점특허권의 실질적 소유자가 청구법인인 것으로 보아 특허권 취득거래를 부인하여 법인세 등을 부과한 처분의 당부

• 가. 청구법인은 2002.1.1. 설립되어 부직포 및 필터 제조업을 영위하는 법인으로, 2018.12.27. 대표이사 aaa 명의로 등록된 특허권(부직포 제조방법, 특허번호 OOO, 특허등록일 2018.12.7., 이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 감정평가액인 OOO원에 취득(미지급금, 무형자산으로 계상)한 후,

(1) 2019.8.21. 대표이사에게 미지급금 중 OOO원을 지급하고 이를 기타소득으로 보아 2019.12.10. 종합소득세 및 지방소득세 OOO원을 원천징수 후 납부하였으며, 2020.6.30. 나머지 미지급금은 대표이사 가지급금을 반제하는 회계처리를 하였고,

(2) 쟁점특허권의 감가상각비로 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원을 손금으로 계상하여 2019·2020사업연도 법인세 과세표준 신고를 하였다.

• 나. 대전지방국세청장은 2023.6.14.부터 2023.8.11.까지 청구법인에 대한 2018∼2022사업연도 법인통합조사를 실시하여, 쟁점특허권에 관한 부직포 제조방법(이하 “쟁점특허기술”이라 한다)이 청구법인의 사업활동 과정에서 발명된 것으로 청구법인 소유의 것임에도 청구법인이 이를 대표이사 명의로 출원·등록하는 방법으로 법인자금을 사외유출한 것으로 보아, 쟁점특허권의 감가상각비를 부인하여 2023.9.1. 청구법인에게 2019년 귀속 법인세 OOO원, 2020년 귀속 법인세 OOO원을 경정·고지하는 한편, OOO원을 대표이사에 대한 2018년 귀속 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.11.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 대표이사는 오랜 실무경험과 역량을 갖추고 쟁점특허기술 개발을 위한 연구를 계속하여 쟁점특허기술을 발명하였는바, 처분청이 아무런 근거 없이 청구법인의 연구전담부서에서 쟁점특허기술을 실제 개발했다고 보면서, 대표이사의 오랜 세월 연구활동의 노력과 결실인 쟁점특허권의 소유권을 부인하여 한 이 건 처분은 부당하다. (가) 청구법인의 대표이사 aaa은 1980년부터 관계회사인 AAA㈜에서 약 10여년 동안 부직포 등 섬유제품 생산을 담당하였고, 이후 동종업종을 영위하는 BBB 및 CCC에서 각 전무이사로 약 14년간 산업용 섬유제품 개발 관련 책임자로 근무하였다. 또한 대표이사는 쟁점특허기술을 출원하기 이전인 2007년부터 2010년까지 총 5건의 특허권을 등록·보유하고 있는바, 청구법인을 설립하기 이전부터 쟁점특허기술 개발에 필요한 실무경험과 역량을 갖추고 있었고, 쟁점특허기술을 발명하기 10여년 전부터 해당 업종의 기술개발을 위한 연구를 계속해 왔었다는 사실을 확인할 수 있다. (나) 청구법인은 2016년 연구전담부서를 인가받아 운영하고 있고, 2016년에 연구전담인원 2명에 대한 연구·인력개발비로 인건비 OOO원, 2017년에 연구전담인원 2명에 대한 연구·인력개발비로 인건비 OOO원, 2018년에 연구전담인원 2명에 대한 연구·인력개발비로 인건비 OOO원을 지출하였을 뿐, 재료비 등 연구에 소요되는 다른 비용을 지출한 사실이 없다. (다) 청구법인 연구전담부서의 연구전담인원은 연구개발기간으로 볼 수 있는 2016년부터 2018년까지 단 2명에 불과하였고, 3년 동안 계속하여 연구전담인원이었던 직원이 없으며, 쟁점특허기술을 연구·개발하기 위해서 필연적으로 수반되는 재료비 등 연구비용이 전혀 지출되지 않았다는 점, 처분청은 이 건 세무조사에서 청구법인의 연구전담부서 연구인원들의 다른 업무 겸직 사실을 적발하여 2018～2022사업연도 연구인력개발비에 대한 세액공제를 부인하고 법인세를 부과한 점 등에 비추어 청구법인의 연구전담부서에서 쟁점특허기술을 실제 개발했다고 보기 어렵다. (라) 조세부과에 있어 과세요건에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것인데, 처분청이 아무런 근거 없이 청구법인의 연구전담부서에서 쟁점특허기술을 실제 개발했다고 보면서, 대표이사의 오랜 세월 연구활동의 노력과 그 결실인 쟁점특허권의 소유권을 부인하여 한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점특허권의 실질적 소유자는 최초 등록 시부터 청구법인으로, 처분청에서 쟁점특허권 거래에 대하여 실질과세 원칙 및 법인세법 제52조 에 따른 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다. (가) 쟁점특허기술은 단순한 구상만으로 개발이 불가능하고 기술의 실현 가능성, 효율성 등을 검증하기 위해서는 시제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며 상당한 설비 및 비용이 소요될 것이므로 어느 한 개인이 이를 모두 고안하고 완성한다는 것은 어렵고, 대표이사가 쟁점특허기술의 발명, 개발, 연구활동 등과 관련하여 개인 자격으로 외부업체에 시제품 제작, 검증 등을 의뢰한 사실이나, 대표이사가 개인적으로 지출한 비용 등이 확인되지 않는바, 쟁점특허기술의 발명에 대한 연구개발을 실제 수행한 자는 청구법인으로 봄이 타당하다. (나) 청구법인의 대표이사가 쟁점특허기술의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있어 쟁점특허권의 소유권이 청구법인에 있는 것으로 봄이 타당하다. 청구법인은 부직포 및 필터를 제조하는 법인으로 청구법인의 대표이사는 법인 설립 이래 회사 전체를 지배하고 경영하여 왔고, 쟁점특허기술의 발명목적이 청구법인에서 기존에 생산되는 부직포에 비해 강도를 보강하고 항균성 등의 기능성을 구비할 수 있도록 한 것이어서 청구법인이 영위하는 주된 사업과 직접 관련이 있는바, 청구법인의 대표이사는 쟁점특허기술을 발명하는 과정에서 법인에 고용된 지위에 있는 대표이사 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있다. 청구법인의 대표이사가 동종업계에서 종사한 경력과 노하우를 가지고 쟁점특허기술의 발명에 기여한 바가 있다 하더라도 이는 청구법인의 대표이사 업무의 일부로서 청구법인의 인적‧물적 시설을 이용하여 발명에 참여한 것이라 할 것이므로, 쟁점특허권의 소유권은 최초 등록 시부터 청구법인에 있는 것으로 보는 것이 타당하다. (다) 청구법인은 청구법인의 연구전담부서가 연구전담인력 없이 운영되며 필수적인 재료비 등 연구비용이 전혀 지출되지 않아 연구전담부서에서 쟁점특허기술을 개발할 수 없다고 주장하나, 청구법인이 조사과정에서 제출한 연구보고서 및 연구 노트에 따르면, 청구법인은 2018.2.1.부터 청구법인의 기술연구소에서 대표이사의 승인하에 3명의 연구직원을 구성하여 ‘기능성을 구비한 부직포 제조방법’이라는 연구 과제를 부여받고 쟁점특허기술과 동일한 내용의 연구개발을 진행한 것으로 확인되고, 청구법인의 대표이사가 대표이사의 직위에서 청구법인 명의로 연구노트를 기록‧관리하고 있는 것으로 확인되는바, 연구전담부서에서 쟁점특허기술을 개발할 수 없었다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (라) 또한 청구법인은 대표이사 명의로 쟁점특허권이 등록된 2018.12.7.에 감정평가법인에 쟁점특허권에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 2018.5.9. 및 2018.6.22. 청구법인의 사업용 계좌에서 DDD법률사무소(대표 bbb)의 계좌로 출원수수료 및 특허수수료 명목으로 각 OOO원, OOO원이 출금 이체된 사실을 확인할 수 있는바, 쟁점특허권이 대표이사 명의로 출원‧등록되고 청구법인에게 양도된 일련의 과정은, 대표이사가 실질적인 특허권의 소유권이 청구법인에 있음에도 개인 명의로 특허를 출원하고 청구법인에 양도하는 방법으로 법인자금을 유출하고, 청구법인이 특허권에 대한 감가상각비를 계상하여 조세를 부당하게 감소시킨 것이라 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점특허권의 실질적 소유자가 청구법인인 것으로 보아 특허권 취득거래를 부인하여 법인세 부과 등을 한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 법인세법 제52조(부당행위계산부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. (단서 생략)

