쟁점보상금은 국가정책적인 목적에 따라 철도요금의 감면액을 보전하거나, 사업성이 낮은 벽지노선의 운영 등에 따른 손실을 보전하는 보조금으로, 이는 일반․광역철도 여객운송 사업 등 청구법인의 면세사업 등과 관련하여 국가로부터 받은 것으로 보이는바, 비록 부가가치세법제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다하더라도 위 개정규정에 따른 면세공급가액의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
쟁점보상금은 국가정책적인 목적에 따라 철도요금의 감면액을 보전하거나, 사업성이 낮은 벽지노선의 운영 등에 따른 손실을 보전하는 보조금으로, 이는 일반․광역철도 여객운송 사업 등 청구법인의 면세사업 등과 관련하여 국가로부터 받은 것으로 보이는바, 비록 부가가치세법제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다하더라도 위 개정규정에 따른 면세공급가액의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령 (가) 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.(산식 생략) (나) 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 것 제37조(면세하지 아니하는 항공기, 고속버스 등에 의한 여객운송 용역의 범위) 법 제26조 제1항 제7호 단서에 따른 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역은 다음 각 호의 용역으로 한다.
4. 철도건설법에 따른 고속철도에 의한 여객운송 용역 제63조(과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용된 재화의 공급가액 계산) ② 제1항에도 불구하고 제81조 제4항 제3호, 같은 조 제5항 또는 제82조 제2호를 적용받은 재화 또는 제83조에 따라 납부세액이나 환급세액을 사용면적비율에 따라 재계산한 재화로서 과세사업과 법 제29조 제8항에 따른 면세사업등(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우에 과세표준에 포함되는 공급가액은 다음 계산식에 따라 계산한다.(후문 이하 생략) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 부칙<대통령령 제28641호, 2018.2.13.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.(단서 생략) 제2조(일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.
(3) 철도산업발전기본법 제32조(공익서비스비용의 부담) ① 철도운영자의 공익서비스 제공으로 발생하는 비용(이하 “공익서비스비용”이라 한다)은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국가 또는 해당 철도서비스를 직접 요구한 자(이하 “원인제공자”라 한다)가 부담하여야 한다.
② 원인제공자가 부담하는 공익서비스비용의 범위는 다음 각 호와 같다.
1. 철도운영자가 다른 법령에 의하거나 국가정책 또는 공공목적을 위하여 철도운임ㆍ요금을 감면할 경우 그 감면액
2. 철도운영자가 경영개선을 위한 적절한 조치를 취하였음에도 불구하고 철도이용수요가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 벽지의 노선 또는 역의 철도서비스를 제한 또는 중지하여야 되는 경우로서 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속함으로써 발생되는 경영손실
3. 철도운영자가 국가의 특수목적사업을 수행함으로써 발생되는 비용 제33조(공익서비스 제공에 따른 보상계약의 체결) ① 원인제공자는 철도운영자와 공익서비스비용의 보상에 관한 계약(이하 “보상계약”이라 한다)을 체결하여야 한다.
② 제1항에 따른 보상계약에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.
1. 철도운영자가 제공하는 철도서비스의 기준과 내용에 관한 사항
2. 공익서비스 제공과 관련하여 원인제공자가 부담하여야 하는 보상내용 및 보상방법 등에 관한 사항
3. 계약기간 및 계약기간의 수정ㆍ갱신과 계약의 해지에 관한 사항
4. 그 밖에 원인제공자와 철도운영자가 필요하다고 합의하는 사항
(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다. (가) 부가가치세법제26조 제1항 제7호 및 같은 법 시행령 제37조 제4호에서 “고속철도에 의한 여객운송 용역”을 제외한 “여객운송 용역”을 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있는바, 청구법인이 공급하는 용역 중 고속철도 여객운송과 화물운송 용역은 부가가치세 과세대상으로, 일반철도 및 광역철도의 여객운송 용역은 부가가치세 면세대상으로 각각 분류된다. (나) 청구법인이 2018년 제1기에 국가에서 받은 쟁점보상금의 내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점보상금 발생의 원인이 된 공익서비스 중 운임감면은 일반․광역철도 여객운송과, 벽지노선의 운영은 일반철도 여객운송과, 특수목적사업은 특별동차의 운영 등 청구법인의 면세사업이나 부가가치세가 과세되지 아니하는 용역을 공급하는 사업과 관련된 것으로 보인다. <표1> 쟁점보상금 내역 (단위: 백만원) 구분 공공 운임 감면 주1) 벽지노선 운영 손실 주2) 특수목적사업 주3) 합계 일반철도 OOO OOO
• OOO 광역철도 OOO
• - OOO 특별동차
