주택건설사업계획이 승인된 시점에 업무대행용역의 최종적 업무대행용역 공급시기가 도래하였으므로 청구법인은 용역대가 중 잔여대금과 관련한 세금계산서를 수수하여야 하여야 함
주택건설사업계획이 승인된 시점에 업무대행용역의 최종적 업무대행용역 공급시기가 도래하였으므로 청구법인은 용역대가 중 잔여대금과 관련한 세금계산서를 수수하여야 하여야 함
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 당초 계약서상 쟁점업무대행용역의 공급완료일은 쟁점조합의 해산 및 청산일이나, 실제로는 그 전에 용약계약이 해지(조합은 현재까지도 청산되지 않았다)되어 청구법인은 2018∼2022년 기간 동안 쟁점조합에 용역을 공급하지 않았고, 이에 대금도 당초의 계약금액 OOO원 중 약 90%만 지급받았다. 따라서 공급하지 않은 용역의 대가를 받지 않은 것을 매출누락으로 보아 과세한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다. (가) 청구법인은 최종적으로 계약서에 기재된 쟁점업무대행용역의 공급을 완료하지 않았다.
1. 쟁점조합은 일반적인 분양 아파트의 경우보다 아파트를 저렴하게 소유하기 위하여 많은 조합원이 출자하여 설립한 조합으로, 아파트 시행업무와 관련한 전문지식 및 경험이 전혀 없는 집단이었다. 청구법인은 이러한 쟁점조합의 업무대행사로, 조합원을 모집하고 조합원의 자금으로 아파트 건축을 위한 토지를 구입하며 쟁점조합이 건축과 관련한 사업계획승인을 받도록 돕는 등 많은 역할을 해야 했고, 쟁점조합의 시작부터 준공 이후 해산까지의 모든 절차와 관련한 쟁점업무대행용역이 원활하게 이루어져야만 1,000세대에 가까운 대규모 아파트단지 건설이 순조롭게 이루어질 수 있었다.
2. 처분청은 청구법인과 쟁점조합이 2015년경 작성한 용역계약서 상 잔금(10%)의 지급시기가 “사업승인 후”로 기재되어 있는 점을 근거로 하여 사업승인일 이후인 2017년을 잔금의 지급시기 즉, 쟁점업무대행용역의 마지막 공급시기로 보아야 한다는 의견이나, 사업계획승인 이후에도 착공신고, 일반분양 공고(시청과의 협의 및 승인 필요) 및 모집, 사용승인신청, 조합원 최종 변경인가 신청 및 잔여세대 분양 등의 업무가 남아 있을 뿐만 아니라, 예상 사업수지 분석을 통해 자금이 부족할 것으로 예상되는 경우에는 조합원들에게 추가 분담금 납부를 요청하기 위하여 조합원 총회를 개최하여야 하고, 중간 브릿지 대출 등을 통해 자금을 조달하여야 하는 등 복잡한 절차가 남아 있었다. 당초 계약서에는 쟁점업무대행용역의 공급기간이 ‘계약체결일부터 조합 해산일까지’로 기재되어 있으므로, 해당 계약은 용역기간이 상당기간 남아있는 도중에 잔금을 지급하도록 되어 있어 용역공급의 완료일에 잔금을 지급하는 일반적인 용역계약과 다르다. 이와 같이 청구법인이 쟁점조합과의 용역계약을 해지한 이후에도 진행하여야 할 중요하고도 필수적인 업무가 많았으므로, 청구법인이 계약을 해지한 시점에서는 업무대행용역이 완료되지 않았음을 알 수 있는데, 실제로 건축착공은 2018.7.12. 이루어졌고, 아파트 사용승인은 2020.11.18.에서야 이루어졌으며, 조합은 심판청구를 제기한 현 시점까지도 해산하지 않았다.
