조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점토지에 대한 농지대토감면을 부인한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-중-0294 선고일 2023.05.30

주거용 건물 건설업의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 ooo만원 이상인 동시에, 주거용 건물 건설업의 사업소득 총수입금액이 약 ooo만원인 2021년은 청구인의 경작기간에서 제외되어야 하는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2015.2.2. OOO을 취득하여 재촌ㆍ자경하다가, 2021.2.16. OOO에 2021.2.9.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 이를 양도하였고, 2021.4.30. 조세특례제한법 제70조 제1항 에 따른 농지대토 양도소득세 감면을 적용하여 이에 대한 양도소득세를 신고(세액 없음)하는 한편, 2021.5.31. OOO을 OOO원에 취득하여 현재까지 재촌ㆍ자경하고 있다.
  • 나. 처분청은 대토감면 사후관리를 실시한 결과, 청구인이 쟁점토지를 양도한 2021년경 당시 총수입금액이 OOO원 이상이므로 해당 과세기간을 경작기간에서 제외하여야 하고, 이 경우 세액 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아, 2022.10.21. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.15. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 종전 경작 토지인 쟁점토지의 소유ㆍ재촌ㆍ자경기간과, 대체토지의 면적ㆍ가액 및 재촌ㆍ자경 사실 등 조세특례제한법 제70조 에 규정된 모든 세액감면 요건을 충족하였다. 2021년에는 11∼12월에만 수입금액이 발생하였는데, 쟁점토지는 청구인의 의사와 관계없이 OOO에 수용되었고, 그 수용시기인 2021년 2월경에는 향후 언제, 어떤 수입이 얼마나 발생할지 예측할 수 없었으므로, 경작기간 산정 시, 2021년 전체 과세기간이 아니라 2021.11.12.∼2021.12.31. 기간만을 제외하여야 한다. 설령 2021년 전체를 경작기간에서 제외한다 하더라도 쟁점토지의 총 경작기간은 4년을 초과하므로, 쟁점토지 양도 이후에 발생한 수입금액이 OOO원을 초과하였다는 이유로, 해당 과세기간 전체를 경작기간에서 제외하면서 양도 당시 경작을 하지 않았다고 보는 것은 조세특례제한법 제70조 의 ‘경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토함으로써’라는 문구를 지나치게 확대해석하는 것이다. 한편, 수입금액이 발생한 연도 전체를 경작기간에서 제외하여 농지대토에 대한 양도소득세 감면의 적용을 부인한다면, 소득세법상 수입금액이 발생한 연도에 양도되는 농지는 모두 대토감면을 적용받을 수 없는 문제가 발생할 뿐만 아니라, 경제적으로 어려운 농민을 보호하기 위한 조세특례제한법 제70조 의 당초 입법취지에도 명백히 위배된다.
  • 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법령상 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위해서는 청구인이 양도 당시 쟁점토지를 직접 경작하였어야 하는데, 청구인의 2021년 과세기간 사업소득 총수입금액 및 사업소득금액은 각각 OOO원 및 OOO원으로, 법령상 금액을 초과하므로, 해당 과세기간은 경작기간에서 제외되어야 한다.

