[요지] 처분청은 해당 과세자료의 지연처리에 대한 합리적인 이유를 명확히 제시하지 못하는바 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보여 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 청구인들에게 한 이 건 처분은 잘못이 있음
[요지] 처분청은 해당 과세자료의 지연처리에 대한 합리적인 이유를 명확히 제시하지 못하는바 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해한 것으로 보여 이 건 처분은 절차상 중대한 하자가 있다고 봄이 상당하므로 처분청이 청구인들에게 한 이 건 처분은 잘못이 있음
[참조결정] 조심2023중1009 / 조심2019중3428
[주 문] 화성세무서장이 2023.4.26., 2023.5.30.[공시송달(2023.5.15.)에 따른 효력발생일] 청구인 a, 청구인 b, 청구인 c, 청구인 d, 청구인 e에게 한 2017년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청이 청구인들에게 한 양도소득세 부과처분은 절차상 중대한 하자가 있는 처분으로 위법·부당하다. (가) 처분청은 피상속인이 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고일로부터 무려 5년 11개월 뒤에, 그것도 부과제척기간이 3개월 이내에 이르러 이 사건 처분이 이루어진 정당한 사유를 밝히지 못하고 있다. 처분청은 청구인들이 2018.2.21. 신고한 상속세와 관련하여서는 불과 6개월만에 상속세 조사까지 완료하였는데, 이 사건 양도소득세 신고에 관련하여서는 무려 5년 11개월 동안 아무런 행위도 하지 않은 것이다. (나) 처분청은 이 사건 처분이국세기본법제81조의15 제3항 제3호의 ‘세무조사결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하여 같은 조 제2항이 적용되지 않는다는 취지의 주장만을 되풀이 하고 있는데, 이는 ‘납세자의 과세전적부심사권의 본질을 침해하거나 형해화 시키는 처분은 절차상 중대한 하자로 무효에 해당한다’는 대법원의 입장이나 ‘장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우까지국세기본법제81조의15 제3항을 적용하여서는 아니된다’는 조세심판원의 입장에 정면으로 반하는 것이다. (다) 처분청의 주장대로라면, 처분청에서는 언제든지 납세자의 모든 신고 세목에 대하여 신고서류를 국세부과 제척기간의 만료일 이전 3개월까지 장기간 방치한 후 과세처분을 하고, 결국 납세자가 과세전적부심사청구권을 행사할 수 없도록 그 권리를 언제든지 박탈하거나 제한할 수 있다는 것인데, 이는 적법절차에 반하는 것으로 주장 자체로 타당하지 않다고 할 것이다. (라) 그렇다면 처분청의 이 사건 처분은 청구인들의 과세전적부심사청구권을 본질적으로 침해하거나 박탈하는 것으로 위법하다고 할 것인바, 취소함이 타당하다.
(2) 설령 처분청의 부과처분 절차가 적법한 것으로 본다고 하더라도 처분청의 지연처리로 인하여 부과된 가산세는 취소되어야 한다. (가) 피상속인은 2017.3.10. 쟁점토지를 양도하고, 2017.5.16. 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고하여 과세표준과 세액이 확정되었는데, 처분청에서는 피상속인의 양도소득세 신고와 관련하여 어떠한 조치도 취한 사실이 없다. (나) 피상속인은 2017.8.22. 사망하였고, 청구인들은 2018.2.21. 상속세 신고를 하면서 상속재산가액에 피상속인의 사망 전 2년 이내에 처분한 쟁점토지의 양도대금을 포함시킨 사실이 있는데, 당시에도 처분청에서는 쟁점토지의 양도소득세와 관련하여 어떠한 입장을 표명하거나 어떠한 조치도 취한 사실이 없다. (다) 청구인들은 피상속인이 쟁점토지를 양도한 후 양도소득세 신고를 완료하지 않은 상태에서 상속을 받은 것이 아니고, 피상속인이 양도소득세 신고를 완료한 후 그 양도대금을 상속을 받은 것인바, 양도대금에 관한 상속세를 신고할 의무를 부담할 뿐, 피상속인의 생전의 양도소득세 신고가 적정한지 여부를 검토할 의무가 없다. (라) 그렇다면 청구인들은국세기본법제48조 제1항 제2호의 ‘납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’에 해당하여 가산세를 부과할 수 없다고 할 것인바, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 타당하지 않다고 할 것이다.