• - OOO OOO 합계 OOO OOO OOO OOO 주1) 노인ㆍ장애인ㆍ국가유공자 등에 대한 철도운임·요금을 일부 또는 전부를 감면할 경우 그 감면에 따른 손실금 주2) 철도이용객이 적어 수지균형의 확보가 곤란한 벽지노선 등의 운영을 계속함으로써 발생되는 경영손실금 주3) 국가의 특수목적사업인 특별동차운영단 운영 등의 수행을 위하여 발생한 비용 (다) 판례 등에 따르면, 청구법인은 공통매입세액 안분산식 적용시 면세공급가액에서 쟁점보상금을 제외하여야 한다고 주장하며, 2008년∼2012년 귀속 부가가치세에 대한 행정소송을 제기하여 대법원에서 승소(2018.1.25. 선고 2017두55329)한 것으로 나타난다. 위 판결에서 법원은 청구법인의 공익서비스 수행에 따른 용역공급의 상대방은 철도이용자인데, 철도이용자가 아닌 국가로부터 손실보전을 위해 받는 쟁점보상금은 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아니므로, 그 금액을 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없다는 취지로 판시하였다. (라) 법령의 개정연혁에 따르면, 위 대법원 판결이 선고(2018.1.25.)된 직후인 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 공통매입세액에 관한 부가가치세 시행령제81조 제1항 단서가 개정되었고, 그 개정 전․후 규정의 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 부가가치세법 시행령제81조 제1항의 개정내용 2018.2.13. 개정 전 2018.2.13. 개정 후 제81조 ① (본문 생략) 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세 공급가액(비과세공급가액을 포함 한다. 이하 이 조 및 제61조 의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 제81조 ① (본문 생략) 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급 가액(면세사업등에 대한 공 급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. (마) 기획재정부에서 발간한 2017 간추린개정세법에는 위의 개정내용에 대하여 아래와 같이 설명하고 있다. 국고보조 사업 등에 대한 공통매입세액 안분계산 방법 보완(부가령 §81)
종전 개정
□ 공통매입세액 안분계산 방법 ㅇ 과세사업과 면세사업등(비과세사업 포함)을 겸영하는 경우 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 중 면세사업 등에 관련된 매입세액은 불공제 ㅇ 면세사업등에 관련된 매입세액계산방법 공통매입세액 × 면세공급가액등 총공급가액 - 총공급가액은 과세사업에 대한공급가액과 면세공급가액등의 합계액 - 면세공급가액등은 면세사업등에 대한 수입금
□ 국고보조 사업 등에 대한 공통매입세액 안분계산 방법 규정 <좌동> - 면세공급가액등은 면세사업등과 관련하여 받았으나 공급가액에 포함되지 않는 국고보조금, 공공보조금 및 이와 유사한 금액을 포함
ㅇ 국고보조사업 등의 공통매입세액 안분규정 합리화
ㅇ 2018.2.13. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다. (가) 청구법인은 쟁점보상금이 부가가치세법제29조 제5항 제4호에 따른 “용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금”으로서 같은 법 시행령 제81조의 공통매입세액 안분계산식에서 제외되어야 한다고 주장한다. (나) 살피건대, 아래의 내용을 감안할 때, 쟁점보상금은 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 부가가치세법 시행령제81조 제1항 단서에서 규정한 면세공급가액에 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것인바, 쟁점보상금을 공통매입세액 안분계산 산식의 면세공급가액에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
1. 청구법인은 쟁점보상금과 관련하여 2008년〜2012년 귀속 부가가치세 부과처분에 대한 행정소송을 제기하였고, 이에 대하여 대법원(2018.1.25. 선고 2017두55329)은 청구법인의 공익서비스 수행에 따른 용역공급의 상대방은 철도이용자인데, 철도이용자가 아닌 국가로부터 손실보전 목적으로 받는 쟁점보상금은 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아니므로, 그 금액을 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없다고 판단하였다. 한편, 위 판결이 선고된 직후인 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 부가가치세법 시행령제81조 제1항 단서가 개정되면서 공통매입세액 안분비율의 계산에 사용되는 “면세공급가액”의 범위에 대하여 “...(앞부분 생략)...사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 부가가치세법제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다”라고 변경되었다.
2. 위 규정의 개정경위 및 문언을 보면, 국고보조금 등이 용역의 공급 그 자체에 대한 직접적인 대가는 아니여서 비록 부가가치세법제29조의 과세표준에는 포함되지 아니하더라도, 그것이 면세사업등과 관련하여 (국가 등으로부터) 받은 것이라면 공통매입세액 안분계산을 위한 “ 면세공급가액”에 포함된다고 해석된다.
3. 쟁점보상금은 국가정책적인 목적에 따라 철도요금의 감면액을 보전하거나, 사업성이 낮은 벽지노선의 운영 등에 따른 손실을 보전하는 보조금으로, 이는 일반․광역철도 여객운송 사업 등 청구법인의 면세사업 등과 관련하여 국가로부터 받은 것으로 보이는바, 비록 부가가치세법제29조의 과세표준에 포함되지 않는 국고보조금에 해당한다 하더라도 위 개정규정에 따른 면세공급가액의 범위에 포함된다고 보는 것이 타당하다 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.