쟁점토지의 취득일을 교환 전 토지의 취득일로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1980.3.26. OOO 소재 답 2,208㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 취득하여 보유하다가 1995.9.27. AAA이 소유한 OOO소재 답 1,907㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 교환하였다.
• 나. 이후 청구인은 2022.1.20. 쟁점토지와 OOO 소재 답 763㎡를 함께 OOO원에 양도하고, 쟁점토지의 취득일을 1980.3.26.로 보고 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2022.2.28. 납부할 양도소득세가 없는 것으로 신고하였다.
• 다. 처분청은 쟁점토지의 취득일을 청구인이 교환의 방법으로 취득한 1995.9.27.로 보고, 1995년 이후 청구인의 소득금액이 2개연도를 제외하고 모두 OOO원을 초과하므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 2022.8.3. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.10.25. 이의신청을 거쳐 2023.2.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 쟁점토지를 취득한 날은 종전토지를 취득한 1980.3.26.로 보아야 하며, 청구인은 1980년 이후 8개연도 이상 소득금액이 OOO원 이하였으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다.

(1) 종전토지와 쟁점토지의 당초 소유자 BBB은 1979.7.22. CCC(DDD의 부친)에게 종전토지를, 1980.3.26. 청구인에게 쟁점토지를 양도하였는데 BBB의 착오로 CCC와 청구인의 토지가 바뀌어 등기되었다.

(2) 청구인은 지번이 바뀌어 등기된 사실을 모르고 계속해서 농사를 짓다가 1995년이 되어서야 이를 알게 되어, 실제 보유하고 있는 토지(쟁점토지)로 새로이 등기하고자 1995.9.27. 종전토지와 쟁점토지를 교환하는 방식으로 쟁점토지를 취득하였다.

(3) 이와 같이 청구인은 처음부터 쟁점토지를 취득하여 쟁점토지 위에 농사를 지은 것이므로 쟁점토지의 취득일을 1980.3.26.로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용해야 한다.

• 나. 처분청 의견 쟁점토지의 취득일은 교환을 원인으로 등기된 1995.9.27.이고, 청구인은 1995년 이후 2개연도를 제외하고 소득금액이 OOO원을 초과하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 없다.

(1) 부동산 등기는 현재의 진실한 권리상태를 공시하면 그에 이른 과정이나 태양을 그대로 반영하지 아니하였어도 유효한 것으로서, 등기명의자가 전 소유자로부터 부동산을 취득함에 있어 등기부상 기재된 등기원인에 의하지 아니하고 다른 원인으로 적법하게 취득하였다고 하면서 등기원인 행위의 태양이나 과정을 다소 다르게 주장한다고 하여 이러한 주장만 가지고 그 등기의 추정력이 깨어진다고 할 수 없는바(대법원 2005.8.29. 선고 2003다40651 판결 참조), 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 1995.9.27. 교환을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 취득한 것으로 되어 있고, 청구인은 이와 다른 원인으로 취득하였음을 입증하지 못하고 있으므로 쟁점토지의 취득일은 1995.9.27.로 보아야 한다.

(2) 청구인은 종전토지를 소유하고 있던 1983.4.22. 종전토지에 담보권자를 청구인으로 하여 근저당권을 설정하는 등 소유자로서의 권리를 행사하였다.

(3) ｢조세특례제한법｣상 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정은 그 입법취지상 주업이 농업인 자에 대하여 적용하는 규정으로 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경농민에 해당된다 할 것이나, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 자경농민에 해당한다고 할 수 없다고 할 것인바(대법원 2002.10.11. 선고 2002두844 판결 참조, 조심 2012중1274, 2012.5.10. 같은 뜻임), 청구인은 OOO로서 1974.4.24.부터 OOO을 운영하였고, 아래 <표1>과 같이 1992년부터 2000년까지 9년간 OOO축산업협동조합에서 조합장으로 재직하였으며, 1991년 이후 15년간 OOO 도의회 의원으로 의정활동을 한바, 청구인의 직업·근무내용·사회활동 등에 비추어 직접 자신이 노동력을 투입하여 쟁점토지를 경작하였다고 보기 어렵다. <표1> 청구인의 활동 내역 OOO

• 가. 쟁 점 쟁점토지의 취득일을 교환 전 토지의 취득일로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용해야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면 청구인은 아래 <표2>와 같이 1995.8.18. 교환을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 이전받은 것으로 나타난다. <표2> 쟁점토지의 등기사항증명서 주요 내용 OOO (나) 처분청의 전산자료에 나타나는 청구인의 사업이력은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인의 사업이력(부동산 임대업 제외) OOO (다) 처분청의 전산자료에 나타나는 청구인의 근로소득과 사업소득은 아래 <표4>와 같으며, 1992년 이전 내역은 알 수 없고, 1998년과 2001년을 제외하고 모두 OOO원을 초과한다. <표4> 청구인의 근로소득과 사업소득 금액 OOO (라) 청구인은 종전토지와 쟁점토지를 교환한 AAA의 확인서를 제출하였는데 주요 내용은 아래와 같다. OOO (마) 청구인은 종전토지와 쟁점토지의 전 소유자 BBB의 확인서와 마을이장 EEE의 인우보증서를 제출하였으며 주요 내용은 아래와 같다. OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 취득한 1980년 이후 계속해서 농사를 지어왔고, 8개연도 이상 소득금액이 OOO원 이하였으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용해야 한다고 주장하나, 부동산 등기는 현재의 진실한 권리상태를 공시하면 그에 이른 과정이나 태양을 그대로 반영하지 아니하였어도 유효한 것으로서, 등기명의자가 전 소유자로부터 부동산을 취득함에 있어 등기부상 기재된 등기원인에 의하지 아니하고 다른 원인으로 적법하게 취득하였다고 하면서 등기원인 행위의 태양이나 과정을 다소 다르게 주장한다고 하여 이러한 주장만 가지고 그 등기의 추정력이 깨어진다고 할 수 없는바(대법원 2005.8.29. 선고 2003다40651 판결 참조), 청구인이 제출한 확인서와 인우보증서 외에 쟁점토지의 실제 취득일을 입증할 수 있는 자료가 존재하지 않아, 청구인이 종전토지를 소유하다가 쟁점토지와 교환하였을 가능성을 배제할 수 없는 상황에서 등기의 추정력을 부인하기 어려워 보이는 점, 설령 청구인의 주장대로 쟁점토지를 1980.3.26. 취득하였다고 하더라도 ｢조세특례제한법｣상 자경농지에 대한 양도소득세의 감면규정은 그 입법취지상 주업이 농업인 자에 대하여 적용하는 규정으로 직접 영농에 종사하는 이상 다른 직업을 겸업하더라도 자경농민에 해당된다 할 것이나, 다른 직업에 전념하면서 농업을 간접적으로 경영하는 것에 불과한 경우에는 자경농민에 해당한다고 할 수 없다고 할 것인바(대법원 2002.10.11. 선고 2002두844 판결 참조), 비록 처분청이 1992년 이전 청구인의 소득을 알 수 없다 하더라도 청구인은 OOO로서 1974년부터 OOO을 운영하였고, 1979년부터 1998년까지 19년간 OOO를 운영하였으며, 1991년 이후 15년간 OOO 도의회 의원으로 의정활동을 하는 등 청구인의 직업·근무내용·사회활동 등에 비추어 직접 자신이 노동력을 투입하여 쟁점토지를 경작하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하지 않은 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한