조세심판원 심판청구 종합소득세

청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인이므로 청구법인이 소유한 농지인 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2023-전-3086 선고일 2023.05.24

청구법인은 ㅇㅇ사업연도 중 자산(토지) 처분에 따른 수입금액 외에 농업매출이 전혀 없는 것으로 나타나는 이상, 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 보기는 어려운 점, 청구법인에 제출한 증빙서류 만으로 청구법인이 쟁점농지를 자경한 것으로 인정하기도 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵고, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2004.6.5. 농업 경영이 곤란한 농가에 대한 영농 편의 제공을 목적으로 OOO을 사업장으로 하여 사업자등록(비영리법인)하였고, 2017.4.1. 수익사업개시 신고(농작물 도소매업)를 하였으며, 2018.6.28. OOO 94-15 답 77㎡ (이하 “쟁점토지①”이라 한다)를 OOO원에 양도하였고, 2020.10.20. 같은 리 94-11 대 132㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다), 94-12 답 127㎡(이하 “쟁점토지③”이라 한다), 94-13 답 557㎡(이하 “쟁점토지④”라 하고 쟁점토지①, 쟁점토지②, 쟁점토지③과 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다) 합계 665.5㎡를 OOO원에 양도하였으나 법인세를 신고․납부하지 아니하였다. <표1> 쟁점토지 취득 및 양도내역 ㅇㅇㅇ
  • 나. 처분청은 2021년 11월 청구법인에게 법인세 기한후 신고 안내를 하였고, 청구법인은 2022.1.11. 아래 <표2>와 같이 2019∼2020사업연도 법인세를 기한후 신고·납부하였고, 처분청은 청구법인의 전 사업연도 법인세 신고내역이 없어 2020사업연도 법인세 신고시 공제한 이월결손금 OOO원에 대하여 해명안내를 하였으며, 청구법인은 아래 <표3>과 같이 대표자 개인채무 이자비용을 영업외비용으로 계상하여 2022.3.3. 2016∼2018사업연도 법인세를 기한후 신고하였다. <표2> 2019∼2020사업연도 법인세 기한후신고 내역 ㅇㅇㅇ <표3> 2016∼2018사업연도 법인세 기한후신고 내역 ㅇㅇㅇ
  • 다. 처분청은 쟁점토지가 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 청구법인이 소유한 비사업용 토지로 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 토지등 양도소득에 대한 법인세를 가산하고, 이월결손금의 주요발생원인이 대표자 개인채무에 대한 지급이자 합계 OOO원(2016∼2020사업연도분, 이하 “쟁점이자”라 한다)이므로 업무무관 비용으로 보아 이월결손금 공제를 부인하여 2022.5.17. 및 2022.5.18. 법인세 2018사업연도분 OOO원 및 2020사업연도분 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.8.5. OOO지방국세청장에게 이의신청을 하였고, OOO지방국세청장은 2022.10.6. 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 것으로 보기 어려워 쟁점토지에 대한 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세는 정당하나, 쟁점이자가 청구법인이 토지를 취득하는 과정에서 대표자 명의로 자금을 대출받음으로서 발생한 것으로 손금에 산입하여야 한다는 취지로 일부인용 결정을 하였으며, 이에 따라 처분청은 이월결손금을 공제하여 2020사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하였다.
  • 마. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점토지는 농업을 주된 사업으로 하는 청구법인이 소유하고 직접 자경한 농지이므로 비사업용토지에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인은 위탁영농조합법인으로 농업경영 및 농기계를 이용한 위탁영농을 주목적으로 2003년 설립된 법인이고, 청구법인은 이양기와 트렉터, 관리기등 농사에 필요한 모든 기계를 보유하면서 임차농지에서 농사를 짓거나 주변 농민들의 의뢰에 따라 농작업 대행도 활발하게 하고 있으며, 청구법인 대표자 AAA는 다른 소득이 없는 전업농민으로서 자신 소유의 농지 외에도 청구법인의 농지도 직접 자경하고 인근 주민들의 농작업도 대행하여 왔다. (나) 최근 OOO는 농지를 포함한 지가가 급등하여 임차농지를 구하기가 힘이 들고, 보유한 농기계로 최대한 많은 농지를 임차하여 농업경영을 하여야 하나, 세금 문제 등으로 농지의 임대를 점차 꺼리는 분위기가 조성되어 청구법인은 농업 경영에 여러 어려움이 있는바, 임차농지를 구하기보다 시세보다 저렴하게 나오는 농지를 직접 매입하여 영농에 사용하여야겠다는 판단 하에 2017년경부터는 싸게 나온 농지를 매입하여 농지로 사용하여 왔다. (다) 다만, 세법에 따라 외부 조력자에 의뢰하여 장부를 기장 할 경우 발생되는 세무비용(법인 기장료 OOO원/월)을 법인의 농업소득 범위 내에서 감당할 수 없고, 비과세소득인 식용작물재배업 소득을 신고할 필요성을 느끼지 못하여 법인세를 무신고 하였다. (라) 쟁점토지가 보유기간 내내 농지로 활용되었음은 항공사진 등을 통해 쉽게 확인되고, 농작업은 대표자가 직접 하였으며, 쟁점토지가 농지로 활용된 것이 분명한 상황에서 처분청이 쟁점토지 양도차익에 대해 과세하기 위해서는 법인세법제55조의2 제1항의 비사업용 토지에 해당됨을 직접 증명하여야 하며, 단순히 청구법인이 농업경영체 등록을 해태하거나 재무제표 상에 농업관련 수입금액을 누락하였다는 것만으로는 그 입증책임을 다 하였다고 볼 수 없다.

