매수인은 쟁점토지 지상에 건물을 신축함에 있어 필요한 인․허가 등의 목적으로 쟁점토지를 제한적 또는 일시적으로 이용하였다기 보다는 쟁점토지 지상에서 건물의 신축 공사를 시작하여 실제 쟁점토지를 독자적으로 사용․수익한 것으로 보임 따라서 쟁점토지의 양도일은 쟁점토지에 대한 사용수익권이 매수인에게 실질적으로 이전된 토지사용승낙서 교부일로 보아야 할 것이고, 그렇다면 쟁점토지는 재산세 종합합산과세대상 토지로서 법인세법제55조의2 제2항에 따른 비사업용 토지에 해당하므로, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
• [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 한국토지주택공사(이하 “OOO”라 한다)로부터 쟁점토지를 취득하였는바(잔금청산일: 2016.11.11.), 2017.10.23. OOO로부터 토지사용승낙서를 받은 후인 2017.10.25. OOO에 건축 대수선허가 신청서를 제출하였으나, 쟁점토지의 매수희망자인 AAA이 본인 명의로 건물을 신축하기를 원하였기 때문에 2017.11.3. AAA에게 토지사용승낙서를 작성해 주었고, 2017.12.13. AAA이 건물착공신고서를 제출하여 건축한 후, 2018.10.25. 건축물 사용승인을 받게 되었다.
(2) 청구법인과 AAA이 체결한 쟁점토지의 매매계약서에 따르면, 계약금은 OOO원(AAA이 청구법인에게 2017.7.14. 대여하였던 OOO원을 대체하기로 함), 잔금은 OOO원(잔금지급일: 2018.10.29.)으로 정하였고, 은행대출금 OOO원(그에 대한 이자는 계약일인 2018.10.4.까지 청구법인이 부담하며, 이후에는 AAA이 승계하도록 함)을 제외한 실수령액 OOO원은 2018.10.29. 청구법인 명의의 계좌로 수령하였으며, 같은 날 소유권 이전 등기를 완료하였으므로, 쟁점토지의 양도일은 2018.10.29.이다.
(3) 쟁점토지는 2018.6.1. 기준 별도합산과세대상 토지로 분류되어 재산세가 부과되었고, 법인세법제55조의2 제2항 제4호 나목에서 재산세 별도합산과세대상 토지에 대해서는 비사업용 토지로 보지 않고 있으며, 쟁점토지 위에 신축된 건물의 사용승인일이 2018.10.25.이므로, 건물이 있는 상태에서 양도(2018.10.29.)되었으므로 비사업용 토지에 해당되지 않는다.
(4) 처분청은 청구법인이 2017.11.3. AAA에게 토지사용승낙서를 작성해 준 것에 근거하여 쟁점토지의 사용수익일이 2017.11.3.이라는 의견이나, 건축주 명의변경을 위해 토지의 사용승낙을 한 것일 뿐이고, 매매대금 OOO원 중 계약금 OOO원만을 받고 사용수익을 허가할 매도자는 없을 것이다. 당초 청구법인의 명의로 토지사용승낙을 받았으나, 청구법인이 건축물을 준공하여 취득세를 납부하고 또 다시 AAA이 취득세를 내면 2번 납부하는 것이 되기 때문에 건축업자의 권유에 따라 건축자 명의변경을 하기 위해 토지사용승낙서를 작성한 것으로, 이는 건축과정에서 통상적으로 일어나는 관행이다.
