쟁점토지의 양도가 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 적용대상인지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2017.12.28. 설립되어 부동산개발 및 공급업을 영위하는 법인으로 2018.1.25. AAA 주식회사로부터 단독주택용지인 OOO 토지 17,174㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하였고, 2018.11.29. OOO장으로부터 이 건 토지에 대한 대지조성사업계획을 승인받아 대지조성공사 등을 완료한 후 2019.6.13. OOO으로 토지분할하여, 2020년 OOO, 같은 동 894-2․8․9․11․12․14～19․31～33․36～42․44～50 토지 8,854㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 분양하고 2021.3.17. 2020사업연도 법인세 신고 시 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 산정하지 아니하고 법인세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 법인세 신고내역에 대해 확인한 결과 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당되는 것으로 보아 분양가액에서 취득가액 및 관련 자본적 지출액을 차감하여 산정한 양도차익을 토지 등 양도소득세 대한 법인세 과세표준으로 하고 해당 법인세를 산출하여 2022.9.27. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점토지는 “한국토지주택공사(LH)가 관련 법령에 따른 개발사업으로 조성한 토지 가운데 주택건설용지”에 해당하므로 쟁점토지를 양도함에 따라 발생하는 소득은 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다. 서울고등법원은 “구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에서 건설에 착공한 주체는 그 토지의 소유자로 한정된다고 보기 어렵고, 구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 는 ‘건설에 착공한 주체’에 관하여 명확하게 규정되어 있지 않아 위 규정을 해석함에 있어서 확장해석하거나 유추해석하여 ‘건설에 착공하는 주체’를 그 토지의 소유자로 한정해서 해석할 합리적인 이유를 찾기 어렵다”고 판결하였다(OOO 판결). 법인세법 제55조의2 제4항 제3호 에 따르면, 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득은 같은 법 제1항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다. “대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득”으로 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제3호 에 “한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득”을 규정하고 있다. 이러한 규정도 앞서 언급한 판결에서 설시한 바와 같이 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제3호 의 ‘한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득’에서 ‘주택건설용지로 양도’한 주체에 관하여 명확하게 규정되어 있지 않아, 위 규정을 해석함에 있어서 확장해석 및 유추해석을 하여 주택건설용지로 양도한 주체가 한국토지주택공사로 한정해서 해석할 합리적인 이유는 없다. 그리고, 아래와 같은 사유로 보아도 한국토지주택공사가 개발사업으로 조성한 토지를 주택건설용지로 양도한 경우라면 공급의 주체가 누구라도 쟁점토지의 양도소득은 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용하지 않는 것으로 보는 것이 합리적이다. 쟁점토지는 공공의 이익을 목적으로 한국토지주택공사가 개발하여 조성한 토지이고, 비사업용 토지로 법인세가 중과세 되는 경우에는 청구법인 등의 세부담이 수분양자에게 전가되어 원활한 택지 및 건설 분양사업이 어렵다. 이에 더하여 한국토지주택공사에 의하여 토지개발사업이 완료되어 대지로 보존등기된 상태로 이미 지가상승이 반영되어 투기목적으로 전용될 실익이 적고, 일반적인 부동산개발공급업과 다르게 대지 본래의 목적인 주택건설용지(블록형 단독주택용지)로 확정되어 다른 용도로 전용할 수 없기 때문에 공급의 주체가 변경되더라도 토지를 생산적인 용도로 사용되지 않고 재산증식의 수단으로 사용되기 어려운 점 등에 비추어 보면 비사업용 토지임에도 불구하고 별도 규정을 마련한 입법 취지에도 부합한다. 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세 강화 개정취지는 토지를 실수요에 따라 생산적 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 사용하는 경우 법인세 등을 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 철저히 환수하고자 하는데 목적이 있다 할 것이다. 