3. 한편, 위와 같은 이유에서 청구법인과 쟁점조합은 2017.8.1.자 사업계획승인 이후 일반분양이 시작되기 전인 2017.11.22. 시공사 C 주식회사(이하 “C㈜”라 한다)와 “A자이 공동주택 신축공사 도급계약”을 체결하여 업무대행사인 청구법인이 조합의 해산시점에 거의 다달아 공사비 등 전액을 회수(잔금 수취)할 수 있도록 기존 계약 내용을 변경하였는데, 쟁점조합이 받아야 할 중도금 대출 및 브릿지 대출 등의 경우 시공사인 C㈜가 연대보증제공 등을 하여야 가능했기 때문에 C㈜가 사실상 절대적인 결정권을 가졌고, 이로 인해 C㈜가 참여한 해당 도급계약이 이전에 체결한 계약에 우선하여 적용되었고, 업무대행사인 청구법인으로서는 원활한 사업진행을 위하여 이전 계약보다 불리한 C㈜와의 도급계약 조건을 받아들일 수밖에 없었다. 실제로 도급계약서 제17조 제12항은 청구법인의 잔금 수취시기를 당초 사업승인 이후가 아니라 당시에 아직 시작도 하지 않은 일반분양의 분양율과 C㈜의 도급공사비 전액 회수를 기준으로 하도록 변경하도록 규정함으로써 업무대행사인 청구법인이 사업승인 이후까지 책임을 같이 하도록 하였다. 나아가 해당 도급계약에는 쟁점조합이 청구법인에게 쟁점업무대행용역의 대금을 토지로 지급하는 경우 3자 합의를 거쳐야 한다는 내용이 포함되어 있었는데, 쟁점조합은 이를 근거로 청구법인에게 업무용역비 OOO원을 쟁점경계지로 지급할 수 있었다. 따라서, C㈜와 작성한 도급계약서가 이전에 작성된 2015.9.1.자 계약서에 우선하여 적용ㆍ이행되었으므로, 해당 도급계약서는 이전 계약서의 변경계약에 해당한다고 보아야 한다. (나) 처분청은 대전고등법원 2021.7.23. 선고 2021노24 판결을 논거 중 하나로 제시하나, 해당 판결문은 청구법인이 쟁점업무대행용역의 “대부분”을 수행하였다는 것을 인정하면서 주식회사 D(이하 “㈜D”라 한다)가 청구법인의 쟁점업무대행용역을 승계하여 남은 업무를 수행하는 대가로 OOO원을 수취하는 내용의 용역계약을 체결하였다는 사실도 확인하고 있는바, 이를 통해 청구법인이 계약해지를 하여 업무에서 이탈한 시점에 제공하여야 할 용역이 남아 있어 쟁점업무대행용역이 완료되지 않았음을 알 수 있다. 더 나아가 법원은 청구법인이 이행하지 않은 용역에 대한 대가는 산정하기 어렵다고 보았는데, ㈜D의 a은 청구법인이 대부분의 업무를 수행하였다고 진술하였는바, 쟁점조합과 ㈜D의 계약금 OOO원은 정상가격보다 낮은 가액이라고 보는 것이 합리적이다. (다) 처분청은 채권포기각서를 근거로, 청구법인이 남은 용역대금의 청구권(채권)을 인식하고 있었으므로 매출누락이 있었다고 보아야 한다는 의견이나, 이는 2017.11.22.자 도급계약서의 내용과 반대된다. 오히려 쟁점조합은 2017.11.12.자 도급계약서를 근거로 청구법인에게 용역대금을 과하게 지급하였다고 보아 소송을 제기하였고, 법원은 사업승인이 이루어져 청구법인이 쟁점업무대행용역의 대부분을 제공하였다고 볼 수 있으므로, 청구법인이 처분청이 매출누락으로 본 OOO여원을 제외한 용역대금을 수취한 것은 적정하다고 판단하였는바, 이는 결코 용역대금의 잔금을 지급하라는 것이 아니었다. 또한 해당 재판부는 청구법인으로 하여금 당초 계약서상 용역대금에 미달하는 미청구금액에 대하여 포기각서를 제출하도록 하여 향후 있을 수 있는 쟁점조합과 청구법인 간 분쟁을 사전에 방지하고자 하였는데, 이는 쟁점조합과의 여러 소송과 관련하여 타협을 하기 위한 협의ㆍ조정의 일환으로 제출된 것이지, 미지급받은 대금에 대한 적극적인 청구주장에 대한 포기는 아니었다. 