(2) 쟁점토지의 토지 사용승낙일은 2017.11.3., 건축행위자 변경일은 2017.12.14., 대금청산일과 소유권 이전등기일은 2018.10.29.으로 확인되는바, 그 중 빠른 날인 2017.11.3.을 양도일로 보아야 한다. (가) 대법원은 “사용수익일에는 양수인이 매매목적물인 자산을 현실적으로 사용·수익하기 시작한 날은 물론 매매계약의 내용 중 특약으로 정한 사용·수익이 가능한 날도 포함된다고 할 것이지만 양수인이 양도인으로부터 매매목적물인 자산을 이용·관리할 수 있도록 하는 승낙을 받았다고 하더라도 그것이 그 자산을 잠정적으로 보존·유지·관리하거나 제한적인 목적에 일시적으로 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인으로 하여금 그 자산을 독자적으로 사용·수익할 수 있게 한 것이 아니므로 그와 같은 승낙일은 이 사건 조항에서 정한 사용수익일에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결).”고 판시하였다. (나) 국세청은 “사용수익일이라 함은 당사자간의 계약에 의하여 사용수익을 하기로 약정한 날로 하되, 별도의 약정이 없는 경우에는 자산을 양도하는 법인의 사용승낙으로 인하여 매수인이 당해 자산을 실질적으로 사용할 수 있게 된 날을 말하는 것으로 귀 질의의 경우 매수법인의 매각대상 토지에 대한 건축허가신청을 위한 토지사용승낙일을 사용수익일로 볼 수 있는지 여부는 토지사용승낙으로 인한 당해 토지에 대한 사용수익권이 매수법인에 실질적으로 이전되었는지 여부 등에 의하여 사실판단할 사항임(질의회신 서면-2016-법인-4980, 2016.12.21.)”이라고 해석하였다. (다) 본 건의 경우, 청구법인은 2017.11.3. 매수인 AAA에게 토지사용을 승낙한 이후 2017.12.13. OOO시청 건축과로부터 건축허가를 받았고, 다음 날인 2017.12.14. 건축행위자를 AAA으로 변경하였으며, 2017.12.27. AAA이 공사를 착공한 사실이 확인된다. 청구법인과 AAA은 2017.11.3. 당사자 간에 사용수익을 승낙하기로 합의하였고, 합의된 내용에 따라 건축행위자를 매수인으로 변경하였으며, 매수인이 공사를 착공하여 쟁점토지를 실제 사용수익한바, 건물을 착공ㆍ소유하기 위한 토지의 사용은 민법상 물권인 지상권에 유사한 권리로서, 민법은 건물 소유 목적의 지상권의 최단존속기간을 30년으로 규정하고 있는 점(민법제280조 참조), 건물 소유 목적의 토지임대차의 경우에도 다른 토지임대차와 달리 특별히 최장기간의 제한을 배제하고 있었던 점(민법제651조, 2016.1.6. 개정으로 삭제) 등에 비추어 쟁점토지에 건물을 건축하기 위한 토지의 사용승낙이 매수인이 쟁점토지를 잠정적으로 보존·유지·관리하거나 제한적인 목적에 일시적으로 이용한 경우에도 해당되지 않는다.
(3) 따라서, 쟁점토지의 양도일은 2017.11.3.이고, 2017.6.1. 기준 쟁점토지는 재산세 종합합산과세대상 토지이며, 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외할 만한 다른 사유가 없으므로 이를 비사업용토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 추가 과세한 이 건 처분은 타당하다.
(1) 법인세법(법률 제14386호, 2016.12.20., 일부개정) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지
③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령(대통령령 제27828호, 2017.2.3., 일부개정) 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.
3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다. 제92조의2(토지등양도소득에 대한 과세특례) ⑥ 제68조의 규정은 법 제55조의2 제1항의 규정에 의한 토지등양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다. 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙(기획재정부령 제597호, 2017.3.10., 일부개정) 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.
5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)
(4) 국세기본법 제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에서 정하는 날부터 90일 이내에 심사청구를 할 수 있다.
1. 제66조 제7항에 따른 결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우: 그 결정기간이 지난 날
2. 이의신청에 대한 재조사 결정이 있은 후 제66조 제6항에 따라 준용되는 제65조 제5항 전단에 따른 처분기간 내에 처분 결과의 통지를 받지 못한 경우: 그 처분기간이 지난 날 제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.
② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항을 준용한다.
