부동산매매업을 영위하는 사업자가 공부상 업무시설로 되어 있는 사업용 재화를 주거용으로 임대하다가 양도하는 경우 부가가치세 과면세 여부

가. 청구인은 2003.2.10. 부터 2016.10.27. 까지 OO라는 상호로 부동산매매업을 영위한 개인사업자로서, 2005.6.16. 경기 용인시 기흥구 상갈동 ***-* 에 지상 4 층의 근린생활시설 (이하 “ 쟁점건물 ” 이라 한다) 을 신축하고 2004 년 2 기부터 2005 년 2 기까지 부가가치세 매입세액을 환급받았다. 나. 청구인은 2010.9.7. 건축물대장을 집합건물로 전환한 다음 2010.10.15. 쟁점건물 중 2~4 층의 용도를 근린생활시설에서 업무시설 (사무소) 로 변경하고 (1 층포함 총 115 호로 분할) 리모델링 공사를 하였다. 다. 청구인은 2011 년 제 2 기에 쟁점건물 중 18 호를 매각하였고 이에 대해 처분청은 2013.4.1. 쟁점건물 2~4 층이 주거용 (원룸) 으로 임대되었다는 이유로 리모델링공사 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하였다. 한편 청구인은 2014 년 제 2 기에 80 호, 2015 년 제 2 기에 제17호를 매각하였다. 라. 처분청은 2015 년 제 2 기 공급분에 대한 부가가치세 신고누락 과세자료에 따라 2022.3.8. 청구인에게 2015 년 제 2 기 부가가치세를 결정. 고지하였다. 마. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 (1) 처분청은 쟁점건물의 2~4 층이 원룸 (주택) 으로 임대된 사실을 확인하고 리모델링관련 공사비에 대한 매입세액을 불공제하였다. 이는 국세기본법 제14조의 실질과세 원칙에 의한 것이고, 대법원도 1994.12.9. 선고 94 누 8969 판결에서 이를 명확히 하였다. (2) 이후, 청구인은 2014 년과 2015 년에 쟁점건물 중 97 호를 주택임대사업자에게 각 매각하였고, 관할관청도 주택으로 취. 등록세를 처리하였다. 따라서 처분청이 7 년이나 지나서 주택이 아니라는 이유로 부가가치세를 부과하는 것은 실질과세 및 신의성실 원칙에 위배된다. (3) 더구나, 2011 년 공급분에 대한 부가가치세 결정에는 아무런 변화가 없음에도 2015 년 공급분을 과세매출로 바꾸는 것은 과세요건 명확주의를 벗어난 것이고, 조세심판관합동회의에서 오피스텔을 국민주택 공급에 해당하지 않는다고 판시한 것은 2017 년이므로 소급과세원칙에도 위반된다. (4) 또한 청구인은 2014 년 제 2 기 매출과 2015 년 제 2 기 매출을 동일하게 세무처리하였으므로 2015 년에 대하여만 7 년의 제척기간을 적용하는 것은 모순이다. 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항 1 호 및 제51조의 2 제3항에서 국민주택 규모 이하의 주택 및 그 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 주택법 제2조 제1호 및 제6호에서 국민주택은 주거전용면적 85 제곱미터 (읍 또는 면 지역은 100 제곱미터) 이하인 주택으로 규정하고 있으며, 주택법 시행령 제2조의 2 제4호에서 오피스텔을 주택과는 별도로 규정하고 있으므로 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하의 주택은 주택법에 따른 주택에 해당되는 것 중 그 주거전용 면적이 85 제곱미터 이하인 것만을 의미하는 것으로 보아야 한다. 쟁점건물은 업무용 시설로 분류되어 관할 지방자치단체로부터 건축허가 및 사용승인을 받았고 사용승인일부터 공급시기까지 주택법상 주택으로 용도변경허가를 받은 사실도 없으므로 부가가치세 부과대상에 해당한다. (2) 처분청이 쟁점건물의 일부가 면세전용된 것으로 보아 매입세액을 불공제한 사실이 있으나 이를 공적인 견해표명으로 볼 수는 없고 과세매출에 해당하는 경우에는 부가가치세를 신고하여야 하므로 이를 신고하지 아니한 납세자에게 귀책사유가 있다.