참고로 청구법인이 쟁점조합 및 C㈜와 도급계약을 체결하지 않고, 사업승인 이후 업무대행사가 수행하여야 할 업무를 포기하는 내용의 채권포기각서를 작성하지 않았더라도 청구법인은 결코 처분청이 매출누락으로 본 금액을 받지 못했을 것이다. (라) 청구법인은 쟁점업무대행용역에 대하여 합리적이고도 정당한 대가를 청구하였는데, 쟁점조합은 쟁점업무대행용역의 대금으로 이미 발행된 세금계산서의 공급가액에 대해서조차 공급된 용역의 대금으로 볼 수 없고 2017.11.22.자 도급계약서상 대금의 지급시기가 도래하지 않았다는 이유로 대금을 지급하지 않으려고 하였다. 이에 대하여 법원은 청구법인이 대부분의 용역을 제공하였으므로, 세금계산서 발행분에 대한 대금 지급은 기간의 이익을 제외하고는 문제가 없다고 보았는데, 청구법인이 계약을 해지한 이후 ㈜D가 업무대행용역을 수행한 것은 분명한 사실이고 청구법인이 조합 해산일까지의 용역기간을 채우지 못하고 용역의 전부를 공급하지 못한 것도 분명한 사실이다.
(2) 청구법인은 2018년경 쟁점업무대행용역과 관련한 공사에서 철수하였으므로 쟁점업무대행용역의 공급시기는 2018년경이고, 따라서 쟁점세금계산서들은 공급시기에 맞추어 발급된 적법한 세금계산서들이다. (가) 청구법인은 쟁점조합의 비대위 조합원들로 인해 어려움을 겪게 되자 2017.12.29. 쟁점조합에 쟁점업무대행용역을 중단한다고 통보하면서 잔금지급을 요구하였고, 쟁점조합 및 C㈜와의 도급계약 해지를 통보하였다(청구법인이 이렇게 한 데에는 사실 청구법인이 업무 대부분을 성실히 수행하여 사업승인까지 받았기 때문에 쟁점조합이 청구법인에 대한 신뢰를 가지고 있었고, 이를 바탕으로 쟁점조합과 다시 업무를 할 수 있을 것이라는 막연한 기대감이 있었던 것이 컸다). 이에 쟁점조합은 2018.1.5. 청구법인에게 “토목공사 관련 업무협조 요청 건”이라는 제목으로, C㈜가 토목공사(터 파기 및 흙막이 관련 공사) 진행에 어려움을 호소하여 청구법인으로 하여금 업무대행을 계속 맡아줄 것을 요청하는 내용의 공문을 발송하였다. C㈜ 또한 2018.1.12. 청구법인에게 공문을 보내 계약해지는 청구법인의 일방적인 요청으로 결정될 수 없고 사업상 중요한 시기이므로 업무대행을 계속 진행해줄 것을 요청하였고, 2018.1.26.에는 청구법인, 쟁점조합의 부조합장 및 E에 쟁점조합의 착공 업무 관련 재협조를 요청하면서 청구법인의 일방적인 계약해지 통보는 인정할 수 없으므로 쟁점조합의 업무대행을 계속 진행하여 줄 것을 요청하는 내용의 공문을 보냈으며, 그 외에도 전화, 지인 등 여러 경로를 통해 업무대행 유지를 요청하였다. 이와 같이 쟁점조합과 C㈜는 청구법인과의 관계가 계속되고 있다는 태도를 취했고, 청구법인도 사실상 업무대행사로서 쟁점조합의 해산 업무까지 수행하는 것이 향후 사업확대에도 도움이 된다고 보아 업무대행을 계속할 수 있다고 판단하였다. 그러나 청구법인에게 우호적이었던 조합장이 교체되고 비대위 측이 업무대행사인 청구법인에게 적대적인 태도를 취하자, 청구법인도 결국 2018.4.2. 쟁점매출세금계산서를 발급하고 쟁점조합과의 계약을 완전히 해지하게 된 것이다. 이후 쟁점조합은 2018.6.5. 청구법인의 쟁점업무대행용역을 승계하여 수행할 ㈜D와 컨설팅 용역계약을 체결하였는데, 바로 이 시점을 청구법인과 쟁점조합이 모두 객관적으로 청구법인의 쟁점업무대행용역에 대한 계약해지를 인정한 시점으로 보아야 한다. (나) 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 것에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청이 부담하는데(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결), 처분청이 청구법인의 2017.12.29.자 일방적인 해지통보를 근거로 쟁점세금계산서들의 발급시기를 2017년으로 보는 것은 다음과 같은 점을 고려할 때 타당하지 않다.
