해명자료 요구는 납세자에게 해명기회를 부여한 것일 뿐 세무조사에 착수한 것으로 보기 어렵고 이 건 부과처분은 10년의 제척기간이 적용된 것으로 청구인은 처분청에 조기결정신청서 제출함으로써 과세전적부심사 절차를 임의 포기한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
해명자료 요구는 납세자에게 해명기회를 부여한 것일 뿐 세무조사에 착수한 것으로 보기 어렵고 이 건 부과처분은 10년의 제척기간이 적용된 것으로 청구인은 처분청에 조기결정신청서 제출함으로써 과세전적부심사 절차를 임의 포기한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음
[사건번호] 조심2023전9192 (2024.03.13) [세 목] 양도 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 이 건 처분에 절차상 위법이 있는지 여부 [결정요지] 해명자료 요구는 납세자에게 해명기회를 부여한 것일 뿐 세무조사에 착수한 것으로 보기 어렵고 이 건 부과처분은 10년의 제척기간이 적용된 것으로 청구인은 처분청에 조기결정신청서 제출함으로써 과세전적부심사 절차를 임의 포기한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 없음 [관련법령] ｢소득세법」제88조 [참조결정] 조심2021중1581 / 조심2021중3694 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 2019년 감사 시 소명자료를 제출하고 충실히 해명하였으므로 이 건 세무조사는 중복세무조사에 해당하고, 따라서 이 건 양도소득세 및 관련 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 2019년 10월 감사 당시 서대전세무서 재산법인세과는 청구인에게 양도소득세 신고와 관련된 필요경비에 대한 해명자료 제출을 요청하였고, 청구인은 도급계약서, 견적서, 금융거래 및 인테리어 공사 개요 증빙 등을 방문 및 전화 등을 통하여 성실히 제출하였다. 그러나 서대전세무서는 담당자의 업무해태로 그 과세자료의 처리를 미이행하였고, 청구인의 납세자 권리보호요청에 대한 심의결과 통지에도 ‘2020년 2월 선행감사 이후 2023년 2월 세무조사 착수일까지 자료처리가 지연된 사실’을 인정하고 있으며, 대전지방국세청 제1차 납세자보호위원회의 세무조사 중지 심리·판단 상의 ‘4. 심리 및 판단 나. 사실관계’에는 ‘해당 건에 대한 선행감사 권고 미이행으로 담당자가 징계’받았음이 나타나 있다. (나) 소명자료를 요구하여 이를 받아보는 것 역시 과세표준 및 세액의 결정·경정을 위한 조사로 보아야 하며, 세무조사 사전통지, 개시결정, 결과통지 등이 이루어지지 않았다거나 납세자권리헌장의 교부가 이루어지지 않았다는 등의 사정은 해당 세무조사가 적법하게 이루어진 것인지 판단하는데 있어 고려할 요소일 뿐, 과세관청의 조사행위 등이 이미 세무조사의 실질을 가졌다면, 위와 같은 일련의 행위들이 이루어지지 않았다고 하여 그 조사행위를 국세기본법상 세무조사에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다(서울고등법원 2022.7.8. 선고 2021누43486 판결, 같은 뜻임)할 것인데, 청구인은 2019년 선행감사 시 소명자료를 방문 및 전화 등을 통하여 제출하고 충실히 해명하였는바, 이는 실질적 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 조사에 해당한다고 볼 수 있고, 과세관청 담당자의 업무해태로 인하여 감사결과 권고사항이 미조치되었다 하여 청구인에게 재차 세무조사를 받도록 하는 것은 수인할 수 없는 중복세무조사에 해당한다. (다) 따라서 이미 선행감사를 통해 세무조사를 실시하고 담당자가 업무해태로 조치를 취하지 않은 사안에 대하여 부과제척기간 만료일 3개월 남기고 이루어진 이 건 세무조사는 동일사안에 대한 중복세무조사에 해당한다.
