[요지] 청구법인이 앞서 제기한 재산세 관련 선결정례에 따르면 쟁점토지의 경우 대부분 조성공사가 진행되지 않고 있거나 농지 상태에 있는 것으로 확인되고, 청구법인이 제출한 현장사진에서도 과세기준일 현재 물류단지 조성공사가 얼마나 진행 중이었는지가 불분명한 상태로 보이므로 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[요지] 청구법인이 앞서 제기한 재산세 관련 선결정례에 따르면 쟁점토지의 경우 대부분 조성공사가 진행되지 않고 있거나 농지 상태에 있는 것으로 확인되고, 청구법인이 제출한 현장사진에서도 과세기준일 현재 물류단지 조성공사가 얼마나 진행 중이었는지가 불분명한 상태로 보이므로 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[참조결정] 조심2014지1116 / 조심2023지0342
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 물류단지개발사업의 시행자가 과세기준일 현재 해당 사업(물류단지개발사업)에 직접 사용하는 부동산으로서 지방세특례제한법 제71조 제1항에 따른 재산세 감면 대상에 해당한다. (가) 지방세특례제한법 제71조 제1항에서는 “물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2022년 12월 31일까지 경감한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제8호에서는 “직접 사용이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.”고 규정하고 있다. 또한 같은 법 시행령 제123조에서는 “법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함한다.”고 규정하고 있다. (나) 대법원은 해당 부동산을 그 사업에 사용하는 것인지 아니면 수익사업에 사용하는 것인지의 여부는 당해 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하고(대법원 2002.4.26. 선고 2000두3238 판결 등 참조), 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이므로(대법원 1993.9.14. 선고 92누18535 판결 등 참조), 여러 필지의 토지가 하나의 지상정착물의 부속토지가 될 수 있는 반면, 1필지의 토지라도 그 일부가 지상정착물의 효용과 편익을 위해서가 아니라 명백히 별도의 용도로 사용되고 있는 경우에는 그 부분은 지상정착물의 부속토지라고 볼 수 없다 할 것이라고 판시하였다(대법원 1994.11.4. 선고 93누10125 판결 참조). (다) 행정안전부는 지방세특례제한법 제71조 제3항의 재산세 감면 대상을 판단함에 있어, 재산세 과세기준일 현재 복합물류터미널 일부를 공실상태로 두고 있는 경우, 그 공실을 그 사업에 직접 사용하는 경우로 볼 수 있는지 여부에 대하여, 복합물류터미널사업 등록 조건으로 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률에서 정한 등록기준 및 물류터미널의 구조 및 설비를 유지하도록 하고 있고, 같은 법 제17조 제2호 및 제3호에서는 변경등록을 하지 아니하고 등록사항을 변경하거나, 등록기준에 맞지 아니하게 된 때에 등록을 취소하거나 사업의 정지를 명할 수 있도록 규정하고 있으므로, 공실부분이 등록조건에 적합하고 사업의 휴업ㆍ폐업 등을 한 경우가 아니라면 그 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하다고 해석하였고(행정안전부 지방세특례제도과-1568, 2015.6.12.), 또한 관련한 해석사례로서 철도건설사업의 경우 특성상 대규모의 필지를 대상으로 사업범위가 넓고 사업기간이 장기적으로 소요되는 점을 감안할 때 각 공구별로 공사를 착공하여 재산세 과세기준일 현재 사업을 진행하고 있다면, 지방세법시행령 제230조의 규정에 의하여 고유 업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아야 할 것이라고 해석한 사례가 있다(세정-4987, 2006.10.12.). 또한 행정안전부는 지방세법 시행령 제79조에서 규정한 비영리사업자가 그 사업에 직접사용하기 위하여 건축허가를 받아 착공신고를 한 후 일부지역에 건축공사가 진행되고 있고, 과세기준일 현재 건축물을 건축 중인 경우에는 지방세법 제186조 제1호에서 규정한 그 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보는 것이 타당하다 할 것이라고 해석한바 있다(행정안전부-85, 2007.5.1.).
