[요지] 청구인이 쟁점고지서 수령일인 2023.11.21.로부터 90일이 경과한 2024.3.20. 제기한 이 건 심판청구는 청구기간을 경과한 부적법한 청구로 판단된다
[요지] 청구인이 쟁점고지서 수령일인 2023.11.21.로부터 90일이 경과한 2024.3.20. 제기한 이 건 심판청구는 청구기간을 경과한 부적법한 청구로 판단된다
[참조결정] 조심2015서3925 / 조심2008구4204
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 2011사업연도 법인세의 부과제척기간은 2012.4.1.부터 2017.3.31.까지이나, 처분청은 2017.4.6. 쟁점법인에게 2011사업연도 법인세 OOO원을 부과하였는바, 이는 부과제척기간을 경과하여 이루어진 당연무효의 처분에 해당한다. 과세처분에 무효 사유가 있는 경우에는 그 처분이 처음부터 존재하지 않는 것이므로, 2011사업연도 법인세 부과처분에 대해서는 애초에 특례제척기간이 적용될 여지가 없다.
(2) 2012〜2015사업연도 법인세에 대하여 특례제척기간을 적용하여 과세한 처분은 부당하다. (가) 대법원은 “부과제척기간에 관한 특별 규정인 구국세기본법제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다”라고 판시한 바 있다(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결). (나) 특례제척기간이 적용되는 “판결에 따른 처분”이란 과세관청의 재량이 개입하지 않고 오로지 판결에 따라 재처분이 가능한 처분을 의미하고, 행정청의 재량이 광범위하게 개입되는 것까지 허용하는 것은 행정소송법제30조 제1항의 판결의 기속력에 정면으로 반한다.
1. 처분청은 이 사건 최초 세무조사 당시에 경정된 소득금액을 OOO원으로 경정한 이후에 쟁점법인의 2011〜2015사업연도 법인세 계산 관련 소득금액을 처음부터 완전히 재산정하였는데, 이는 이 사건 최초 세무조사가 목적으로 하였던 것과 사실상 동일한 목적을 달성할 수 있는 광범위한 재량을 행사한 것이다.
2. 쟁점확정판결이 확인하고 있는 것은 2017.4.6. 이루어진 쟁점법인에 대한 2011〜2015사업연도 법인세 부과처분의 소득금액 산정 방법이 위법하다는 것일 뿐, 이러한 결론에서 쟁점법인의 2011〜2015사업연도 소득금액을 처음부터 완전히 재산정할 수 있다는 것을 이끌어내는 것은 지나친 논리의 비약이다. (다) 쟁점확정판결 이후 처분청의 광범위한 재량이 개입된 처분을 허용하는 것은 중복세무조사를 한 것과 동일한 결론에 이르는 것이고, 통상 세무조사 과정에서 보장되는 납세자의 권리도 보장받지 못한 상태에서 처분을 받는다는 점에서 중복세무조사 보다 더 심각하게 납세자의 권리를 침해하는 것이다. (라) 처분청은 쟁점처분①을 하지 못하는 경우 공평과세의 원칙에 반한다는 의견이나, 제척기간의 만료로 과세를 하지 못하는 것은 제척기간제도에 따른 부득이한 결과로서 그런 결과가 실질과세 원칙에 반한다고 할 수 없다(대법원 2020.8.20. 선고 2017두30757 판결). (마) 2012〜2015사업연도 법인세 경정의 경우, 과세의 정당성과 그 적법성을 뒷받침할 수 있는 과세자료 자체가 존재하지 않는다.
1. 처분청은 소송과정에서 이 사건 세무조사 당시 조사청이 확보하지 못한 과세자료 외에 쟁점처분①의 근거가 된 과세자료에 대하여, ‘법인세법상의 손금에 해당하는지 여부를 장부기재만으로 확인할 수 없고, 이를 증빙할 수 있는 자료도 전혀 없으며, 본 장부만으로는 소득금액을 재산정할 수 없다’고 주장하였다.