(2) 청구인은 쟁점금액 지출사실을 소명하기 위하여 모든 자료를 방문 및 전화 등을 통하여 진실하게 소명하였는데, 서대전세무서 재산법인세과 담당자의 업무해태로 인하여 지연된 기간을 연장하기 위하여 청구인에게 사기나 그 밖의 부정한 행위가 있다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 부당하고, 이 건 양도소득세 부과처분은 국세 부과제척기간에 임박하여 과세자료를 과도하게 지연처리함으로써 사전적인 권리구제인 과세전적부심사청구권을 행사할 수 있는 권리를 침해하여 한 부당한 처분이다.
(3) 청구인은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하지 아니하였으므로 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용해야 한다. 청구인은 장기간 공실 발생 등으로 쟁점부동산을 직접 사용할지 또는 매도할지 고민하던 중 컨설팅 전문가로부터 건물을 직접 사용하는 것이 마땅치 않으면 매도를 준비하되, 매도하려면 인테리어 공사를 해서 매도하는 것이 낫다는 의견을 받아 2016.11.4.부터 2017.5.30.까지 기간 동안 인테리어 공사를 실시한 후 매도하였다. 청구인은 세법 관련 전문적 지식의 부족으로 쟁점금액과 관련된 증빙 등을 적시에 수취하지 못하였을 뿐으로, 양도차익 등을 계산함에 있어 관련 비용을 가공으로 보아 필요경비 공제를 배제하여 양도소득세를 부과하는 경우에도 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 하지 않은 경우에는 부정과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세를 적용해야 하는 것인바(조심 2021중1581, 2021.6.15., 같은 뜻임), 청구인이 양도소득세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하려는 의도나 적극적인 행위를 한 바 없는 이 건에서 부정과소신고가산세를 적용한 처분은 부당하다.
(4) 납부지연가산세는 선행감사결과에 대한 권고사항 미이행 이후 담당자의 업무 해태로 인하여 3년간 결정이 지연되어 발생된 것으로서, 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 이를 감면해 주어야 한다.
(1) 이 건 세무조사는 중복세무조사에 해당하지 않고, 설령 선행감사 당시에 한 소명요구가 세무조사에 해당한다 하더라도 이 건 세무조사는 국세기본법」제81조의6 제3항 제2호에서 세무조사 허용사유로 규정한 가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우가 있어 개시된 것으로서 중복세무조사에 해당하지 아니한다. (가) 국세기본법제2조 제21호에서 세무조사를 조사공무원이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위로 정의하고 있고, 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부 등을 검사·조사하는 경우 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다 할 것이나(대법원 2017.3.16. 선고 2014두8360 판결, 같은 뜻임), 단순한 사실관계 확인 등을 통해 수정신고를 권고하는 행위 등은 공식적인 세무조사통지를 하거나 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 조사한 경우에 해당하지 아니하여 세무조사에 해당하지 않는다 할 것이다(조심 2021중3694, 2021.10.27., 같은 뜻임). (나) 처분청은 선행감사 당시 청구인에게 소명자료 제출 안내문을 발송하였으나, “세무조사 등의 번거로운 절차 없이 사실관계 확인을 위한 협조를 요청하는 것”으로 안내문 발송 사유를 명확하게 하였고, 안내문을 받은 청구인은 도급계약서, 견적서, 금융거래 및 인테리어공사개요를 제출하면서 쟁점세금계산서가 실공사를 하고 수령한 세금계산서에 해당한다고 소명하였을 뿐 소명과정에서 감사관이 청구인이나 대리인 면담을 진행하거나 쟁점부동산을 확인한 사실이 없으므로 선행감사는 국세기본법제2조에 따른 세무조사에 해당하지 아니한다. (다) 설령 선행감사 당시 소명요구가 세무조사에 해당된다고 보더라도 처분청은 쟁점세금계산서 상의 공사기간(2016.11.4.～2017.5.30.) 동안 임차인이 계속하여 영업을 하였음을 확인하였는데, 그 공사내용은 난방시설공조, 상하수도 배관공사, 샷시 및 확장공사 등이어서 구분등기된 복합건물 12층 중 청구인 소유의 쟁점부동산 부분만 공사할 수 없으므로 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당한다고 판단하였고, 이는 국세기본법제81조의6 제3항 제2호에서 정한 가공거래 등 거래내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우로서 세무조사를 할 수 있는 경우에 해당하는바, 이 건 세무조사는 중복세무조사에 해당하지 않는다.