(2) 위 법령과 해석사례 등을 종합하여 볼 때, 쟁점토지는 지방세특례제한법 제71조 제1항에 따른 재산세의 100분의 35 감면 대상에 해당한다. (가) 쟁점토지를 직접 사용하고 있는지 여부를 판단하는 기준은 착공 여부가 아니라 하나의 물류단지개발사업을 위하여 경제적 일체성을 이루어 목적이나 사업에 맞게 사용하고 있는지 여부를 기준으로 판단하여야 하는바, 물류시설법 제2조 제6호에서는 “‘물류단지’란 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치ㆍ육성하기 위하여 제22조 또는 제22조의2에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말한다.”고 규정하고 있고, 쟁점토지는 2021.7.16. 물류시설법 제23조·제29조에 따라 승인·고시된 용인 국제물류4.0 물류단지계획에 의해 물류단지개발사업용 토지로 지정된 후 청구법인이 물류단지를 개발하기 위하여 취득한 토지다. 위 물류단지 계획에 따르면 2019.4.25.부터 2024.12.31.까지 개발기간으로 정하고 있고, 청구법인은 2021.10.21. 착공하여 개발기간 내에 물류단지를 개발하기 위하여 순차적으로 공사를 진행하고 있다. 쟁점토지가 명백히 다른 용도로 사용되고 있는 경우 그 부분은 직접 사용하지 않은 것으로도 볼 수 있는 것인데(대법원 1994.11.4. 선고 93누10125 판결 참조), 쟁점토지를 제3자에게 임대한다는 등 다른 용도로 사용하지 않고 있다. (나) 이 건 물류단지 개발사업은 대규모 개발공사일 뿐만 아니라 실시계획 인가시점을 고려할 때, 이 건 토지 전체를 일시에 착공할 수 없는 특수한 사정이 존재한다. 이 건 물류단지는 개발면적이 전체 952,645㎡에 달하는 대규모 공사일 뿐만 아니라, 이 건 물류단지의 실시계획은 2021.7.16. 승인·고시되었는데, 2022년 과세기준일(2022.6.1.)까지 1년도 채 되지 않는 기간이다. 따라서 해당 기간 내에 이 건 토지 전체에 일시에 착공하는 것은 현실적으로 불가능하고, 청구법인은 2021.10.21. 착공한 후 현재까지 계속적으로 공사를 진행하였는바, 2023.1.31. 기준 공정률은 6.93%에 달한다. 위와 같은 사정은 토지를 사업에 전혀 착공하지 아니하였다거나(조심 2014지1116, 2014.9.3.), 일단의 토지를 여러 공구로 나누어 그 일부에 대해서만 착공하여 잔여 토지와 그 구획과 기능이 분리되어 있다거나(대법원 2020.9.10. 선고 2020두39860 판결 참조), 일부 토지를 임대하거나 또는 비워둔 채 사용하지 아니하고 있는 사례(대법원 2001.6.29. 선고 1999두4723 판결 참조)와는 다르다. 더군다나 물류시설법 제52조의3 제1항에 따르면, 경기도지사는 사정이 변경되어 물류단지개발사업을 계속 시행하는 것이 불가능하게 된 경우 등 같은 조항 각호에 해당하는 경우에는 물류시설법에 따른 지정ㆍ승인 또는 인가를 취소하거나 공사의 중지, 공작물의 개축, 이전, 그 밖에 필요한 조치를 하여야 하거나 할 수 있으므로, 청구법인이 실시계획에 따라 개발사업을 이행하지 아니하였을 때 물류시설법에 따라 필요한 조치를 받을 수 있는 것이다.
3. 심리 및 판단
(1) 종합부동산세법(2021.9.14. 법률 제18449호로 일부개정된 것) 제12조(납세의무자) ① 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자로서 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 해당 토지에 대한 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.
