청구법인은 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아서 철도건널목 관리용역을 일반 공중에게 무상으로 공급하고 있는 점 등에 비추어, 철도건널목 관리용역은 선로등 임대차 사업과는 별개의 비과세사업과 관련된 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠음
청구법인은 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아서 철도건널목 관리용역을 일반 공중에게 무상으로 공급하고 있는 점 등에 비추어, 철도건널목 관리용역은 선로등 임대차 사업과는 별개의 비과세사업과 관련된 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 사업은 크게 철도 건설사업, 수탁사업, 선로등 임대차 사업으로 나눌 수 있는데, 철도건널목 관리용역은 선로등 임대차 사업과 관련된 것이다. (가) 선로등 임대차 계약서에 의하면, 선로등은 ‘일반철도시설 중 청구법인이 관리하는 시설’이라고 되어 있고, 용어의 정의는 철도산업발전기본법제3조, 철도건설법제2조에서 정하는 바에 따른다고 되어 있다. 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 다만, 이 법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 철도산업발전 기본법에서 정하는 바에 따른다.
4. “일반철도”란 고속철도와 도시철도법에 따른 도시철도를 제외한 철도를 말한다.
6. “철도시설”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설(부지를 포함한다)을 말한다.
(2) 무상 제공받은 출연금이 재원이라는 점은 매입세액 공제를 부정하는 논거가 될 수 없다. (가) 부가가치세법 제38조 제1항 은 매입세액 공제 여부에 관하여 규정하면서 재원의 출처를 고려하고 있지 않으며, 이는 매입세액 공제 여부에 관한 판단 여지를 줄이기 위해 ‘불공제 대상’을 제한적으로 열거한 규정으로 해석하는 것이 대법원의 입장이다. (나) 무상 출연금이 재원임을 이유로 한 매입세액 불공제는 부가가치세의 기본 원리와도 배치된다. 즉 부가가치세법은 전단계 매입세액 공제방식을 통해 사업자의 ‘자기생산 부가가치’에 대하여만 과세가 이루어지도록 하고 있는데, 만약 무상 출연금이라는 이유만으로 매입세액 공제가 부정된다면, 이는 무상 출연금의 경우에는 자기 생산 부가가치가 아닌 부분에 대하여도 과세를 허용하는 결과가 된다.
(1) 쟁점매입세액은 국가출연금이라는 비과세수입에 귀속되는 비용이므로 불공제하는 것이 타당하다. (가) 청구법인은 고속철도·일반철도 선로등을 OOO에 임대하고 선로등 임대료 수입을 부가가치세 매출 과세표준으로 신고하고 있으며, 선로 유지보수를 OOO에 위탁하고 대가를 지급하면서 세금계산서를 발급받고 있다. (나) 또한, 선로 유지보수와 별도로 OOO와 일반철도 건널목 위탁용역계약을 체결하고, 정부(국토교통부)로부터 출연금을 받아서 그 용역 대가를 지급하였다. (다) 매입세액의 실지귀속을 논하기 위해서는 청구법인이 수행하는 사업과의 관련성은 물론 해당 매입용역이 과세·면세·영세율·비과세 매출 중 어느 곳에 반영되어 수익을 창출하는지 여부를 가려야 한다. (라) 설령 철도건널목 관리용역이 과세사업인 선로등 임대차 사업과 관련이 있더라도, 수익의 창출없이 별도의 국가출연금으로 전액 보전된다면 해당 용역비는 국가출연금이라는 비과세수입에 귀속되는 비용이므로 쟁점매입세액은 불공제하는 것이 타당하다.
(2) 철도건널목 관리사업은 건널목 개량촉진법에 따라 청구법인이 운영할 법적 책임이 있는 별도의 비과세 사업이다. (가) 건널목 개량촉진법 제3조 제1항 및 제8조는 일부 건널목에 대하여 철도시설관리자인 청구법인에게 그 건널목의 유지‧보수 및 관리에 관한 책임을 부여하고 있는데, 법이 청구법인에게 이러한 책임을 부여한 것은 철도 위를 지나가는 도로나 인도를 통행하는 사람, 자전거, 자동차의 안전을 보호하기 위한 것으로 OOO와 체결한 선로등 임대차 계약에 따라 제공하는 재화 또는 용역의 공급과 무관하다. (나) 청구법인이 철도건널목 관리사업을 통해 공급하는 용역은 건널목 개량촉진법 에 근거하여 일반 공중에 무상으로 이루어지고 있으며, 국가로부터 직접적인 대가관계 없이 교부받은 국고보조금만으로 운영하고 있으므로 철도건널목 관리사업은 비과세사업에 해당된다.
⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 건널목 개량촉진법 제3조 (건널목의 관리) ① 제8조에 따라 비용을 부담한 자는 그 건널목의 유지･보수 및 관리에 관한 책임을 진다. 다만, 1973년 2월 5일 이전에 설치된 건널목은 철도시설관리자가 관리한다. 제8조(비용의 부담) ① 건널목개량계획에 따라 기존 건널목을 입체교차화하거나 기존 건널목의 구조를 개량하는 경우에 드는 비용은 다음 각 호의 구분에 따른 자가 부담한다.
② 기존 철도 또는 도로를 횡단하여 철도 또는 도로를 신설하거나 노선을 개량하는 경우에 입체교차화를 위하여 드는 비용은 다음 각 호의 구분에 따른 자가 부담한다.
1. 기존 도로를 횡단하여 철도를 신설하거나 철도의 노선을 개량하는 경우: 철도시설관리자
2. 기존 철도를 횡단하여 도로를 신설하거나 도로의 노선을 개량하는 경우: 도로관리청
(1) 청구법인은 철도시설의 건설 및 관리사업 외에도 정부가 위탁한 사업 등을 시행하고(국가철도공단법제7조), 그 운영과 사업에 필요한 자금을 정부 출연금 또는 보조금 등의 재원으로 조달하고 있으며(국가철도공단법제17조 제1항), 정부로부터 사업출연금을 받는 경우에는 출연사업별로 회계를 구분하여 관리하고 있다.
(2) 청구법인이 OOO와 체결한 2018～2019년도 선로등 임대차 계약의 내용은 아래와 같다. 철도산업발전기본법 제31조 의 규정에 의하여 철도시설관리자인 청구법인과 철도운영자인 OOO는 다음과 같이 일반철도시설 중 청구법인이 관리하는 선로등 기반시설(이하 “선로등”이라 한다) 사용에 대한 계약을 체결한다. 제5조(대상시설) 본 계약의 대상시설은 별표1(89개 노선 3,371.2km)의 철도시설 중 선로등을 대상으로 한다. 제6조(사용조건 및 의무)
③ 청구법인은 관계법령 및 본 계약서에 정한 바에 따라 일반철도 운행에 적합한 선로등을 제공하고, OOO는 선로등을 사용함에 있어 관계법령과 본 계약서에 정한 사항을 준수하여야 하며, 선량한 사용자로서의 주의의무를 다 하여야 한다. 제7조(유지보수) 본 계약의 대상인 선로등에 대한 유지보수는 “일반철도시설 유지보수 위･수탁계약”에 따른다. 제8조(선로등 사용료)
① OOO는 청구법인이 제공하는 선로등에 대하여 선로등 사용료를 납부하여야 하며, 선로등 사용료는 같은 조 제2항 및 제3항의 총액으로 한다.
(3) 한편, 청구법인은 건널목 개량촉진법 제3조 에 따른 건널목과 건널목 시설물의 유지보수 및 관리책임자로서 정부로부터 ‘철도건널목 위탁관리비’ 명목의 사업출연금을 받아 이를 재원으로 하여, 사고 위험이 높은 건널목에 위탁관리원을 배치하여 자동차와 보행자를 안전하게 유도함으로써 사고를 방지하는 등 ‘철도건널목 관리사업’을 시행하고 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업등’으로 규정하고 있으며, 제40조는 “사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다”라고 규정하고 있으므로, 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련된 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다고 할 것이다(대법원 2015.3.24. 선고 2013두19875 판결 등). (나) 청구법인은 철도건널목 관리용역이 과세사업인 선로등 임대차 사업과 관련된 것이므로 해당 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 선로등 임대차 계약에 의하면 청구법인이 OOO에게 이행해야 할 급부 내용에는 철도건널목 관리용역이 포함되어 있지 않고, 철도건널목 관리용역이 선로등 임대차 계약에 따른 임대용역의 공급에 통상적으로 수반된다고 볼 수도 없으며, 또한 청구법인은 관련 법령에 따라 정부가 위탁한 업무를 대행하기 위하여 정부로부터 출연금을 교부받아서 철도건널목 관리용역을 일반 공중에게 무상으로 공급하고 있는 점 등에 비추어, 철도건널목 관리용역은 선로등 임대차 사업과는 별개의 비과세사업과 관련된 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠다. (다) 따라서, 처분청에서 철도건널목 관리용역이 선로등 임대차 사업과는 별도의 비과세사업과 관련된 것이라는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.