3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 과세기간을 달리하여 쟁점토지① 및 쟁점토지②를 양도한 거래에 대하여 그 실질이 하나인 거래에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
- 나. 관련 법률
(1) 조세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
- 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
- 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
(2) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정된 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(1) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 쟁점토지 관련한 매매계약서 사본 및 금융거래내역 사본 등에 따르면 위 <표1> 및 아래와 같은 내용이 확인된다.
1. 당초 작성된 계약서에 따르면, 쟁점토지① 및 쟁점토지② 모두에 대하여 2017.10.27. 계약서를 작성하였으나, 잔금일의 경우 쟁점토지①은 2017.11.20., 쟁점토지②는 2018.1.12.로 상이하다. 매도인란에 청구인 이름이 인쇄되어 있고, 그 아래 “대 AAA”이 서명되어 있으며, 계약서상 중개인란 및 중개인은 없다. 매수인은 DDD(2분의 1), EEE(2분의 1)로 기재되어 있다.
2. 수정 작성된 계약서에 따르면, 쟁점토지①의 경우 당초 계약서와 계약내용이 동일하나, 쟁점토지②의 경우 계약서 작성일이 당초 계약서와 달리 2018.1.22.이며 같은 날 쟁점토지② 매매대금 전액(OOO원)을 지급하는 것으로 기재되어 있다. 수정 계약서 모두 매도인란에 청구인의 서명 및 날인이 있으며, 계약서상 중개인란은 없고, 매수인은 DDD(2분의 1), EEE(2분의 1)로 기재되어 있다.
3. 매수인 DDD이 2018.1.22. OOO에서 OOO원을 대출받은 전표의 사본을 제시하였다. (나) 쟁점토지①의 등기사항전부증명서에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.
1. 청구인은 2003.8.19.자 매매를 등기원인으로 하여, 2003.8.20. 소유권을 취득하였고, 이후 2017.10.27.자 매매를 등기원인으로 하여, 2017.11.23. DDD(지분 2분의 1) 및 EEE(지분 2분의 1)에게 소유권이전등기를 하였고, 당시 거래가액은 OOO원으로 기재되어 있다. 쟁점토지① 매도시 작성된 수정계약서의 내용과 등기사항을 비교하여 보면, 수정계약서상의 잔금지급일(2017.11.20.)보다 3일 뒤인 2017.11.23. 소유권이전등기가 접수되었고, 실제 잔금지급일도 2017.11.23.로 확인된다.
2. 2017.11.23.자 설정계약을 등기원인으로 하여 같은 날 근저당권이 설정되었고, 채무자는 EEE, 채권최고액은 OOO원, 근저당권자는 OOO이다. 이후 2018.1.22.자 설정계약을 등기원인으로 하여 같은 날 근저당권이 설정되었고, 채무자는 DDD, 채권최고액은 OOO원, 근저당권자는 OOO이며, 공동담보로 쟁점토지②가 기재되어 있다. (다) 쟁점토지②의 등기사항전부증명서에 따르면 다음과 같은 내용이 확인된다.
1. 청구인은 2003.8.19.자 매매를 등기원인으로 하여 2003.8.20. 소유권을 취득하였고, 이후 2018.1.22.자 매매를 등기원인으로 하여 같은 날 DDD(지분 2분의 1) 및 EEE(지분 2분의 1)에게 소유권이전등기를 하였고, 당시 거래가액은 OOO원으로 기재되어 있으며, 이는 수정계약서의 내용과 일치한다.
2. 2018.1.22.자 설정계약을 등기원인으로 하여 같은 날 근저당권이 설정되었고, 채무자는 DDD, 채권최고액은 OOO원, 근저당권자는 OOO이며, 공동담보로 쟁점토지①이 기재되어 있다. (라) 청구인은 매수인인 EEE가 2022년 9월 작성한 부동산거래확인서를 제출하였다. 이 확인서에 따르면, EEE는 2017.10.27. 쟁점토지를 매수하면서 당초 2017.11.20.경 잔금을 지급하고 소유권을 이전하려고 하였으나 자금사정이 여의치 않아 한 필지에 해당하는 금액만 지금하고 나머지 한 필지는 2018.1.22. OOO은행에서 대출을 받아서 잔금을 지급하였다고 사실확인하였다. (마) 청구인이 제출한 주민등록표 초본에 따르면, 아래 <표2>와 같은 전입내역이 확인된다. <표2> 주민등록표 초본 (바) OOO면장이 2018.1.29. 발급한 농지원부에 따르면 청구인은 농업인으로 등록되어 있으며, 쟁점토지는 벼가 자경되고 있는 것으로 기재되어 있다.
(2) 처분청의 조사종결보고서에 따르면 아래 <표3>과 같은 내용이 확인된다. <표3> 조사종결보고서(일부 발췌)
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지 양도거래가 그 실질은 하나의 거래에 해당한다는 의견이나, 이 건 쟁점토지①과 쟁점토지②의 경우 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아닌 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 매입한 후 매입할 당시의 상태 그대로 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매함에 있어 잔금지급일을 달리하였다는 사정만으로 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기 어려운 점(조심 2021구1547, 2021.10.19. 같은 뜻임), 쟁점토지① 및 쟁점토지②의 등기사항전부증명서에 따르면 쟁점토지① 및 쟁점토지②의 잔금이 지급된 날 매수인은 OOO을 근저당권자로 하여 채권최고액 OOO원, OOO원의 근저당권을 각각 설정하였는바, 매수인이 매수자금 부족으로 인하여 쟁점토지를 2회에 나누어 양도하였다는 청구주장이 신빙성 있다고 볼 수 있는 점, 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사적자치의 원칙에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 넘어 과세권을 행사하는 것은 실질과세원칙에 위배되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점토지①과 쟁점토지②의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1과세기간 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.