(3) 청구인들의 항변내용은 다음과 같다. (가) 청구인들은 이의신청 이전부터 피상속인이 이 사건 양도소득세를 신고한 날로부터 무려 5년 11개월 뒤에, 국세부과제척기간이 2개월도 안 남은 시기까지 신고내역에 관한 검토조차 하지 않고, 국세부과체적기간이 임박하여 이 사건 경정처분을 한 이유가 무엇인지 밝혀달라고 하였는데, 처분청은 정당한 사유를 밝히지 못하고 있고, 신고세액에 대한 경정결정은 언제든지 할 수 있으며, 국세부과제척기간 3개월 이내면 과세전적부심사의 대상이 아니라는 말만을 심판청구에 이르기까지 반복하고 있을 뿐이다. (나) 피상속인의 양도소득세는 피상속인의 신고로 2017.5.16. 생성되었고, 상속세는 이 건 양도소득세를 공과금으로 포함한 처분청의 결정으로 2018년 10월 경 생성되었음에도 불구하고 처분청은 무려 5년 11개월동안 장기간 과세권을 행사하지 아니한 이유를 제시하지 않고 있다.
(1) 쟁점토지의 양도와 관련하여 피상속인이 8년 자경농지에 대한 감면을 적용하여 양도소득세를 신고한 것과 관련하여 쟁점토지의 양도일은 양도일은 2017.3.10.이고, 부과제척기간은 확정신고 기한의 다음날인 2018.6.1.부터 5년인 2023.5.31.인데, 처분청이 2023.4.12. 결의한 후 과세예고통지서 및 납부고지서를 출력하여 우편으로 송달하였으므로 이 건 부과처분은 정당하다. (가)국세기본법제81조의15 제1항 제3호에 따라 과세예고통지를 받은 자는 같은 법 제2항에 따라 과세전적부심사청구를 할 수 있으나, 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 같은 법 제3항 제3호에 따라 심사를 청구할 수 없다고 규정하고 있다. 청구인들의 경우 2017년 양도 건이므로 국세부과제척기간의 만료일은 2023.5.31.이고, 이 건 처분의 과세예고통지일은 2023.4.19.로서국세기본법제81조의15 제3항 제3호에 따라 청구인들에게 과세전적부심사청구가 제한되므로 적법하게 부과 처분한 것으로 절차상 하자가 존재한다고 볼 수 없다. (나) 또한 부과제척기간이 도과한 뒤에도 심사청구 및 심판청구 등국세기본법상 명시된 불복청구를 통해 과세에 대한 정당성을 다툴 수 있는 절차가 마련되어 있으므로 이 건 처분이 청구인들의 정당한 권리를 박탈하였다고 보기도 어렵다. (다) 아울러 피상속인의 사망일은 2017.8.22.이고, 관련 상속세의 부과제척기간은 법정신고기한의 다음 날인 2018.3.1.부터 10년인 2028.2.29.이며, 부과제척기간은 증액경정이나 직권 감액경정 시 모두 적용되는 것이므로 후에 부과한 양도소득세를 공과금에 포함하여 상속세를 재계산하여 경정할 예정이다.
(2) 청구인에게 부과된 양도소득세에 대한 가산세는국세기본법제48조에서 규정한 가산세 감면사유에 해당되지 않으므로 가산세를 부과한 처분은 정당하다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의 또는 과실은 고려되지 아니하고(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결), 납부일 기간에 대한 이자의 성격도 있는 것으로 성실히 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 것이다. (나) 청구인들에 대한 양도소득세 부과처분 건은국세기본법제47조의3 및 같은 법 제47조의4에 의거하여 적법하게 가산세가 부과되었고, 가산세를 면제할 만한 사유가 없음에도 불구하고 고지결정이 지연되었다는 사유로 가산세가 부당하다는 청구인의 주장은 이유가 없으며, 같은 법 제48조의 제1항에서 정한 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청의 가산세 부과처분은 적당하다.
