[요지] 매입원장에 쟁점재료비가 공급가액으로 기재되어 있으며, 정상거래처의 매입원장상 공급가액과 발행된 세금계산서상 공급가액이 일치하고 있어 매입원장의 기재내역 및 쟁점재료비가 공급가액이라는 청구주장을 신뢰할 수 있고, 거래상대방이 쟁점재료비를 공급가액으로 하여 부가세를 기한후 신고하였고, 쟁점재료비의 공급대가를 수령하였다고 확인하고 있으며, 거래처 관할 세무서장이 쟁점재료비를 공급가액으로 보아 부가세를 결정한 점 등에 비추어 쟁점재료비는 부가세를 포함하지 않은 공급가액으로 보는 것이 타당하나, 쟁점가공비의 경우 거래처로부터 임가공용역을 제공받으면서 “부가세 별도”등의 약정을 체결한 사실이 확인되지 않고, 청구인이 계좌이체를 통해 지급한 쟁점가공비에 부가세가 포함되어 있는지 분명하지 않아 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아 그 부가세 상당액을 필요경비 불공제한 부분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 김포세무서장이 2023.3.2. 청구인에게 한 2017년부터 2019년까지 귀속분 종합소득세 합계 OOO원의 부과처분은 청구인이 aaa(상호: AAA)으로부터 공급받은 물품의 매입원장 기재가액 OOO원을 공급가액으로 보아 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점재료비의 경우 원시장부, 확인서, 매입처 관할 세무서장(연수세무서장)의 무납부고지 등에 의해 공급가액임이 확인되므로 쟁점경비를 공급대가로 보아 그 중 부가가치세 상당액을 필요경비 불공제하여 한 이 건 처분은 부당하다. (가) 청구인은 2017.7.1.부터 2019.12.31.까지 기간 중 매입원장(총246장)을 작성·제출하였고, 그 매입원장은 세금계산서를 수수한 매입·매출뿐만 아니라 무자료 매입·매출을 포함하여 전체 매입·매출을 날짜순으로 기재·관리하여 온 원시매입장부로, 날짜순으로 거래일자 장부번호, 장부명, 입출구분, 품목코드, 품목명, 수량, 단가, 금액으로 표시되어 있는데, 금액은 모두 공급가액 기준이다. 만약 작성된 금액 기준이 다르다면 공급가액 업체(세금계산서 발행)와 공급대가 업체(무자료 매입)를 별도 장부로 작성·관리하였을 것이나, 청구인은 공급가액 기준으로 전체 매입액에 대하여 매일매일 그날 매입한 원재료를 원장에 기입하고 관리하였다. (나) 청구인은 aaa(AAA)으로부터 공급가액 OOO원의 물품을 공급받고 그 대가로 OOO원(공급대가)을 지급하였고, aaa은 대금 OOO원(공급대가)을 수령한 후 확인서의 공급가액(OOO원)을 근거로 하여 기한 후 신고를 하였으며, 그의 사업장 관할 세무서장(연수세무서장)은 aaa이 위와 같이 신고 후 무납부한 데 대하여 2023.7.5. 무납부 고지하였다. 특히 aaa의 종합소득세 관할 세무서인 처분청은 aaa에 대한 종합소득세를 경정하면서 쟁점재료비를 공급가액으로 보아 수입금액에 합산하였는바, 같은 처분청 내에서 청구인에 대한 종합소득세를 과세하면서 쟁점재료비를 공급대가로 본 것은 부당하다. (다) 위와 같이 쟁점재료비의 경우 청구인의 원시장부, 추가 제출한 확인서, 관할 세무서장의 고지서 등에 의해서 공급가액임이 확인되므로 쟁점재료비를 공급대가로 보아 그 중 부가가치세 상당액을 필요경비 불공제한 것은 부당하다.
(2) 쟁점가공비의 경우 당초 세금계산서를 발행하지 않는 조건으로 공급가액에 해당하는 비용만 지급한 것이므로 부가가치세의 포함 여부가 불분명하지 아니한바, 쟁점경비를 공급대가로 보아 그 중 부가가치세 상당액을 필요경비 불공제하여 한 이 건 처분은 부당하다.
3. 심리 및 판단
(1) 소득세법 제26조(총수입금액 불산입) ⑨ 부가가치세의 매출세액은 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 때 총수입금액에 산입하지 아니한다. 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.
③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제33조(필요경비 불산입) ① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.
5. 대통령령으로 정하는 가사(家事)의 경비와 이에 관련되는 경비
9. 부가가치세의 매입세액. 다만, 부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액과 부가가치세 간이과세자가 납부한 부가가치세액은 제외한다.
(2) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.
