장외거래된 쟁점주식(코스피상장)은 경영권 이전을 수반하지 아니하는 것이라고 보고 쟁점주식 거래일의 한국거래소 종가를 시가(처분청 의견)로 보아 청구인들의 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2023.5.30. 청구인 AAA에게 한 2017년 귀속 종합소득세의 경정청구 거부처분은 이를 취소하고, OOO서장이 2022.4.11. 청구법인 주식회사 AAA에게 한 2017사업연도 법인세의 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 이를 각하한다. [이 유]

• 가. 청구법인 주식회사 AAA(이하 “청구법인”이라 한다)은 1995.6.10. 개업하여 OOO에서 제조업(자동차부품)을 영위하는 법인으로, 청구인 AAA(이하 “청구인”이라 하고, “청구법인”과 합하여 이하 “청구인들”이라 한다)은 2017.10.20. 본인이 소유하고 있는 코스피 상장법인인 ㈜BBB(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 청구법인에게 장외거래로 양도하는 내용의 주식양도계약서를 작성한 후 2017.11.1. 쟁점주식을 1주당 OOO원에 양도하였다(이하 쟁점주식 양수도거래를 “쟁점거래”라 한다).
• 나. 청구법인은 특수관계자인 청구인으로부터 쟁점주식을 고가로 양수한 것으로 보아 아래 ＜표1＞과 같이 법인세법제52조의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여, OOO원을 손금산입(△유보) 및 익금산입(상여)하여 2017사업연도 법인세 신고를 하였고, 청구인은 2017년 귀속 종합소득세 신고시 위 상여 처분 금액이 포함된 근로소득을 타소득과 합산하여 종합소득세 확정신고를 하였다 ＜표1＞ 청구법인 신고 내용 ㅇㅇㅇ
• 다. 청구법인은 2022.2.22. ‘쟁점법인의 최대주주인 청구인으로부터 장외거래를 통해 취득한 쟁점주식의 법인세법상 시가는 매매계약 체결일인 2017.10.20. 이전 2개월간의 종가 평균액인 OOO원에 최대주주 할증평가(30%)를 가산한 OOO원이므로, 쟁점거래에 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세 신고를 하였던 것을 취소하여 달라’는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청(OOO서장)은 2022.4.11. ‘주권상장법인이 발행한 주식의 장외거래시 적용할 시가는 경영권 이전이 수반되지 않을 경우에는 거래일의 한국거래소 최종 시세가액을 적용하는 것이 타당하다’는 내용으로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 2023.5.11. ‘쟁점거래에 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 법인세 신고를 한 것은 잘못된 것이므로 위 상여처분금액을 청구인의 종합소득금액에 합산하여 신고한 것을 취소하여 달라’는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청(OOO서장)은 2023.5.30. ‘위 상여처분에 대한 법인세 경정청구 및 이의신청이 기각되었고, 현재 법인세 사건에 대한 심판청구가 진행 중이므로 이와 관련된 종합소득세 경정청구 역시 기각하는 것이 적정하다’는 내용으로 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.27. 이의신청을 거쳐 2022.12.9. 심판청구를 제기하였고, 청구인은 2023.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장 (1) 법인세법상 주권상장법인이 발행한 주식의 시가는 ① 한국거래소에서 거래한 경우와 ② 한국거래소에서 거래하지 않은 경우(장외거래 등)로 나누어지는데 이는 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 법인세법상 주권상장법인 발행 주식의 시가 ㅇㅇㅇ 즉, 법인세법 시행령제89조에서는 ‘주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래하지 않은 경우의 해당 주식의 시가는 상속세 및 증여세법을 적용’하도록 규정하고 있는바, 최대주주 등이 보유한 주식은 할증평가액을 가산한 금액이 시가이고, 기획재정부 예규, 국세청 과세기준자문, 판례 및 국세청에서 발행한 ‘상속세·증여세 실무해설’ 책자에서도 일관되게 동일한 입장이다. (2) 쟁점거래는 ① 한국거래소에 거래하지 않은 경우(장외에서 주식 양수도 계약으로 거래)이고, ② 청구인은 쟁점법인의 최대주주 등에 해당함에 다툼이 없다. 