[요지] 청구인이 쟁점건물을 취득하면서 수취한 매입세금계산서, 쟁점건물 취득과 관련하여 지급한 공사비 등의 금융 거래 내역 등이 있어 추계사유에 해당안됨
[요지] 청구인이 쟁점건물을 취득하면서 수취한 매입세금계산서, 쟁점건물 취득과 관련하여 지급한 공사비 등의 금융 거래 내역 등이 있어 추계사유에 해당안됨
[참조결정] 조심2015서1047
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) OOO세무서장의 재조사결정에 의하여 추가로 필요경비가 인정되었으나, 금융 증빙이 확인되는 거래만 인정되어 현금지급한 노무비는 전액 필요경비에서 누락되었고, 건설자금이자와 노무자 식대 등 부대비용도 전액 누락되었다. 청구인의 경우 금융증빙에 따라 확인되는 노무비는 OOO원에 불과하나, 개축당시 원재료비와 노무비의 비중이 5대5 정도임을 고려하면, 노무비의 대부분이 누락되었음을 알 수 있고, 이와 같이 노무비와 건설자금이자, 식대 등 부대비용이 불분명하므로 이 건 취득가액의 계산은 환산취득가액으로 하는 것이 타당하다.
(2) 실지취득가액을 취득가액으로 한다 하더라도, 구건물의 취득가액인 OOO원을 쟁점건물의 취득가액에 포함하여야 한다. 단순히 토지만을 사용할 목적으로 건물이 딸린 토지를 취득할 경우에는 구건물의 취득가액은 토지의 원가로 보는 것이나, 이 건과 같이 건물 취득 후 장기간 사용하다가 신축을 위해 구건물을 철거하는 경우에는 구건물의 취득가액을 신축 건물의 취득가액에 산입하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다. 소득세과-28(2013.1.11.) [제목] 구 건물 장부가액의 신 건물 취득가액 산입 여부 [요약] 개인사업자가 자기소유의 토지상에 새로운 건축물을 건축하기 위하여 기존건축물을 철거하는 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 새로운 건축물에 대한 자본적지출로 하여 새로운 건축물의 취득원가에 산입하는 것임.
(3) 이 건 과소신고가산세 부과 처분은 위법하다. (가) 과소신고가산세는 신고의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 부과하는 것인데, 청구인은 예정신고기한(2016.8.31.) 내인 2016.7.1. 성실하게 신고의무를 이행하였다. 소득세법은 취득가액이 불분명한 경우 환산취득가액 방식으로 계산하도록 규정하고 있고, 청구인의 취득가액이 불분명하여 환산취득가액 방식을 선택한 것이므로 이를 신고의무 위반으로 볼 수 없다. (나) 소득세법 제110조 제4항은 예정신고를 한 자는 확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있고, 청구인은 이 건 이외에 다른 양도자산이 없으므로 확정신고의무가 없다. 따라서 과소신고가산세의 제척기간은 예정신고기한이 경과한 다음날인 2016.9.1.부터 기산하여야 하는바, 제척기간 만료일은 2021.8.31.이고, 따라서 제척기간이 경과한 후 부과된 이 건 과소신고가산세 부과처분은 위법하다.
(4) 이 건 납부지연가산세 부과 처분은 위법하다. 처분청은 본세와 과소신고가산세에 대한 국세 부과제척기간을 확정신고납부기한 다음날부터 기산하였으나, 납부지연가산세는 예정신고기한(2016.8.31.) 다음날인 2016.9.1.부터 기산하여 부과하였다. 국세기본법은 납부지연가산세의 납세의무성립시기는 법정납부기한 경과 후 1일마다 그 날이 경과하는 때이고, 납세의무가 성립하는 때에 그 세액이 확정되는 것이며, 예정신고납부에 따른 납부지연가산세가 부과되는 부분에 대해서는 확정신고납부와 관련하여 납부지연가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 납부지연가산세의 계산은 예정신고기한 다음날부터 기산하면서, 제척기간의 기산일은 확정신고기한 다음날부터 기산하는 것은 과세권자와 납세자간 형평에 어긋나는 것인바, 이 건 납부지연가산세는 예정신고납부기한 다음날인 2016.9.1.에 납세의무의 성립 및 확정이 완료된 것이고, 제척기간의 기산일도 시작된 것이므로 이 건 납부지연가산세는 제척기간이 경과된 것이어서 그 부과처분은 무효이다.
