세대원 일부(청구인)가 신규주택 취득 후 1년 이내 주민등록 전입신고를 하지 않았다는 것을 이유로 1세대1주택 특례규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.8.5. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구인의 배우자인 BBB은 2020.8.3. OOO(이하 “신규주택”이라 한다)를 취득하였고, 청구인은 2021.6.30. 보유하고 있던 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 규정하고 있는 일시적인 1세대2주택으로 보아 2021.7.22. 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따른 1세대1주택 특례규정을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택(종전주택)이 조정대상지역에 있는 상태에서 청구인의 배우자가 조정지역 내 신규주택을 취득하는 경우 신규주택의 취득일부터 1년 이내에 청구인 세대 전원이 신규주택으로 이사하고 주민등록법 제16조 에 따른 전입신고를 하지 않았으므로 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 규정하고 있는 1세대1주택 특례규정의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2022.8.5. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.11.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 OOO이 본적지이고, 청구인의 부친은 위 주소지에서 거주하다 1999년 사망하자 청구인은 집안의 장손으로서 부친이 경작하시던 농지의 경작을 위하여 주소지를 본적지로 옮겨야 농업경영체등록 및 조합원자격을 얻을 수 있었고, 조합원 자격을 득하여야만 영농에 필요한 비료, 농약, 벼수매를 할 수 있어 OOO으로 전입신고를 하였다. 청구인은 2020년 양도소득세를 신고할 당시 대장암 수술 후 항암치료 및 요양치료 중이었던바, 경황이 없어 2019.12.17. 개정된 양도소득세 규정을 인지하지 못하였고, 청구인의 배우자는 입주 및 주민등록 전입신고를 하였으나, 청구인은 투병 중이라 입주는 하였으나 미처 주민등록 전입신고를 하지 못하였다. 그러나, 처분청이 청구인의 양도소득세 신고 이후 3일 이내에 주민등록 전입신고를 마치지 아니한 흠결사항을 보완할 것을 통지하였다면 지체 없이 이를 보정하였을 것이나, 처분청의 별도 통지가 없어 하자가 없는 것으로 믿고 있었다. 처분청이 공무상 작위의 의무를 위배하여 청구인이 제출한 양도소득세 신고서인 민원서류의 흠결사항(주민등록 전입신고 절차의 미비)을 발견하고도 청구인에게 이러한 흠결사항을 보정하라는 통보를 하지 않은 공무원이 작위의 의무를 위배하여 부작위에 의한 직무를 유기함으로 인하여 청구인에게 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 에 따른 일시적 1세대2주택 비과세 적용을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 그리고, 지난 정부가 입법한 일시적 1세대2주택 비과세 적용을 위하여 신규로 매수한 주택으로 입주 및 전입신고를 하여야 한다는 조항은 헌법 제14조를 간접적으로 제한하는 위헌적 법률로서 AAA 대통령의 취임과 동시에 신규주택으로 주소를 옮겨야 비과세를 적용받을 수 있도록 한 조항은 즉시 삭제된 것을 알 수 있는바, 일시적 1세대 2주택 비과세 특례조항의 신규로 매입한 주택으로 주민등록 전입신고를 하고 거주하여야 한다는 법률조항은 이미 사문화 되었다. 청구인은 OOO종회의 총무로서 2019년～2021년 수입금액은 모두 OOO 종회에서 건물을 사고파는 과정에서 일조하였다고 하여 각각의 부동산(OOO 등)으로부터 사례비 명목으로 지급받은 것이고 매월 발생하는 소득금액은 없다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목의 1세대1주택 특례조항의 전입신고는 일시적 1세대2주택 비과세 요건 중 실질적 요건으로서 국세청의 보정요구 대상이 아니며, 반드시 보정요구를 하여야 할 법적인 의무가 없으므로 이는 국가공무원법 제56조 에 위배되지 않고, 직무유기에도 해당하지 않는다. 즉, 처분청이 보정요구 대상이 아닌 대상에 대하여 보정요구를 하지 않은 것은 부작위에 해당하지 않고, 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우라고 볼 수 없으므로 국세기본법 제15조 에 위배됨이 없다. 또한, 양도소득세 신고의 오류가 있는 경우 소득세법 제114조제3항 에 의하여 즉시 경정할 수 있고, 국세기본법 제81조의6 제2항 및 소득세법 제170조 제1항 에 의하여 세무조사하여 결정할 수 있으므로 이는 국가공무원법 제59조 에 위배되지 않는다. 양도소득세 비과세는 명백히 납세자에게 특혜를 주는 규정으로 엄격해석을 해야 하므로 청구인이 제출한 증빙 등으로 신규주택 취득일부터 1년 이내 그 주택으로 세대 전원이 이사한 것은 인정되나, 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마쳐야 한다는 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목 후반부의 1세대1주택 특례조항은 예외사항이 없는 강행규정이므로 청구인 세대가 쟁점주택에 이사하고 거주하였다고 할지라도 전입신고를 하지 아니할 경우 양도소득세 비과세대상으로 볼 수 없다. 따라서, 청구인이 2021.6.30. 양도한 쟁점주택은 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목의 1세대1주택 특례에 해당하지 않으므로 일시적 1세대2주택 비과세 신고를 부인하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 세대원 일부(청구인)가 신규주택 취득 후 1년 이내 주민등록 전입신고를 하지 않았다는 것을 이유로 1세대1주택 특례규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 헌법 제14조 모든 국민은 거주ㆍ이전의 자유를 가진다.