따라서, 쟁점거래의 법인세법상 시가는 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호에 따라 상속세 및 증여세법제63조 제1항을 준용하여 평가한 가액(평가기준일 이전·이후 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종시세가액의 평균액)에 상속세 및 증여세법제63조 제3항에 따른 할증평가액을 가산한 금액이 되는 것이고, 청구법인은 할증평가액을 가산한 금액으로 쟁점주식을 매입하였던바 청구법인이 특수관계자인 청구인으로부터 쟁점주식을 고가 매입한 사실이 없으므로 쟁점거래는 법인세법제52조의 부당행위계산의 부인 대상에 해당하지 않는다. (3) 상속세 및 증여세법상 최대주주 등의 보유주식에 대하여 할증평가를 하는 이유는, 최대주주 등이 보유하는 주식은 통상적인 주식가치에 더하여 당해 회사의 경영권 내지 지배권을 행사할 수 있는 특수한 가치, 이른바 ‘경영권 프리미엄’이 있음을 반영한 것으로, 주권상장법인이나 코스닥상장법인, 비상장법인의 주식 및 출자지분에 대하여 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호에 따른 방법으로 평가하거나, 기업공개중인 법인 주식, 미상장주식 등을 평가할 때까지 모두 적용된다. 최대주주 보유주식 할증평가는 증여자 또는 양도자 입장에서 경영권 프리미엄을 보유하였다 하여 할증평가를 하는 것으로, ① 거래 시점에서, ② 주식을 이전하는 자를 기준으로, ③ 이전되는 주식이 “최대주주로서 보유하는 주식”이면 적용되는 것으로, 다만 아래와 같이 경영권 프리미엄이 형성되어 있다고 보기 어렵거나 프리미엄이 반영된 거래가액을 시가로 인정하는 경우 등에는 할증평가를 하지 않도록 하고 있다(상속세 및 증여세법제63조 제3항, 상속세 및 증여세법 시행령제53조 제7항). ＜국세청 발간 ‘상속세 및 증여세법실무해설’ 책자＞ ㅇㅇㅇ 즉, 최대주주 등의 보유주식이면 상속세 및 증여세법상 할증평가 제외 주식에 해당되지 아니하면 할증평가 대상이 되고, 상속세 및 증여세법은 사실상 경영권 이전이 수반되었는지, 사실상 경영권 프리미엄이 있었는지 등과는 무관하므로 쟁점주식의 거래는 최대주주 등의 보유주식으로 할증평가 대상임이 명확하다 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인들은 쟁점주식의 거래가 장외거래이므로 한국거래소에서 거래하지 않은 것에 해당하여 쟁점주식의 시가를 상속세 및 증여세법에 따른 할증평가액을 가산한 가액을 시가로 봄이 타당하다고 주장한다. 그러나 해당 주식을 시장가격보다 비싸게 장외에서 양수하여 이후 장내에서 매도한 행위는 정상적인 경제인이 취할 수 있는 정상적인 거래에 해당하지 않는 부당행위계산 부인대상에 해당하는 거래로 보이고, 경영권이 포함된 주식은 통상적인 주식보다 높은 가액으로 거래되는 것이 일반적이므로, 낮은 세부담으로 경영권이 이전되는 것을 방지하기 위해 최대주주 할증평가액을 가산한 가액을 시가로 보는 것이나, 청구법인의 쟁점주식 거래는 경영권 프리미엄이 포함된 거래에 해당하지 않는다. (2) 청구법인의 공동대표이사였던 청구인과 관련된 횡령사건의 판결문(OOO지방법원 제30형사부 OOO)에서는 쟁점주식 거래를 ‘경영권 프리미엄 등을 반영하여 매수할 필요가 없다’라고 명시하고 있고, 거래 전·후 지분현황을 살펴보더라도 경영권 이전과는 무관하며, 국세청 질의회신(서면-2019-법인-568, 2020.3.13.)에서도 ‘주권상장법인이 발행한 주식의 장외거래시 시가는 경영권 이전이 수반되지 않는 경우 거래일의 한국거래소 최종시세가액으로 해야 한다’라고 회신한 바 있는바, 청구인들이 최종시세가액을 시가로 하여 2017사업연도 법인세와 2017년 귀속 종합소득세를 각 신고한 것은 잘못이 없으므로 청구인들의 경정청구를 거부한 당초처분은 정당하다. ＜서면-2019-법인-568, 2020.3.13.＞ ㅇㅇㅇ