1. 청구법인으로서는 사실상 제3자인 C㈜가 작성한 도급계약서 제17조 제12항에 따라 변경된 업무용역비 계약조건으로 잔금을 지급해달라고 할 법적 근거가 없었고, 2017.11.30. 업무대행용역의 대금으로 쟁점경계지의 소유권이 이전될 당시 쟁점조합으로부터 세금계산서를 발급하여 달라는 요청을 받지 못했다.
2. 쟁점조합도 3자 간 도급계약이 파기되지 않는 이상 업무대행용역의 잔금을 지급할 의무가 없었고, 청구법인의 일방적인 업무대행용역계약 해지 통보에 대하여 귀책사유가 없었기 때문에 쟁점조합과 C㈜가 2018년 1월경 업무대행용역을 계속하여 수행해달라고 요청한 것은 타당하다.
3. 나아가 쟁점조합은 2018.4.2. 쟁점매출세금계산서를 발급받고 이를 확인하면서 어떠한 문제제기도 하지 않았으므로, 쟁점조합과 청구법인 간 계약해지에 대한 암묵적 합의가 있었다고 보아야 한다. (다) 쟁점매입세금계산서의 발급시기 또한 2017년일 수 없는데, 청구법인은 쟁점업무대행용역 전부를 직접 수행할 수 없어서 토지개발사업 관련 업무에 대해서는 쟁점특수관계법인에게 용역을 맡겼는데, 쟁점조합의 2018.1.5.자 공문과 C㈜의 2018.1.26.자 공문에 토목공사 업무에 대한 협조요청과 흙막이 공사 및 도시개발사업의 추가적인 진행으로 아파트 준공에 문제가 없도록 해달라고 당부하는 내용이 기재되어 있는 점을 고려하면 2017년경에는 토지개발사업과 관련한 용역의 공급이 종료되지 않았음을 알 수 있고, 이에 따라 2017년경에는 쟁점매입세금계산서를 발급받을 이유가 전혀 없었다. 쟁점특수관계법인이 청구법인과 쟁점조합이 실질적으로 계약을 해지한 2018년을 용역 공급(완료)시기로 보아 쟁점경계지의 소유권이전으로 지급받은 용역대금에 대한 세금계산서를 발급한 것은 타당하다. (라) 청구법인이 쟁점업무대행용역 계약에서 이탈한 후 쟁점조합의 조합장이 교체되고, 쟁점조합이 청구법인의 업무에 대해 반대되는 입장을 가졌던 조합원들로 구성되면서 청구법인과 쟁점조합은 현재까지도 여러 가지 소송을 진행하고 있다. 청구법인으로서는 2018년경 계약해지에 대한 암묵적 합의가 이루어졌음이 명확하고 달리 매출을 누락한 것도 아님에도 불구하고, 귀속시기가 불합리하게 적용되어 막대한 세금을 내어야 한다는 사실을 납득하기 어렵다. 또한 청구법인과 쟁점조합이 2018년경 실질적으로 계약을 해지함에 따라, 청구법인과 보조를 맞추어 공급되었던 쟁점특수관계법인의 용역 또한 2018년경에 완료되었다고 보는 것이 타당하다.
