청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.3.10. 법인으로 보는 단체로 승인받았으며, 2021.11.1. OOO 임야 19,654㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO장에게 토지수용을 원인으로 양도(공탁금 OOO원 수령)하고 양도차익OOO원에 대하여 2022.3.31. 2021사업연도 법인세 OOO원 신고․납부하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 2022.10.7. 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 사용하였다고 보아 기납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2022.12.9. 국세기본법 제45조의2 제3항 에서 정한 기한 내(청구를 받은 날부터 2개월 이내)에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우로 보아 같은 법 제45조의2 제4항에 따라 관련 진행상황 및 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 청구법인에게 통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.1.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1965.12.25.경 결성되어 향사의 봉행, 족보 간행, 자선사업, 선대유물 및 유적의 관리 등을 고유목적사업으로 하는 종중으로, 선조들의 분묘가 있던 쟁점토지가 1971.4.8. 토지구획정리사업지구에 편입된 직후인 1971.7.5. OOO 임야 142,410㎡ 등(이하 “대체토지”라 한다)을 매입하여 1973년경부터 쟁점토지에 있던 선영들의 분묘를 대체토지로 이장하였다. 이와 같이 단순히 토지를 수용하기 위한 목적으로 구획정리사업자가 법령에 근거하여 쟁점토지(선영)에 있던 분묘의 이장을 요구함에 따라 청구법인으로서는 이에 따를 수밖에 없었고 결국 쟁점토지에 봉분과 묘역이 없다는 이유로 청구법인이 고유목적사업에 쟁점토지를 사용하지 아니한 것으로 본 것은 실질과세의 원칙에 부합하지 않는다. 청구법인의 정관상 목적에도 있듯이 청구법인은 선영의 치산, 봉사수호, 종재의 영속적인 계승보전과 효율적인 운영관리, 종족의 유능한 인재배출을 위한 육영사업 등을 사업목적으로 하는 종회이고, 쟁점토지는 오랜 기간 종중의 선산으로서 선조 분묘를 포함하고 있었으며 임대 또는 다른 용도로 사용하지 아니하여 실질적으로 쟁점토지가 조상 분묘의 유지 및 보존에 사용하는 선산의 기능을 상실하지 아니하였으므로 청구법인이 공탁금을 수령함으로써 쟁점토지를 처분한 날이라고 할 수 있는 2021.11.1. 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적에 사용하였다고 봄이 타당하다. 조세심판원도 청구법인과 유사한 사례에 대하여 인용결정(조심 2022부1923, 2022.6.14.)한 바 있다. 만일 쟁점토지가 관계 법령에 따라 토지구획정리사업구역 내에 편입되지 않았더라면 선영의 분묘들을 대체토지로 이장하지 않고 청구법인의 고유목적사업에 사용하였을 것이라는 것은 경험칙에 비추어 보아도 쉽게 알 수 있다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지는 청구법인의 선산으로 1971년 토지구획정리사업구역으로 편입되기 전까지는 분묘 12위가 존재하고 있었으나 1973년 대체토지로 분묘 모두를 이장하였으며 청구법인이 2021.11.1. 공탁금을 수령할 때까지 쟁점토지에 분묘가 존재하지 않았다. 청구법인은 과거 쟁점토지 상에 존재하던 분묘를 이장한데에는 토지구획정리사업에 따른 정당한 사유가 있고 유형자산 처분당시 분묘가 존재하지 않더라도 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 법인세 과세대상에서 제외되는 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 법문상 양도일로부터 소급하여 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산과 관련한 것으로 해석하여야 하며 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체 등) ① 법인(법인세법 제2조 제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 제45조의2(경정 등의 청구) ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다.