쟁점토지는 한국토지주택공사가 개발하여 조성한 블록형단독주택용지로 확정된 제1종 전용주거지역 대지로 다른 지목 변경이 불가하고, 분양 세대수도 46세대로 지정되었으며, 개별건축물에 대한 설계도 사전에 확정하여야 하였기에 쟁점토지 수분양자는 동 설계를 변경할 수 없었다. 또한, 개별건축물 건축심의, 각종 인허가와 관련된 총괄업무도 개발사업 주체인 청구법인이 하도록 하였는바, 이는 주무부처가 인허가 등을 통하여 쟁점토지의 개발사업이 투기목적 등으로 전용될 수 없도록 블록형 단독주택용지의 본래 사업취지에 맞도록 관리감독 및 규제를 하였는바, 쟁점토지에 대하여 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 규정을 적용한다면 이는 납세자에 대한 이중 규제로 비사업용 토지임에도 불구하고 별도 규정을 마련한 입법 취지에도 부합되지 않는다. 따라서, 이 건 양도소득은 한국토지주택공사가 개발사업으로 조성한 지구단위계획상 블록형 단독주택용지로 확정된 제1종 전용주거지역 대지인 쟁점토지를 취득하여 주택건설용지로 수분양자에게 양도함으로써 발생한 소득으로서 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제3호 의 ‘한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득’에 해당된다. (2) 쟁점토지 또는 착공후 양도토지는 “사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지”로 보아 비사업용 토지에서 제외되어야 한다. 법인세법 제55조의2 제3항 의 규정에 따르면 비사업용 토지를 적용할 때 “그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다”고 규정하고 있다. 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 따르면 “영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지(사업용 토지)로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하되 다만, 부동산매매업을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.”고 규정하하고 있다. 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일부터 2년 동안은 비사업용으로 보지 아니한다”고 규정하고 있다. 이는 부동산개발업도 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 규정을 적용할 수 있다는 것이고, 건축물이 없는 토지는 비사업용에 해당하지만 “사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지”라면 향후에 본래의 용도(건축 용지)에 활용되어 생산적인 용도로 사용될 것이라는 전제하에 일정기간을 비사업용 토지의 예외기간으로 인정하겠다는 취지이다. 블록형 단독주택용지로 OOO 주택단지를 조성한 후 건물을 신축할 경우에 건설에 착공한 토지는 블록형 단독주택단지 내 전체토지를 기준으로 판단하여야 하고, 단독주택단지 조성 토목공사 착공을 건설에 착공한 토지로 볼 수 없다 하더라도 단독주택 신축을 위한 선행공사로 단독주택단지 내에 마을공동시설의 착공을 위해 착공한 토지에 해당한다. 청구법인이 2019.9.30. BBB 주식회사와 OOO “타운하우스(OOO) 주민공동시설 신축공사” 계약을 체결하고, 청구법인을 건축주로 건축허가를 받아 2019.11.8. 마을공동시설 건설에 착공하여 2020.8.14. 사용승인을 받았기 때문에 OOO 단독주택단지 내 해당 건축물의 부속 토지만을 기준으로 사업용으로 볼 것이 아닌 OOO 단독주택단지 내 쟁점토지 전체를 기준으로 건설에 착공한 토지로 보아 사업용으로 보아야 한다. 만일 상기와 같이 볼 수 없다 하더라도 기획재정부 유권해석(재산세제과-541, 2009.3.20.)에 따르면 지상 건축물이 없는 토지는 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지는 그 착공 주체에 관계없이 비사업용 토지의 예외적인 기간을 적용하도록 하고 있고, 앞서 언급한 서울고등법원 판결에서도 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에는 ‘건설에 착공하는 주체’에 관하여 명확하게 규정되어 있지 않고, 착공한 주체를 그 토지의 소유자로 한정된다고 보기도 어렵다. 이는 건설의 주체가 누구든 상관없이 해당 토지가 본래의 용도에 맞게 생산적인 용도로 사용되고 있는 경우라면 현재의 상황에 불구하고 비사업용 토지의 예외 기간을 인정한다는 취지이고, 비사업용 부동산을 판단할 때에 개발 대기 중인 토지가 업무에 사용되었는지 여부는 개발대상부지 전체를 기준으로 업무에 사용하였는지 여부에 따라 판단하는 것으로서 순차개발 일정에 따라 대기 중인 개별토지만을 따로 분리하여 비사업용 부동산 해당 여부를 판단하는 것은 아니다(법인세과-52, 2014.2.7.). 블록형 단독주택용지로 단독주택단지를 조성한 후 건물을 신축할 경우에도 ‘건설에 착공한 토지’의 판단은 단독주택단지 내 전체 토지를 기준으로 판단하여야 한다. 청구법인은 한국토지주택공사가 지구단위계획상 블록형 단독주택용지로 확정하여 분양한 토지를 AAA 주식회사로부터 매수하였고, 쟁점토지는 개발사업승인 조건[개별필지별 건축물 설계확정 및 변경 불가능, 최종적인 건축물 신축행위 외에 기반시설사업 완료 후에나 개별소유권이전이 가능, 준공검사(허가) 후 토지분할등기가 가능]을 전제로 하여 수분양자에게 분양한 토지로 블록형 단독주택용지 이외에는 사용될 수 없다. 