(3) 처분청은 쟁점세금계산서들의 발행시기에 오류가 있다고 보아 납부불성실가산세를 부과하면서 미납일수를 2017년 제2기 부가가치세 및 2017사업연도 법인세 신고ㆍ납부기한 이후부터 조사완료시점까지로 산정하였으나, 국세기본법제47조의4 제6항에 의하면, 과세기간을 잘못 적용하여 신고ㆍ납부한 경우 실제 신고ㆍ납부일에 신고ㆍ납부금액의 범위 내에서 당초 신고ㆍ납부하였어야 할 과세기간에 국세를 자진납부한 것으로 보아야 하므로, 청구법인이 2018년 제1기 부가가치세 및 2018사업연도 법인세 신고를 한 이상 부가가치세 납부불성실가산세는 2018년 제1기 확정신고기한인 2018.7.25.까지만, 2017사업연도 법인세 납부불성실가산세는 2018사업연도 법인세 신고기한인 2019.3.31.까지만 부과하여야 한다. 특히 부가가치세의 경우, 공급시기의 차이에 따라 과세기간 적용에 오류가 발생한 것임에도 불구하고, 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하면서 납부불성실가산세마저 당초 신고한 과세기간이 아닌 조사완료시점까지 부과하는 것은 부당거래가 아닌 단순한 귀속시기의 오류에 대하여 중복적인 부담이 없도록 한 국세기본법 제47조의4 의 입법취지에 맞지 않는다.
(1) 처분청은 아래와 같은 쟁점조합과 작성한 당초 업무대행계약서, 법원의 판결문[대전고등법원(청주) 2021.7.23. 선고 2021노24 판결]’, 채권포기각서를 근거로 하여 사업계획승인을 받은 때인 2017.8.1.에 잔여대금 OOO원(공급가액 OOO원)에 상응하는 용역을 포함한 쟁점업무대행용역 전체의 공급시기가 도래하였다고 보았다. (가) 먼저 업무대행계약서와 관련한 내용을 살펴보면, 청구법인과 쟁점조합은 2015.9.1. 업무대행계약서를 작성하였는데, 계약서상 용역대가는 총 세대수(이후 992세대에 대한 주택건설사업계획이 승인되었음)의 세대당 OOO원으로, 계약금은 계약 시 용역대금의 10%로, 1차 중도금은 조합설립 신청 시 용역대금의 40%로, 2차 중도금은 조합설립 승인 이후 용역대금의 40%로, 잔금은 사업승인 이후 용역대금의 10%로 지급받기로 되어 있었다. 이에 청구법인은 2016.6.21. 쟁점조합에게 최초로 매출세금계산서(공급대가 OOO원, 공급가액 OOO원)를 발급하여 2016.6.29. 그에 대한 용역대가를 수령한 후 2017.8.1. A지역사업부지 아파트 992세대 주택건설사업계획승인을 받기 전까지 쟁점조합에게 총 10회에 걸쳐 공급대가 OOO원(공급가액 OOO원)의 매출세금계산서를 발급하였고, 그에 따라 10회에 걸쳐 용역대가를 수령하였다. 부가가치세법 제16조 제2항 등에 의하면, 계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 용역의 제공을 완료하는 날까지의 기간이 6개월 이상인 경우로서 그 기간 이내에 계약금 외의 대가를 분할하여 받는 경우 그 용역공급은 중간지급조건부 용역공급에 해당하고, 중간지급조건부 용역의 공급시기는 대가의 각 부분을 받기로 한 때이므로, 청구법인과 쟁점조합이 작성한 ‘업무대행계약서’ 및 실제 용역 공급과 그 대가의 수령에 근거하여 2017.8.1. 주택건설 사업계획 승인을 얻음으로써 쟁점업무대행용역의 공급시기가 확정되었다고 봄이 타당하다. (나) 다음으로 이 건과 관련하여 청구법인의 대표이사 d, 쟁점조합의 전 조합장 b 및 c의 업무상 배임 및 횡령사건에 대한 법원의 판결이 있었는데, 2심 판결문(대전고등법원 2021.7.23. 선고 2021노24 판결)에 의하면, 청구법인은 ‘쟁점조합이 2017.8.1. 사업계획승인을 받음으로써 청구법인은 당초 업무대행계약에서 정한 바에 따라 쟁점조합에게 용역대금 OOO원 전액을 청구할 권리를 가지게 되었고, 업무대행계약에 따른 업무도 모두 완료한 상태였다. 