하였다. 청구법인은 연구개발시간을 기준으로 간접비용을 안분하는 것이 가장 합리적이라는 의사결정을 한 것이고, 이러한 결정에 대해 처분청도 당초 청구법인의 합리적인 의사결정에 잘못이 없다고 보았다. 2019년 신설된 법인세법 시행규칙 제47조 의 안분방법이 청구법인에게 유리하다고 하여 합리적인 이유 없이 이를 소급적용하는 것은 조세법률주의 원칙에 반하는 결과가 초래되므로 타당하지 않다.
① 본안심리 대상인지 여부
② 해외주재원 급여가 해외원천소득에서 제외되는 경비에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
③ 해외주재원 급여 및 연구개발비는 간접경비로서 매출액이나 수입금액을 기준으로 안분하고 해당 국가의 국외원천소득에서 차감하여 외국납부세액 공제한도 금액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제57조【외국납부세액의 공제 등】① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.
1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 "공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법
2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법
② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다. (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제94조【외국납부세액의 공제】⑮ 법 제57조 제1항의 규정이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국법인세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 하며, 그 차감된 금액에 대해서는 법 제57조 제2항을 적용하지 아니한다. (3) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것) 제94조【외국납부세액의 공제】② 법 제57조 제1항이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조 제1항 제1호에 따라 외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 다음 각 호의 비용(이하 이 조에서 “직ㆍ간접비용”이라 한다)을 뺀 금액으로 한다.
1. 직접비용: 제2호에 따른 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용
2. 간접비용: 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용 (4) 법인세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것) 제47조【외국납부세액공제】영 제94조 제2항에서 "기획재정부령이 정하는 금액"이라 함은 조세특례제한법 기타 법률에 의한 면제 또는 세액감면의 대상이 되는 국외원천소득에 당해 면제 또는 감면 비율을 곱하여 산출한 금액을 말한다. 제76조【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산 (5) 법인세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제730호로 개정된 것) 제47조【외국납부세액공제】영 제94조 제2항 제2호에서 “기획재정부령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 계산 방법을 말한다.
1. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금은 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산 제76조【비영리법인의 구분경리】⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
(1) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 2018년 개정세법 해설을 살펴보면, 외국납부세액 공제한도 금액 계산 시 국외원천소득에서 차감되는 직․간접비용의 개념 등의 명확화(법인세법 시행령 제94조 및 같은 법 시행규칙 제47조 관련) 와 관련된 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 이 건 관련 개정세법 해설내용 종전 개정
□ 외국납부세액 공제한도
○Min(외국납부세액, 한도액 )) 한도 = 국내외 원천소득에 대한 산출세액 x 국외원천소득 - 직·간접비용 해당 사업연도의 과세표준 (해당 과세기간의 종합소득금액) * 직ㆍ간접비용의 개념, 산정방법 등은 미규정
○(좌동) <추가>
○ 국외원천소득에서 차감되는 직·간접비용의 범위 * 소득원천지국에서 과세 시 비용 차감 후 국외원천소득(직·간접비용 차감 전 국외원천소득)
• 소득원천지국에서 국외원천소득 과세 시 비용으로 차감되지 않는 관련 비용 <추가>
