쟁점토지들의 양도를 하나의 거래로 보아 조특법§69에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 1억원으로 적용한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.11.14. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2017.11.10. OOO(이하 “시동리”라 한다) OOO 및 OOO(이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 aaa(이하 “양수인”이라 한다)에게 양도한 후, 2017.11.28. 양도소득세 예정신고 시 쟁점토지①의 양도를 8년 이상 자경농지의 양도로 보아 감면세액 OOO원을 차감한 OOO원을 양도소득세로 예정신고·납부하였다.
• 나. 청구인은 2018.1.31. OOO 및 OOO, OOO, OOO(임야를 제외한 토지를 이하 “쟁점토지②”라 하고, 쟁점토지①과 합하여 이하 “쟁점토지들”이라 한다)를 양수인에게 양도한 후, 2018.2.13. 양도소득세 예정신고 시 쟁점토지②의 양도를 8년 이상 자경농지로 보아 감면세액 OOO원을 차감한 OOO원을 양도소득세로 예정신고·납부하였다.
• 다. 처분청은 2022.8.22.∼2022.9.10. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세를 조사한 결과, 쟁점토지들의 거래가 그 실질이 하나의 거래임에도 2개의 과세기간(2017년 및 2018년)에 거쳐 분할·양도한 후, 세액감면을 과다하게 적용받았다고 판단하였고, 이에 따라 쟁점토지들의 양도시기를 최종 잔금청산일인 2018.1.31.로 보아 감면세액을 재계산한 후, 2022.11.14. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점토지들은 청구인이 소유하기 전인 1982.12.27. 부터 구분등기된 서로 다른 필지로, 이 건 부동산거래는 각 매매대금을 구분·수수하여 각각 독립된 별건의 거래에 해당하므로 처분청이 이를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다. (2) 쟁점토지들에 대한 매매계약서는 계약의 조건, 이행 및 권리·의무관계가 서로 다른 별도의 계약서로 작성되었는데, 청구인은 해당 계약내용을 근거로 잔금청산일인 2017.11.10., 2018.1.31.을 각각 쟁점토지①과 쟁점토지②의 양도일로 보아 양도소득세 과세표준과 세액을 신고·납부하였다. 청구인과 양수인은민법상 사적자치의 원칙에 따라 당사자 간 자유의사로 서로 다른 쟁점토지들에 대하여 각각 매매계약을 체결하고, 정상적인 절차를 거쳐 소유권이전등기를 하였음에도 처분청이 법령에서 정하는 엄격한 과세기준에 반하여 하나의 부동산거래를 2회로 분할·매매한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 계약자유의 원칙을 심각하게 침해하는 재량권의 일탈 내지 남용에 해당한다. (3) 처분청은 청구인이 쟁점토지①을 2017년에, 쟁점토지②를 2018년에 양도하고 양도소득세를 각각 신고한 것에 대하여 구체적인 증빙도 없이 2018년에 일괄하여 양도한 것으로 거래내용을 재구성하였는바, 이 경우 납세자는 과세관청의 처분시까지 거래내용을 확정할 수 없는 상황에 처하게 되어 법적안정성 및 예측가능성을 침해하는 부당한 결과를 초래하게 된다. 국세청의 해석사례(서면 2015 부동산-0339, 2015.7.14.)에 따르면 1필지의 농지를 지분으로 분할하여 양도연도를 달리하는 경우에도 각각의 과세기간에 따라 양도소득세 감면의 종합한도를 적용하는 것으로 회신하고 있고, 국세청에서 매년 발간·보급하고 있는 세금절약가이드에서도 “두 건 이상의 부동산을 양도하는 경우 양도시기를 조절하면 세부담을 줄일 수 있다”고 하여 부동산의 양도시기를 달리하는 방법으로 절세할 수 있다고 홍보하고 있으면서 이를 신뢰하여 부동산의 거래시기를 달리한 납세자에게 불이익을 주는 것은 신뢰보호원칙에도 심각히 위배되는 부당한 처분이라 할 것이다. (4)국세기본법제14조 제3항 규정의 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래형식을 부인하고, 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서 실질과세의 원칙이 적용되는 태양 중의 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. (가) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적인 목적을 달성하기 위하여도 여러가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 할 것(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 참조)이되, 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하며, 실질과세의 원칙에 의하여 당사자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 행위의 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어야 하는 것이다(대법원 1999.11.9. 선고 98두14082 판결, 참조). (나) 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약의 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것인바(대법원 2003.5.16. 선고 2000다54659 판결, 참조), 이 건의 경우와 같이 쟁점토지들은 청구인이 소유하기 전부터 분할되어 있던 것이고, 양수인이 거래의 안전성을 높이기 위해 각 계약을 달리하여 매매대금 또한 각각 구분하여 수령하였다면 하나의 거래가 아닌 각각 독립된 별건의 거래로 보아 양도시기를 판단하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지들의 계약서를 모두 2017.9.12. 체결하였는데, 계약서를 체결한 시점에 쟁점토지들의 전체 매매가액인 OOO원 중 OOO원을 계약금으로 지급하였고, 쟁점토지①의 잔금지급일과 쟁점토지②의 중도금 지급일은 모두 2017.11.10.이며, 쟁점토지②의 잔금은 2018.1.31.에 지급하였다.