(2) 국세기본법 제15조[신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

(3) 소득세법 제89조[비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (4) 소득세법 시행령 제154조[1세대1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택 또는 공공주택 특별법 제2조제1호 의2에 따른 공공건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 건설임대주택의 임차일부터 해당 주택의 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년이상인 경우

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다.

• 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우
• 나. 해외이주법에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.
• 다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다.

3. 1년 이상 거주한 주택을 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 양도하는 경우(중략) 제155조[1세대1주택의 특례] ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우

2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.

• 가. 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 주민등록법 제16조 에 따라 전입신고를 마친 경우
• 나. 신규 주택의 취득일부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 (5) 소득세법 시행규칙 제71조[1세대1주택의 범위] ① 영 제154조 제1항 본문에서 규정하는 보유기간의 확인은 당해주택의 등기부등본 또는 토지ㆍ건축물대장등본 등에 의한다.

③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)ㆍ군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 지방자치법 제7조 제2항 에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍ㆍ면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.

1. 초ㆍ중등교육법에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 고등교육법에 따른 학교에의 취학

2. 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편

3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양

4. 학교폭력예방 및 대책에 관한 법률에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)

(6) 국가공무원법 제56조[성실 의무] 모든 공무원은 법령을 준수하며 성실히 직무를 수행하여야 한다. 제59조[친절ㆍ공정의 의무] 공무원은 국민 전체의 봉사자로서 친절하고 공정하게 직무를 수행하여야 한다.

(7) 국세청민원사무처리규정 제20조[민원서류의 보완․취하 등] ① 접수한 민원서류에 흠이 있는 경우에는 민원인에게 3일 이내에 보완하도록 지체 없이 요구하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 배우자가 쟁점주택을 신규로 취득하고 1년 이내에 청구인 세대 전원이 신규주택에 이사하고, 청구인을 제외한 나머지 세대원들이 주민등록상 전입신고한 것에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청의 심리자료는 아래와 같다. (가) 세무조사결과 통지내역에 따르면, 처분청은 세무조사의 결과일시적 1세대2주택 비과세 특례요건이 미충족된 것으로 보아 2020.5.20. 청구인에게 예상고지세액 OOO원을 통지하였다. (나) 이 건 조사종결보고서의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (다) 청구인이 제출한 주민등록초본 등을 살펴보면, 청구인은 2005.9.1. 쟁점주택에서 OOO로 전입하였고, 이후 2017.11.15. OOO에 전입하였으며, 2022.5.3. 신규주택에 전입한 것으로 나타난다. (라) 청구인의 가족관계증명서(2022.6.16. 발급)를 보면, 청구인의 배우자는 BBB, 자녀는 CCC 및 DDD이고, 청구인의 부친은 제적상태이며, 모친도 사망한 것으로 기재되어 있다. (마) 청구인이 제출한 문자수발신내용에 따르면, ㈜AAA는 청구인이 2021.7.15. 신규주택으로 주소변경이 되었다는 문자메시지를 전송하였고, 청구인이 제출한 OOO 요금안내서(2021년 9월)를 보면, 신규주택이 청구인의 주소지로 되어 있다. (바) OOO이 2020.8.12. 발급한 수술확인서상 청구인은 ‘하행결장의 악성 신생물’(한국표준질병 분류번호 C18.6)이라는 질병을 원인으로 2020.7.24. OOO에서 ‘구불결장절제술’을 받은 것으로 나타난다. (사) 청구인은 신규주택 관리소장 EEE가 2021.8.1. 청구인과 배우자, 자녀 DDD은 신규주택에 입주하여 거주한다는 취지로 작성․날인한 입주자명부를 제출하였다. (아) 청구인은 농업경영체 등록확인서(최초 등록일: 2015.3.19., 실제 경작면적: 2,091.0㎡), 조합원 탈퇴증명서(OOO 발급, 가입일: 2016.3.29., 탈퇴일: 2022.11.2., 청구인 주소지: OOO), 기본직접지불금 지급대상자 등록증, 거래자별매출상세내역(OOO 발급, 거래기간: 2017.5.7.～2022.5.14., 거래항목: 농약, 시설원예자재, 비료 등)을 증빙으로 제출하였다. (자) 청구인이 제출한 농업경영체등록(변경등록)확인서(2023.2.13. 발급분, 최초등록일자 2015.3.19., 최종변경일자 2022.5.18.)를 살펴보면 청구인은 OOO 농지 2,091㎡를 경작(재배면적의 구성: 김장배추 546㎡, 호박 1,000㎡, 가을무 545㎡, 휴경면적 없음)하고 있는 것으로 되어 있다. (차) 청구인이 제출한 소득금액증명 등을 보면, 청구인의 2019년, 2020년, 2021년 수입금액은 OOO원, OOO원(OOO원+OOO원), OOO원으로 되어 있고, 예금계좌 거래내역에 따르면 OOO이 2019.5.3. 청구인에게 OOO원, FFF가 2020.5.7., 2020.5.19. 청구인에게 OOO원 및 OOO원, OOO이 2021.12.28. 청구인에게 OOO원을 지급한 것으로 나타난다. (카) 청구인이 제출한 원천징수영수증에 따르면, 위의 수입금액은 모두 사업수입금액으로서 황실부동산 등이 3.3%(지방소득세 포함) 세율로 원천징수한 것으로 되어 있다.