청구법인은 쟁점조합이 업무대행비 잔금 지급을 거절함에 따라 업무대행계약을 해지하였으므로 이를 배임의 징표로 삼을 수 없다. 이 건 공사도급계약에 따라 쟁점조합의 청구법인에 대한 업무대행비 지급의무의 변제기가 유예되었고, 이 건 공사도급계약 제17조 제12호는 분양수입금 인출순위에 관한 규정일 뿐, 업무대행비 지급 여부 자체를 제한하는 규정으로 볼 수 없다. 청구법인은 피고인 d가 업무대행계약을 해지할 즈음에 이미 쟁점조합과의 업무대행계약에서 정한 업무를 모두 완료하였다’고 하면서 무죄를 주장한 사실이 나타나고, 이에 대하여 법원은 ‘2017.8.1.자 주택건설사업계획 승인에 따라 업무대행계약에서 당초 정한 바에 따라 쟁점조합이 청구법인에게 지급하여야 하는 업무대행비의 지급시기는 일단 도래하였고, 청구법인은 업무대행계약에서 정한 업무용역을 대부분 완료한 상태이기도 하였다. 쟁점조합은 공사도급계약을 체결함으로써 청구법인에 대한 업무대행비의 지급시기를 유예할 수 있었다’고 본 것으로 나타나는바, 청구법인이 이 건 심판청구 과정에서 제기한 ‘2017.11.22.자 공사도급계약서 제17조 제12항에서 정한 용역대가를 받기로 한 때를 공급시기로 보아야 한다’는 청구주장은 이에 정면으로 반한다. C㈜와 작성한 공사도급계약서에 대금의 지급시기를 기재한 것은 용역의 공급시기를 새로 정한 것이 아니라 단순히 그 지급시기만을 유예한 것으로 보아야 하고, 청구법인이 ‘업무대행계약서상 도급금액 전부에 대한 용역을 공급한 것이 아니고 업무대행에서 이탈한 시점에 제공해야 할 용역이 남아있었다’고 주장하면서 인용한 판결은 청주지방법원이 쟁점경계지의 소유권이전이 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(배임)인지에 대하여 판단하면서 쟁점특수관계법인의 재산상 손실을 정확하게 계산하기 어려우므로 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(배임)죄를 적용할 수 없고, 형법의 업무상 배임죄만을 인정할 수 있을 뿐이다’는 내용이다. (다) 마지막으로 채권포기각서와 관련한 내용을 살펴보면, 청구법인은 2017.12.13. 쟁점조합에게 잔여대금 OOO원을 청구하는 내용의 문서를 발송하였고, 2017.12.20. 쟁점조합으로부터 잔여대금 지급 불가 통지를 받은 후 대행업무를 중단한다는 문서를 다시 발송하였고, 이후 청구법인은 대전고등법원 청주제1형사부(2021노24) 재판부가 잔여대금과 관련한 추후의 분쟁을 막기 위하여 중재를 하자, 2021.6.30. ‘청구법인은 2015.9.1. 쟁점조합과 업무대행계약을 체결한 후 계약내용에 따른 용역을 수행하고 그 대가를 일부만 수령하였는데, 청구법인은 이와 관련하여 향후 어떠한 사유로도 쟁점조합을 상대로 본 계약에 따른 나머지 업무대행비를 청구하지 않고, 이와 관련된 민․형사상 이의를 제기하지 않을 것을 확인한다’는 내용의 채권포기각서를 작성하였는바, 이에 의하면 청구법인은 채권포기각서를 작성한 2021.6.30.까지 본인에게 업무대행용역비 중 잔여대금 OOO원(공급가액OOO원)에 대한 청구권(채권)이 있음을 인지하고 있었음을 알 수 있다.
(2) 쟁점세금계산서들은 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이다. (가) 청구법인은 2017.11.30. 쟁점조합으로부터 쟁점업무대행용역의 대금 중 일부로 쟁점경계지를 받았으므로, 이에 대하여 2018.4.2.에 발급된 쟁점매출세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서이다.