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

(4) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

(5) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. ‘개인발명가’란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다. (단서 생략) 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 서면으로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2002.1.1. 설립되어 충청남도 천안시 서북구 OOO에서 부직포 및 필터 제조업 등을 영위하는 법인으로, 2017.12.31. 현재 주주 및 이사 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구법인의 주주 및 이사 현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 OOO에 공기여과필터를 납품하고 있고, 2020년에 마스크/MB필터 생산 신공장을 준공하고 설비 증설 투자를 하여 아래 <표2>와 같이 매출이 2018년 OOO원에서 2022년 OOO원으로 증가하였다. <표2> 청구법인의 매출 및 소득 현황 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점특허권은 부직포 제조방법(등록번호 OOO)으로 2018.12.7. 발명자를 aaa으로 하여 특허권 등록되었고, 그 주요내용 및 특허등록 경과는 아래와 같다.

1. 청구법인의 대표이사 aaa은 2018.6.25. DDD법률사무소(대표 bbb)를 통해 본인을 발명자로 하여 쟁점특허기술의 특허를 출원하였으며, 2018.11.28. 특허청으로부터 특허 결정을 통지받아 2018.12.7. 특허등록을 하였고, 청구법인은 2018.5.9. 및 2018.6.22. DDD법률사무소에 출원수수료 등 합계 OOO원(2018.5.9. 출원수수료 OOO원, 2018.6.22. 특허수수료 OOO원)을 지급하였다.