(2) 청구인은 과세자료 지연처리로 부과제척기간에 임박하여 세무조사 사전통지를 하였으므로 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해하였다고 주장하나, 쟁점세금계산서는 가공세금계산서에 해당하고 가공세금계산서 수수 및 거짓 소명, 금융자료의 조작 등 행위는 10년의 국세부과의 제척기간이 적용되는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하므로 처분청이 부과제척기간(제척기간 만료일: 2028.5.31.)에 임박하여 세무조사 사전통지를 하였다고 보기 어렵고, 청구인은 조사착수일 이후 2회의 권리보호요청(2023.3.9. 1차 권리보호요청, 2023.4.2. 2차 권리보호요청)을 통하여 국세부과 제척기간이 2028.5.31.임을 알고 있었고 2023.5.9. 세무조사결과통지서를 송달받고 2023.5.15. 조기결정신청서를 제출하였는바 청구인이 조기결정신청서 제출을 통해 권기구제절차를 임의포기한 사실이 확인될 뿐 처분청에서 청구인의 권리를 침해한 사실은 없다.
(3) 청구인은 부정과소신고가산세를 부과한 처분이 부당하므로 일반과소신고가산세를 적용하고 납부지연가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 가공세금계산서 수취, 거짓 소명 및 금융자료의 조작 등 행위는 부정과소신고가산세 적용대상인 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하고, 거짓(가공)세금계산서를 수취하고 기타필요경비로 공제한 쟁점금액에 대해 4회 자기시정기회를 안내하였음에도 실거래를 주장하는 청구인에 대하여 가산세를 경감하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
① 이 건 처분이 중복조사금지원칙에 반하고 과세자료처리를 지연하여 청구인의 과세전적부심사 청구권을 침해한 절차상 위법이 있다는 청구주장의 당부
② 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세 적용대상이 아니라는 청구주장의 당부
③ 자료처리지연이 납부지연가산세 감면사유에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조 제1항 제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)
2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.
3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 다만, 인지세법 제8조제1항 에 따른 인지세의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분(납부하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다.
1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율
2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(조세범 처벌절차법에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)
5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다. 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우
(3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2006.12.8. 취득(취득가액: OOO원)한 쟁점부동산을 2017.5.30. OOO원에 양도하고, 2017.7.24. 양도소득세를 신고·납부하면서 쟁점금액을 기타필요경비로 공제하였다. (나) 처분청이 이 건 세무조사를 실시한 경과는 아래와 같다.
1. 대전지방국세청장은 2019년 10월 서대전세무서에 대한 종합감사 과정에서 청구인에게 쟁점금액과 관련하여 아래와 같이 ‘인테리어 공사 등과 관련된 계약서 원본 및 대금지급 사실 등을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙자료’ 제출을 요청하는 해명자료 제출 안내문(2019.10.18.)을 발송하였고, 안내문에는 ‘귀하(귀사)에 대한 세무조사 등의 번거로운 절차 없이 사실관계 확인을 위한 협조를 요청하는 것이니 기한 내에 해명(보완)자료를 제출하여 주시기 바라며, 제출기간까지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 과세될 수 있음을 알려드립니다’라고 명시되어 있다.
2. 청구인은 소명자료로 도급계약서, 내역서, 금융거래(청구인 통장 출금 및 요구불거래내역상세조회)를 제출하였다.
3. 대전지방국세청 감사관은 2020.2.28. 서대전세무서장에게 “필요경비로 계상한 OOO원과 관련하여 인테리어 공사계약서 상 준공일(2017.5.30.)이 매매계약서 작성 시점(2017.4.3.) 대비 비정상적이고 공사 대금 지급 여부도 분명하지 않아 실제 공사 여부에 대해 추가 검토가 필요하다”는 취지로 통보하였다.
4. 서대전세무서장은 2020년 10월 후행감사에서 선행감사 지적사항 중 쟁점금액 관련 사항이 미처리(감사 권고사항 공문 접수일 현재 담당자가 미처리함에 따라 지연처리되었음)된 사실을 확인하고 주소지 관할세무서장인 처분청에 조사의뢰 하였다.
