청구인은 쟁점주택을 포함하여 조정대상지역내 3주택을 보유하고 있는 반면 청구인이 주장하는 개정법령은 쟁점주택 양도일 이후에 양도분에 적용되는 것으로 이 건에 적용할 수 없음
청구인은 쟁점주택을 포함하여 조정대상지역내 3주택을 보유하고 있는 반면 청구인이 주장하는 개정법령은 쟁점주택 양도일 이후에 양도분에 적용되는 것으로 이 건에 적용할 수 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(3) 소득세법은 열거주의를 채택하고 있는데, 감면주택 외 일시적 2주택을 양도소득세 중과세율 적용 및 장기특별공제 적용 배제대상으로 한다는 명문의 규정이 없음에도 불구하고, 국세청 예규만으로 쟁점주택의 양도소득에 중과세율을 적용하여 수억원의 양도소득세를 추징하는 것은 헌법 제23조 제1항을 위반하여 국민의 재산권을 침해하는 것이다.
(4) 종전 소득세법령은 감면주택 외 1주택을 보유한 경우 비록 그것이 고가주택에 해당하더라도 양도소득세 중과대상에서 제외되도록 규정하면서도, 감면주택 외 일시적 2주택을 보유한 경우에 대해서는 중과대상에서 제외하는 규정을 마련하고 있지 않아, 국세청은 2019년 2월경 조세특례제한법 제99조의2 를 적용받는 주택을 보유하고, 일반주택을 양도할 때 양도주택이 고가주택에 해당하고, 감면주택 외 일시적 2주택자인 경우 고가주택에 해당하는 부분에 대하여는 중과세율이 적용되는 한편, 장기보유특별공제가 배제된다고 유권해석을 하였는데, 그간 대부분의 납세자가 중과세율을 적용하지 않은 채 양도소득세 신고ㆍ납부를 하고 있던 상황에서 위와 같은 국세청의 유권해석으로 중과세율 적용 및 장기보유특별공제 배제로 세액이 급증하는 등 하여 일반세율을 적용하던 납세자들과 감면주택 외 일시적 2주택을 보유한 납세자들에게 큰 혼란이 발생하게 되었다. 이에 기획재정부는 2021.2.17. 소득세법 시행령을 대통령령 제31442호로 개정하면서 제167조의3 제1항 제13호를 신설하여, “제155조 또는조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택”을 1세대 3주택자 중과대상에서 제외하도록 하였는데, 이는 감면주택 외 일시적 2주택자도 중과대상에서 제외하여, 종전의 입법상 미비점을 보완하고 과세당국과 납세자 간 해석의 차이를 해소하기 위해 명문화한 확인적 규정으로, 해당 규정에 부합하는 이 건 쟁점주택에 대해서는 당연히 중과세율 적용을 배제하고 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 이를 소급적용하지 않고, 개정 조문이 시행되는 2021.2.17. 이후 양도분부터 이를 적용하는 것은, 과세형평에 심각하게 위배되는 것이므로, 부당하다.
(1) 청구인은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 및 제155조 제20항에 따라 임대주택들이 주택수에 포함되지 않아 본인은 일시적 2주택자에 해당하므로, OOO원 초과분에 대하여도 일반세율 및 장기보유 특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 이는 1세대1주택 비과세와 관련하여 적용될 수 있는 것일 뿐, OOO원 초과분에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하는지 여부와는 무관하다.
(2) 청구인은 소득세법 시행령 제167조의3 이 대체주택 취득으로 일시적 3주택 이상이 된 경우 고가주택 양도 시 중과세율을 적용하지 않도록 개정(2021.2.17. 이후 양도분부터)되었음에도 불구하고, 처분청이 국세청 예규만으로 납세자에게 과도한 중과세의 부담을 주고 있다고 주장하나, 이 건 과세처분은 국세청 예규가 아닌 소득세법 시행령에 근거한 것이고, 해당 개정규정은 2021.2.17. 이후 양도분부터 적용되는 것이므로, 2020.7.20. 이뤄진 쟁점주택의 양도는 그 적용대상이 아니다.