(2) 청구인은 총수입금액의 발생시기가 2021년 11∼12월에 한정되므로, 해당 기간만 경작기간에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 에 따라 준용되는 같은 영 제66조 제14항에 의하면, 사업소득금액 합계액이 OOO원 이상이거나 총수입금액이 OOO원 이상(부동산 매매업의 경우에 해당한다)인 과세기간은 경작기간에서 제외되고, 이 때 소득세법 제5조 에 의하면, 그 기간은 해당 연도의 1.1.∼12.31. 기간 전체로 해석되므로, 청구인의 2021년 총수입금액이 OOO원 이상이라고 보아 2021년 전체를 경작기간에서 제외하는 것은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점토지에 대한 농지대토감면을 부인한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, OOO과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인의 쟁점토지 양도에 대한 2021년 양도소득세 부과내역은 OOO과 같고, 이에 대한 농어촌특별세의 경우, 양도소득세액 OOO원을 과세표준으로 하고 여기에 세율 20%를 적용하는 등 하여 최종적으로 OOO원이 경정ㆍ고지된 것으로 나타난다. (나) 청구인은 2022.6.29. OOO와 같은 내용으로 2021년 귀속 종합소득세 확정신고를 하였고, 그 중 사업소득명세는 OOO과 같은데, 이에 의하면 2021년 전체 과세기간의 부동산임대업 외의 사업소득금액과 근로소득금액(= 총급여액 - 근로소득공제액)의 합계액은 OOO원을 초과하는 OOO원이고, 주거용 건물 건설업에서의 사업소득 총수입금액이 OOO원을 상회하는 OOO원인 것으로 나타난다. (다) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 2015.2.2. 2015.1.30.자 매매를 원인으로 하여 AAA으로부터 쟁점토지에 대한 소유권을 이전받은 후, 2021.2.16. 2021.2.9.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 OOO에 쟁점토지에 대한 소유권을 이전한 것으로 나타난다. (라) OOO이 2021.2.26. 발급한 ‘토지수용(협의매수)확인서’에 의하면, 청구인은 2021.2.26. 쟁점토지 양도에 대한 보상금 OOO원을 수령한 것으로 나타난다. (마) 등기사항전부증명서 등에 의하면, 청구인은 2021.5.28. BBB과 OOO의 지분 2분의 1을 OOO원에 양수OOO하는 내용의 매매계약을 체결하였고, 이에 따라 2021.5.31. 해당 토지에 대한 소유권을 이전받은 것으로 나타난다. (바) OOO시장이 2021.3.29. 발급한 청구인의 OOO에 의하면, 청구인은 2021.3.29. 당시 전 OOO 및 과수원(쟁점토지) OOO를 소유한 것으로 나타난다. (사) 청구인은, CCC이 2021.4.5. ‘청구인은 쟁점토지에서 2015년 1월경부터 2021년 2월경까지 경작하였음을 확인한다’는 내용으로 작성한 ‘경작사실확인서’를 제출하였다. (아) 청구인은 2005.1.1.∼2021.3.31. 기간 동안의 농협 거래자별 매출 상세내역을 제출하였는데, 이에 의하면 청구인은 2021.2.22. OOO을, 2021.3.31. 부농 원예용 상토 40L, 흑색필름, 고구마전용 20kg, 명품입상 석회 20kg, 종자를 구입한 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도일 이후 기간에 수입이 발생하였다는 이유로, 양도일이 속한 2021년 전체를 경작기간에서 제외하여 조세특례제한법 제70조 에 따른 ‘농지대토에 대한 양도소득세 감면’의 적용을 부인하는 것은 위법ㆍ부당하다고 주장하나, 농지대토의 양도소득세 감면요건의 경우 조세특례제한법 시행령 제67조 제6항 에 따라 같은 영 제66조 제14항을 준용하는데, 이에 의하면 소득세법상 사업소득금액(농업ㆍ부동산임대업 등 제외) 및 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 과세기간 또는 건설업(비주거용 건물 건설업 제외)에서의 사업소득 총수입금액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 ‘그 기간’은 경작기간에서 제외되는 것이고, 기관과세인 소득세의 과세체계 및 법문언 등을 종합하여 볼 때, 여기서 ‘그 기간’이란 법령상 일정금액 이상인 과세기간 전체를 지칭하는 것으로 해석하는 것이 타당하므로, 주거용 건물 건설업의 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 OOO원 이상인 동시에, 주거용 건물 건설업의 사업소득 총수입금액이 약 OOO원인 2021년은 청구인의 경작기간에서 제외되어야 하는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다OOO.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정된 것) 제70조 [농지대토에 대한 양도소득세 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.

④ 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 적용받은 거주자가 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 제1항에서 정하는 요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30390호로 일부개정 및 2021.1.1. 시행된 것) 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우 제67조 [농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등] ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다.

⑩ 법 제70조 제4항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 이 경우 경작기간의 계산 등에 관하여는 제4항 및 제5항을 준용한다.

3. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 미만인 경우

4. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우

(3) 소득세법(2020.12.29.로 법률 제17757호로 일부개정된 것) 제5조 [과세기간] ① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다. 제19조 [사업소득] ① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조 제1항 제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

6. 건설업에서 발생하는 소득

12. 부동산업에서 발생하는 소득. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조 에 따른 공익사업과 관련하여 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다. 제20조 [근로소득] ② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 “총급여액”이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다. 제24조 [총수입금액의 계산] ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다. 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (4) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정되어 2021.1.1. 시행된 것) 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 제208조 [장부의 비치ㆍ기록] ⑤ 법 제160조 제2항 및 제3항에서 “대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의2 및 부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제7호 에 따른 사업자는 제외한다.

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.

  • 가. 농업ㆍ임업 및 어업, 광업, 도매 및 소매업(상품중개업을 제외한다), 제122조 제1항에 따른 부동산매매업, 그 밖에 나목 및 다목에 해당되지 아니하는 사업: 3억원
  • 나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기ㆍ가스ㆍ증기 및 공기조절 공급업, 수도ㆍ하수ㆍ폐기물처리ㆍ원료재생업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외한다), 부동산 개발 및 공급업(주거용 건물 개발 및 공급업에 한정한다), 운수업 및 창고업, 정보통신업, 금융 및 보험업, 상품중개업: 1억5천만원
  • 다. 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업, 부동산업(제122조 제1항에 따른 부동산매매업은 제외한다), 전문ㆍ과학 및 기술서비스업, 사업시설관리ㆍ사업지원 및 임대서비스업, 교육서비스업, 보건업 및 사회복지서비스업, 예술ㆍ스포츠 및 여가 관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인서비스업,가구내 고용활동: 7천500만원

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)