(5) 쟁점건물의 매수인인 AAA 주식회사의 대표자인 BBB이 작성한 확인서에 의하면 청구인에게 지급한 양도대금 중 OOO원은 영업ㆍ폐업 보상비이고, OOO원은 미임대보상(손실)비로 지급한 것이다. 영업ㆍ폐업 보상비는 사업소득에 해당하는 것이고, 미임대보상(손실)비는 부동산임대소득에 해당하는 것이므로 합계 OOO원은 이 건 양도가액에서 제외하여야 한다.
(1) 청구인의 금융거래 내역상 현금 인출금은 소액에 불과하고, 청구인이 현금으로 인건비나 공사비를 지급하였다고 하면 통장에서 현금 인출이 확인되어야 하나 현금인출로 확인되는 금액은 미미하여 청구인이 추가로 현금으로 지급하였다는 주장은 인정할 수 없다. 처분청은 청구인의 쟁점건물의 신축 시점인 2012.1.1.부터 2013.12.31.까지의 금융거래내역을 은행으로부터 제시받아 입출금 거래내역, 현금 인출내역과 청구인이 재조사시 제출한 일자별 공사비 지급 내역과 비교 검토한 바, 통장내역과 크게 차이가 없어 제출한 일자별 공사비 지급내역을 토대로 건물 취득가액 OOO원을 추가로 인정하여 감액 결정하였으며, 금융거래 내역 및 세금계산서, 계약서 등에 의해 확인된 실제 건물 신축비용이 확인되므로 실지거래가액에 의해 취득가액을 결정한 이 건 처분은 잘못이 없다.
(2) 청구인은 2006.5.19. 토지와 구건물을 일괄취득하였고, 6년동안 임대에 사용하다가 구건물의 노후화로 건물을 멸실하고 1층을 커피숍, 2ㆍ3층은 임대로 사용하기 위해 건물을 개축하였다. 청구인은 건축물과 부수토지를 함께 취득하여 상당기간 동안 부동산 임대업으로 사용하다가 기존 건물을 멸실하고 신건물을 개축하여 임대업으로 사용하다 양도하였으며, 당초부터 토지만을 이용하려는 목적이 아니었고, 자산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우 멸실된 기존건물의 장부가액 및 철거비용은 양도건물의 양도가액과 직접 대응되는 비용으로 볼 수 없어 필요경비에서 제외하는 것이 타당하다. 청구인이 제시한 예규 등은 즉시상각의제에 관한 사례이고, 즉시상각 의제 규정에 의해 기존 건축물의 장부가액과 철거비용을 새로운 건축물에 대한 자본적 지출로 하여 이를 새로운 건축물의 취득가액에 산입함과 동시에 새로운 건축물에 대해 감가상각을 한 것으로 보는 경우, 새로운 건축물을 양도하면 구 소득세법 제97조 제3항에 의하여 위와 같은 감가상각액을 새로운 건축물의 취득가액에서 공제함으로써, 결국 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 양도자산인 새로운 건축물의 취득가액에 산입하지 않게 된다. 사업소득금액 계산과정에서 새로운 건축물에 대한 감가상각비를 필요경비에 산입하였거나 산입할 것이기 때문에 이중계상을 방지하기 위하여, 양도소득금액 계산과정에서는 그 감가상각액을 취득가액에 산입하지 않는 것이다(서울고등법원 2022.8.16. 선고 2022누35574 판결 참조).
(3) 국세기본법 제26조의2 제1항에 의하면 국세를 부과할수 있는 기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고, 같은 법 시행령 제12조의 3 제1항에 따르면 “국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다”고 규정하면서 같은 항 제1호에서 “과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날”로 하되, 이 경우 “중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다”고 규정하고 있다. 양도소득세의 경우 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득 과세표준을 그 과세기간의 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다고 규정되어 있고, 예정신고를 한자는 확정신고를 아니할 수 있다고 규정하고 있는바, 양도소득세의 과세표준신고기한은 다음연도 5월 1일부터 5월 31일까지이다. 청구인이 정당한 양도소득세를 신고할 의무가 있음에도 과소신고한 이상 과소신고가산세 부과처분을 면하기 어렵고, 납세의무자가 법정납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부하는 경우 법정납부기한의 다음날부터 납부일까지의 기간에 이자율을 적용하여 납부지연가산세를 적용하는 것인바, 법정납부기한까지 국세의 납부에는 중간예납, 예정신고납부, 중간신고납부를 포함하므로 법정납부기한인 예정신고납부일의 다음날부터 납부지연가산세를 적용하여야 할 것이다.