(2) 설령 청구법인을 농업을 주업으로 하는 법인으로 볼 수 없다고 하더라도, 쟁점토지② 및 쟁점토지③은 청구법인의 보유기간 내내 불특정다수인이 이용하는 도로로 사용되었음이 항공사진 등으로 명확히 확인되므로 이를 비사업용토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 법인세를 경정하여야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 농업을 주된 사업으로 하고 있고 쟁점토지는 보유기간동안 농업에 사용하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 대상이 아니라고 주장하나, 농업경영체등록관리시스템상 농업경영체로 등록된 사실이 없는 점, 사업을 개시한 이래 농작물판매(도소매업) 또는 농작물재배업 등 사업수입금액은 모두 “OOO”으로 쟁점토지에 대한 유형자산처분이익 외 다른 수익은 전혀 없는 점, 계산서 및 세금계산서 수취내역에 따르면 농업이나 도소매업 관련 매입내역은 전혀 없고, 법무사, 세무회계사무실, 한국국토정보공사 OOO지사 매입 외에 농업과 관련한 내역은 확인되지 아니하는 점, 청구법인이 쟁점토지를 농업에 사용하였다는 근거로 제시한 증빙을 살펴본 바 면세유류관리대장은 쟁점토지를 취득한 2016년 이전인 2014년 당시 면세유 구입내역이므로 쟁점토지를 보유한 기간(2016년∼2020년)과는 무관하고, 다른 증빙인 OOO 상품매출내역(매입)은 청구법인이 아닌 AAA(청구법인 대표자) 명의로 조회된 내역임이 확인되는 점 등을 종합하여 살펴보면, 쟁점토지의 보유기간 동안 청구법인이 농업을 주업으로 영위하였다고 볼 만한 근거가 확인되지 아니하므로 청구법인은 사실상 농업을 주업으로 하는 법인에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 청구법인은 사실상 농업을 영위하지 아니하므로 쟁점토지는 양도당시 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유한 비사업용 토지로서 쟁점토지의 양도차익은 법인세법제55조의2에 의한 토지등 양도소득에 대한 과세특례 대상에 해당하는바, 청구주장은 이유 없다.