청구법인은 사업계획승인에 따라 단지조성공사에 착공하여 개발사업승인 조건에 따라 준공검사(허가)를 받았고, 2019.7.1. 건축허가 전단계인 건축심의위원회의 의결을 받아 수분양자들이 단독주택 등 건축을 할 수 있도록 블록형 단독주택단지를 조성하였는바 쟁점토지는 생산적인 용도로 사용되어지고 있다 할 것이다. OOO 단독주택단지 내 수분양자 중 최초 건축착공일(OOO)이 2020.4.7.이므로, 쟁점토지 중 ‘착공후 양도토지’는 앞서 언급한 기획재정부 유권해석 및 서울고등법원 판결에서 판시한 바와 같이 건설의 착공 주체가 누구인지와 상관없이 쟁점토지를 “지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지”로 보아야 한다. (3) 쟁점토지에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고납부하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다. 법인세법 시행령 제92조의2 제4항 제3호 에 따르면 “한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득”은 같은 법 제55조의2 제4항에 따라 같은 법 55조의2 제1항을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 서울고등법원은 “구 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에서 건설에 착공한 주체는 그 토지의 소유자로 한정된다고 보기 어렵다”고 판시하였다(OOO 판결). 법인세법 시행령제92조의2 제4항 제3호의 규정에서도 주택건설용지의 공급 주체가 명확하게 규정되어 있지 않아 그 주체가 한국토지주택공사로 한정된다고 보기 어렵고, 토지의 사용 용도가 주택건설용지로 제한되어 타 법인이 취득하여 공급한다고 하여도 투기목적으로 전용될 여지가 적으며, 타 법인이 취득하여 공급하는 경우에 비사업용으로 본다면 중과세되는 법인세 상당액이 주택소유자에게 전가되어 한국토지주택공사의 목적사업의 취지에도 부합하지 않는다. 청구법인은 쟁점토지에 대한 소득은 “한국토지주택공사가 개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생한 소득”에 해당되는 것으로 판단하였고, 국세청 유권해석(서면-2017-법령해석법인-2897, 2017.11.1.)에 따르면 청구법인과 유사한 내용으로 비사업용 토지에 해당되는지 여부와 관련하여 “(생략) 건축물 신축을 위한 필수적인 선행공사로서 실질적인 토목공사를 개시한 경우 그 시점을 건설에 착공한 시점으로 할 수 있는 것이나, 이에 해당하는지 여부는 당해 토지의 취득, 착공, 사용현황 등을 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항”이라 되어 있다. 청구법인은 블록형 단독주택단지 조성 관련 토목공사를 마무리하고 마을공동시설까지도 청구법인 명의로 착공 및 준공한 상태로 쟁점토지를 양도하였기 때문에 사업용으로 판단할 수 밖에 없었다. 조세심판원은 “토지를 취득한 후, 건물 신축을 위한 사업추진내용 등 이용 상황, 토지만을 양도하게 된 사유 및 관련 법령의 입법 취지 등에 비추어 처분청이 해당 토지를 비사업용 토지로 보아 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것”으로 결정하였다(OOO). 또한, 기획재정부는 내국법인이 법정신고 기한까지 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준 신고서는 제출하였으나 동 신고서에 토지 등 양도소득과 그에 대한 법인세를 기재하지 아니한 경우에는 국세기본법제47조의2에 따른 무신고가산세과 같은 법 제47조의3에 따른 과소신고가산세가 적용되지 않는 것으로 회신하였다(기획재정부 조세정책과-339, 2011.3.18.). 청구법인은 쟁점토지를 사업용토지로 해석할 수 밖에 없었고, 토지 양도의 주체가 법령에 명확하게 규정되어 있지 않아 법문 해석에 혼돈을 초래할 충분한 사유가 존재하였으며, 국세청의 질의회신 내용을 긍정적으로 신뢰할 수밖에 없었다. 또한, 일반 부동산개발업자와는 다른 형태의 사업을 추진하여 부동산 투기목적에 사용하지 않는 등 기존 심판결정례를 신뢰함과 더불어 가산세를 부과하지 않는다는 취지의 관련한 기획재정부 유권해석이 있었던 점에 비추어 청구법인이 쟁점토지를 비사업용으로 판단하여 정상적으로 신고의무를 이행할 것을 기대하는 것은 무리여서 그러한 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.
• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점토지는 최초 분양 시 지구단위계획상 개별 필지에 건축물이 준공되는 경우에만 토지분할을 할 수 있어 개별 수분양자에게 주택을 신축 분양하여야만 필지분할이 가능한 토지이므로 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 및 제2항 제4호 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지, 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 아닌 재산세 종합합산과세대상에 해당되므로 비사업용 토지에 해당되어 양도소득에 대한 과세특례 적용은 정당하다.