쟁점주식 거래는 경영권 이전이 수반된 것이 아니므로 쟁점주식 거래일의 한국거래소 최종시세가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다며 청구인들의 경정청구를 거부한 처분의 당부

(1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정되기 전의 것) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (3) 법인세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정된 것) 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. 다만, 주권상장법인이 발행한 주식을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제8조의2 제2항에 따른 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종시세가액(거래소 휴장 중에 거래한 경우에는 그 거래일의 직전 최종시세가액)으로 하며, 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우에는 상속세 및 증여세법제63조 제3항을 준용하여 그 가액의 100분의 20을 가산한다.

1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제8조의2 제4항 제1호에 따른 증권시장 외에서 거래하는 방법

2. 대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. 부칙 <대통령령 제31443호, 2021.2.17.> 제1조【시행일】이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호에서 정한 날부터 시행한다. 제13조【시가의 범위 등에 관한 적용례】제89조 제1항의 개정규정은 이 영 시행 이후 거래하는 분부터 적용한다. (4) 법인세법 시행규칙(2021.3.16. 기획재정부령 제844호로 일부개정된 것) 제42조의6【주권상장법인이 발행한 주식의 시가】① 영 제89조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 다만, 영 제10조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제6호의 어느 하나에 해당하는 법인이 해당 호에 따른 회생계획, 기업개선계획, 경영정상화계획 또는 사업재편계획을 이행하기 위하여 주식을 거래하는 경우는 제외한다.

1. 상속세 및 증여세법제63조 제3항에 따른 최대주주 또는 최대출자자가 변경되는 경우

2. 상속세 및 증여세법제63조 제3항에 따른 최대주주등 간의 거래에서 주식등의 보유비율이 100분의 1 이상 변동되는 경우

② 영 제89조 제1항 제2호에서 “대량매매 등 기획재정부령으로 정하는 방법”이란 자본시장과 금융투자업에 관한 법률제393조에 따른 거래소의 증권시장업무규정에서 일정 수량 또는 금액 이상의 요건을 충족하는 경우에 한정하여 매매가 성립하는 거래방법을 말한다.(본조신설 2021.3.16.) (5) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 이 호에서 “상장주식”이라 한다)은 평가기준일(평가기준일이 공휴일 등 대통령령으로 정하는 매매가 없는 날인 경우에는 그 전일을 기준으로 한다) 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 거래소허가를 받은 거래소(이하 “거래소”라 한다) 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액(평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다). 다만, 제38조에 따라 합병으로 인한 이익을 계산할 때 합병(분할합병을 포함한다)으로 소멸하거나 흡수되는 법인 또는 신설되거나 존속하는 법인이 보유한 상장주식의 시가는 평가기준일 현재의 거래소 최종 시세가액으로 한다.
• 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.
• 다. 삭제 <2016.12.20>

2. 제1호 외에 국채(國債)·공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식등에 대해서는 제1항 제1호에도 불구하고 해당 법인의 사업성, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

1. 기업 공개를 목적으로 금융위원회에 대통령령으로 정하는 기간에 유가증권 신고를 한 법인의 주식 등

2. 제1항 제1호 다목에 규정된 주식등 중 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 주식등을 거래하기 위하여 대통령령으로 정하는 기간에 거래소에 상장신청을 한 법인의 주식등

3. 거래소에 상장되어 있는 법인의 주식 중 그 법인의 증자로 인하여 취득한 새로운 주식으로서 평가기준일 현재 상장되지 아니한 주식

③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그의 특수관계인에 해당하는 주주등(이하 이 항에서 “최대주주등”이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항 에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. (6) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