1. 청구법인은 2017.11.30. 쟁점경계지를 쟁점업무대행용역의 대가로 수취하여 그 소유권을 이전받는 과정에서 쟁점조합이 세금계산서 발행과 관련한 어떠한 요구나 문제 제기를 하지 않았으므로, 청구법인과 쟁점조합 간 계약해지에 대한 암묵적 합의가 있었다고 보아야 하고 따라서 2018년경 발급된 쟁점매출세금계산서는 2017년 귀속 세금계산서일 수 없다고 주장하나, 세금계산서는 거래 당사자 간 합의에 의하여 발급하는 것이 아니라 부가가치세법 제34조 에 따라 재화ㆍ용역의 공급시기에 발급하는 것이다. 앞에서 살펴본 바와 같이 2015.9.1.자 업무대행계약서에 규정된 쟁점업무대행용역 전체의 공급시기는 사업계획승인을 받은 2017.8.1.이므로, 청구법인은 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점조합에게 쟁점업무대행용역의 대금 전액에 대한 세금계산서를 발급하였어야 한다. 실제로 청구법인은 당초 업무대행계약을 체결한 2015.9.1.부터 이를 해지한 2017.12.31.까지 총 14회에 걸쳐 공급대가 OOO원(공급가액 OOO원)의 매출세금계산서를 발급하고 그에 대한 용역대가를 수령하였으며, 쟁점경계지를 수취한 2017.11.30. 쟁점조합에게 공급대가 OOO원(공급가액 OOO원)의 매출세금계산서를 발급하고 2017.12.4. 용역대가를 수령하였는데, 유독 쟁점경계지로 수취한 용역대금에 대해서만 당일 매출세금계산서를 발급하지 않았다.
2. 참고로 청구법인은 이 건 이의신청 과정에서는 잔여대금 OOO원(공급가액 OOO원)에 대하여 부과된 법인세와 부가가치세에 대해서만 다투었을 뿐, 쟁점매출세금계산서가 공급시기가 사실과 다른 세금계산서인지 여부에 대해서는 별도로 다투지 않았다. (나) 청구법인이 쟁점특수관계법인으로부터 2018.4.2. 수취한 쟁점매입세금계산서는 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.
1. 청구법인은 2016.11.3. 쟁점특수관계법인과 행정업무용역계약을 체결하였는데, 쟁점특수관계법인이 제공하는 행정업무용역은 청구법인이 쟁점조합에게 제공한 업무대행용역에 비례한다고 볼 수 있으므로, 쟁점조합이 2017.8.1. 사업계획승인을 받음으로써 쟁점업무대행용역의 공급이 모두 완료된 것과 동일하게 쟁점특수관계법인이 청구법인에게 공급하는 행정업무용역도 모두 종료되었다고 보아야 한다. 특히 청구법인이 2017년 12월경 쟁점조합에게 쟁점업무대행용역의 공급을 해지한다는 내용을 통보한 후 쟁점조합에게 업무대행용역 제공하지 않았는데, 청구주장과 같이 쟁점특수관계법인은 쟁점조합과 직접적인 관계가 없다.
2. 청구법인은 쟁점특수관계법인으로부터 2016.11.30.∼2017.12.11. 기간 동안 총 8회에 걸쳐 공급대가 합계 OOO원(공급가액 OOO원)의 매입세금계산서를 수취한 후 관련 용역대금을 쟁점특수관계법인 명의의 계좌로 입금하였고, 2017.11.30. 이후에도 총 3회에 걸쳐 쟁점특수관계법인으로부터 매입세금계산서를 수취하고 용역대가를 지급하였으나, 유독 2017.11.30. 쟁점경계지로 지급한 용역대금에 대해서만 매입세금계산서를 수취하지 않다가, 2018.4.2.에서야 쟁점매입세금계산서를 수취하였다.
3. 쟁점특수관계법인은 처분청의 법인통합조사에서 쟁점매입세금계산서는 2017.11.30. 소유권이 이전된 토지(대물변제)와 관련된 것으로 그 용역의 공급시기(귀속시기)가 2017년 제2기 부가가치세 과세기간이라는 내용의 확인서를 작성하였고, 쟁점특수관계법인은 대전지방국세청장에게 이의신청을 제기하면서 납부지연가산세와 관련하여 불복을 제기하였을 뿐, 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지에 대해서는 별도로 다투지 않았다.