(2) 부동산개발업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라 할지라도 비사업용 토지의 요건을 달리 적용하는 것이 아니고, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 에 따라 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해서 건설에 착공하는 경우에는 해당 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간은 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 착공하였다고 인정받기 위해서는 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기 공사에 착수하는 경우 비로소 공사에 착공하였다 할 것이다(OOO 판결). 관리동이 건축된 지번 외의 쟁점토지에 청구법인이 수행한 주택부지 조성공사, 상하수도, 도시가스, 진출로, 산책로 조성, 가로등 설치 등만으로는 쟁점토지에서의 건물신축을 위한 실질적인 공사의 실행 행위인 착공으로 보기 어려우므로 쟁점토지는 법인세법령에 따른 비사업용 토지로 봄이 타당하다. (3) 국세기본법 제47조의3 제1항 에 따르면 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고한 납부세액에 대하여 가산세를 부과하도록 규정하고 있다. 청구법인이 쟁점토지를 양도한 이후에 청구법인이 각사업연도소득에 대한 법인세 신고 시 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고하지 않아 납부하여야 할 세액보다 신고한 세액이 적은 것으로 나타나므로 청구법인에게 과소신고가산세를 적용하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점토지의 양도가 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세특례 적용대상인지 여부

② 가산세 감면의 정당한 사유 여부

• 나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법 제47조의3【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액 등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액 등의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조【가산세 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제10조【세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법】① 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다.

② 국세청장은 제1항에 따라 회신한 문서의 사본을 해당 문서의 시행일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 기획재정부장관에게 송부하여야 한다.

③ 국세청장은 제1항의 질의가 제9조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기획재정부장관에게 의견을 첨부하여 해석을 요청하여야 한다.

④ 국세청장은 제3항에 따른 기획재정부장관의 해석에 이견이 있는 경우에는 그 이유를 붙여 재해석을 요청할 수 있다.