2. 쟁점특허기술은 ① 유기계 화합물과 항균성 재료 등을 혼합 및 혼련하여 원재료를 압출 방사하는 압출 방사 단계, ② 압출 방사된 원재료를 서로 엉키게 하여 시트 모양의 섬유 집합체를 갖는 웹 형성단계, ③ 시트 모양의 웹을 냉각하는 웹 냉각단계, ④ 시트모양의 웹을 다층 적층하여 결합하는 웹 결합단계, ⑤ 다층 적층 구조의 부직포에 압착롤러로 표면을 가압하여 밀도 및 강도를 보강한 후 정전기 방지를 위해 친수성 재료를 코팅하는 단계로 구성되어 있다.

3. 청구법인은 특허등록 당시인 2018.12.7. EEE감정평가법인에 쟁점특허권에 대한 감정평가를 의뢰하였고, EEE감정평가법인 감정평가사는 2018.12.19. 쟁점특허권을 OOO원으로 평가한 감정평가서를 작성하였다. (라) 청구법인은 2018.12.27. 대표이사로부터 쟁점특허권을 감정평가액인 OOO원에 취득하기로 하는 특허권 양도·양수계약을 체결하였고, 특허권 양수대금을 미지급금으로 계상하였다가 아래 <표3>과 같이 2019.8.21. 청구법인의 대표자에게 OOO원을 지급하였으며, 2019.12.10. 종합소득세 및 지방소득세 OOO원을 원천징수·납부하고, 2020.6.30. 대표이사 가지급금을 반제하는 회계처리를 하였다. <표3> 쟁점특허권 양수대금 지급내역 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 쟁점특허권을 취득한 후 무형자산으로 계상하고, 감가상각비로 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원을 손금 계상하였다. (바) 대표이사는 쟁점특허권 양도가액에서 필요경비를 공제한 후 OOO원을 기타소득으로 합산하여 2018년 귀속 종합소득세를 신고하였다. (사) 대표이사는 쟁점특허권 외에도 아래 <표4>와 같이 마스크, 공기청정용 필터 등 5건의 발명자로 특허 등록되어 있다. <표4> 청구법인 대표이사의 특허 발명자 등록내역 ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 대표이사가 쟁점특허기술 개발에 필요한 실무경험과 역량을 갖추고 연구를 계속하여 쟁점특허권을 취득한 반면, 청구법인의 연구전담부서에서 쟁점특허기술을 발명할 수 없었으므로 쟁점특허권의 실질적 소유자는 대표이사라고 주장하나, 쟁점특허권은 청구법인의 사업내용인 부직포 제조방법과 관련된 것으로서, 쟁점특허기술의 발명, 개발, 연구활동 등과 관련하여 대표이사가 개인 자격으로 외부업체에 시제품 제작, 검증 등을 의뢰한 사실이나, 대표이사가 개인적으로 지출한 비용 등 구체적인 증빙을 제시하지 않고 있어 대표이사의 개인적인 연구활동으로 쟁점특허기술을 발명하였다는 객관적인 증빙을 발견할 수 없고, 쟁점특허기술은 ‘① 유기계 화합물과 항균성 재료 등을 혼합 및 혼련하여 원재료를 압출 방사하는 압출 방사 단계, ② 압출 방사된 원재료를 서로 엉키게 하여 시트 모양의 섬유 집합체를 갖는 웹 형성단계, ③ 시트 모양의 웹을 냉각하는 웹 냉각단계, ④ 시트모양의 웹을 다층 적층하여 결합하는 웹 결합단계, ⑤ 다층 적층 구조의 부직포에 압착롤러로 표면을 가압하여 밀도 및 강도를 보강한 후 정전기 방지를 위해 친수성 재료를 코팅하는 단계로 구성’되어 있어 그 기술의 내용에 비추어 단순한 구상만으로 개발할 수 있는 것이 아니라 기술의 실현가능성·효율성 등을 검증하기 위해 청구법인의 제조설비를 이용한 시제품의 제작 등이 필수적인 것으로 보이는바, 대표이사가 쟁점특허기술을 개인적으로 발명하였다고 보기 어려운 점, 설령 aaa이 개인적 발명으로 쟁점특허권을 취득한 사실을 인정한다 하더라도, 발명진흥법제2조 제2호는 “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다고 규정하고 있고, 제10조 제1항은 직무발명에 대하여 종업원 등이 특허 등을 받았거나 특허 등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자 등은 그 특허권 등에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가지고, 제15조 제1항은 종업원 등이 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하는 경우 등에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다고 규정하고 있는바, 법인의 임원을 포함한 종업원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 법인의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명의 경우 ‘직무발명’으로서 법인은 그에 대한 통상실시권을 가지고 종업원 등이 법인에 해당 직무발명을 승계하는 경우 법인은 정당한 보상을 하여야 하며, 해당 보상은 명목 여하에 불구하고 소득세법제20조 제1항 제5호에 따라 ‘종업원 등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금’으로서 종업원 등의 근로소득에 해당하는 것이라 할 것 인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권 취득거래를 부인하여 법인세 부과 등을 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.