(3) 2020년 개정세법 해설내용을 보면, 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 ‘신규 주택 취득 후 1년 이내 전입요건’을 추가(2020.2.11. 이후 양도분부터 적용)하도록 한 것은 ‘실수요 중심 주택 구입’을 유도하고 ‘투기 수요를 억제’하기 위한 것으로 나타난다.

(4) 청구인은 2023.2.9. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 청구인 세대는 과거에 계속하여 1세대1주택을 유지하여 왔고, 쟁점주택(종전주택)을 양도하고 신규주택을 취득하면서 단지 신규주택에 전입신고하지 못한 것은 투기적 목적이 아닌 부친으로부터 물려받은 농지경작 목적으로 농업인 자격을 유지하기 위한 것임에도 이러한 사정을 고려하지 않고 1세대1주택 특례규정의 적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다는 취지로 진술하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 신규주택에 전입신고를 하지 아니하여 일시적 1세대2주택 비과세 특례요건을 충족하지 못한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였으나, 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목에서 전입신고요건을 둔 것은 실거주하지 아니하고 투기목적으로 주택을 구입할 경우에는 1세대1주택 특례규정을 배제하기 위한 강화된 주택정책에 따른 것인바, 청구인이 신규주택을 취득하고 1년 이내에 신규주택에 전입신고를 하지 못하였으나 신규주택의 취득일부터 1년 이내에 그 주택으로 청구인 세대 전원이 실제 이사를 하고 신규주택 취득일부터 1년 내에 쟁점주택을 양도하였으므로 청구인은 일시적 1세대2주택자에 해당하고, 투기적 목적이 아닌 실거주할 목적으로 신규주택을 취득한 것으로 보이는 점, 청구인이 증빙으로 제출한 농업경영체등록확인서, 조합원(탈퇴)증명서, 기본직접지불금 지급대상자 등록증, 거래자별매출상세내역 등으로 볼 때 청구인은 부친이 사망한 이후 부친이 과거 경작하던 OOO에 위치한 농지를 경작하기 위하여 부득이하게 청구인의 주소지를 OOO으로 옮겼고 이는 농업경영체등록 및 농협조합원 자격을 얻기 위한 목적으로 보이는 점, 청구인이 제출한 소득금액증명 등에 따르면 청구인은 부동산 거래중개와 관련한 사례비 등의 일회성 성격의 소득만 존재하는 것으로 나타나는바, 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목에 따르면 ‘근무상의 형편’ 등의 부득이한 사유가 있을 경우에는 이를 이사요건의 예외사항으로 규정하고 있고 청구인은 정기적인 소득이 없으므로 생계유지를 위한 농지경작은 이에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점(국심 1999전545, 2000.3.15., 같은 뜻임) 등을 감안한다면 청구인이 신규주택을 취득하고 1년 내에 해당 신규주택에 전입신고하지 못한 것은 위와 같은 부득이한 사유가 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택의 양도에 대해 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 규정하는 1세대1주택 특례규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.