⑤ 기획재정부장관에게 제출된 세법 해석과 관련된 질의는 국세청장에게 이송하고 그 사실을 민원인에게 통지하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 기획재정부장관이 직접 회신할 수 있으며, 이 경우 회신한 문서의 사본을 국세청장에게 송부하여야 한다.

1. 제9조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하여 국세예규심사위원회의 심의를 거쳐야 하는 질의

2. 국세청장의 세법 해석에 대하여 다시 질의한 사항으로서 국세청장의 회신문이 첨부된 경우의 질의(사실판단과 관련된 사항은 제외한다)

3. 세법이 새로 제정되거나 개정되어 이에 대한 기획재정부장관의 해석이 필요한 경우

4. 그 밖에 세법의 입법 취지에 따른 해석이 필요한 경우로서 납세자의 권리보호를 위하여 필요하다고 기획재정부장관이 인정하는 경우

⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 세법 해석에 관한 질의회신 등에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제28조【가산세의 감면 등】① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

2. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 토지 등의 수용 또는 사용, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시ㆍ군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

3. 소득세법 시행령 제118조의5 제1항 에 따라 실손의료보험금(같은 영 제216조의3 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 지급받은 것을 말한다)을 의료비에서 제외할 때에 실손의료보험금 지급의 원인이 되는 의료비를 지출한 과세기간과 해당 보험금을 지급받은 과세기간이 달라 해당 보험금을 지급받은 후 의료비를 지출한 과세기간에 대한 소득세를 수정신고하는 경우(해당 보험금을 지급받은 과세기간에 대한 종합소득 과세표준 확정신고기한까지 수정신고하는 경우로 한정한다)

(3) 법인세법 제55조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것(중략)

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지에 규정된 토지와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

③ 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득

2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득

3. 도시 및 주거환경정비법이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득(중략)

⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액으로 한다. (4) 법인세법 시행령 제92조의2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】④ 법 제55조의2 제4항제3호에서 "대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 말한다.

3. 한국토지주택공사법에 따른 한국토지주택공사가 같은 법에 따른 개발사업으로 조성한 토지중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득 제92조의3【비사업용 토지의 기간기준】법 제55조의2 제2항 각호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.

• 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제92조의4【토지지목의 판정】법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다. 제92조의8【사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위】① 법 제55조의2제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

13. 그 밖에 제1호부터 제12호까지에서 규정한 토지와 유사한 토지 중 토지의 이용 상황 및 관계 법령의 이행여부 등을 고려하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령으로 정하는 토지

⑥ 법 제55조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지 위에 하나 이상의 건축물(시설물 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)이 있고, 그 건축물이 법인의 특정 사업에 사용되는 부분(다수의 건축물 중 특정 사업에 사용되는 일부 건축물을 포함한다. 이하 이 항에서 "특정용도분"이라 한다)과 그러하지 아니한 부분이 함께 있는 경우 건축물의 바닥면적 및 부속토지면적(이하 이 항에서 "부속토지면적 등"이라 한다) 중 특정용도분의 부속토지면적 등의 계산은 다음 산식에 의한다.

1. 하나의 건축물이 복합용도로 사용되는 경우 특정용도분의 부속토지면적 등 ＝ 건축물의 부속토지면적 등 × 특정용도분의 연면적/건축물의 연면적

2. 동일경계 안에 용도가 다른 다수의 건축물이 있는 경우 특정용도분의 부속토지면적 ＝ 다수의 건축물의 전체 부속토지면적×특정용도분의 바닥면적/다수의 건축물의 전체 바닥면적 제92조의11【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용 상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간 (5) 법인세법 시행규칙 제46조의2【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

