조세심판원 심판청구 소득세

하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부

사건번호 조심 2023전9274 선고일 2023-12-20 조세심판원

[요지] 쟁점부동산 등기사항전부증명서에 의하면 1차양도와 2차양도는 동일한 양수인들에게 지분으로 거래된 것으로 양도 전후로 필지가 분할된 사실이 없는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

  • 가. 청구인은 1997.8.25. 충청북도 충주시 OOO 소재 창고용지 546㎡ 및 같은 동 82-4 소재 과수원 2,414㎡를 취득하였고, 2014.10.13. 같은 동 82-1에 창고건물(56.8㎡)를 신축(이하 창고용지와 과수원, 창고건물을 합쳐 “쟁점부동산”이라 한다)한 후 2017.8.10. BBB 및 AAA(이하 “양수인들”이라 한다)에게 쟁점부동산의 지분 각 1/4씩(이하 “1차양도”라 한다)을, 2018.1.5. 양수인들에게 쟁점부동산의 지분 각 1/4씩(이하 “2차양도”라 한다)을 각각 양도하였으며, 귀속연도별 자경농지에 대한 양도소득세 감면세액 1억원을 각각 적용하여 2017.10.30. 2017년 귀속 양도소득세 OOO원을, 2018.1.11. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고하였다.
  • 나. 처분청은 2022.8.29.부터 2022.9.17.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과 청구인이 동일 양수인들에게 특별한 사유없이 쟁점부동산을 2과세기간에 걸쳐 분할양도하여 각각 자경농지 감면한도를 적용하고 누진세율을 회피하였다고 보아 쟁점부동산의 양도일을 2018.1.5.로 하여 2022.11.28. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.2.14. 이의신청을 거쳐 2023.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산을 1차양도와 2차양도로 나누어 매매계약을 체결하고 계약서대로 잔금을 지급받았는바, 청구인이 선택한 계약방식을 존중하여 소득세법령상 부동산의 양도시기대로 양도소득세를 과세하는 것이 타당하다. (가) 청구인은 1차양도와 2차양도의 매매계약서대로 각각 계약금과 잔금을 지급받았고, 소득세법령상 부동산의 양도시기는 대금청산일, 등기·등록접수일, 인도일 중 가장 빠른 날로 보도록 명시하고 있으며, 대금청산일이 분명하지 아니한 경우 등기부, 등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 보도록 규정하고 있는바, 청구인은 1차양도와 2차양도시 매매계약서대로 잔금을 2017년과 2018년에 각각 지급받은 후 소유권이전등기를 경료하였음에도 처분청이 자의로 부동산의 양도시기를 판단하여 청구인에게 불리하게 양도소득세를 부과하였으므로 이는 헌법 제38조에 규정된 조세법률주의에 위배된다. (나)민법은 법의 제한에 저촉되지 않는 선에서 개인의 자유로운 의사에 따라 사법상 법률관계를 발생시킬 수 있다는 계약자유의 원칙을 규정하고 있고, 이러한 계약자유의 원칙에 비추어 볼 때 쟁점부동산 매매계약의 형식은 청구인이 선택할 수 있으며, 쟁점부동산을 2과세기간에 걸쳐 거래한 것은 누진과세체계에서의 절세행위로 많은 세무전문가들은 이러한 선택을 절세행위라고 상담해주고 있고, 이는 양도인과 양수인간 자금사정 등 여건에 따라 합의하여 합리적으로 의사결정을 한 결과이므로 처분청은 청구인과 양수인들간의 계약의 자유를 존중하여 이 건을 판단하여야 한다. (다) 조세특례제한법상 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 1과세기간에 1억원을 한도로 감면하도록 규정하고 있고, 연속된 5개 과세기간을 합쳐 2억원을 한도로 감면하도록 규정하고 있는바, 청구인은 1997년 쟁점부동산을 취득한 후 약 20년간 경작하다가 매도하였으므로 8년이상 자경농지의 요건을 갖추었고, 쟁점부동산을 2개 과세기간에 걸쳐 계약하고 양도하여 소득세법령에 정한 양도시기에 따라 양도소득세를 신고·납부하였으므로 과세연도별로 양도소득세를 감면하는 것이 타당하다. (라) 처분청은 청구인의 쟁점부동산의 양도에 대하여 실질과세원칙을 적용하여 양도소득세를 부과하였다는 의견이나, 실질과세원칙을 적용하는데 있어 ‘세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우’를 세금을 줄이려는 목적의 행위까지 부당하다고 적용하는 것은 무리가 있고, 법에 위배되는 행위가 없는 경우에 까지 실질과세원칙을 적용할 경우 납세자의 권리를 침해하게 되는 결과를 초래하게 되므로 청구인의 계약의 자유를 존중하여 처분청의 부과처분은 취소하는 것이 타당하다.