(3) 청구인들의 항변에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다. (가) 피상속인 또는 세무대리인이 기본적인 감면 요건을 확인하지 않았는지 아니면 의도적으로 감면한도의 최대 금액인 OOO원을 세액에서 감면하여 신고하였는지는 알 수 없으나, 신고 오류로 인해 피상속인이 감면받은 OOO원의 세액은 당초부터 감면받을 수 없는 세액이다. (나) 이 처분 사건의 양도인인 피상속인의 경우 2017.5.16. 양도소득세를 신고한 후 얼마 지나지 않은 2017.8.22.에 사망하였고, 이런 상황에서 피상속인의 양도소득세를 검토하고 경정하는 데에 시간이 지체되었다. (다) 양도소득세는 납세자의 신고에 따라 납세의무가 확정되는 세목으로 신고에 대한 내용이 적정한지에 대한 판단은 양도인 또는 세무대리인이 해야 할 의무가 있고, 처분청이 그 신고 내용에 오류가 있는 것을 발견하였을 경우소득세법제114조와국세기본법제26조의2에 의해 부과제척기간 내에 결정 또는 경정할 수 있다. (라) 처분청은 피상속인이 양도소득세를 신고한 후 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고 내역을 검토하면서 쟁점토지가 토지이용계획확인서 상 주거지역인 것을 확인하였고 즉각 경정하였다. (마) 처분청이 쟁점토지에 대해 주거지역 편입 여부 및 편입일을 어렵지 않게 파악한 것과 같이 피상속인 혹은 세무대리인이 양도소득세 신고 당시 쟁점토지가 국토의 계획 및 이용에 따라 어느 지역에 포함되는지, 주거·상업·공업지역에 편입되지는 않았는지 등을 파악하고 감면 신청을 하는 것은 당연한 것이다. (바)국세기본법제26조의2에 의하면 양도소득세의 부과제척기간은 일반과소신고의 경우 양도한 날이 속하는 다음연도 6월 1일(과세표준 확정신고기한의 다음날)부터 5년이다. 이 건 양도소득세의 양도일은 2017.3.10.이고, 부과제척기간은 확정신고 기한의 다음날인 2018.6.1.부터 5년인 2023.5.31.이다. 처분청은 피상속인의 양도소득세 신고서 검토 결과 신고 내용에 오류가 있음을 확인한 후 청구인들에게 과세예고 통지서 및 납부고지서를 출력하여 우편으로 송달하였기에 본 과세 건은 부과제척기간 내에 적법하게 과세되었고, 위법한 과세처분은 하지 않았다.
3. 심리 및 판단
① 부과제척기간이 임박하여 부과한 이 건 양도소득세 부과처분이 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 절차상 하자 있는 처분에 해당하는지 여부
② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법 제24조(상속으로 인한 납세의무의 승계) ① 상속이 개시된 때에 그 상속인[민법제1000조, 제1001조, 제1003조 및 제1004조에 따른 상속인을 말하고,상속세 및 증여세법제2조 제5호에 따른 수유자(受遺者)를 포함한다. 이하 이 조에서 같다] 또는민법제1053조에 규정된 상속재산관리인은 피상속인에게 부과되거나 그 피상속인이 납부할 국세 및 강제징수비를 상속으로 받은 재산의 한도에서 납부할 의무를 진다. 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[국제조세조정에 관한 법률제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다. 제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며,교육세법제9조에 따른 신고 중 금융·보험업자가 아닌 자의 신고와농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.
1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우
3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,감사원법제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.
2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지
③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.