3. 사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로: 사도 또는 도로로 이용되는 기간

4. 건축법에 따라 건축허가를 받을 당시에 공공공지(公共空地)로 제공한 토지: 당해 건축물의 착공일부터 공공공지로의 제공이 끝나는 날까지의 기간

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청 심리자료에 따르면 청구법인은 대지조성공사와 단독주택용지 분양을 위한 기반시설사업을 완료한 후 50개 필지로 분할하여 쟁점토지를 2020사업연도 중 개인 등에게 분양하고 해당 연도 법인세 신고 시 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 별도로 신고․납부하지 않은 것으로 확인되며 쟁점토지의 분양내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (나) 이 건 법인세 과세예고통지세액 산정내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 이 건 관련 법인세 과세예고통지세액 산정내역 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인이 분양한 토지 중 건축이 완공된 필지 내역은 2022.6.24. OOO의 건축물 인허가 관련 자료 회신 공문과 건축물관리대장 등을 통해 아래 <표2>과 같이 나타난다. <표2> 건축완료 필지내역 ㅇㅇㅇ (라) OOO의 사업승인 내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 청구법인과 CCC 주식회사 간에 체결한 도급계약의 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (바) 청구법인이 개인 등에게 분양한 OOO 블록형 단독주택용지의 지적도 및 조감도 등은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (사) 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면 쟁점토지는 양도 당시 모두 종합합산과세대상 토지로 나타난다. (아) 청구법인이 제출한 증빙 등에 따르면 OOO 단지 내에는 주민공동시설 포함 총 47세대 중 현재까지 12세대가 건축되었음이 아래 <표3>과 같이 건축물관리대장 및 인허가 관련 자료에 나타난다. <표3> OOO내 건축내역 ㅇㅇㅇ (자) 청구법인이 제출한 OOO 단지 내 OOO 착공 이후에 양도된 토지는 아래 <표4>와 같다. <표4> OOO 착공 이후 양도분 ㅇㅇㅇ (차) 청구법인이 제출한 OOO 지구단위계획 해설서 등을 살펴보면 블록형 단독주택용지의 경우 획지의 분할 및 합병을 불허하는 것으로 되어 있다. (카) 청구법인이 제출한 국토교통부 보도자료(2015.1.16.)의 주요 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 한국토지주택공사가 개발사업으로 조성한 토지가 양도된 경우 공급자가 누구라도 관련 양도소득은 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 대상이 아니고, 쟁점토지는 실제 사업목적으로 사용된 사업용 토지에 해당한다고 주장하나, 쟁점토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 각 목 및 같은 항 제7호 그리고 제3항 등에 따라 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지이거나 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당하지 않는 점, 사회통념상 특정 토지에 건물을 신축하기 위한 공사에 “착공”하였다고 인정하기 위해서는 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로 부족하고, 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로서 최소한 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 이르러서야 비로소 공사에 착공하였다고 볼 수 있다 할 것(대법원 2018.5.31. 선고 2018두38468 판결, 같은 뜻임)인바, 쟁점토지는 타운하우스 등의 건축을 위한 블록형 단독주택용지에 해당하는 토지로서 청구법인은 쟁점토지를 분양하기 위해 토지조성공사 및 관련 기반공사만을 수행한 후 이를 분양한 것으로 나타나고, 관리동은 쟁점토지에 포함되지 아니하며, 그 밖에 준공된 9개동은 쟁점토지의 양도 이후에 실제 착공이 이루어진 것이므로 2020사업연도 쟁점토지가 양도(분양)될 당시에 쟁점토지에 착공이 이루어지지 아니한 점 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 가산세(과소신고가산세) 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 국세기본법제47조의3 제1항에 따르면, 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하면 과소신고한 금액에 가산세를 부과한다고 규정하고 있고, 청구법인이 쟁점토지를 양도(분양)한 이후 이 건 법인세를 신고할 당시 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 포함하여 신고하지 아니하였으며, 청구법인은 실제 납부하여야 할 세액보다 신고한 세액이 적으므로 처분청이 청구법인에게 가산세(과소신고가산세)를 부과하는 것은 타당해 보이고, 이 건의 경우 국세기본법 제48조 제1항 각 호 및 같은 법 시행령 제28조 제1항에 따른 가산세 감면사유에는 해당하지 않는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.