쟁점수정세금계산서가 적법하게 발급된 수정세금계산서에 해당하지 않는다고 보아 그 매입세액의 공제에 대한 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인(수출업자)은 2022년 제1기～2022년 제2기 부가가치세 과세기간에 a 주식회사(제조업자, 이하 “a”라 한다)로부터 태양광모듈 등 수출재화를 국내에서 공급받고 영세율 세금계산서 총 8매(공급가액 OOO원) 를 수취하였다.
• 나. 처분청은 a의 부가가치세 신고내용을 검토한 결과, a가 내국신용장 등에 의하지 않고 재화를 공급하였음에도 영세율 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고, 2023.2.17. 및 2023.3.23. 영세율을 배제하여 과세한다는 내용의 과세예고통지를 한 다음, 2023.3.23. 및 2023.5.4. 해당 부가가치세를 각 경정･고지하였다.
• 다. a는 2023.5.9. 당초 영세율 세금계산서에 대하여 일반세율의 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발급하였으며, 청구법인은 이를 수취하고 2023.6.16. 해당 매입세액의 공제를 경정청구하였으나, 처분청은 2023.8.2. 쟁점수정세금계산서가 적법한 수정세금계산서에 해당하지 않는다는 이유로 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 수출전문업체이고 a는 수출계약물품을 제조하여 청구법인에 납품하는 회사이다. 수출계약은 청구법인이 하고, 제조는 a에서 하므로, a에서 청구법인에게 수출물품을 납품할 때 영세율 세금계산서를 발행하였다.

(2) 그런데, 처분청은 영세율 세금계산서 발급요건인 구매확인서를 발급받지 않았다는 이유로 영세율을 부인하고 해당 부가가치세를 a에게 부과하였고, 쟁점수정세금계산서도 적법하지 않다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

(3) 그러나, 처분청이 영세율 세금계산서를 부인하고 과세하는 것이 맞다면, a가 과세처분대로 세금계산서를 수정발급하는 것 또한 적법한 것으로 보아야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 부가가치세법 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호에 의하면, 세율을 잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우 수정세금계산서를 발급할 수 있으나, 과세표준 및 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에는 제외한다고 규정되어 있다.

(2) a는 청구법인에게 발급한 영세율 세금계산서가 영세율 대상이 아니므로 관련 세액을 과세한다는 과세예고통지서를 2023.2.17. 및 2023.3.23. 수령하였고 이후 고지서도 수령하였으므로 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우에 해당한다. 따라서, 과세예고통지서 수령일 이후인 2023.5.9. a가 청구법인에게 발급한 쟁점수정세금계산서는 수정세금계산서 발급 사유에 해당하지 않는 적법하지 않은 세금계산서이므로 이를 근거로 매입세액을 공제해 달라는 경정청구는 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점수정세금계산서가 적법하게 발급된 수정세금계산서에 해당하지 않는다고 보아 그 매입세액의 공제에 대한 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 부가가치세법 제21조 (재화의 수출) ① 재화의 공급이 수출에 해당하면 그 재화의 공급에 대하여는 제30조에도 불구하고 영(零) 퍼센트의 세율(이하 "영세율"이라 한다)을 적용한다.

② 제1항에 따른 수출은 다음 각 호의 것으로 한다.

1. 내국물품(대한민국 선박에 의하여 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

2. 중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것

3. 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화[금지금(金地金)은 제외한다]를 공급하는 것 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제24조(외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등) ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

② 제1항에 따른 외화 획득의 증명에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제31조 (수출의 범위) ② 법 제21조 제2항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 재화를 말한다.