(1) 청구이유서, 처분청 답변서 및 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, OOO과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인에 대한 2020년 귀속 양도소득세 부과내역은 OOO과 같다. (나) 등기사항전부증명서에 의하면, 쟁점주택, 대체주택 및 임대주택들의 소유권이전내역은 OOO와 같은데, 이에 의하면 청구인은 쟁점주택의 양도일(2020.7.20.) 현재 대체주택과 임대주택들을 모두 보유하고 있었던 것으로 나타난다. (다) OOO구청장의 2020.9.15.자 임대사업자등록증에 의하면, 청구인은 임대①주택의 경우 2013.1.16.부터, 임대②주택의 경우 2012.10.9.부터 이를 민간매입임대주택으로서 임대사업에 이용한 것으로 나타난다. (라) OOO에 의하면, 쟁점주택, 대체주택 및 임대①주택은 2020년경 조정대상지역에 소재하고 있는 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법령상 1세대1주택 비과세 특례규정 등의 취지, 2021년 2월경 소득세법 시행령의 개정 내용 및 그 취지를 감안하여 쟁점주택 실지양도가액의 OOO원 초과분에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법령에 의하면, 조정대상지역 내 주택으로서, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 중과세율이 적용되는 한편, 장기보유특별공제 적용대상에서도 제외되나, 다만 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 에 따른 장기임대주택을 양도하거나 장기임대주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 중과세율 및 장기보유특별공제 배제 대상으로 보지 않고, 이 때 3주택 이상인지 여부를 판단하기 위해 보유주택 수를 계산할 때 수도권 등 외의 지역에 소재하는 주택으로서 기준시가가 일정금액 이하인 주택은 주택 수에 산입하지 않는 것인데, 쟁점주택ㆍ대체주택 및 임대주택들은 모두 OOO에 소재하고 있고, 청구인은 쟁점주택 양도일(2020.7.20.) 당시 이를 모두 소유하고 있었던 것으로 나타나므로, 특별한 사정이 없는 한 청구인은 3주택 이상을 소유한 자에 해당하는 점, 소득세법령상 ‘1세대1세대 비과세 규정’과 ‘다주택자에 대한 중과 등의 규정’은 그 입법취지가 서로 달라 별개로 적용되는 것이 원칙이고, 청구인이 이 건에의 적용을 주장하는 개정법령은 그 부칙에 따라 2021.2.17. 이후 양도하는 분부터 적용되어 이 건에 적용하기는 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어렵고, 따라서 처분청이 청구인에게 한 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 일부개정된 것) 제55조 [세율] ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “종합소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 종합소득 과세표준 세율 1,200만원 이하 과세표준의 6퍼센트 1,200만원 초과 4,600만원 이하 72만원 + (1,200만원을 초과하는 금액의 15퍼센트) 4,600만원 초과 8,800만원 이하 582만원 + (4,600만원을 초과하는 금액의 24퍼센트) 8,800만원 초과 1억5천만원 이하 1,590만원 + (8,800만원을 초과하는 금액의 35퍼센트) 1억5천만원 초과 3억원 이하 3,760만원 + (1억5천만원을 초과하는 금액의 38퍼센트) 3억원 초과 5억원 이하 9,460만원 + (3억원을 초과하는 금액의 40퍼센트) 5억원 초과 1억7,460만원 + (5억원을 초과하는 금액의 42퍼센트) 제89조 [비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조 [양도소득금액] ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 6 4년 이상 5년 미만 100분의 8 5년 이상 6년 미만 100분의 10 6년 이상 7년 미만 100분의 12 7년 이상 8년 미만 100분의 14 8년 이상 9년 미만 100분의 16 9년 이상 10년 미만 100분의 18 10년 이상 11년 미만 100분의 20 11년 이상 12년 미만 100분의 22 12년 이상 13년 미만 100분의 24 13년 이상 14년 미만 100분의 26 14년 이상 15년 미만 100분의 28 15년 이상 100분의 30 표2 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제104조 [양도소득세의 세율] ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2020.2.11. 대통령령 제30395호로 일부개정된 것) 제154조 [1세대1주택의 범위]
① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.
1. 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우
2. 종전의 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규 주택을 취득[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 신규 주택(신규 주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 취득하거나 신규 주택을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증명서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]하는 경우에는 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우. 다만, 신규 주택의 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류에 의해 확인되고 그 임대차기간이 끝나는 날이 신규 주택의 취득일부터 1년 후인 경우에는 다음 각 목의 기간을 전 소유자와 임차인간의 임대차계약 종료일까지로 하되, 신규 주택의 취득일부터 최대 2년을 한도로 하고, 신규 주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다.
⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조 [1세대1주택의 특례] ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 의 전환 규정을 준용한다. 제156조 [고가주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 OOO원을 초과하는 것을 말한다. 제167조의3 [1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위] ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법 제6조 제3항 에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나 에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)
③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다. (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것) 제167조의3 [1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위] ① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.
13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택 부칙 제1조 [시행일] 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각 호에서 정한 날부터 시행한다. <이하 각 호 생략> 제2조 [일반적 적용례] ② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.