2. 법원 또한 처분청이 확보한 과세자료로는 정당세액이 입증될 수 없다며 처분청의 모든 주장을 배척하였는데, 구체적으로 쟁점1심판결은 ‘실지조사방법에 의하여 산출될 정당한 세액이 입증된 경우에는 그 초과 부분만을 취소하여야 할 것이나, 이 사건 소송과정에서 제출된 증거들만으로는 실지조사방법에 의하여 산출될 정당한 법인세 세액이 입증되었다고 보기 어렵다’고 판시하였다.
3. 처분청은 2017.4.6. 이 사건 최초 법인세 부과처분 이후 2차례에 걸쳐 쟁점법인의 2011〜2015사업연도 소득금액을 재계산하였는데, 동일한 과세자료를 바탕으로 소득금액을 재계산할 때마다 그 차이가 상당하다는 것은 처분청이 스스로 주장했던 것처럼 소득금액을 산정할 수 있는 자료가 없기 때문이다. (바) 처분청은 청구인에 대한 형사판결을 근거로 쟁점처분①이 타당하다는 의견이나, 해당 형사판결에서 인정된 사실은 매출누락금액 및 매입누락금액일 뿐이고, 이를 근거로 법인세 부과를 위한 소득금액을 산정할 수는 없다.
(3) 쟁점처분②는 제척기간이 도과하였고, 특례제척기간에 해당하는 ‘그 밖에 필요한 처분’에 포함된다고 해석할 수 없으며, 판결의 당사자가 아닌 제3자에게까지 ‘특례제척기간’이 적용된다고 볼 수 없다. (가) 제2차 납세의무자 납부고지는 본질적으로 주된 납세의무와 그 성립요건을 달리하고 있고, 부과제척기간 또한 주된 납세의무와는 별개로 진행하는 독립된 부과처분이므로, 처분청이 쟁점법인에게 특례제척기간을 적용하여 법인세를 쟁점처분①한 것에 대하여 청구인의 쟁점처분②까지 그 특례제척기간이 성립·확정된다고 볼 수 없다. (나) 특례제척기간의 입법목적에 관하여 판례는 ‘부과제척기간에 관한 특별규정인 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간은 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 것인바, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우, 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것(대법원 1994.8.26. 선고 94다3667 판결)’이라고 판시하고 있다. 또한 조세법규는 합리적 이유 없이 확장 해석하거나 유추해석하는 것이 허용되지 않는다고 봄이 확립된 법리인바, 특례제척기간에 관하여 규정하고 있는 국세기본법제26조의2 제6항의 ‘그 밖의 필요한 처분’에 대하여 주된 납세의무자에 대한 납세의무 외에 2차 납세의무자에 대한 처분까지 포함된다고 해석할 근거가 없고, 특례제척기간의 입법목적에 대한 위 판례의 취지에 살펴보더라도 ‘판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것’이므로 판결문의 당사자인 주된 납세의무자에 대한 처분을 벗어난 처분까지 판례와 제도가 허용하고 있다고 볼 여지가 없다. (다) 특례제척기간은 부과제척기간을 연장하는 것으로, 특례제척기간을 통한 주된 납세의무자에 대한 부과처분으로 제2차 납세의무자에 대한 제척기간 또한 새로이 진행한다고 하게 되면, 판결의 당사자가 아닌 제3자에게까지 부과제척기간이 연장된다. 이는 판결의 당사자가 아닌 제3자에게까지 통상의 부과제척기간을 도과한 처분을 가능하게 하는 것으로써, 특례제척기간의 인적 적용범위를 뛰어넘는 것일 뿐만 아니라, 법문언에도 존재하지 아니하는 납세의무를 성립시키는 것으로서 법령 전체의 체계상 그 근거를 찾아보기 어려운 위법한 처분이다.
