청구법인이 임대료 산정의 근거로 제시한 쟁점부동산 인근 유사 건물의 시세조사표는 작성 주체와 그 근거서류 및 시기, 관련된 빌딩의 위치 및 유사성, 신축 여부, 임대규모, 층수, 면적 등이 객관적으로 확인되지 아니하여 이에 따른 금액을 시가로 인정하기는 어려운 측면이 있으나, 시가를 산정할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에 따라 적정임대료를 산정하더라도, 장부가액은 취득가액을 기준으로 감가상각비 등을 반영한 가액으로 반드시 당해 자산의 시가에 부합한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청은 청구법인이 제시한 임대사례(시세조사표) 등을 근거로 쟁점부동산 인근 유사건물의 임대료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
[사건번호] 조심2023전3037 (2024.02.19) [세 목] 법인 [결정유형] 재조사 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 부당행위계산부인을 위한 적정임대료 시가 산정시 쟁점부동산의 취득가액(장부가액)을 당해자산의 시가로 볼 수 있는지 여부 [결정요지] 청구법인이 임대료 산정의 근거로 제시한 쟁점부동산 인근 유사 건물의 시세조사표는 작성 주체와 그 근거서류 및 시기, 관련된 빌딩의 위치 및 유사성, 신축 여부, 임대규모, 층수, 면적 등이 객관적으로 확인되지 아니하여 이에 따른 금액을 시가로 인정하기는 어려운 측면이 있으나, 시가를 산정할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 에 따라 적정임대료를 산정하더라도, 장부가액은 취득가액을 기준으로 감가상각비 등을 반영한 가액으로 반드시 당해 자산의 시가에 부합한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 처분청은 청구법인이 제시한 임대사례(시세조사표) 등을 근거로 쟁점부동산 인근 유사건물의 임대료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. [관련법령] 법인세법 제52조 [참조결정] 조심2019중0183 [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 북대전세무서장이 2022.11.10. 청구법인에게 한 <별지> 기재 법인세 및 부가가치세 경정청구 거부처분은 청구법인이 제시한 임대사례(시세조사표)를 근거로 서울특별시 강남구 OOO 토지 629.3㎡ 및 건물 5,794.07㎡, 같은 동 4-28 토지 629.2㎡ 및 건물 2,482.92㎡의 임대료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인의 경정청구(2022.7.22.)가 경정청구 기한을 경과하였는지 여부 (가) 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따르면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 이 건 부가가치세 및 법인세 과세표준 및 세액은 조사청의 과세처분으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대한 것이 아니라 청구법인이 자진하여 수정신고·납부한 과세표준 및 세액에 대한 것이므로 경정청구기한은 법정신고기한이 지난 후 5년이고, 청구법인은 2022.7.22. 우편으로 처분청에 경정청구서를 제출하였으므로 법정신고기한으로부터 5년 이내(경정청구 기한 내)에 제기한 이 건 경정청구는 적법하다.
(2) 쟁점부동산의 취득가액을 시가로 보아 적정임대료를 산정하는 것이 적정한지 여부 (가) 청구법인은 제3자 간에 일반적으로 거래되는 가격을 기준으로 계열사들에게 임대용역을 제공하였다. 1) 법인세법 제52조 제2항 및 같은 법 시행령 제89조 제1항에서는 시가를 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제4항에서는 임대용역을 제공할 때 위의 유사사례가격을 적용할 수 없는 경우 ① 감정가격과 ② 자산 시가의 50%에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있다.
2. 따라서 유사사례가격이 있다면 위 ① 감정가격이나 ② 보충적 산출가액을 적용할 여지는 없는바, 청구법인은 당초 전세보증금을 책정할 당시 부동산업자들로부터 제공받은 쟁점부동산 인근의 유사 사무용 빌딩의 평당 전세보증금의 평균액을 기준으로 하였고, 이러한 전세보증금의 평균액은 해당 거래(청구법인이 특수관계법인에게 제공한 사무용 건물 임대용역)와 유사한 상황(즉 인근 사무용 빌딩의 임대용역)에서 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격(유사사례가격)에 해당하므로 청구법인이 계열사들로부터 임대용역을 제공하고 받은 전세보증금은 시가에 해당한다. (나) 임대용역의 시가가 불분명하다고 보아 보충적으로 산출할 경우 개별공시지가(토지)와 시가표준액(건물)을 적용해야 한다.