4. 청구법인과 쟁점특수관계법인은 2018.1.1.부터 용역을 공급하고 그와 관련한 세금계산서를 발급할 내역이 없으므로, 청구법인이 2017.11.30. 쟁점특수관계법인에게 쟁점경계지로 지급한 용역의 대가는 이미 공급받은 용역에 대한 대가로 2017년 제2기 부가가치세 부과기간에 쟁점매입세금계산서를 수취하였어야 하는 것에 해당한다.
(3) 처분청이 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 부과한 이 건 납부불성실가산세는 적법하다. <표1> 청구법인에 대한 납부불성실가산세 부과내역 (단위: 원, 일) OOO (가) 위 <표1>에서 이 건 법인세 부과처분 중 납부불성실가산세 산정내역을 보면, 가산세 산정의 기준이 된 미납세액 OOO원은 수입금액 누락분인 공급가액 OOO원(공급대가 기준 OOO원임)에 관한 것이고, 청구법인은 이에 대하여 2018사업연도 법인세를 신고ㆍ납부한 적이 없으므로, 청구주장과 달리 이 건 법인세와 관련한 납부불성실가산세는 귀속시기 오류와 관련이 없다. 참고로 처분청이 청구법인에게 이 건 2017사업연도 법인세를 경정ㆍ고지하면서, 2018사업연도 수입금액과 필요경비에서 쟁점세금계산서들상 공급가액 OOO원을 각각 차감함에 따라 2018사업연도 법인세의 과세표준과 산출세액에 미치는 영향은 없었고, 2017사업연도 또한 수입금액과 필요경비에 이를 각각 가산함으로써 산출세액에 미치는 영향이 없었다. (나) 다음으로 이 건 부가가치세 부과처분과 관련한 납부불성실 부과내역을 보면, 청구법인은 2018년 제1기 부가가치세를 신고할 때 2018.4.2. 발급한 쟁점세금계산서들의 공급가액과 그 부가가치세액을 각각 과세표준에 가산하고 매입세액으로 공제함으로써 납부세액에 미치는 영향이 없었고, 이에 따라 자진납부세액 또한 없었다. 처분청이 쟁점세금계산서들을 사실과 다른 세금계산서로 보아 2017년 제2기 부가가치세를 부과할 때에는 관련 공급가액을 과세표준에 가산하되 그 부가가치세액을 매입세액에서 불공제함으로써 추가납부세액이 발생하였으나, 2018년 제1기 부가가치세의 경우에는 이를 각각 과세표준과 매입세액에서 차감함으로써 추가납부세액이 발생하지 않았다. 국세기본법 제47조의4 제6항 을 적용하기 위해서는 당초 신고ㆍ납부 시 과세기간이 잘못 적용되었고, 신고일 실제 신고ㆍ납부한 금액이 있어야 하며, 실제 납부한 금액의 범위 안에서 자진납부한 것으로 간주되어야 할 뿐만 아니라(더불어 부정행위로 무신고ㆍ과소신고ㆍ초과신고를 하지 않았어야 한다), 실제 과세기간에는 고지할 세액이 발생하는 한편, 당초 잘못 신고ㆍ납부된 과세기간에는 자진납부한 세액이 환급되어야 하나, 이 건의 경우 청구법인이 실제 신고하여야 할 과세기간에 고지세액이 발생하기는 하였으나, 당초 잘못 신고한 과세기간에는 자진납부한 세액이 없어 환급세액이 발생하지 않았으므로, 국세기본법 제47조의4 제6항 의 적용대상에 해당하지 않는다.
① 청구법인이 쟁점조합에게 쟁점업무대행용역을 공급한 후 일부 금액에 대한 매출을 누락하고 세금계산서를 과소발급하였다고 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
② 쟁점세금계산서들을 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부
③ 이 건 납부불성실가산세 부과처분의 당부
(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인에 대한 2017년 제2기 부가가치세 및 2017사업연도 법인세 부과내역은 <별지2>와 같다. (나) 이 건과 관련한 사실관계는 다음과 같다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.