1. 사업자가 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다)

5. 사업자가 다음 각 목의 요건에 따라 공급하는 재화

• 가. 국외의 비거주자 또는 외국법인(이하 이 호에서 "비거주자등"이라 한다)과 직접 계약에 따라 공급할 것
• 나. 대금을 외국환은행에서 원화로 받을 것
• 다. 비거주자등이 지정하는 국내의 다른 사업자에게 인도할 것
• 라. 국내의 다른 사업자가 비거주자등과 계약에 따라 인도받은 재화를 그대로 반출하거나 제조·가공한 후 반출할 것 제33조(그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위) ② 법 제24조제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

3. 수출업자와 직접 도급계약에 의하여 수출재화를 임가공하는 수출재화 임가공용역(수출재화염색임가공을 포함한다. 이하 같다). 다만, 사업자가 법 제32조에 따라 부가가치세를 별도로 적은 세금계산서를 발급한 경우는 제외한다.

4. 기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 수출재화 임가공용역 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

• 가. 세무조사의 통지를 받은 경우
• 나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
• 다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우
• 라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

9. 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급 제101조(영세율 첨부서류의 제출) ① 법 제21조부터 제24조까지의 규정에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세 예정신고서에 다음 표의 구분에 따른 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 해당 서류를 첨부할 수 없을 때에는 국세청장이 정하는 서류로 대신할 수 있다.

7. 제31조 제2항 제5호의 경우

• 가. 제31조 제2항 제5호 라목의 사실을 입증할 수 있는 관계서류
• 나. 외국환은행이 발행하는 외화입금증명서

11. 제33조 제2항 제3호의 경우

• 가. 임가공계약서 사본
• 나. 해당 수출업자가 교부한 납품사실을 증명할 수 있는 서류 또는 수출대금입금증명서

② 법 제21조부터 제24조까지의 규정과 이 영 제33조에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세 확정신고서에 제1항의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부가가치세 예정신고 및 제107조 제4항에 따른 신고를 할 때 이미 제출한 서류는 제외한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제21조 (내국신용장 등의 범위) 법 제21조 제2항 제3호와 영 제31조제2항 제1호 및 제33조 제2항 제4호에서 "기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서"란 다음 각 호의 내국신용장 또는 구매확인서를 말한다.

1. 내국신용장: 사업자가 국내에서 수출용 원자재, 수출용 완제품 또는 수출재화 임가공용역을 공급받으려는 경우에 해당 사업자의 신청에 따라 외국환은행의 장이 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 25일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 개설하는 신용장

2. 구매확인서: 대외무역법 시행령제31조 및 제91조 제11항에 따라 외국환은행의 장이나 전자무역기반사업자가 제1호의 내국신용장에 준하여 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 25일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다) 이내에 발급하는 확인서

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인(수출업자)은 2022.6.3.부터 2022.12.7.까지 a(제조업자)로부터 국내에서 공급받은 태양광모듈 등 수출재화를 같은 과세기간에 베트남 소재 업체에게 수출하였으며, 그 과정에서 a로부터 영세율 세금계산서를 발급받았다.

(2) 처분청은 a의 부가가치세 신고내용을 검토한 결과, 내국신용장 등에 의하여 재화를 공급하지 않았음에도 영세율 세금계산서를 발급한 사실을 확인하고, 2023.2.17.～2023.5.4. 기간에 해당 부가가치세에 대한 과세예고통지 및 과세처분을 하였으며, 이에 a는 2023.5.9. 당초 영세율 세금계산서에 대하여 일반세율의 쟁점수정세금계산서를 발급하였고, 청구법인은 이를 근거로 2023.6.16. 해당 매입세액의 공제를 경정청구하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제32조 제7항 및 같은 법 시행령 제70조 제1항 제9호는 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항인 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우에는 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있으며(단, 제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외), 같은 법 시행령 제70조 제1항 제5호는 가목에서 세무조사 통지를 받은 경우, 나목에서 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우, 다목에서 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우, 라목에서 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우를 규정하고 있다. (나) 청구법인은 쟁점수정세금계산서의 매입세액 공제에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 주장하나, a가 당초 발급한 영세율 세금계산서는 영세율이 적용되는 거래가 아님에도 발급된 것이므로 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이에 대한 일반세율의 쟁점수정세금계산서 또한 과세관청의 조사 등에 의한 것이어서 적법하게 발급된 수정세금계산서로 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.