1. 시가가 불분명하다고 보아 보충적 산출가액으로 임대용역의 시가를 계산하는 경우 자산시가의 50%에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱한 금액으로 산출해야 하는데, 여기서 자산의 시가는 해당 자산의 유사사례가액이 있는 경우 이를 적용하고, 유사사례가액이 없는 경우 감정평가법인의 감정가액과 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 보충적 평가방법에 따라 산출한 금액을 순차적으로 적용하도록 하고 있는바, 쟁점부동산의 경우 임대용역 공급에 대한 유사사례가액이 없고, 감정가액도 없으므로 상증세법에서 규정하고 있는 보충적 평가방법에 따라 산출한 금액(개별공시지가 및 시가표준액)을 적용하여 자산의 시가를 산정한 후 이를 기준으로 임대료(임대용역의 시가)를 계산하여야 하며, 그 결과는 아래 <표3>과 같이 자산 시가의 50%에 상당하는 금액에서 보증금을 차감한 금액이 음수이므로 부당행위계산부인 대상에 해당되지 않는다는 것을 확인할 수 있다. <표3> 개별공시지가 및 시가표준액을 시가로 적용하여 산정한 임대료 ㅇㅇㅇ
2. 조사청은 쟁점건물의 장부상 취득원가를 시가로 보아 청구법인이 한 수정신고가 정당하다는 의견이나, 자산의 시가를 적용할 때 유사사례가격, 감정가격, 개별공시지가(토지) 및 시가표준액(건물)을 순차적으로 적용해야 하는 이상 취득원가를 당해자산의 시가로 적용해야 한다는 조사청의 주장은 타당하지 않다.
(1) 이 건 경정청구 중 조사대상기간 중의 경정청구인 2017년∼2019년 귀속분은 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 청구기간 90일을 도과하였으므로 각하하여야 한다. (가) 청구법인은 국세기본법 제45조의2 규정에 따르면 경정청구 기한은 법정신고기한이 지난 후 5년이라고 주장하나, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 경정청구를 할 수 있는 것인바, 청구법인이 2021.11.12. 법인통합조사에 따른 수정신고를 사유로 2017∼2020사업연도 법인세 및 2017년∼2020년 귀속분 부가가치세 과세표준을 수정신고한 사실이 있으므로, 해당 처분이 있음을 안 날인 2021.11.12.부터 90일이 경과된 경정청구는 모두 각하하여야 한다. (나) 조사청은 2021.8.17∼2021.11.5. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사 (조사대상기간: 2017사업연도∼2019사업연도) 를 실시하였고, 이와 관련하여 청구법인은 2021.11.12. 2017∼2020사업연도 법인세 및 2017년∼2020년 귀속분 부가가치세에 대하여 “2021년 대전지방국세청 통합조사에 따라 특수관계자에 대한 부동산 임대 공급가액 과소계상액 익금산입 및 기타사외유출 처분함”을 이유로 기재하여 과세표준과 세액을 수정신고 및 납부한 사실이 있는바, 이 건 경정청구는 사실상 조사에 따른 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대한 경정청구로 보아야 하므로 국세기본법 제45조 의 2 제1항 단서에 따른 90일의 청구기간을 적용하여야 한다.
(2) 청구법인이 제출한 인근 부동산의 시세조사표는 쟁점부동산 임대용역의 시가로 볼 수 없는 반면, 청구법인이 제3자와의 도급계약 등에 따라 장부에 계상한 쟁점부동산의 취득가액은 법인세법 제52조에 따른 쟁점부동산의 시가에 해당한다. (가) 이 건 경정청구시 청구법인이 제출한 쟁점부동산 인근 유사 건물의 시세조사표는 ① 작성 주체와 작성 이유, 그 근거서류 및 계약 시기, 세금계산서 등이 특정되어 있지 않는 등 이를 확인할 방법이 없고, ② 관련된 빌딩의 위치 및 유사성, 거리, 신축 여부, 임대규모, 층수, 면적 등을 확인할 수 있는 객관적 서류 등을 확인할 수 없으며, ③ 작성시기인 2018년 7월이 쟁점부동산 임대차계약 체결일인 2016.8.29.과는 상당한 차이가 있는 등 일회적·일시적으로 작성되었다고 보이므로 쟁점부동산의 시가로 인정하기 어렵다. (나) 쟁점부동산의 장부상 취득가액(2016.12.31. 현재 투자부동산명세서상 기말잔액) OOO원은 ① 청구법인이 특수관계인이 아닌 BBB(주과의 도급계약에 따른 취득가액으로 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에 따른 가액인 점, ② 청구법인의 2019.12.31. 감사보고서 내용에 기재된 쟁점부동산의 공정가치 OOO원보다 낮은 가액인 점, ③ 청구법인도 이를 적용하여 임대용역의 시가를 산정한 후 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 및 부가가치세 과세표준 수정신고서를 제출한 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점부동산을 신축한 후 장부에 계상한 취득가액을 쟁점부동산의 시가로 보는 것이 타당하다.