(2) 청구인은 쟁점토지② 및 쟁점토지③이 구입 당시부터 도로로 사용되어 비사업용토지에 해당한다고 주장하나, 도로란 도로법에 의한 도로, 그 밖에 일반인의 자유로운 통행에 공여할 목적으로 개설한 사도를 말하는 것으로, 쟁점토지② 및 쟁점토지③은 농지 사이의 도로와 농지의 경계부분으로 보여지고, 불특정다수가 이용하는 도로로 볼 수 없어 비사업용토지에 해당하므로 청구주장은 이유 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① (주위적 청구) 청구법인이 농업을 주된 사업으로 하는 법인이므로 청구법인이 소유한 농지인 쟁점토지는 비사업용토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

② (예비적 청구) 쟁점토지② 및 쟁점토지③은 포장된 도로로 사용되었으므로 비사업용토지에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

  • 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다. (2) 법인세법 시행령 제92조의5【농지의 범위 등】① 법 제55조의2 제2항 제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(池沼)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제55조의2 제2항 제1호 가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다.

1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 국세청 전산망에 의하면 청구법인의 대표이사 AAA는 OOO(건설업/주택신축판매) 공동사업자 지분 0.3070%를 보유하고 있고, 2020.8.6. OOO(태양력 발전업) 대표자로 사업자등록을 한 것으로 확인되며 다른 근로소득이력은 없는 것으로 나타난다. (나) 청구법인의 법인세 기한후 신고내역(아래 <표4>)에 의하면 청구법인은 2016사업연도부터 농업과 관련한 매출액이나 매입금액을 신고하지 아니하였고, 토지양도차익 등 영업외수익만을 신고한 것으로 확인된다. <표4> 청구법인의 법인세 기한후 신고내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인은 쟁점토지는 직접 자경한 농지에 해당한다고 주장하면서 OOO 거래자매출내역(AAA), 면세유류관리대장(청구법인), OOO에 거주하는 주민이 작성한 사실확인서 3장, 법인등기사항전부증명서(무한책임사원 AAA가 콤바인, 건조기, 트럭 각 1대, 유한책임사원 BBB과 CCC가 경운기, 트럭, 이앙기, 관리기, 트랙터 각 1대를 출자하였다는 내용임), 2019 및 2020사업연도 손익계산서(감가상각비가 판매비와 관리비로 계상되어 있음) 등을 제출하였다. <표5> OOO AAA 매출내역 요약 ㅇㅇㅇ <표6> 면세유 관리대장(청구법인) 사용량 발췌 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인이 2016년부터 2020년까지 수취한 세금계산서는 총 OOO원(공급가액)으로 상세내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 청구법인 세금계산서 수취 내역 ㅇㅇㅇ (마) 쟁점토지② 및 쟁점토지③의 항공사진 및 로드뷰(인터넷포털 네이버지도)에 의하면, 쟁점토지② 및 쟁점토지③은 포장된 도로로서 쟁점토지① 및 쟁점토지④로 농기계 등이 진입하기 위한 진입로(농로)로 보이고, 처분청은 해당 도로의 위치 등을 고려할 때 일반인의 자유로운 통행에 공여할 목적으로 개설한 도로로 보기 어렵다는 의견이다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지가 농업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유한 농지로서 비사업용토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제2항 가목 및 같은 법 시행령 제92조의5 제2항 제1호에 의하면 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 농지는 비사업용 토지에 해당하고, 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 수입금액이 큰 사업을 주업으로 판단하도록 되어 있는바, 청구법인은 2018∼2020사업연도 중 자산(토지) 처분에 따른 수입금액 외에 농업매출이 전혀 없는 것으로 나타나는 이상, 농업을 주된 사업으로 하는 법인으로 보기는 어려운 점(조심 2022전8164, 2023.4.13., 같은 뜻임), 청구법인에 제출한 증빙서류 만으로 청구법인이 쟁점농지를 자경한 것으로 인정하기도 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵고, 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지② 및 쟁점토지③이 불특정다수인이 이용하는 도로로서 비사업용토지에 해당하지 아니한다고 주장하나, 쟁점토지② 및 쟁점토지③은 쟁점토지① 및 쟁점토지④로 농기계 등이 진입하기 위한 진입도로로 보이는 점, 해당 도로 상에 쟁점토지 외에 민가 등 불특정다수인의 통행이 필요한 건축물 등이 없고 도로의 일단이 농지이자 사유지인 쟁점토지① 및 쟁점토지④임을 감안할 때, 쟁점토지②ㆍ③은 불특정다수인이 이용하는 도로라고 보기 어렵다고 판단되는바, 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)