(1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청은 현금매출 누락혐의로 2022.9.21.부터 2022.12.20.까지 청구인에 대한 서면확인(확인대상기간: 2017.7.1.～2019.12.31.)을 실시하여 청구인이 확인대상기간 중 부가가치세 공급대가 OOO원 상당의 재화를 매출하고도 매출누락한 사실을 확인하였다. (나) 청구인은 2017.7.1.부터 2019.12.31.까지 공급대가 OOO원의 매출신고를 누락한 사실을 시인하였는바, 2022.11.8. 처분청에 아래 ＜표1＞과 같이 부가가치세 및 종합소득세 수정신고를 하면서, ① 매출누락액 OOO원(공급가액)을 사업소득 수입금액에 포함하였고, ② 아래 ＜표2＞와 같이 매출누락에 대응하는 쟁점경비(쟁점재료비 OOO원, 쟁점가공비 OOO원 합계 OOO원) 내역을 제출하여 필요경비 산입하였다. ＜표1＞ 청구인의 부가가치세 및 종합소득세 수정신고 내용 ㅇㅇㅇ ＜표2＞ 쟁점경비 내역 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 쟁점경비를 부외경비로 인정하면서도 이를 공급대가로 보아 쟁점경비에 포함되어 있는 부가가치세 상당액이 과다하게 필요경비 공제된 것으로 보아 그 중 부가가치세 상당액을 필요경비 부인하였다. (라) 청구인은 쟁점경비가 공급가액에 해당한다고 주장하며 아래와 같은 증빙자료를 제출하였다.
1. 세금계산서(기타 매입처) 및 전체 매입원장에 따르면 청구인이 제출한 매입원장(257페이지)에는 아래 ＜표3＞과 같이 매입처별 거래일, 품목, 단가, 공급가액 등이 기재되어 있고, 매입원장상 쟁점재료비는 2017.7.1.부터 2019.12.31.까지 aaa(AAA)으로부터 씽크 부속품 등 합계 OOO원을 공급받은 것으로 기재되어 있으며, 세금계산서를 수수한 정상 거래처인 중원알루미늄공업㈜, 성진산업 등 매입처의 세금계산서상 공급가액과 매입원장상 공급가액이 아래 ＜표4＞와 같이 일치하는 것으로 나타난다. ＜표3＞ 청구법인이 제출한 매입원장 ㅇㅇㅇ ＜표4＞ 주요 거래처의 매입원장과 세금계산서 가액 비교 ㅇㅇㅇ
2. 쟁점재료비 관련 물품 매입처인 aaa(AAA)의 확인서(2023.5.26.자)에는 aaa이 청구인에게 무자료로 공급가액 OOO원의 원재료를 납품하였고, 세금계산서를 발행하지 않는 조건으로 공급대가 OOO원을 수령하였다고 기재되어 있다.
3. aaa의 부가가치세 기한 후 신고 결정내역에는 aaa이 과세표준을 위 확인서의 공급가액으로 하여 2017년 제2기부터 2019년 제2기까지 부가가치세에 대한 기한 후 신고를 하였고, 관할 세무서장(연수세무서장)은 아래 ＜표5＞와 같이 aaa에게 기한 후 신고한 대로 결정 및 납부고지한 것으로 나타난다. ＜표5＞ aaa에 대한 부가가치세 기한 후 신고 결정 내역 ㅇㅇㅇ
4. 청구인이 제출한 계좌거래내역상 임가공업체에 OOO원(쟁점가공비)을 계좌이체한 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 부외경비로 쟁점경비를 지출한 사실은 인정되나 이는 공급대가이므로 그 중 부가가치세 상당액을 필요경비 불공제하여야 한다고 보았으나, 쟁점재료비의 경우, 청구인이 제출한 매입원장에 세금계산서를 수수한 매입·매출뿐만 아니라 무자료 매입·매출을 포함한 전체 매입·매출 내역이 날짜순으로 기재되어 있고, 해당 매입원장에 쟁점재료비가 공급가액으로 기재되어 있으며, 정상거래처의 매입원장상 공급가액과 발행된 세금계산서상 공급가액이 일치하고 있어 매입원장의 기재내역 및 쟁점재료비가 공급가액이라는 청구주장을 신뢰할 수 있는 점, 사업자가 재화 또는 용역을 공급함에 있어 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부는 계약당사자가 결정하여야 할 사항이라 할 것인데, 거래상대방이 2023년 7월경 쟁점재료비를 공급가액으로 하여 부가가치세를 기한 후 신고하였고, 청구인에게 무자료로 공급가액 OOO원(쟁점재료비) 상당의 원재료를 납품하였고, 그 대가로 OOO원을 수령하였다고 확인하고 있는 점, 또한 거래상대방에 대하여 부가가치세 관할 세무서장이 쟁점재료비를 공급가액으로 보아 부가가치세를 결정하였고, 종합소득세 관할 세무서장 역시 쟁점재료비를 공급가액으로 하여 수입금액을 경정 결정한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점재료비를 공급대가로 보아 그 중 부가가치세 상당액을 필요경비 부인한 부분은 잘못이 있다고 판단된다. 다만 쟁점가공비의 경우, 청구인은 거래처에 쟁점가공비를 지급하면서 부가가치세는 지급하지 않았으므로 거래처에 계좌이체한 쟁점가공비 전액을 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 소득세법제33조 제1항 제9호에 따라 ‘부가가치세의 매입세액’은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니하는 것이고, 부가가치세법제29조 제7항에 따라 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하는 것인바, 거래처로부터 임가공용역을 제공받으면서 “부가가치세 별도” 등의 약정을 체결한 사실이 확인되지 않고, 부가가치세를 제외한 공급가액을 지급한다는 상관행이 있다고 보기도 어려운 점, 청구인이 계좌이체를 통해 쟁점가공비를 지급하였고 해당 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 분명하지 아니한 점 등에 비추어, 쟁점가공비에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 것으로 보이므로, 처분청이 부가가치세법제29조 제7항에 따라 쟁점가공비에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아 그 부가가치세 상당액을 필요경비 불공제한 부분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.