• 가. 심판청구를 제기한 후 심사청구를 제기(같은 날 제기한 경우도 포함한다)한 경우
• 나. 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구된 경우
• 다. 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우
• 라. 심사청구가 적법하지 아니한 경우
• 마. 가목부터 라목까지의 규정에 따른 경우와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인들 및 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2017.11.1. 특수관계자인 청구인으로부터 쟁점주식을 고가매입(OOO원)한 것으로 보아 익금산입(상여) 및 손금산입(△유보)으로 처리하여 2017사업연도 법인세 신고를 하였다. (나) OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2016∼2019사업년도에 대한 법인세 조사를 실시하여 청구법인이 2016.6.21. 특수관계자인 청구인으로부터 쟁점법인 발행주식 OOO주를 장외에서 고가매입(OOO원)한 것으로 보아 익금산입(상여) OOO원 및 손금산입(△유보) OOO원으로 세무조정하였고, 고가매입한 주식이 2017·2018사업연도에 처분됨에 따라 손금산입(△유보)하였던 OOO원(2016·2017사업연도 합계) 중 OOO원을 2017사업연도에, 나머지 잔액인 OOO원을 2018사업연도에 추인(익금산입, 유보)하였음이 법인세 결의서 등에 의하여 확인된다(아래 ＜표3＞·＜표4＞ 참조). ＜표3＞쟁점법인 발행 주식 매매내역 ㅇㅇㅇ ＜표4＞ 부당행위계산 부인 관련 세무조정 및 소득처분 내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인과 청구인이 2017.10.20. 체결한 쟁점주식 양수도 계약서의 주요 내용은 아래와 같다. ＜쟁점주식 양수도 계약서＞ ㅇㅇㅇ (라) 청구법인의 경정청구에 대한 처분청의 ‘경정청구 처리결과 통지’의 주요 내용은 아래와 같다. ＜경정청구 처리 결과 통지＞ ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 쟁점법인 발행주식을 2017.11.1. 장내 및 장외에서 거래한 내역(아래 ＜표5＞ 참조)과 쟁점법인 발행주식의 연도별 장외거래 내역(아래 ＜표6＞ 참조)을 제출하였다. ＜표5＞ 2017.11.1. 쟁점법인 발행주식 거래 내역 ㅇㅇㅇ ＜표6＞ 쟁점법인 발행주식의 연도별 장외거래 내역 ㅇㅇㅇ (바) 이의신청 결정서에 나타나는 내용은 다음과 같다. 1) 청구법인 및 쟁점법인 등이 발행한 주식의 보유 현황은 아래 ＜표7＞∼＜표9＞와 같다. ＜표7＞ 청구법인 발행주식 보유 현황 ㅇㅇㅇ ＜표8＞ 쟁점법인 발행주식 보유 현황 ㅇㅇㅇ ＜표9＞ ㈜CCC 발행주식 보유 현황 ㅇㅇㅇ 2) OOO지방법원 제30형사부 2019.1.29. 선고 OOO 판결 중 쟁점주식 관련 부분은 아래와 같다. ＜ OOO 판결 내용 중 쟁점주식 관련 부분＞ ㅇㅇㅇ 3) 상속세 및 증여세법제63조의 2000년 및 2003년 개정취지 내역은 다음과 같다. ＜상속세 및 증여세법제63조 개정 취지＞ ㅇㅇㅇ 4) 2021.2.17. 개정된 법인세법 시행령제89조 제1항의 개정내용은 아래와 같다. ＜ 법인세법 시행령제89조 제1항 개정 내용＞ ㅇㅇㅇ 5) 금융감독원 전자공시시스템에 따르면, 청구법인은 2018년 감사보고서에 쟁점법인의 주식(2017년말 기준)을 아래 ＜표10＞과 같이 기재하였고, 쟁점법인의 주식을 아래 ＜표11＞과 같이 2018.1.9.부터 2018.2.2. 사이에 전부 장내매도한 것으로 나타난다. ＜표10＞ 감사보고서 기재내용(2017년 말 기준) ㅇㅇㅇ ＜표11＞ 쟁점법인 주식 매도 내역 ㅇㅇㅇ 6) 이의신청 결정서의 판단 내용은 아래와 같다. ＜이의신청 결정서 판단 부분＞ ㅇㅇㅇ (2) 처분청 의견에 대한 청구인들의 항변은 다음과 같다. (가) 이 건은 법인세법 시행령제89조 제2항의 시가가 불분명한 경우에 해당하여 상속세 및 증여세법제63조 제3항을 적용하여 최대주주 할증규정을 적용하여야 한다. 1) 기획재정부(법인세제과-48, 2016.1.18.)