(1) 쟁점법인은 차명계좌를 통해 매출을 누락하였고, 이는 국세기본법제26조의2 제2항 제2호에 따른 부정행위에 해당하므로 부과제척기간은 10년으로 연장된다. 따라서, 2011사업연도 법인세 부과처분이 당연무효에 해당한다는 주장은 이유가 없다. 대법원은 법인의 사용인이 법인에 대하여 사기, 배임 등 범행을 저지르는 과정에서 법인 소득을 은닉하는 등 적극적으로 부정한 행위를 한 경우 이러한 사용인의 부정한 행위를 이유로, 범죄 피해자의 지위에 있는 법인에게, 부정한 행위로 조세를 포탈하였다고 보아 장기 부과제척기간 및 부당과소신고가산세를 적용할 수 있는지가 쟁점이 된 사안에 대하여, 장기 부과제척기간은 적용할 수 있으나 부당과소신고가산세는 적용할 수 없다고 판단한 바 있다(대법원 2021.2.18. 선고 2017두38959 판결).
(2) 쟁점처분①은 쟁점확정판결에 따른 경정결정으로서 특례제척기간의 적용대상에 해당된다. (가) 헌법재판소는 특례제척기간의 입법취지를 납세의무자에게 유리한 재처분에 한정하지 않는다고 보는 이상, 납세의무자로서는 원칙적으로 부담하여야 할 납세의무를 이행한다는 점에서 이러한 재처분을 가리켜 조세행정적으로 잘못된 처분이라거나 정당한 처분이 아니라고는 말할 수 없고, 세액산정의 불능으로 인하여 부득이 과세처분 전부를 취소하는 경우 납세의무자에게 불리한 재처분이 불가능하다고 한다면 형평에 맞지 않는다고 보았다(헌법재판소 2002.12.18. 선고 2002헌바27 결정). (나) 또한, 대법원은 결정이나 판결로부터 1년 이내라고 하여 당해 결정이나 판결에 따르지 아니하는 증액경정결정을 제한 없이 할 수 있는 것은 아니나, 특례제척기간 규정에 따라 과세관청의 이익을 위하여 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 보고 있다(대법원 1996.5.10. 선고 93누4885 판결 외 다수, 같은 뜻임). (다) 특례제척기간의 입법취지를 고려하면 쟁점처분①의 허용범위는 납세자의 권익과 조세의 공평성, 조세정의 등 납세의무를 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바, 쟁점법인이 차명계좌를 이용하여 OOO원의 매출을 신고누락한 것에 대하여 특례제척기간에 따른 처분이 허용되지 않는다면 과세형평을 현저히 해치는 부당한 결과가 발생되고, 쟁점처분①은 수입금액 누락과 관련한 사실관계에는 변동이 없으며, 절차상 위법인 세액산정의 방식을 보완하여 재처분한 것으로 특례제척기간의 적용대상에 해당한다. (라) 조세심판원은 ‘국세기본법제26조의2 제2항이 문언상으로는 “판결에 따라 필요한 처분”을 할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 “판결의 효력(기판력․기속력)이 미치는 범위 내”에서 “판결의 기속력에 따라 필요한 처분”할 수 있는 것이라는 등의 제한은 두고 있지 아니하므로 판결의 주문에 따른 처분만 가능하다고 볼 근거가 없고, 판결의 이유에서 밝힌 당초처분의 기초사실관계에 대한 판단에 따른 처분, 즉, 판결의 취지에 따른 처분도 할 수 있는 것이라고 봄이 상당하다 하겠으며, 세목 등을 달리하더라도 납세자의 법적안정성을 보호할 필요성이 적고, 공평과세 또는 조세정의 요청이 강한 경우에는 당초 처분과 동일한 사실관계를 기초로 하여 판결에 따라 처분할 수 있도록 특례부과제척기간을 적용함이 타당하다’고 결정하였다(조심 2015서3925, 2016.5.31.). (마) 의정부지방법원 고양지원은 청구인에 대한 조사를 거쳐 청구인이 2013년부터 2017년까지 차명계좌를 이용해 쟁점법인의 매출을 누락한 사실을 인정하였고, 2018.4.12. 징역 8월 및 집행유예 2년을 선고하였다. 이처럼 형사재판의 판결에 따라 인정된 매출누락 사실에 대하여 과세하는 것은 타당하고, 쟁점확정판결에서 쟁점법인이 제출한 장부를 실제 소득금액을 계산할 수 있는 장부로 인정함에 따라 이를 근거로 소득금액을 산출하여 경정한 쟁점처분①은 타당하다.