○ 직·간접비용의 개념 및 산정방법 직접비용 간접비용에 해당하지 않는 비용으로서 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련된 비용 간접비용 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 다음의 방법으로 계산한 국외원천소득 관련 비용 구분 안분계산 방법 동일업종 수입금액 비례 안분 다른업종 개별손금액에 비례안분 * 국외원천소득의 업종과 그 밖의 소득의 업종으로 판단 (나) 처분청이 제시한 청구법인의 수정 경정청구사유서의 주요 내용은 아래와 같고, 기존의 경정청구사유서와 비교하면 경정청구세액 외에 나머지 청구사유 등의 내용은 동일한 것으로 나타난다. ㅇㅇㅇ (다) 처분청의 이 건 경정청구 관련 주요 검토내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (라) 청구법인이 제출한 환급통지서 등을 살펴보면 처분청이 2023.6.12. 청구법인에게 2017사업연도 법인세 OOO원를, 2023.7.9. 2018사업연도 법인세 OOO원, 2019사업연도 법인세 OOO원, 2020사업연도 법인세 OOO원의 환급을 통지한 것으로 나타난다. (마) 청구법인은 2023년 5월 처분청 담당자에게 간접비용 배분방식 변경에 따른 세액효과(메일 제목: AAA 세액효과 산정)를 산정하는 내용의 메일을 여러 차례 전송한 것으로 나타난다. (바) 청구법인과 슬로바키아 현지법인 간의 노하우 라이센스 계약을 살펴보면, BBB(청구법인)는 CCC(슬로바키아 현지법인)에게 독점적 자료(공장설계, 기계, 장비, 상세공부, 그리고 제품, 시스템, 공식, 질적 관리 및 비용관리방법에 관한 테스트자료와 무역기밀 및 제품생산에 관련된 기밀정보로 구성된 특허되지 않는 노하우를 의미함)를 제공하고 CCC가 제품의 순 판매액의 2.5%의 라이센스사용에 대한 로열티를 지불하도록 상호 약정한 것으로 기재되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 당초 경정청구사유서와 수정 경정청구사유서는 그 경정청구 사유가 동일한 것으로 보이고, 단지 그 청구세액이 변경(수정)된 것이므로 처분청의 요청으로 인하여 청구법인이 처분청이 인정하는 환급세액을 계산하여 처분청에 제시하는 과정에서 경정청구세액을 수정하였다는 청구주장은 납득이 가능하고, 이처럼 청구법인이 동일한 사유의 수정 경정청구사유서를 제출하면서 관련 세액만을 변경하였다고 하여 당초 경정청구(2023.3.31.)의 효력이 없다고 단정짓기는 어려우며, 이에 더하여 청구법인이 2023년 6월경 2017사업연도와 관련하여 재차 경정청구를 제기한 것으로 나타나는데 이러한 수정 경정청구는 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구기간(5년)을 경과하여 제기된 것이므로 적법한 경정청구로 보기 어려운 점 등에 비추어 보아도 당초 경정청구에 대한 거부처분 (경정청구세액 중 일부금액 환급통지)에 터잡은 이 건 심판청구는 적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인이 해외주재원 급여는 해외원천소득(사용료소득)에서 제외되는 경비에 해당하지 않는다고 주장하나, 해외주재원 급여도 해당 주재원이 해외현지법인에 파견되어 해외현지법인의 생산․품질 관리를 포함한 회사 전반을 관리․감독을 하는 것을 업무로 하는 것으로 보이는바, 이러한 해외주재원의 업무는 해외현지법인의 실적 등에도 영향을 미치는 것으로 볼 수 있고, 청구법인이 제출한 라이센스 계약서를 살펴보면 사용료소득은 제품생산 등에 필요한 노하우를 해외현지법인에 제공함에 따른 대가로서 해외현지법인 순매출액에 일정비율을 곱하여 산정하는 구조(해외현지법인 순매출액 × 2.5%)임을 고려한다면 해외주재원 급여가 국외원천소득(사용료소득)을 발생시키는 직접경비로서의 성격이 없다고 확정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인이 연구개발비는 간접경비로서 매출액이나 수입금액을 기준으로 하여 안분하여 국외원천소득(사용료소득)을 산정하여 외국납부세액공제 금액을 산정하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 해외주재원 급여를 국외원천소득(사용료소득)에서 직접 차감하는 방식으로 하여 국외원천소득을 산정하였고, 연구개발비는 차량별 연구개발시간을 기준으로 해외현지법인에 배분하는 등 일정한 기준(통상 연구개발비용의 발생시점과 그 연구개발에 따른 제품매출의 발생시점 간의 시차 등을 고려한다면, 매출액보다는 연구개발시간이 합리적인 배부기준에 해당할 가능성이 존재함)을 가지며, 이러한 연구개발비를 해외현지법인으로부터의 국외원천소득(사용료소득)에서 차감한 것으로 보이는데 반해, 청구법인이 제시한 증빙만으로 과거 연구개발비 배부기준이 불합리하다는 청구주장이 입증되었다고 보기 어렵고, 처분청의 심리자료 등에 따르면 청구법인이 2017년 중국에서 발생한 간접외국납부세액(약 OOO원)이 공제누락된 것을 확인하여 이를 추가로 공제받고자 하였으나 이미 중국 외국납부세액공제 한도금액을 초과함에 따라 중국 외국납부세액공제 한도금액을 증액하고자 과거부터 계속하여 적용해오던 연구개발비 배부기준(연구개발시간)을 새로운 배부기준(매출액)으로 변경하여 경정청구를 제기한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.