조세심판원 심판청구 법인세

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2023-전-6837 선고일 2023.09.11

쟁점토지 지상에 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행행위로서 건축물의 착공이 이루어졌다고 보기는 어렵고, 쟁점토지의 양수인이 쟁점토지를 양수한 후 건축물을 착공한 것으로 나타나므로 청구법인의 보유기간 동안 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외하기는 어려운 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 부동산개발 및 컨설팅업을 주업으로 하여 2013.11.26. 설립된 법인으로, 2017.12.6.〜2020.11.26. 기간 동안 OOO 임야 1,604㎡ 외 13필지(<별지1> 기재, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원에 취득하여 2020.1.15.〜2020.12.31. 기간 동안 OOO원에 양도하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점토지가 법인세법제55조의2 제1항 제3호에 따른 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 2022.11.18. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.2.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점토지는 법인세법제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따라, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다. (가) 청구법인은 부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률에 따라 주로 농지, 산지 등 자연상태의 미성숙지를 매입하여, 관련 관청으로부터 공장설립허가, 개발행위허가, 농지전용허가, 산지전용허가 등 일련의 허가를 받은 후 건설공사 착공신고를 하고, 그 증명서를 교부받아 토목공사를 완료한 후 실수요자에게 분양하는 사업을 하고 있는바, 청구법인의 산업용지 개발과정은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ (나) 쟁점토지 중 AAA 및 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)에게 양도한 토지에 대하여는 당초 임야 등의 소유자인 BBB 등으로부터 공장용지 등을 개발하기 위하여 ① 토지사용승낙서를 받아, ② OOO시청 담당부서로부터 산지 및 농지전용 협의 등을 거친 후, ③ OOO시청에 공장설립 신청, 공장신설 승인, 소음ㆍ진동관리법제22조에 따른 비산먼지 발생사업 등 신고, 대기환경보전법제43조에 따른 특정공사 사전신고 등을 이행하고, ④ <별지1>에 명시된 취득일에 취득한 후 토목공사를 완료하여 양도하였다. (다) 쟁점토지 중 2020.2.20. CCC에게 양도한 토지는 청구법인이 당초 공장부지로 개발하기 위하여 취득한 OOO 및 OOO를 개발하면서 향후 AAA의 근린생활시설 부지와 AAA의 공장부지를 연결하는 진입도로로 개발하여 양도하였다. (라) 또한, 쟁점토지 중 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)에게 양도한 토지는 청구법인이 당초 개발하여 공급한 OOO 외 2필지의 근린생활시설을 사용하기 위하여 개설한 도로이나, OOO에 BBB가 근린생활시설을 신축함에 따라 진출입 도로로 함께 사용하기 위하여 양도하였다. (마) 청구법인은 쟁점토지에서 실질적인 토목공사에 착수하였고, 이는 청구법인이 제출한 공장신설 승인서, 농지전용 협의 관련 자료, 비산먼지 발생사업 등 신고증명서, 특정공사 사전신고증명서, 매입세금계산서 수취내역 등으로 입증이 가능하다. (바) 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제5호에 따른 “건설에 착공한 토지”란 건축물의 건설만을 의미하는 것이 아니라 토지 취득자의 사업목적이 부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률에 의한 토지개발업이라면 ‘취득한 토지를 건설공사의 수행방법으로 조성하는 행위’ 즉 ‘부지조성공사’도 포함된다고 보아야 한다.

(2) 쟁점토지 중 농지에 대해서는 법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따라 농지전용 협의를 완료한 토지로서 당해 전용목적으로 사용된 토지에 해당되어 비사업용 토지에서 제외되어야 한다. 청구법인은 쟁점토지 중 OOO 전 1,003㎡ 및 318-29 전 278㎡에 대하여 2018.10.4. 공장신설 승인신청을 하면서 OOO시청의 농지전용 담당 부서인 농업정책과와 농지전용 협의조건을 이행할 것을 전제로 2019.3.22. 공장신설 승인과 함께 농지전용 협의조건도 완료하여 공장용지로 개발 후 AAA 및 AAA에게 각 양도하였다. 청구법인과 OOO시청 간의 농지전용 협의조건에 따르면, 그 표제가 “(주)CCC-공장부지 및 진출입로”로 명시되어 있고, 제4호에서 “협의를 받은 후 정당한 사유 없이 2년 이상 대지의 조성, 시설물설치 등 농지전용목적 사업에 착수하지 않거나 농지전용목적사업에 착수한 후 1년 이상 공사를 중단하는 경우 농지법제39조의 규정에 의거 허가취소 등의 조치를 받을 수 있음”이라고 규정된 것을 보더라도 쟁점토지 중 농지의 전용목적은 공장용지 조성이라고 보아야 한다.