가.

부동산매매업을 영위하는 사업자가 공부상 업무시설로 되어 있는 사업용 재화를 주거용으로 임대하다가 양도하는 경우 부가가치세 과. 면세 여부 나.

(1) 부가가치세법 제10조 (재화 공급의 특례)

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 (이하 이 조에서 " 자기생산·취득재화 " 라 한다) 를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

38 조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화 제38조 (공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액 (제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. (2) 조세특례제한법 제106조 (부가가치세의 면제 등) (3) 조세특례제한법 시행령 제51조의 2(과세특례) (4) 주택법 제2조 (정의) 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인은 2006.5.16. 지상 4 층의 쟁점 건물을 신축하였으며, 이후 2010.9.7. 건축물 대장상 쟁점건물을 일반건축물에서 집합건축물로 전환한 다음, 아래 (표 1) 과 같이 총 115 호로 분할하였다. (표 1) 쟁점건물 현황 (2) 청구인은 쟁점건물 115 호 중 18 호를 2011 년, 80 호를 2014 년, 17 호를 2015 년에 각 매각하였으며, 이에 대한 청구인의 부가가치세 신고내역과 경정내역은 아래 (표 2) 와 같다. (표 2) 부가가치세 신고 및 경정내역 (3) 처분청의 2011 년 제 2 기 부가가치세 경정내역에 의하면 쟁점건물 중 2~4 층이 주거용 (원룸) 으로 임대된 것으로 조사하고 리모델링공사 관련 매입세액을 안분계산하여 불공제한 것으로 나타난다. (4) 청구인은 2014~2015 년에 쟁점건물 중 97 호를 9 인에게 매각하였으며 매수인들은 쟁점건물 각 호실을 사업장 소재지로 하여 주택임대업을 영위한 것으로 나타난다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법제14조 제2항은 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세여부 등을 따른다고 하면서 제1호에서 주된 사업과 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역을 규정하고 있다. (나) 청구인은 쟁점건물이 공부상 업무시설이지만 주거용 (원룸) 으로 임대사용하였고 해당 매입세액을 불공제하였으므로 처분청이 부가가치세를 과세하였으므로 실질과세 원칙 등에 위배되고 2015 년 2 기 부가가치세에 대하여만 7 년의 제척기간을 적용한 것도 잘못이라고 주장한다. (다) 그러나, 과세사업 또는 면세사업에 사용하던 사업용 자산을 양도하는 경우 그 재화의 과. 면세 여부는 위 규정의 법리에 따라 결정하여야 하는 것인바 청구인은 2003.2.10. 부터 2016.10.27. 까지 부동산 매매업을 영위하였고 달리 주택임대업을 추가등록하거나 해당 소득을 신고한 내역도 없으며 설령 청구인이 2011 년부터 쟁점건물을 주거용으로 사용하였다고 하더라도 그로부터 4 년의 기간에 걸쳐 계속적. 반복적으로 쟁점건물 115 호실을 매각하였으므로 주택임대업에 부수된 일시적. 우발적 공급으로 보기는 어렵다. 따라서 처부넝이 쟁점건물의 2015 년 2 기 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (라) 다만, 세법상 가산세는 납세의무자가 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것인바 2017.12.20. 조세심판관합동회의의 결정이 있기 전까지 세법해석상 견해의 대립이 있었으므로 청구인이 쟁점건물의 공급에 대하여 부가가치세 신고의무를 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 인정된다. 따라서, 신고불성실가산세는 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의 2 및 제65조 제1항 제2호 및 3 호에 의하여 주문과 같이 결정한다.