(2) 처분청이 1차양도와 2차양도를 연속된 하나의 거래로 보아 2018년을 양도시기로 본 처분에 대하여 청구인이 이를 수용한다 할지라도 창고용지와 창고건물은 자경농지 조세감면의 대상에 해당하지 아니하고, 양도소득세 감면대상이 아니어서 이에 대해서는 조세를 부당하게 회피하려는 목적도 없었으므로 창고용지와 창고건물의 양도는 2017년 귀속으로 보아 양도소득세를 경정하는 것이 타당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점부동산에 대하여 양수인들의 사정으로 매매계약서를 별도로 작성하였고, 잔금지급일자도 연도를 달리하여 각각 명확하게 구분하여 계약되었으므로 소득세법상 쟁점부동산의 양도소득이 귀속되는 과세기간이 서로 다르다고 주장하나, 쟁점부동산은 분필하지 아니하고 지분만을 나누어 동일인에게 양도하였고, 거래일의 차이도 단 2개월에 불과하며, 양수인과 유선통화한 결과 쟁점부동산 거래는 공인중개사와 청구인의 요청으로 이루어졌음이 확인되므로 1차양도와 2차양도를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다.

(2) 또한 청구인은 조세의 감면대상이 아닌 창고용지와 창고건물에 대해서는 2017년 귀속 양도물건으로 적용하여 재경정하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산 매매계약서상 창고용지와 창고건물에 대하여 별도로 구분·기재한 내용이 확인되지 아니하고, 쟁점부동산 전체를 지분으로 양도하였는바, 창고용지와 창고건물만을 분리하여 2017년 귀속으로 양도소득세를 결정하여야 한다는 청구인의 주장을 인정하기는 어려우므로 쟁점부동산 전체를 2018년에 양도된 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 1차양도와 2차양도를 하나의 거래로 보아 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

  • 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
  • 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(3) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다

(4) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1997.8.25. 쟁점부동산인 충청북도 충주시 OOO 소재 창고용지 546㎡ 및 같은 동 82-4 소재 과수원 2,414㎡를 취득하였고, 2014.10.13. 같은 동 82-1 소재 토지에 창고건물(56.8㎡)를 신축하였으며, 청구인과 양수인들은 쟁점부동산에 대하여 2017.6.16. 및 2017.8.10. 쟁점부동산의 지분 2분의 1씩 매매계약을 체결하였다.(<별지> 쟁점부동산 1차양도 및 2차양도 계약서) (나) 쟁점부동산 등기사항전부증명서에 의하면 충청북도 충주시 OOO 토지와 같은 동 82-4 토지는 각각 2017.6.16. 매매를 원인으로 2017.8.10. BBB가 쟁점부동산의 지분 4분의 1을, AAA이 쟁점부동산의 지분 4분의1을 소유권일부이전 등기를 접수하였고, 2017.8.10. 매매를 원인으로 2018.1.5. BBB가 쟁점부동산의 지분 4분의 1을, AAA이 쟁점부동산의 지분 4분의 1을 소유권전부이전등기를 접수하였으며, 쟁점부동산은 지분을 분할하여 등기한 사항이 확인되지 아니한다. (다) 쟁점부동산의 매매계약서상 대금지급일정과 금융거래내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점부동산 매매계약서상 대금지급 일정 및 금융거래내역 ㅇㅇㅇ