5. 처분청은 이에 따라 2023.2.20.부터 2023.4.28.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하였고, 청구인은 조사착수 이후 2회의 권리보호요청(2023.3.9. 1차 권리보호요청, 2023.4.2. 2차 권리보호요청)을 하였으나, 이에 대하여 대전지방국세청장(1차) 및 국세청장(2차)은 이 건 세무조사가 중복세무조사에 해당하지 않는다는 등의 사유로 권리보호요청을 받아들이지 아니하였다.
6. 처분청은 2023.5.9. 청구인에게 쟁점금액을 필요경비 불공제하여야 한다는 등의 내용으로 세무조사결과통지를 하였고, 청구인은 2023.5.15. 조기결정신청서를 제출하였다. (다) 쟁점세금계산서 수취 관련 사실관계는 아래와 같다.
1. 쟁점부동산 양수인인 BBB 유한회사 대표 겸 CCC 원장 aaa는 2017.2.24. 계약금을, 2017.5.30. 잔금 OOO원을 청구인에게 입금한 것으로 나타난다.
2. 청구인은 2016.11.2. AAA과 인테리어 공사도급공사 계약을 체결하였고, 계약서 상 공사기간은 2016.11.4.～2017.5.30.이며, 2017.4.27. AAA으로부터 공사대금 명목으로 쟁점세금계산서를 수취하였다.
3. 청구인은 이후 2017.6.29. OOO원, 2017.8.3. OOO원 합계 OOO원을 쟁점세금계산서를 발행한 AAA의 대표자인 bbb의 OOO 계좌(132***92)에 입금하였다.
4. 처분청의 금융 추적조사 결과 bbb은 같은 날(2017.6.29.) 현금 OOO원과 수표 OOO원을 인출하였고, ① 수표 중 OOO원은 2019.9.9.까지 교환하여 청구인 또는 청구인의 배우자 ccc 계좌로 입금되었으며, ② 수표 중 교환자가 확인되지 않은 OOO원의 경우 OOO원의 교환점이 청구인과 배우자 ccc가 수표를 교환한 OOO센터, OOO점과 같거나, 청구인의 주소지 인근 점포(OOO)인 것으로 확인된다. <표3> 수표인출 OOO원에 대한 금융추적조사 결과 ㅇㅇㅇ
5. 청구인이 제출한 공사계약서 상 공사기간(2016.11.4.～2017.5.30.) 중 쟁점부동산 임차인(OOO)이 사업을 계속하였고 의료보험 청구금액이 다른 월보다 많거나 유사한 것으로 나타난다.
6. 처분청은 쟁점부동산의 양수인인 BBB 유한회사로부터 쟁점부동산을 임차한 CCC의 원무부장 ddd의 확인서, BBB가 수취한 세금계산서(2017.8.8.)를 제출하였고, 이에 따르면 ddd가 2017.5.30. 청구인으로부터 쟁점부동산을 취득하여 CCC 입원실로 인테리어 하는 업무를 담당하였고, BBB에서 종전 임차인의 시설을 철거한 후 인테리어 공사를 하였을 뿐 전 소유자인 청구인이 건물 공사를 하지 아니하였다고 확인한 사실, DDD 주식회사가 BBB 유한회사에 쟁점부동산 대수선공사를 제공하고 2017.8.8. 계약금 OOO원(공급대가), 2018.1.18. 준공금 OOO원(공급대가)의 세금계산서를 발행한 사실이 나타난다. (라) 처분청은 쟁점세금계산서가 실제 재화나 용역을 공급받지 아니하고 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 쟁점금액을 필요경비 불공제하고, 기타 2017년 귀속 종합소득세 확정신고 시 필요경비 산입한 쟁점부동산의 감가상각비 OOO원을 쟁점부동산 취득가액에서 공제하여 쟁점부동산의 양도차익을 경정하였으며, 가공세금계산서 수취와 관련하여 조세범 처벌법제3조 제6항 “사기나 기타 부정한 행위”로 국세기본법제26조의2 제2항 제2호에 따른 10년의 국세부과제척기간에 해당한다고 보고, 과소신고세액 OOO원 중 쟁점금액에 해당하는 과소신고세액 OOO원에 대하여는 부정과소신고가산세를, 나머지 부분에 대하여는 일반과소신고가산세를 적용하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구인은 이 건 처분이 중복조사금지의 원칙에 반하고 과세자료 처리를 지연하여 청구인의 과세전적부심사 청구권을 침해하는 등 절차상 위법이 있다고 주장하나, 국세기본법제81조의4 제2항은 중복조사금지의 원칙을 규정하고 있고, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 ‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 보아야 할 것이나, 