(3) 청구인은 쟁점처분②와 관련하여 부과제척기간이 도과하여 위법하다고 주장하나, 아래와 같은 사유로 받아들이기 어렵다. (가) 출자자의 제2차 납세의무는 본래의 주된 납세자인 법인이 납세의무를 이행하지 아니하여 그의 재산에 대하여 강제징수를 하여도 징수할 금액에 부족한 경우에 법인격 남용을 방지하는 차원으로 실질적으로 법인을 지배하고 있는 과점주주에 한하여 보충적으로 제2차 납세의무를 지우도록 하고있는 것이다. (나) 헌법재판소에서도 ‘과점주주의 제2차 납세의무는 국세부과 및 세법적용상의 원칙으로서의 실질과세의 원칙을 구현하려는 것(헌법재판소 1997.6.26. 선고 93헌바49 판결)’이라고 입법목적을 인정한 바 있다. 위와 같이 입법취지를 비추어 볼 때, 제2차 납세의무는 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익을 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다고 볼 수 있다. (다) 청구인은 판결의 당사자가 아닌 제3자에게까지 특례제척기간을 적용할 수 없다고 주장하나, 출자자의 제2차 납세의무와 관련하여 헌법재판소에서 판시한 입법목적을 살펴볼 때, 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지는 회사의 법인격을 악용하여 법인을 조세회피수단으로 악용하여 형해화시키는 것을 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는데 있으므로 제2차 납세의무에 대해서는 청구인은 제3자가 아닌 부종성과 보충성을 지닌 당사자와 같다. (라) 청구인에게 한 제2차 납세의무자 지정은 특례제척기간을 적용한 것이 아닌 일반제척기간에 따라 적용한 정당한 처분이다.
1. 국세기본법은 주된 납세의무에 대해서만 그 성립시기를 규정하고 있을 뿐, 제2차 납세의무에 대해서는 그 성립의 요건만 규정하고, 성립시기에 대해서는 규정한 바가 없다. 조세심판원에서는 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지는 부과처분이 아닌 징수처분으로서 부과제척기간이 적용되지 아니하고, 징수권에 대한 소멸시효만이 적용되는 것으로 처분청이 청구인에게 납부고지한 것은 정당(조심 2008구4204, 2009.2.9.)하다고 보아, 부과제척기간이 경과하였다는 청구주장을 받아들이지 않은 바 있다.
2. 대법원은 법인의 과점주주 등이 부담하는 제2차 납세의무와 관련하여 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의무자 체납이 그 요건에 해당하는 사실이 발생하여야 하므로, 그 성립시기를 ‘주된 납세의무의 납부기한’이 경과한 이후로 하여 제척기간을 ‘주된 납세의무의 납부기한’ 경과 후 5년으로 판시(대법원 2012.5.9. 선고 2010두13224 판결, 대법원 2008.10.23. 선고 2006두11750 판결 등 참조)한 바 있다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점확정판결에 따라 부과제척기간의 특례 규정을 적용하여 쟁점법인에게 법인세를 부과한 처분의 당부
② 청구인에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분의 당부
(1) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 일부개정된 것) 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.
④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.
⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[국제조세조정에 관한 법률제2조 제1항제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)
2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.
3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우: 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.