(2) 이를 통해 볼 때, 쟁점토지들의 계약은 별개의 계약이 아니고 2017.9.12. 계약금 OOO원을 지급하고, 2017.11.10. 중도금 OOO원을 지급하며, 2018.1.31. 잔금 OOO원을 지급한 하나의 거래로 보는 것이 타당하다.

(3) 청구인이 양도한 쟁점토지들은 아래 <표1>의 지적도와 같이 서로가 인접한 농지로서 쟁점토지① 중 일부인 OOO는 쟁점토지②인 OOO와 바로 인접한 농지로서 처음부터 쟁점토지들을 매매할 목적으로 거래를 한 것으로 단순히 등기가 따로 되어 있고, 서로 다른 별도의 계약서로 작성되었다고 하여 이를 별개의 거래로 볼 근거는 없다. <표1> 쟁점토지들의 지적도 ◯◯◯

(4) 청구인은민법상 사적자치의 원칙에 따라 당사자 간 자유로운 의사에 따라 매매계약을 체결한 것으로 주장하고 있으나,국세기본법제14조에서 규정하고 있는 실질과세의 원칙은 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위한 것으로 이는 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평성을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는 것이다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결, 참조). 즉 청구인은 서로 인접해 있는 쟁점토지들을 모두 매매할 것이 확실한 상황임에도 누진세율 및 감면한도의 적용을 회피하기 위한 목적으로 거래를 나누어 한 것이므로 처분청이 쟁점토지들의 매매거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지들의 양도를 하나의 거래로 보아조세특례제한법제69조에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 OOO원으로 적용한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지들의 부동산등기사항 증명서에 의하면, 쟁점토지들은 연접한 토지로서 청구인이 아래 <표2>와 같이 1989.5.15., 1989.4.27.(등기원인: 1989.4.24., 매매) 각각 소유권이전등기를 마쳤는데, 쟁점토지①은 2017.11.16., 쟁점토지②는 2018.2.5. 각각 양수인에 소유권이전등기를 마쳤고, 분할내역은 나타나지 아니한다. <표2> 청구인이 쟁점토지들에 대한 취득 및 양도내역 ◯◯◯

(2) 청구인이 쟁점토지들을 8년 이상 자경한 사실과 쟁점토지들의 양도가액 및 취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼은 없다.

(3) 청구인의 쟁점토지들에 대한 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점토지들에 대한 신고 및 경정 내역 ◯◯◯ (가) 청구인은 쟁점토지들에 대해 2017.9.12. 양수인과 부동산매매계약을 체결하였고, 계약서상 계약금, 중도금, 잔금일 등의 세부내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점토지들의 부동산매매계약서 상 내용 일부 ◯◯◯ (나) 청구인이 제출한 전자금융 이체결과 확인서 및 영수증 등을 보면 청구인은 2017.11.10.에 쟁점토지①의 잔금인 OOO원과 OOO에 대한 매매대금인 OOO원을 합한 OOO원을 지급받았고, 나머지는 위 <표4>의 계약금 등의 내용과 동일하게 대금을 지급받은 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점토지들의 양도에 대해 쟁점토지①은 2017.11.28.에 쟁점토지②는 2018.2.13.에 각 양도소득세를 예정신고하고, 각 과세기간별로조세특례제한법제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면(쟁점토지① OOO원, 쟁점토지② OOO원)을 적용하였다. (라) 처분청은 쟁점토지들의 양도거래를 하나의 양도 거래로 보고 최종 잔금청산일인 2018.1.31.을 양도일로 하여 2017년 귀속 양도소득 신고분(쟁점토지①)과 2018년 귀속 양도소득 신고분(쟁점토지②)을 합산하고, 양도소득세 감면한도를 적용(합계 OOO원)하였다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지들의 거래가 일련의 단일 거래에 해당하므로 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등 같은 뜻임), 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점, 이 건 쟁점토지들의 경우 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 잔금지급일을 달리하였다는 사정으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지들의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.