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니라 할 것인바, 이 건의 경우 세무공무원이 선행감사 당시 진행한 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부에 관하여 살펴보면, 세무공무원이 선행감사 당시 발송한 해명자료 제출안내문에는 ‘세무조사 등의 번거로운 절차 없이 사실관계 확인을 위한 협조를 요청하는 것’이라는 취지가 명시되어 있고, 이는 청구인에게 자신의 신고사실에 대한 해명기회를 부여한 것으로 보일 뿐 이를 강제력이 수반되는 세무조사에 착수한 것이라고 보기는 어려우며, 처분청이 해명자료 제출 요구에서 나아가 쟁점부동산을 방문하거나 청구인에 대한 소환요청이나 출석요구를 한 사실이 없고, 청구인의 장부, 서류, 물건 등을 직접 조사하지는 아니한 것으로 나타나므로 선행감사 당시 실질적인 세무조사가 이루어졌다고 보기는 어려워 보이는 점, 이 건 양도소득세 부과처분은 아래에서 보는 바와 같이 10년의 부과제척기간이 적용되는 경우로서, 청구인은 조사착수일 이후 2회의 권리보호요청(2023.3.9. 1차 권리보호요청, 2023.4.2. 2차 권리보호요청)을 통하여 10년의 국세부과 제척기간이 적용된다는 사실을 알고 있었고, 2023.5.9. 세무조사결과통지서를 송달받고 2023.5.15. 조기결정신청서를 제출하였는바, 청구인이 조기결정신청서 제출을 통해 과세전적부심사 절차를 임의포기한 사실이 확인될 뿐 처분청에서 청구인의 권리를 침해한 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어, 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 청구인은 실제 인테리어 비용 등을 지출하고 AAA으로부터 세금계산서를 발급받아 이를 필요경비로 공제하였으므로 이를 사기나 그 밖의 부정한 행위로 보아 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용한 것은 부당하다고 주장하나, 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것으로서, 같은 법 시행령 제12조의2 제1항 및 조세범 처벌법제3조 제6항에 따라 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호) 등이 이에 해당하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 아니하나, 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 행위를 수반하는 경우 그 자체로 적극적인 행위로서 특별한 사정이 존재하지 않는 한 이를 사기 기타 부정행위로 볼 수 있고, 가공경비를 발생시켜 조세의 탈루를 발생시키는 가공세금계산서를 수취한 후 가공경비를 필요경비로 공제하는 행위는 조세범 처벌법 제3조 제6항 제2호 의 ‘거짓 증빙 또는 거짓문서의 작성 및 수취’에 해당하는 행위로서 과세관청으로서는 해당 거래에 대해 세무조사를 하지 않고서는 그 거래가 허위거래인 사실 및 그 거래로 인해 납세자가 조세를 포탈한 사실을 인식하기가 어려울 것으로 보이므로 그와 같은 납세자의 행위가 ‘조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위’에 해당한다고 볼 수 있으므로, 위 청구주장을 받아들이는 어렵다고 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 청구인은 처분청의 과세자료 처리 지연으로 인하여 해명자료 제출 이후의 납부지연가산세가 추가로 가산되었으므로 납부지연가산세를 감면해야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2005.11.25 선고 2004두930 판결 등 참조), 납부불성실가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 것이며, 과세관청은 이 건 양도소득세의 부과제척기간이 만료되기 전까지는 과세가 가능한 반면, 처분청의 과세자료 처리지연의 사유가 청구인의 납세의무 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려워 보이므로 위 청구주장을 받아들이는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.