④ 제1항과 제2항에 따라 청구를 받은 세무서장은 제3항 본문에 따른 기간 내에 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정이 곤란한 경우에는 청구를 한 자에게 관련 진행상황 및 제3항 단서에 따라 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다는 사실을 통지하여야 한다. (2) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. (3) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. (후단 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1965.12.25.경 결성되어 2020.9.11. 처분청으로부터 국세기본법 제13조 제2항 에서 규정하는 법인으로 보는 단체로 승인(고유번호 302-82-*, 수익사업을 하지 않는 비영리법인)을 받았다. (나) 청구법인의 정관 제2조에서 ‘본회는 조상선현의 유지를 길이 받들어 영속적으로 선영을 수호봉사하고 종재를 효율적으로 운영관리하며, 종족간에 상호 친목과 단결을 공고히 하면서 지역사회 발전에도 기여를 함으로써 종족의 사회적 지위향상을 도모하고자 함을 목적으로 한다’고 규정하고 있고 제3조에서 ‘본회는 전족의 목적을 달성하기 위하여 다음의 사업들을 시행한다. 1) 선영의 치산, 봉사수호에 관한 사항, 2) 종족 간의 친목, 단결에 관한 사항, 3) 조상선현의 유적과 조사연구 및 홍보에 관한 사항, 4) 종족의 사회적 지위 향상 발전 및 복리증진에 관한 사항, 5) 종재의 영속적인 계승보전과 효율적인 운영관리에 관한 사항, 6) 종족의 유능한 인재배출을 위한 육영사업에 관한 사항, 7) 지역사회 발전에 봉사기여 하는 사업과 관계되는 사항, 8) 기타 본회가 지향하는 목적달성에 필요한 사항’이라고 규정하고 있다. (다) 청구법인은 일제강점기 이전부터 쟁점토지를 보유하면서 선조 분묘로 활용하였고 이후 쟁점토지는 1971.4.18. OOO 토지구획정리사업구역에 편입되었으며 1971.8.6. 건설부 고시 OOO로 도시계획시설(공원)으로 지정됨에 따라 청구법인은 1973년 대체토지를 매입하여 분묘 전부(12위)를 이장하였다. (라) 그 후 토지구획정리사업은 예산부족 및 보상가격 산정 이견 등으로 보상시기가 지연되다가 2021.8.27. OOO 재결을 거쳐 청구법인은 2021.11.1. 쟁점토지를 OOO청장에게 양도(공탁금 OOO원 수령)하였다. (마) 1973년 쟁점토지에 있던 분묘 모두가 대체토지로 이장된 후 청구법인이 2021.11.1. 공탁금을 수령할 때까지는 쟁점토지에 분묘가 존재하지 않은 것으로 조사되었다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 사실상 쟁점토지가 조상 분묘의 유지 및 보존에 사용하는 선산의 기능을 상실하지 아니하였으므로 처분일 현재를 기준으로 쟁점토지를 3년 이상 계속하여 청구법인의 고유목적에 사용한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바, 법인세법 시행령 제3조 제2항 은 ‘유형자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여’라고 규정하여 현재시점을 기간계산의 기준시점으로 규정하고 있으므로 유형자산을 고유목적에 3년 이상 계속하여 사용하였는지 여부는 현재시점을 기준으로 하여 그 이전 3년 이상을 계속하여 사용하는 자산으로 해석함이 문리해석상 타당하다고 할 것이고(조심 2018부2208, 2018.7.9., 같은 뜻임), 과거 청구법인이 쟁점토지를 3년 이상을 계속하여 고유목적에 사용하여 왔다 하더라도 쟁점토지에 소재하던 묘지를 이장하여 오랜 기간동안 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 이상 그 토지의 처분으로 인한 수입을 법인세 과세소득에서 제외하기는 어려워 보이며, 1973년경까지는 묘지 등이 소재하고 있는 등 쟁점토지가 청구법인의 고유목적에 사용되었다고 인정하더라도 그 이후에도 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 사용되었음을 입증할 수 있는 객관적인 입증자료가 확인되지 아니하여 쟁점토지가 처분일 직전 3년 이상의 기간 동안 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용된 자산에 해당한다고 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서 쟁점토지를 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 유형자산에 해당한다는 청구주장을 인정하기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.