(4) 청구인이 심판청구시 제출한 BBB 자필 확인서는 임의로 작성된 확인서로 처분청의 당초 조사 및 재조사 당시에 제시된 사실은 없으며, 확인서 내용상 책정된 지장물 매도가격 세부내역 확인사항의 금액에 대한 구체적인 책정 근거가 없다. 당초 청구인과 양수인간 작성한 계약서에는 지장물 일체와 폐업보상비, 인테리어등을 포함하는 계약서로 폐업보상에 대한 구체적인 산정근거, 금액이 없고 쟁점양도건물의 양도에 따른 폐업손실이 얼마인지에 대한 입증도 없어 전체 매매금액을 양도가액으로 보는 것이 타당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점건물의 취득가액이 불분명하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 멸실된 구건물의 취득가액을 쟁점건물의 양도소득 산정 시 취득가액에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
③ 과소신고가산세의 부과는 위법하다는 청구주장의 당부
④ 납부지연가산세의 부과는 위법하다는 청구주장의 당부
⑤ 쟁점건물의 양도가액으로 신고한 OOO원 중 일부는 영업․폐업 보상비 및 미임대손실비에 해당하므로 양도가액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
5. 대통령령으로 정하는 파생상품등의 거래 또는 행위로 발생하는 소득(제16조 제1항 제13호 및 제17조 제1항 제10호에 따른 파생상품의 거래 또는 행위로부터의 이익은 제외한다) 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
(2) 소득세법 시행령 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조·생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액
3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용·화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 "합병법인"이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(법인세법 제16조 제1항 제5호의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제9호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액"이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액
(3) 국세기본법 제21조(납세의무의 성립시기) ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.
② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.
11. 가산세: 다음 각 목의 구분에 따른 시기. 다만, 나목과 다목의 경우 제39조를 적용할 때에는 이 법 및 세법에 따른 납부기한(이하 "법정납부기한"이라 한다)이 경과하는 때로 한다.
⑨ 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다. 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.
② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다. 다만, 해당 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면대상에 포함시키지 아니하는 것으로 한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.(각호 생략) 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법 제8조 제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.(각호 생략)
⑤ 중간예납, 예정신고납부 및 중간신고납부와 관련하여 제1항에 따른 가산세가 부과되는 부분에 대해서는 확정신고납부와 관련하여 제1항에 따른 가산세를 부과하지 아니한다.
⑦ 제1항을 적용할 때 납부고지서에 따른 납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(국세징수법 제13조에 따라 지정납부기한과 독촉장에서 정하는 기한을 연장한 경우에는 그 연장기간은 제외한다)이 5년을 초과하는 경우에는 그 기간은 5년으로 한다.
(4) 국세기본법 시행령 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법 제16조제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 "과세표준신고기한"이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
(1) 쟁점건물에 대한 청구인의 양도소득세 신고내용 및 처분청의 2022.4.11.자 경정내역, 2022.9.30.자 감액경정 내역은 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 양도소득세 신고 및 경정 내역 (단위: 원)
(2) 처분청의 양도소득세 재조사 종결 보고서에 따르면 처분청은 2022.9.1.〜2022.9.20. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 재조사를 실시하였고, 청구인의 통장거래내역 등을 근거로 청구인이 직접 쟁점건물의 건축을 진행하면서 공사비 OOO원, 인건비 OOO원, 자재비 OOO원, 기타 용역비 OOO원 등 OOO원을 실제로 지출한 것으로 보아 쟁점건물의 취득가액 OOO원을 추가로 인정하였으며, 이와 관련하여 ‘양도가액은 쟁점건물 외 입목, 커피숍 폐업보상비, 인테리어 지하구조물 등을 포함하여 책정된 금액으로 이에 대한 취득비용을 필요경비로 인정하는 것이 타당하므로 이를 공사비 내역에 포함하여 취득원가로 인정하였다’고 기재되어 있다.