① 이 사건 2017년∼2019년 귀속분 법인세 및 부가가치세 경정 관련 심판청가 적법한지 여부: 경정청구 기간 도과 여부
② 부당행위계산부인을 위한 적정임대료 시가 산정시 쟁점부동산의 취득가액(장부가액)을 당해자산의 시가로 볼 수 있는지 여부
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 (2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략) 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
(4) 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.
건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액
건물에 딸린 토지를 공유(共有)로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래 상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액 (5) 부가가치세법 시행령 제62조[시가의 기준] 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.
1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격
2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)
3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 사업연도가 매년 1월 1일부터 12월 31일인 12월 결산법인이고, 2016.8.5. 쟁점부동산을 신축하여 아래 <표4>와 같이 특수관계법인에게 임대하고 있으며, 특수관계에 있지 않은 제3자로부터 받은 임대료 내역은 확인되지 않는다. <표4> 2019년 12월말 기준 쟁점부동산 임대현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 2016.8.29. 등에 아래 <표5>과 같이 쟁점부동산을 특수관계인들에게 임대하는 내용의 임대차계약을 체결하였는바, 당시 임대보증금의 산정근거로는 아래 <표6>의 시세조사표를 제시하였고, 청구법인은 해당 조사표가 2016년 7월경 쟁점부동산 인근 유사 건물의 평당 전세보증금을 조사하여 작성된 것이라는 주장이다. <표5> 청구법인의 쟁점부동산 임대내역(2016년 8월경) ㅇㅇㅇ <표6> 청구법인이 제시한 시세조사표의 주요내용 ㅇㅇㅇ (다) 조사청의 청구법인에 대한 조사내용을 보면, 조사청은 청구법인이 제시한 인근 건물의 임대료 사례 등은 구체적 근거가 부족하여 신뢰할 수 없다고 보아 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제89조 제4항 제1호를 적용하여 임대료 시가 상당액을 산정하는 경우 쟁점부동산의 시가를 신축 당해 연도의 도급계약서 등 실지취득가액(실제 건축비용)으로 적용하여 적정 임대료를 산정하여야 한다고 지적하였고, 이에 대하여 청구법인은 쟁점부동산 취득가액 등을 시가로 볼 수 없고, 시가가 없다면 개별공시지가 및 시가표준액을 기준으로 시가 상당액을 산출해야 하는데, 이렇게 적용할 경우 오히려 청구법인이 특수관계인에게 임대료를 과다 청구한 결과가 발생되어 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다고 소명한 것으로 나타나며, 청구법인이 제시한 시세표의 신빙성을 확인하기 위해 유사한 임대사례 등을 조사한 내용은 확인되지 않는다. (라) 청구법인의 쟁점부동산에 대한 회계처리 등을 보면, 2016.12.31. 현재 투자부동산명세서상 쟁점부동산의 기말잔액은 OOO원, 미상각잔액은 OOO원이고, 감사보고서상 2019.12.31. 현재 공정가치는 OOO원으로 확인된다. (마) 조사종결 이후, 청구법인은 2021.11.12. 쟁점부동산의 장부가액이 쟁점부동산의 시가라는 전제 아래 법인세법 시행령 제89조 제4항 등에 따라 임대료 상당액을 재계산한 후 부당행위계산 부인 규정 등을 적용하여 2017년∼2020년 귀속분 법인세와 부가가치세를 수정신고하였고, 수정신고서상 수정신고 사유에는 ‘조사청 법인통합조사에 따른 수정신고’라고 기재되어 있다. (바) 청구법인은 2022.7.22. 당초 신고가 타당하다고 보아 처분청에 아래 <별지>와 같이 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구법인의 수정신고 내용이 적정하고, 법인 정기 통합세무조사 결과에 따른 수정신고 및 경정 등 처분으로 경정청구기한을 도과하였다는 사유 등으로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이2021.11.12. 