(2) 쟁점토지는 2017년 9월분 재산세 과세시 종합합산과세대상으로 분류되었다가, 2018년 9월분 재산세 과세시 별도합산과세대상으로 변경되었고, 조사청에서 OOO시청 재산세 부과담당자에게 확인한 바에 따르면, OOO시청 건축과에 쟁점토지에 대한 건물착공신고서가 접수되어 실제 착공 여부를 현지확인한 후, 2018년 9월 정기분 재산세 부과시 별도합산과세대상으로 변경하였다고 한다.
(3) 청구법인이 제출한 지방세 세목별 과세증명서에 따르면, 쟁점토지에 대한 2017년 9월분 재산세 및 2018년 9월분 재산세 모두 청구법인이 납부한 사실이 확인된다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청 구법인은 2017.11.3. 쟁점토지의 매수인인 AAA에게 토지사용승낙서를 작성해 준 것은 건축행위자의 명의 변경을 위한 것일 뿐이고 쟁점토지의 사용수익을 허가한 것이 아니며, 쟁점토지의 양도일은 잔금청산일인 2018.10.29.이므로, 이를 법인세법제55조의2 제2항에서 규정하는 비사업용 토지로 볼 수 없다고 주장한다. (나) 법인세법제55조의2 및 같은 법 시행령 제92조의2는 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세특례를 규정하면서, 그 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여는 같은 법 시행령 제68조를 준용하도록 하였고, 해당 규정에서 상품 등 외의 자산인 부동산의 양도시기는 대금청산일, 소유권 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 하도록 하고 있는바, 쟁점토지의 잔금청산일 및 소유권 이전등기일은 2018.10.29.로 이견이 없으나, 청구법인이 AAA에게 토지사용승낙서를 작성해 준 2017.11.3.을 쟁점토지의 사용수익일로 볼 수 있는지에 대하여 청구인과 처분청 간에 다툼이 있다. (다) 대법원은 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제98조의 위임에 따라 자산의 양도 또는 취득의 시기에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항에서 정하는 “사용수익일”에는 양수인이 매매목적물인 자산을 현실적으로 사용·수익하기 시작한 날은 물론 매매계약의 내용 중 특약으로 정한 사용·수익이 가능한 날도 포함된다고 할 것이지만, 양수인이 양도인으로부터 매매목적물인 자산을 이용·관리할 수 있도록 하는 승낙을 받았다고 하더라도 그것이 그 자산을 잠정적으로 보존·유지·관리하거나 제한적인 목적에서 일시적으로 이용하도록 하는 것에 불과한 경우에는 양수인으로 하여금 그 자산을 독자적으로 사용·수익할 수 있게 한 것이 아니므로 그와 같은 승낙일은 ‘사용수익일’에 해당한다고 할 수 없다고 판시한 바 있다(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결). (라) 이 건의 경우, 청구법인이 2017.11.3. 매수인 AAA에게 작성해 준 토지사용승낙서에는 AAA이 건축허가 등을 받기 위해 쟁점토지를 사용함에 있어 하등의 이의가 없기에 토지사용을 승낙한다는 내용이 기재되어 있고, 쟁점토지 지상 건물의 건축물대장에 따르면, 건축주 AAA이 2017.12.3. 건축허가를 받아 2017.12.27. 착공하였으며, 2018.10.25. 사용승인을 받은 것으로 나타나는바, 매수인 AAA은 쟁점토지 지상에 건물을 신축함에 있어 필요한 인․허가 등의 목적으로 쟁점토지를 제한적 또는 일시적으로 이용하였다기 보다는 쟁점토지 지상에서 건물의 신축 공사를 시작하여 실제 쟁점토지를 독자적으로 사용․수익한 것으로 보인다. (마) 따라서 쟁점토지의 양도일은 쟁점토지에 대한 사용수익권이 AAA에게 실질적으로 이전된 토지사용승낙서 교부일(2017.11.3.)로 보아야 할 것이고, 그렇다면 쟁점토지는 재산세 종합합산과세대상 토지로서 법인세법제55조의2 제2항에 따른 비사업용 토지에 해당하므로, 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.