분할신설 전 모회사의 과세표준을 합산하여 분할신설된 자회사(청구법인)의 의제매입세액(면세농산물등 가공업) 공제한도 등을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2021.11.1. AAA 주식회사(이하 “모회사”라 한다)로부터 육가공 사업부 조직 및 생산공장 등이 현물출자에 의하여 분할·신설되었는바, 2021년 제2기 부가가치세 신고시 2021년 7월부터 10월까지 모회사의 면세축산물 관련 과세표준을 합산하는 방법으로 의제매입세액 공제한도 등을 산정(공제대상세액: OOO원)하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. OOO청장은 2022.3.15.부터 2022.4.1.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과 청구법인이 의제매입세액 공제한도를 초과하여 의제매입세액 공제 등을 신청한 것으로 보아 처분지시하였고, 처분청은 청구법인의 설립 이전에 발생한 모회사의 과세표준을 제외하여 의제매입세액 공제한도 등을 재산정(공제대상세액: OOO원)하여 2022.9.7. 청구법인에게 2021년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.12.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 분할·신설 과정에서 모회사로부터 매입한 재고자산은 현물출자 대상인 OOO 소재 육가공 공장이 보유하고 있던 물량으로 이와 관련된 매출은 2021년과 2022년에 걸쳐 이루어지는 것이지 현물출자 이후인 2개월 만에 모두 매출가능한 수준이 아닌 반면, 처분청의 과세처분에 의할 경우 아무런 환산 규정 없이 2개월분의 과세표준만을 기준으로 현저히 적은 의제매입세액공제가 적용될 뿐만 아니라 2021년에 비해 상대적으로 신규 매입가액이 적은 2022년의 경우 의제매입세액공제를 적용받을 대상 자체가 없는 부당한 결과가 초래되는바, 이와 같이 과세기간 중 법인 설립시기에 의한 우연한 사정으로 두 과세기간에 걸쳐 이중으로 불합리한 의제매입세액공제를 적용받게 되는 점, 모회사는 청구법인에게 재고자산을 매각하고 부가가치세법 시행령제84조 제3항에 따라 공제한 의제매입세액을 납부세액에 가산하여 부가가치세를 신고·납부한 점, 우리나라의 현행 의제매입세액공제 제도는 부가가치세의 이론적 토대에 맞게 운영되지 못하는 미비점으로 인하여 중복과세 문제를 완전히 제거하지 못하고 각 사업자별 조세중립성 실현, 면세 및 영세율 입법취지 달성 등에 어려움이 있는 현실에서 청구법인과 같이 모회사가 영위하던 사업을 그대로 승계받아 면세축산물 가공업 등을 영위하는 경우에 있어서는 위와 같은 불합리함이 발생하지 않도록 관련 규정을 융통성 이게 해석·적용함이 타당한 점 등을 볼 때 의제매입세액 공제한도 등을 재산정하여 과세한 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행령제84조 제2항에 의하면 의제매입세액 공제한도 계산시 과세표준은 “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”으로 명시적으로 규정하고 있어 의제매입세액공제는 해당 사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물 등을 원재료로 하여 제조·가공한 용역에 대하여 부가가치세가 과세된 경우에 적용되는 것으로 해석되는바, 청구법인의 설립(2021.11.1.) 이전에 모회사에서 발생한 육가공 과세표준(2021년 7월〜10월)은 의제매입세액 공제한도 등의 산정함에 있어 청구법인의 과세표준으로 보기 어려우므로 청구주장은 이유 없다.

• 가. 쟁점 분할신설 전 모회사의 과세표준을 합산하여 분할신설된 자회사(청구법인)의 의제매입세액(면세농산물등 가공업) 공제한도 등을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제42조 (면세농산물등 의제매입세액 공제특례) ① 사업자가 제26조 제1항 제1호 또는 제27조 제1호에 따라 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 "면세농산물등"이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(제28조에 따라 면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우는 제외한다)에는 면세농산물등을 공급받거나 수입할 때 매입세액이 있는 것으로 보아 면세농산물등의 가액(대통령령으로 정하는 금액을 한도로 한다)에 다음 표의 구분에 따른 율을 곱하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제84조 (의제매입세액 계산) ① 법 제42조 제1항에 따라 매입세액으로서 공제할 수 있는 면세농산물등(이하 "면세농산물등"이라 한다)은 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물(제34조 제1항에 따른 1차 가공을 거친 것, 같은 조 제2항 각 호의 것 및 소금을 포함한다)로 한다.

② 법 제42조 제1항 표 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준(이하 이 항에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 30(개인사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40)을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <단서 생략>

1. 법인사업자: 과세표준에 100분의 40을 곱하여 계산한 금액에 공제율을 곱한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 2021.11.1. 모회사로부터 육가공 사업부조직 및 생산공장을 이전(현물출자)받아 분할·신설(업태 및 종목: 제조업·식육가공 및 저장사료업)되었다. (나) 청구법인 및 처분청의 2021년 제2기분 면세농수산물등 의제매입세액공제 산정내역은 아래 <표>와 같다. <표> 면세농수산물등 의제매입세액공제 산정내역(2021년 제2기분) ◯◯◯

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 모회사에서 발생한 과세표준을 반영하여 청구법인의 의제매입세액 공제한도 등을 산정하여야 한다고 주장하나, 동 과세표준과 관련하여 청구법인의 매출로 인식하여 부가가치세 등을 신고·납부한 사실이 확인되지 아니한 점, 부가가치세법제42조 제1항 및 같은 법 시행령 제84조 제2항에 의하면, “해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준”에 소정의 한도율을 적용하여 의제매입세액 공제한도를 산정하도록 규정하고 있어 청구법인의 설립 이전에 모회사에서 발생한 과세표준의 경우 청구법인(해당 사업자)이 공급한 과세표준으로 보기 어려우므로 이를 제외하여 청구법인의 의제매입세액 공제한도 등을 산정함이 타당한 것으로 해석되는 점 등에 비추어 의제매입세액 공제한도 등을 재산정하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.