(2) 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 처분청의 조사종결보고서에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 1997.8.25. 충청북도 충주시 OOO 과수원을 일괄 취득하여 과수원을 경작하다가 82-1 소재 토지에 창고를 신축하였는바, 같은 동 82-2 토지는 2002.7.16. 같은 동 82-1에 이기되었고, 같은 동 82-3 토지는 1998.10.21. 충주시장에게 수용되었으며, 같은 동 82-4 토지는 2017.7.18. 같은 동 82-5 토지로 분할하여 2019.10.1. 자녀 2명에게 증여된 것으로 나타난다. (나) 쟁점부동산(같은 동 82-1, 82-4)과 청구인이 자녀 2명에게 증여한 82-5 토지는 2019년부터 OOO서비스센터가 사용중인바, 양수인들 중 BBB는 2019.6.1. 부동산임대사업자로 등록하였고, OOO서비스센터에 쟁점부동산을 임대하였다. (다) 처분청은 2022.9.14. 양수인 중 BBB와 유선통화한 결과 OOO서비스센터에 임대하기 위하여 쟁점부동산을 매수하였고, 2회에 걸쳐 지분으로 거래한 경위에 대하여 공인중개사와 청구인의 요청에 의한 것이며, 대금은 수표를 발행하여 지급하였다고 답변하였다. (라) 양수인들은 금융권 대출없이 자기 자금으로 쟁점부동산을 매입하였는바 양수인의 자금사정이 여의치 않았다는 청구인의 주장은 신뢰성이 없음이 확인되었다고 기재되어 있다.

(3) 청구인의 1차양도 및 2차양도 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역에 의하면, 청구인은 1차양도 및 2차양도에 대하여 8년 이상 자경농지 감면한도 1억원을 각각 적용하여 2017년 귀속 및 2018년 귀속 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 1차양도 및 2차양도를 모두 2018.1.5. 양도된 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지 감면한도 1억원을 적용하여 아래 <표2>와 같이 청구인에게 2018년 귀속으로 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다. <표2> 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역 ㅇㅇㅇ

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 양수인들의 자금사정에 따라 합리적인 계약방법을 선택하여 쟁점부동산을 양도한 것이므로 계약자유의 원칙을 존중하여 2건의 거래로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면 1차양도와 2차양도는 동일한 양수인들에게 지분으로 거래된 것으로 양도 전후로 필지가 분할된 사실이 없는 점, 양수인들 중 BBB는 OOO서비스센터에 임대하기 위하여 쟁점부동산을 매수하였고, 공인중개사와 청구인의 요청에 의하여 지분으로 거래한 것이라고 답변하였으며, 양수인들은 금융권 대출없이 자기자금으로 쟁점부동산을 매입하였는바, 양수인들이 쟁점부동산을 2회에 걸쳐 분할하여 매입할 특별한 이유가 없는 것으로 보이므로, 양수인들의 자금사정에 따라 지분으로 거래하였다는 청구인의 주장에 신빙성이 떨어지는 점, 쟁점부동산(같은 동 82-1, 82-4)과 청구인이 자녀에게 증여한 같은 동 82-5 토지는 2019년부터 OOO서비스센터가 임차하여 사용중으로 1차양도와 2차양도는 잔금지급일의 연도를 달리한 것으로 경제적 실질이 하나인 거래로 보이는 점, 쟁점부동산 중 창고용지와 창고건물 역시 과수원과 함께 1/2의 지분으로 분할하여 2과세기간에 걸쳐 거래되었고, 계약서상 창고용지와 창고건물의 가액이 구분·기재되어 있지도 아니하므로 창고용지와 창고건물은 2017년 귀속 양도소득세로 보아야 한다는 청구인의 주장을 인정하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 1차양도와 2차양도를 하나의 거래로 보아 청구인에게 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 쟁점부동산 1차양도 및 2차양도 계약서 ㅇㅇㅇ

원본 출처 (국세법령정보시스템)