1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우: 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년 1의2. 제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 세목이나 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년
5. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래ㆍ행위 등과 관련된 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우: 판결이 확정된 날부터 1년 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원
2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)
(2) 국세기본법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32424호로 일부개정된 것) 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다. 제12조의3(국세 부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2 제9항에 따른 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세(종합부동산세법제16조 제3항에 따라 신고하는 종합부동산세는 제외한다)의 경우 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.
② 다음 각 호의 날은 제1항에도 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.
1. 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 해당 원천징수세액 또는 납세조합징수세액의 법정 납부기한의 다음 날
2. 과세표준신고기한 또는 제1호에 따른 법정 납부기한이 연장되는 경우 그 연장된 기한의 다음 날
3. 공제, 면제, 비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 “공제세액등”이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 징수하는 경우 해당 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날
(3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우
2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우
② 제1항의 죄를 범한 자에 대해서는 정상(情狀)에 따라 징역형과 벌금형을 병과할 수 있다.
③ 제1항의 죄를 범한 자가 포탈세액등에 대하여 국세기본법 제45조에 따라 법정신고기한이 지난 후 2년 이내에 수정신고를 하거나 같은 법 제45조의3에 따라 법정신고기한이 지난 후 6개월 이내에 기한 후 신고를 하였을 때에는 형을 감경할 수 있다.
④ 제1항의 죄를 상습적으로 범한 자는 형의 2분의 1을 가중한다.
⑤ 제1항에서 규정하는 범칙행위의 기수(旣遂) 시기는 다음의 각 호의 구분에 따른다.
1. 납세의무자의 신고에 의하여 정부가 부과ㆍ징수하는 조세: 해당 세목의 과세표준을 정부가 결정하거나 조사결정한 후 그 납부기한이 지난 때. 다만, 납세의무자가 조세를 포탈할 목적으로 세법에 따른 과세표준을 신고하지 아니함으로써 해당 세목의 과세표준을 정부가 결정하거나 조사결정할 수 없는 경우에는 해당 세목의 과세표준의 신고기한이 지난 때로 한다.
2. 제1호에 해당하지 아니하는 조세: 그 신고ㆍ납부기한이 지난 때
⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 확인되는 사실관계는 다음과 같다. (가) 국세청 전산자료에 따르면, 청구인은 2008.12.18. 쟁점법인의 설립부터 대표이사이자 출자자였고, 2011∼2015사업연도 청구인의 출자지분은 ＜표2＞와 같은데, 2013사업연도부터는 청구인의 지분이 50%를 초과하여 과점주주인 것으로 나타난다. ＜표2＞ 청구인이 소유한 쟁점법인의 주식내역 (단위: 주, %) (나) 조사청은 2016.12.5.부터 2017.3.17.까지 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시하였고 관련 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 2017.4.6. 쟁점법인에게 2011∼2015사업연도 법인세 OOO원을 추계로 결정하여 당초처분을 한 것으로 나타난다. (다) 쟁점법인은 이에 불복하여 심판청구를 거쳐 의정부지방법원에 소송을 제기하였고, 의정부지방법원은 이 사건 세무조사 당시 쟁점법인이 매출 및 매입 신고누락 부분 등 거래사실 일체를 기재한 장부를 작성하여 보관하고 있었음에도 이를 확인하지 아니한 채 쟁점법인의 소득금액을 추계방법으로 산정한 것은 위법하므로 2011〜2015사업연도 법인세를 취소하여야 한다고 판결(의정부지방법원 2021.2.9. 