3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우
(2) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
(3) 조세특례제한법(2016.12.20. 법률 제14390호로 개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나도시개발법또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
(4) 조세특례제한법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27848호로 개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 "대통령령으로 정하는 소득"이란소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 계산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이 경우공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률및 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 보상가액 산정의 기초가 되는 기준시가를 양도 당시의 기준시가로 보며, 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득하거나 양도한 경우 또는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다. 양도소득금액 × (주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가
• 취득 당시 기준시가) 양도 당시 기준시가
• 취득 당시 기준시가
(1) 처분청과 청구인들이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다. (가) 국세청 전산자료에 의하면, 피상속인은 2017.3.10. 쟁점토지를 양도한 후, 2017.5.16. 처분청에 조특법 제69조에 따른 8년 자경농지에 대한 감면을 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 2017.8.22. 피상속인이 사망하자 상속인인 청구인 a이 2018.3.20. 피상속인에 대한 상속세를 기한후신고한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 2018.5.23.부터 2018.8.30.까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 진행하였다. (다) 이 건 양도소득세 과세자료는 2017년 9월 생성되었는데, 처분청이 2023.4.6. 경기도 화성시청에 쟁점토지에 대한 주거지역 편입여부에 대한 확인을 요청(재산세과-402)한 결과, 2023.4.10. 아래 <표1>과 같이 회신(도시정책과-6584)한 것으로 나타난다. <표1> 쟁점토지의 주거지역 편입 관련 (라) 이후 처분청은 2023.4.12. 청구인들에게 아래 <표2>의 내용과 같이 과세예고 통지서를 발송한 것으로 나타난다. <표2> 과세예고 내용 (마) 처분청과 청구인들 사이에 쟁점토지와 관련한 양도소득세의 감면을 일부 부인한 부분에 대해서는 다툼이 없고, 처분청은 피상속인이 2017.8.22. 사망함에 따라국세기본법제24조의 ‘상속으로 인한 납세의무의 승계’ 등에 따라 2023.4.26., 2023.5.30.[청구인 e, 공시송달(2023.5.15.)에 따른 효력발생일] 청구인들을 양도소득세 연대납세의무자로 지정하고 청구인들에게 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부고지하였다. (바) 양도소득세 결정결의서 등에서 확인되는 양도소득세 경정내역과 납부지연가산세의 내역은 아래 <표3>·<표4>와 같다. <표3> 양도소득세 경정내역 (단위: 원) <표4> 납부지연가산세 내역 (단위: 원)
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 국세부과제척기간 만료일에 임박하여 과세전적부심사를 거치지 아니하고 과세처분을 하였더라도국세기본법에서 정한 정당한 절차를 거쳤으므로 이 건 양도소득세 부과처분이 적법하다는 의견이나, 과세처분 이전에 과세예고 통지를 누락한 경우 그 과세처분을 위법하다고 보는 이유는, 구국세기본법및 같은 법 시행령이 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 보는 데에 있다 할 것(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결, 같은 뜻임)이고,국세기본법제81조의15 제3항 제3호에서 과세예고통지 등을 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용대상에서 제외하도록 한 규정은 정상적인 세무조사 종료 이후 관련 법령 등에서 정한 기한 내에 과세예고통지 등을 하게 되면 납세자의 과세전적부심사 청구가 있을 경우 부과제척기간 내에 부과처분을 이행할 수 없는 문제점 등을 해소하기 위하여 불가피하게 그 절차를 생략할 수 있도록 한 것으로 보이고, 과세관청이 과세자료 수보(생성) 등으로 과세할 수 있는 사정이 있었음에도 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 부과제척기간 만료일에 임박한 경우에까지 해당 규정을 적용하려는 것은 아니며, 이러한 경우에도국세기본법제81조의15 제3항 제3호를 적용하는 것은 과세예고통지를 의무화한 입법취지에도 부합하지 아니하다 할 것이다(조심 2019중3428, 2020.4.27. 외 다수 같은 뜻임). 처분청은 2017년 9월에 이 건 양도소득세 과세자료가 생성(수보)된 후, 과세자료와 관련하여 청구인들에게 소명요구나 추가로 조사를 실시하지 아니한 채 이를 장기간(약 5년 6개월) 동안 처리하지 아니하다가 국세부과제척기간 만료일이 임박한 2023.4.12.과 2023.4.26., 2023.5.30.[공시송달(2023.5.15.)에 따른 효력발생일]에 이 건 양도소득세 과세예고통지서와 납부고지서를 각 송달하였는데, 이에 대하여 처분청은 합리적인 과세지연 사유를 제시하지 못하고 있는바, 이는 처분청이 정당한 이유 없이 장기간 과세권을 행사하지 아니함으로써 납세자로 하여금 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 절차상 중대한 권리를 침해한 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 청구인들에게 한 이 건 양도소득세 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 인용됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.