(3) 쟁점토지 중 도로에 대해서는 법인세법 시행령제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제3호에 따라 사업장의 진입도로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로에 해당되므로 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 건설에 착공하지 아니한 상태에서 양도된 것으로 비사업용 토지에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점토지가 실질적 토목공사에 착공한 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 쟁점토지 중 건물부속토지 관련 일반건축물대장에 따라 확인되는 착공일은 2020.3.19. 및 2021.4.16.로 쟁점토지의 양도일 이후이다. (나) 법인세법 시행령제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따르면, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 대해서는 해당 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지로 보지 않도록 하였는바, 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 실질적인 공사의 실행이라고 볼 수 있는 굴착공사나 터파기공사에 착수하여야 할 것이고, 그 착공에 필요한 준비작업을 하는 경우까지는 포함하지 않는다. (다) 따라서 청구법인이 주장하는 비산먼지 발생사업 등 신고와 특정공사 사전신고 등만으로는 쟁점토지에 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행 행위인 착공이 이루어졌다고 보기 어렵고, 청구법인이 제출한 토지 보유기간 중 수취한 매입세금계산서 내역은 토지개발을 위한 대지조성공사 비용 등으로 판단되며, 건물의 공사착공 사실을 확인할 수 있는 매입세금계산서 자료는 확인되지 않는다. (라) 쟁점토지 중 OOO 외 2필지의 건축공사와 관련된 도급계약서, 토목공사계약서, 세금계산서 및 부가가치세 신고내역을 확인하면, 청구법인이 쟁점토지 중 일부를 AAA에게 양도하고 한참 후에서야 건물신축을 위한 실질적 행위인 토목공사가 진행(건축주: AAA)된 것을 확인할 수 있고, OOO 외 2필지의 건축공사와 관련된 세금계산서 수취내역에 따르면, 청구법인이 쟁점토지 중 일부를 AAA에게 양도한 후에 건축물현황측량용역비 등이 지출되었으므로 실질적인 착공은 토지 양도일 이후에 이루어진 것으로 판단된다. (마) 이처럼 공장용지 등을 개발한 후 타인에게 분양할 목적으로 대지조성공사를 진행한 것은 건물신축을 위한 실질적인 행위인 ‘착공’으로 보기 어렵다.

(2) 농지전용협의를 받았더라도 실제 건축행위가 없는 경우 비사업용 토지에 해당한다. 농지전용허가를 받은 농지로서 당해 전용 목적으로 사용되는 토지는 비사업용 토지에서 제외되나, 쟁점토지 중 공부상 농지인 OOO 전 1,003㎡ 및 318-29 전 278㎡는 청구법인의 소유한 기간동안 당초 전용목적인 공장용지 등으로 이용된 사실이 없다. (3) 법인세법 시행규칙제46조의2 제1항 제3호에 따른 ‘사도’의 경우에도 사업장(임시사업장 제외)의 진입도로로서 실제 ‘사도’로 이용된 기간만 비사업용 토지에서 제외하도록 하는 것이고, 청구법인의 경우처럼 토지개발만을 목적으로 취득하여 이용한 기간은 사업용 기간에 해당하지 않는다. 법인세법 시행령제92조의3(비사업용 토지의 기간기준)에 따라 지목변경일을 기준으로 쟁점토지 중 도로로 이용된 기간을 계산하면 해당 토지 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하지 않아 비사업용 토지에 해당한다. <표1> 쟁점토지 중 양도당시 지목이 도로인 토지 ㅇㅇㅇ

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점토지 중 농지는 농지전용 협의를 완료하여 전용목적으로 사용되었으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

③ 쟁점토지 중 도로는 사업장의 진입도로인 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로로 사용되었으므로 비사업용 토지로 볼 수 없다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 일부개정된 것) 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

  • 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
  • 나. 지방세법제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
  • 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주된 사업의 판정기준, 해당 사업연도에 토지등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 (2020.2.11. 대통령령 제30396호로 일부개정된 것) 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

  • 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
  • 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

  • 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
  • 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의4(토지지목의 판정) 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제92조의5(농지의 범위 등) ③ 법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 농지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.