선고 2019구합10165 판결)하였다. (라) 쟁점법인 및 처분청은 이에 항소하였고, 항소심 진행 도중인 2022.1.11. 처분청은 쟁점법인이 당초 신고한 수입금액과 1심에서 제출한 전산장부에 기재한 금액, 소송 과정에서 주장한 비용 등을 바탕으로 새로 소득금액을 계산하여 쟁점법인의 2011〜2015사업연도 법인세를 직권경정 하였으나, 서울고등법원은 처분청의 정당세액 산출과정에서 수입금액이나 과소신고소득, 과세표준을 구체적으로 어떻게 확정하였는지 상세하게 밝히고 있지 않으므로 법인세 부과처분을 일단 모두 취소한 후, 실지조사의 방법에 따라 정당세액을 산출한 후 다시 과세하여야 한다는 취지의 판결(서울고등법원 2022.4.5. 선고 2021누37535 판결)을 하였으며, 이는 대법원에서 심리불속행으로 확정(대법원 2022.9.1. 선고 2022두41171 판결)되었다. (마) 처분청이 제출한 ‘판결에 따른 재고지 검토조서’에 따르면, 처분청은 쟁점확정판결에 따라 법인세 관련 당초처분을 모두 취소한 후 실지조사방법에 따라 정당세액을 산출하여 다시 과세하는 것이 옳다고 보았고, 소송 결과 차명계좌 8개 중 5개 계좌 입금액이 매출누락으로 확정되었으므로 5개 계좌의 매출누락액 OOO원을 익금에 포함하였으며, 쟁점법인이 소송 과정에서 제출한 수기장부, 해당 장부를 정리하여 엑셀 형식으로 기재한 전산장부 등을 바탕으로 손금에 해당하는 경비를 추가로 손금으로 인정하여 2023.4.12. 쟁점법인에게 2011〜2015사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하였는데, 쟁점법인은 이를 납부하지 아니하였다. (바) 처분청은 2023.6.1. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정(과점주주에 해당하는 2013∼2015사업연도 법인세 OOO원에 한함)·납부고지하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점확정판결을 근거로 국세기본법제26조의2 제6항에 따른 부과제척기간의 특례 규정을 적용하여 쟁점법인에게 2013〜2015사업연도 법인세를 부과한 처분이 부당하다고 주장한다. 그러나, 국세기본법제26조의2 제6항 제1호는 행정소송법에 따른 소송에 대한 판결이 확정된 경우 판결이 확정된 날부터 1년까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 정하였고, 쟁점확정판결은 당초처분 중 추계의 방법으로 이루어진 법인세 부과처분이 위법하다고 판단하면서 이를 일단 모두 취소한 후, 처분청이 실지조사의 방법에 따라 정당세액을 산출하여 다시 과세하도록 함이 옳다고 판단한 것인 점, 쟁점확정판결에 따라 쟁점법인이 5개의 차명계좌를 통해 OOO원을 매출누락한 사실이 확정되었음에도 소송 수행으로 부과제척기간이 도과한 것으로 본다면, 정당한 과세처분을 하지 못하는 불합리한 결과가 발생되게 되고, 부과제척기간의 특례 규정은 이러한 사례를 방지하기 위해 마련된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점확정판결의 선고일(2022.9.1.)로부터 1년 이내에 실지조사의 방법에 따라 쟁점법인의 소득금액을 다시 산정하여 2013〜2015사업연도 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점처분②는 부과제척기간을 경과하여 위법하다고 주장하나, 법인의 과점주주 등이 부담하는 제2차 납세의무에 대해서는 주된 납세의무와 별도로 부과제척기간이 진행하고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 상당하며, 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의무자의 체납 등 그 요건에 해당하는 사실이 발생하여야 하므로 그 성립시기는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한’이 경과한 이후라고 할 것(대법원 2013.10.24. 선고 2012두13214 판결)인바, 처분청은 2023.4.12. 쟁점법인에게 2013∼2015사업연도 법인세의 부과처분을 하였고, 독촉납부기한인 2023.5.30.이 지난 2023.6.1.에 청구인의 제2차 납세의무가 성립하였다고 봄이 타당하며, 처분청은 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년 내인 2023.6.8. 청구인에게 쟁점처분②를 하였으므로 부과제척기간 내에 이루어진 이 건 처분 역시 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.