는 경영권이전의 경우로 해석했으나, 그 후 대법원 판결(2018.2.8. 선고 2017두48451 판결)과 종전 헌법재판소 결정(2003.1.30. 선고 2002헌바65 결정)에도 위배되므로 예규의 효력은 상실되었다고 보아야 한다. 2) 쟁점거래와 유사한 상황의 다른 장외거래도 전혀 없었던바 쟁점거래는 시가가 불분명한 경우로 보아야 하고, 일반적인 장내거래와는 전혀 다른 거래이다. 쟁점거래일의 장내주식 거래규모·금액·인원 등을 쟁점거래와 비교하여도 유사한 상황의 거래로 볼 수 없으므로 한국거래소 최종시세가액을 시가로 볼 수는 없다. (나) 처분청은 2021.2.17. 개정된 법인세법 시행령에서 장외거래의 경우에도 장내거래와 같이 최종일의 거래종가를 시가로 보도록 하였다는 의견이나, 법원(OOO행정법원 2022.1.13. 선고 2020구합74320 판결, OOO고등법원 2022.8.24. 선고 2022누36942 판결)에서는 ‘개정 규정이 법인세법 시행령개정 후 거래분부터 적용되는 창설적 규정으로 이해함이 타당하다’라고 판결한 바 있으므로 2021.2.17. 개정 규정을 처분청 의견과 같이 유추하여 해석하는 것은 부당하다. 설령, 그렇다 하더라도 개정된 시행령 단서 규정에서 경영권이전의 경우에는 할증한다는 규정을 명시하였는데, 이는 시행령 개정 전의 종전 법령이나 대법원 판례 등으로 보아 최대주주의 경우에는 경영권 이전 여부와 관계없이 할증평가한다는 것임이 명확하다는 것을 입증하는 것이라 하겠다. (다) 쟁점주식은 최대주주 등의 보유주식이고 상속세 및 증여세법상 할증평가 제외 주식에 해당되지 아니하면 할증평가 대상이 되는 것이고, 상속세 및 증여세법은 실제 경영권 이전이 수반되었는지, 경영권 프리미엄이 있었는지 여부 등과 무관하게 최대주주 등의 보유주식에 대하여 할증평가를 하도록 하고 있으므로 쟁점주식 거래는 할증평가 대상임이 명확하다. 설령, 처분청 의견과 같이 주권상장법인의 주식은 사실상 경영권 이전이 수반되는 주식 거래 시에만 최대주주 등의 보유주식 할증평가를 적용할 수 있다고 해석한다 하더라도, 2021.2.17. 및 2021.3.16. 각 개정된 법인세법 시행령제89조 제1항 및 법인세법 시행규칙제42조의6 제1항 제2호에서 ‘주권상장법인의 주식 중 할증평가액을 가산하는 사실상 경영권의 이전이 수반되는 경우란 상속세 및 증여세법제63조 제3항에 따른 최대주주 등간의 거래에서 주식 등의 보유비율이 100분의 1 이상이 변동되는 경우’라고 규정하였던바 주식 등의 비율이 1.49%에 해당하는 쟁점거래는 사실상 경영권 이전이 수반되는 경우로 보는 것이 타당하다 할 것이다. (라) 최대주주 보유주식에 대해 특수관계자들의 경영권이 그대로 유지되는 상황에서 특수관계자간의 거래에 대해 할증평가대상이 아니라고 한다면, 특수관계법인을 통해 수십 회에 걸쳐 소량의 주식을 장외거래로 이전하고 조세부담을 대폭 줄여 직계비속에게 경영권을 이전하는 가능성을 열어두는 것으로 이러한 편법거래에 따른 부작용 역시 고려되어야 한다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 청구법인의 심판청구가 적법한 청구인지에 대하여 살펴보면, 청구법인이 쟁점거래에 대하여 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 같은 금액을 익금불산입 및 손금불산입하여 2017사업연도 법인세 신고를 하였다가 이를 취소하여 달라는 내용의 경정청구를 제기하였던바 청구법인이 당초 신고하였던 과세표준 및 세액과 신고하여야 할 과세표준 및 세액에는 차이가 없는 점, 국세기본법제45조의2 제1항 제1호에서는 “과세표준신고서 등에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때”에 경정청구를 할 수 있다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인이 제기한 경정청구는 정당한 경정청구에 해당하지 아니하다 할 것이어서 이에 대한 처분청(OOO서장)의 거부처분 역시 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수는 없다 할 것이므로 청구법인이 한 심판청구는 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구에 해당한다(조심 2013서1673, 2013.11.8. 