2. 농지법제6조 제2항 제7호에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (3) 법인세법 시행규칙(2020.3.13. 기획재정부령 제774호로 일부개정된 것) 제46조의2(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

(4) 농지법 제6조(농지 소유 제한) ① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농지를 소유할 수 있다. 다만, 소유 농지는 농업경영에 이용되도록 하여야 한다(제2호 및 제3호는 제외한다).

8. 제34조 제2항에 따른 농지전용협의를 마친 농지를 소유하는 경우 제34조(농지의 전용허가ㆍ협의) ② 주무부장관이나 지방자치단체의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농림축산식품부장관과 미리 농지전용에 관한 협의를 하여야 한다.

2. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역의 녹지지역 및 개발제한구역의 농지에 대하여 같은 법 제56조에 따라 개발행위를 허가하거나 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법제12조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지의 형질변경허가를 하는 경우

(5) 사도법 제2조(정의) 이 법에서 “사도”란 다음 각 호의 도로가 아닌 것으로서 그 도로에 연결되는 길을 말한다. 다만, 제3호 및 제4호의 도로는 도로법제50조에 따라 시도(市道) 또는 군도(郡道) 이상에 적용되는 도로 구조를 갖춘 도로에 한정한다.

1. 도로법제2조 제1호에 따른 도로

2. 도로법의 준용을 받는 도로

3. 농어촌도로 정비법제2조 제1항에 따른 농어촌도로

4. 농어촌정비법에 따라 설치된 도로

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 법인세 과세 관련 근거자료는 다음과 같다. (가) 쟁점토지 중 현재 건물부속토지로 사용되고 있는 토지 및 해당 토지 지상 건축물의 일반건축물대장에 기재된 착공일은 아래 <표2>와 같은바, 청구법인이 이를 양수인에게 양도한 이후에 착공된 것으로 확인된다. <표2> 쟁점토지 지상 건축물의 착공일 ㅇㅇㅇ (나) 쟁점토지 중 OOO 외 7필지의 양수인(양수일: 2020.7.28.)인 AAA(도급인)와 주식회사 DDD(수급인)이 2021.3.31. 체결한 도급계약서에 따르면, 준공예정년월일을 2021.5.31.로 하여 건설공사 도급계약이 체결된 것으로 확인되고, AAA(건축주)와 OOO(시공사)이 체결한 가설창고 외 토목공사 계약서에 따르면, 공사내역을 창고동철골공사, 판넬공사, 창호공사, 바닥에폭시공사, 배관공사, 정화조공사 등으로 한 토목공사의 착공일은 2021.4.5., 준공일은 2021.6.15.로 기재되어 있다. (다) AAA는 2021년 제1기 부가가치세 신고시 “공제받지 못할 매입세액 명세서”에 토지의 자본적 지출과 관련하여 공급가액 OOO원, 매입세액 OOO원을 신고한 것으로 확인된다. (라) 쟁점토지 중 OOO 외 3필지의 양수인인 AAA(양수일: 2020.1.15.)는 2020.6.12. 주식회사 EEE로부터 건축물현황측량용역 등을 제공받고 세금계산서를 발급받은 사실이 확인된다.