(3) 청구인과 쟁점건물의 양수인인 AAA 주식회사가 작성한 지장물 매매계약서의 내용은 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구인과 AAA 주식회사가 작성한 지장물 매매계약서
(4) 청구인은 양도가액에서 폐업보상비 등을 제외하여야 한다는 청구주장과 관련하여 AAA 주식회사의 대표자인 BBB이 작성한 확인서를 제출하였고, 확인서에 기재된 지장물 매도가격 세부 내역은 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ BBB 명의로 작성된 확인서 내용 일부
(5) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 노무비와 건설자금이자, 식대 등 부대비용이 불분명하므로 이 건 취득가액의 계산은 환산취득가액으로 하는 것이 타당하다고 주장하나, 소득세법 제97조 제1항 제1호에서 환산취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 제한적으로 적용하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호에서 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 및 매매계약서, 영수증 등 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우에 취득가액을 환산취득가액으로 결정할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구인이 쟁점건물을 취득하면서 수취한 매입세금계산서, 쟁점건물 취득과 관련하여 지급한 공사비 등의 금융거래 내역 등이 있어 쟁점건물의 취득가액을 확인하기 위해 필요한 장부 및 영수증 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우로 보기 어려운 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 건물 취득 후 장기간 사용하다가 신축을 위해 구건물을 철거하는 경우에는 구건물의 취득가액을 신축 건물의 취득가액에 산입하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다고 주장하나, 기존건물을 매수하여 단시일 내에 기존건물을 헐고 신축건물을 지어 이를 양도한 경우 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에는 철거된 기존건물의 취득가액과 철거비용 등은 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다고 할 것이지만, 이 건과 같이 구건물을 취득한 후 약 7년 간 이용하다가 이를 철거하고 신 건물을 신축하여 양도한 경우까지 기존건물의 취득가액 등을 필요경비에 산입할 수는 없다고 할 것인 점(조심 2015서1047, 2015.5.29. 같은 뜻임), 청구인이 제시한 소득세과-28(2013.1.11.) 예규는 ‘사업소득’에 관하여 기존 건축물의 장부가액과 철거비용을 새로운 건축물의 자본적 지출로 하여, 이를 새로운 건축물의 취득가액에 산입함과 동시에, 새로운 건축물에 대해 감가상각을 한 것으로 보아 감가상각비를 총 수입금액에서 공제하는 것으로서, 이는 사업의 계속․반복성에 비추어 볼 때 기존 건축물과 새로운 건축물이 모두 사업소득 발생에 제공한 고정자산이면서 그러한 사업소득에 대해 세금을 부과하는 점을 고려한 것일 뿐이고, 사업자가 위와 같은 고정자산을 양도하는 경우에는 그 고정자산은 더 이상 사업소득 발생에 제공하는 자산이 아니므로 이를 ‘양도소득’과 관련하여 적용할 수는 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(서울고등법원 2022.8.16. 선고 2022누35574 판결, 같은 뜻임). 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 취득가액이 불분명하여 환산취득가액 방식을 선택한 것이므로 이를 신고의무 위반으로 볼 수 없고, 과소신고가산세의 제척기간은 예정신고기한이 경과한 다음날인 2016.9.1.부터 기산하여야 하는바, 이 건 과소신고가산세는 부과제척기간이 경과하였다고 주장하나, 청구인이 쟁점건물의 실지거래가액에 근거한 취득가액보다 높은 환산취득가액을 적용하여 양도소득세를 신고함으로써 과소납부세액이 발생한 점, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 부과제척기간의 기산일을 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 규정하면서, ‘중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다’고 명시하고 있는바, 과소신고가산세의 부과제척기간 기산일은 확정신고기한인 2017.5.31.의 다음날인 2017.6.1.로 보아야 하는 점 등에 비추어 처분청이 과소신고 가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 납부지연가산세의 계산은 예정신고기한 다음날부터 기산하면서, 제척기간의 기산일은 확정신고기한 다음날부터 기산하는 것은 과세권자와 납세자간 형평에 어긋나는 것인바, 이 건 납부지연가산세의 부과제척기간 기산일은 예정신고납부기한 다음날인 2016.9.1.로 보아야 하므로 이 건 납부지연가산세는 부과제척기간이 경과된 것이라고 주장하나, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 부과제척기간의 기산일을 ‘과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날’로 규정하면서, ‘중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다’고 명시하고 있는바, 납부지연가산세의 부과제척기간 기산일은 확정신고기한인 2017.5.31.의 다음날인 2017.6.1.로 보아야 하는 점 등에 비추어 위의 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 마지막으로 쟁점⑤에 대하여 살피건대, 청구인은 양도가액에서 폐업보상비 등을 제외하여야 한다고 주장하나, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것인바(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결 등, 같은 뜻임), 청구인이 주장하는 바와 같이 폐업보상비 등을 양도가액에서 제외하여야 한다는 점에 대한 입증책임은 청구인에게 있는 것으로 보이고, 청구인과 양수인간 작성한 계약서에는 매매목적물로 지장물 일체와 폐업보상비, 인테리어등을 포함하는 것으로 기재되어 있으나, 폐업보상에 대한 구체적인 산정근거 및 그 금액은 기재되어 있지 않고 쟁점건물의 양도에 따른 폐업손실이 얼마인지에 대한 증빙자료가 제출되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.