등, 같은 뜻임). (나) 다음으로 청구인이 제기한 심판청구에 대하여 살펴본다. 1) 법인세법 시행령제89조 제1항에서는 ‘법인세법제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다’고 하였고, 제2항에서는 ‘시가가 불분명한 경우에는 상속세 및 증여세법제63조를 준용’하도록 하였으며, 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호에서는 ‘상장주식은 평가기준일 이전·이후 2개월간의 거래소 최종시세가액의 평균액으로 평가’하도록 하였고, 제3항에서는 ‘최대주주등의 주식은 제1항 제1호에 따라 평가한 가액에 할증율을 가산하여 평가’하는 것으로 규정하고 있다. 2) 쟁점주식 거래가 비록 최대주주등의 주식을 매입한 것이기는 하나 경영권 이전이 수반된 거래에 해당하지 아니한바 한국거래소에서 거래한 경우와 유사한 상황으로 볼 수 있어 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격인 거래일 당일의 한국거래소 최종시세가액을 시가로 보아야 한다는 처분청 의견도 일견 타당한 측면이 있으나, 최대주주 할증평가 규정은 지배주주가 소유하는 주식은 경영권과 관계가 있고 소액주주가 소유하는 주식에 비하여 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 그 가치가 높게 평가되는 점을 반영하자는 것이지, 해당 지배주주의 주식이 이전됨으로써 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지 여부에 따라 그 주식의 평가가 달라진다는 취지를 규정한 것이 아닌 점(대법원 2003.2.11. 선고 2001두8292 판결, 대법원 2018.2.8. 선고 2017두48451 판결 참조), 한국거래소에서 불특정다수인들 간에 벌어지는 경쟁매매와 장외에서 최대주주등의 주식을 매입한 쟁점거래를 유사한 상황으로 인정하여 한국거래소 거래가액을 쟁점거래의 시가로 사용하기는 어려워 보이는 점, 쟁점주식 매매계약 체결일인 2017.10.20.경 쟁점주식 거래와 유사한 상황에서 쟁점법인 발행 주식이 특수관계인 외의 불특정 다수인에게 장외에서 거래된 사실이 없고, 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 장외 거래된 사실도 없는 것으로 나타나는 점 등을 종합할 때 쟁점거래는 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당한다 할 것이어서 법인세법 시행령제89조 제2항 제2호 및 상속세 및 증여세법제63조 제1항 제1호 가목 및 같은 조 제3항에 따라 평가하는 것이 타당한 점(서울고등법원 2022.8.24. 선고 2022누36942 판결, 조심 2013전2613, 2013.10.18., 같은 뜻임), 2021.2.17. 개정·시행된 법인세법 시행령제89조 제1항 단서 규정은 그 부칙 제13조에 따라 그 시행 이후 거래하는 분부터 적용되는 창설적 규정으로 이해함이 타당해 보이는 점(OOO고등법원 2022.8.24. 선고 2022누36942 판결), 쟁점주식은 한국거래소가 아닌 장외에서 거래되었으므로 2021.2.17. 개정 전 법인세법 시행령제89조 제1항 괄호 규정을 바로 적용할 수도 없는 점 등에 비추어 처분청(OOO서장)이 쟁점거래의 시가를 한국거래소 최종시세가액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분 은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.