대전지방국세청 법인통합조사에 따른 수정신고를 사유로 2017년∼2020년 귀속분 법인세 및 부가가치세 과세표준을 수정신고하였던바, 이 사건 조사대상기간에 해당하는 2017년∼2019년 귀속분 경정청구에 대하여는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대한 경정청구로 보아 국세기본법 제45조의2 제1항 단서에 따른 청구기간 90일을 적용하여 해당 부분의 심판청구를 각하하여야 한다는 의견이나, 국세기본법 제45조의2 제1항 은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 이 건 부가가치세 및 법인세 과세표준 및 세액은 조사청의 과세처분으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대한 것이 아니라 청구법인이 2021.11.12. 자진하여 수정신고·납부한 과세표준 및 세액에 대한 것이므로 경정청구 기한은 법정신고기한이 지난 후 5년이고, 청구법인은 2022.7.22. 처분청에 경정청구서를 제출하였으므로 법정신고기한으로부터 5년 이내(2017년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구기한: 2022.7.25.)에 제기한 이 건 경정청구 및 심판청구는 적법한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 임대료 산정의 근거로 제출한 쟁점부동산 인근 부동산의 시세조사표는 쟁점부동산 임대용역의 시가로 볼 수 없는 반면, 청구법인이 장부에 계상한 쟁점부동산의 취득가액은 법인세법 시행령 제89조 제4항 소정의 ‘당해 자산의 시가’에 해당한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였으나, 법인세법 제52조 의 부당행위계산 부인규정과 관련하여 같은 조 제2항에서 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조는 매매사례가액, 감정평가액 등을 적용할 수 없는 경우에 한하여 제4항에서 ‘유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액’을 시가로 한다고 규정하고 있으며, 이 경우 부당행위계산부인 시 적용 기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 과세관청에 있다고 할 것인바, 청구법인이 임대료 산정의 근거로 제시한 쟁점부동산 인근 유사 건물의 시세조사표는 작성 주체와 그 근거서류 및 시기, 관련된 빌딩의 위치 및 유사성, 신축 여부, 임대규모, 층수, 면적 등이 객관적으로 확인되지 아니하여 이에 따른 금액을 시가로 인정하기는 어려운 측면이 있으나, 시가를 산정할 수 없는 경우에 해당하는 것으로 보아 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 에 따라 적정임대료를 산정하더라도, 장부가액은 취득가액을 기준으로 감가상각비 등을 반영한 가액으로 반드시 당해 자산의 시가에 부합한다고 보기는 어려운 점, 위와 같이 법 규정에 의하여 산출되는 임대료 시가와 비교하여 그 액수에 차이가 있다고 하더라도 부당행위계산부인 대상인지의 여부를 판단함에 있어서는 이러한 임대차 거래가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 대하여 고려할 필요가 있고, 임대차관계에 대한 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 적정임대료는 당해 부동산과 유사한 임대사례를 비교하여 산정하여야 하며, 유사 임대사례가 없는 경우에도 당해 부동산의 위치와 주위환경, 이용실태, 사용범위, 임대료를 형성하는 개별적인 요인과 인접지역 내 다른 부동산의 임대가격 등을 종합적으로 고려하여 산정하는 것이 합리적인 점(조심 2019중183, 2019.4.2. 등 참조) 등에 비추어 처분청은 청구법인이 제시한 임대사례(시세조사표) 등을 근거로 쟁점부동산 인근 유사건물의 임대료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 청구법인의 경정청구 세액 ㅇㅇㅇ
북대전세무서장이 2022.11.10. 청구법인에게 한 <별지> 기재 법인세 및 부가가치세 경정청구 거부처분은 청구법인이 제시한 임대사례(시세조사표)를 근거로 서울특별시 강남구 OOO 토지 629.3㎡ 및 건물 5,794.07㎡, 같은 동 4-28 토지 629.2㎡ 및 건물 2,482.92㎡의 임대료 시가를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.