1. 종합합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 5억원을 초과하는 자
2. 별도합산과세대상인 경우에는 국내에 소재하는 해당 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액이 80억원을 초과하는 자
(2) 지방세법 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
(3) 지방세법 시행령 제102조(분리과세대상 토지의 범위) ⑤ 법 제106조 제1항 제3호 마목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.
2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률,도시개발법,도시 및 주거환경정비법,주택법등(이하 이 호에서 “개발사업 관계법령”이라 한다)에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
(4) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(신탁법제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다. 제71조(물류단지 등에 대한 감면) ①물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지(이하 이 조에서 “물류단지”라 한다)를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 25를 각각 2025년 12월 31일까지 경감한다. 이 경우 지방자치단체의 장은 재산세에 대해서는 해당 지역의 재정 여건 등을 고려하여 100분의 10의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.
(5) 지방세특례제한법 시행령 제123조(직접 사용의 범위) 법 또는 다른 법령에서의 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용할 때 직접 사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물 및 주택을 건축 중인 경우를 포함한다.
(1) 청구법인은 당초 심판청구시 종합합산과세대상으로 구분된 이 건 토지 중 공공시설용 토지와 진입도로용 토지에 대해서는 지방세법 시행령 제102조 제5항 제2호에 따른 분리과세대상으로 변경하여 종합부동산세 과세대상에서도 제외되는 것으로 보아야 한다고 주장하였으나, 용인시 처인구청장이 청구주장에 따라 종합부동산세의 선행세목인 재산세를 2023.1.26. 직권으로 감액․경정함에 따라, 처분청도 2023.2.8. 종합부동산세 등 합계 OOO원을 청구법인에게 환급하였고, 이후 청구법인은 2023.7.13. 청구변경신청서를 제출하여 위와 같이 청구주장을 변경하였다.
(2) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인은 경기도 성남시 분당구 OOO를 본점소재지로 하고 부동산개발업 및 물류단지 개발업 등의 사업을 영위하기 위하여 2015.4.29. 설립된 법인이다. (나) 경기도지사는 2021.7.16. 다음과 같이 이 건 물류단지사업계획 및 실시계획을 승인 고시(경기도 고시 제2021-5128호)하였다. (다) 청구법인은 2021.10.21. 환경부장관(한강유역환경청장)에게 이 건 물류단지 조성공사를 착공한다는 내용의 착공통보서(제211021-76호)를 제출하였다. (라) 2022~2023년도 공정보고서에 의하면, 청구법인은 2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 이 건 물류단지사업 조성공사를 0.31% 진행한 것으로 나타난다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 물류단지개발사업의 시행자인 청구법인이 과세기준일(2022.6.1.) 현재 물류단지개발사업에 직접 사용하는 토지에 해당하여 재산세 감면 대상에 해당하므로, 종합부동산세도 감액 경정되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 앞서 제기한 재산세 관련 선결정례(조심 2023지342, 2024.6.26.)에 따르면 쟁점토지의 경우 대부분 조성공사가 진행되지 않고 있거나 농지 상태에 있는 것으로 확인되고, 청구법인이 제출한 현장사진에서도 2022.6.1. 과세기준일 현재 물류단지 조성공사가 얼마나 진행 중이었는지가 불분명한 상태로 보이므로 감면대상에 해당한다고 보기 어려운 점, 종합부동산세는 지방자치단체로부터 과세자료를 제공받아 과세기준일 현재 토지분 재산세의 납세의무자에 대해 과세하도록 규정하고 있는데, 현재까지 청구법인의 관할 지방자치단체인 용인시 처인구청장이 쟁점토지를 감면대상에 해당하는 것으로 보아 세액을 변경한 사실이 없고, 쟁점 및 청구이유가 동일한 재산세관련 선결정례와 이 건을 달리 볼 만한 객관적․구체적인 증빙을 제출한 사실도 없는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 재산세 감면대상에 해당하지 않는 것으로 보아 이 건 종합부동산세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.