(2) 청구법인이 청구주장을 입증하기 위하여 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) OOO도지사가 2022.2.24. 발급한 부동산개발업 등록증에 따르면, 청구법인은 부동산개발업의 관리 및 육성에 관한 법률제4조에 따른 등록사업자(등록일자: 2022.2.24.)임이 확인된다. (나) OOO시장이 2019.2.15. 청구법인에게 보낸 공문 및 공장 신설 승인서에 따르면, OOO시장은 쟁점토지 중 OOO 외 1필지에 대하여 청구법인이 접수한 공장신설승인 신청을 승인 처리(아래 <그림1>)하면서, 청구법인에게 승인조건을 준수할 것을 안내하였다. 관련 승인조건 중 “농지전용 협의조건”의 내용은 아래 <그림2>와 같은바, 청구법인은 농지전용 협의조건에 기재된 전용목적이 공장부지 및 진출입로 조성으로 제한되므로 쟁점토지 중 농지는 전용목적으로 사용된 토지에 사용된다고 주장한다. <그림1> 공장 신설 승인서 ㅇㅇㅇ <그림2> 농지전용 협의조건 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 FFF 주식회사(이하 “FFF”이라 한다)에 공장부지 조성공사를 발주하였고, FFF은 동 부지조성공사와 관련하여 OOO청장에게 특정공사 사전신고서를 제출하였으며, OOO청장은 2019.3.22. 아래 <표3>과 같이 비산먼지발생사업 및 특정공사사전신고를 수리한 사실 등이 확인된다. <표3> 비산먼지발생사업 및 특정공사사전신고 수리내역 ㅇㅇㅇ (라) 쟁점토지의 촬영시점별 부동산 이용현황은 다음과 같다. ㅇㅇㅇ

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 쟁점토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였으므로 쟁점토지를 비사업용 토지로 볼 수 없다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따르면, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지에 대해서는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간을 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있고, 이는 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하기 위해서는 각종 인ㆍ허가를 받고 건축 설계를 하는 등의 준비 작업을 하는데 상당한 시간이 소요되므로 토지 취득일로부터 2년 동안은 건설에 착공하기 이전이라도 비사업용이 아닌 것으로 의제하기 위한 것인바, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있는 것이고(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결 참조), 특별한 사정이 없는 한 건물을 신축하기 위한 착공에 필요한 준비 작업을 하는 경우까지 포함한다고 보기는 어렵다고 해석함이 타당하다(대법원 1995.9.26. 선고 95누7857 판결 등 참고). 이 건의 경우, 청구법인은 2017.12.6. 등 쟁점토지를 취득하여 2019.2.14. 공장신설 승인 및 2019.3.22. 특정공사 사전신고 수리 등을 받아 부지조성 및 진입로 확보 등 일부 공사를 진행한 것으로 보이나, 보유기간 동안의 위성사진 등에 따르면, 쟁점토지 지상에 건물 신축을 위한 실질적인 공사의 실행행위로서 건축물의 착공이 이루어졌다고 보기는 어렵고, 쟁점토지의 양수인이 쟁점토지를 양수한 후인 2020.3.19. 및 2021.4.16. 건축물을 착공한 것으로 나타나므로 청구법인의 보유기간 동안 쟁점토지를 비사업용 토지에서 제외하기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 양도당시 공부상 지목이 ‘전’인 농지는 농지전용 협의를 완료한 토지로서 당해 전용목적으로 사용된 토지에 해당되어 비사업용 토지에서 제외되어야 한다고 주장하나, 법인세법제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따르면, 농지전용 협의를 완료한 토지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지는 비사업용 토지에서 제외되는 것이고, 청구법인은 OOO시장으로부터 공장 신설 승인을 받으면서 그와 관련된 승인조건을 준수할 것을 안내받았는바, 공장의 건설이 착공되지 않은 상태에서 해당 농지가 그 전용목적인 공장부지로 사용되었다고 보기는 어려우므로, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지 중 양도당시 공부상 지목이 ‘도로’인 토지는 비사업용 토지에서 제외되어야 한다고 주장하나, 법인세법 시행령제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제3호에 따르면, 사업장(임시작업장 제외)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로에 대해서는 사도 또는 도로로 이용되는 기간 동안 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있으나, 쟁점토지 중 양도당시 공부상 지목이 ‘도로’인 토지는 대부분 양도일 직전에 지목이 ‘도로’로 변경됨에 따라 지목변경일 이후 양도일까지의 기간이 청구법인이 해당 토지를 소유한 기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하지 않으므로, 이를 비사업용 토지에서 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)