쟁점금액을 매출신고누락한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 의정부세무서장이 2022.12.7. 청구법인에게 한 2022년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분 및 OOO원의 환급신청에 대한 거부처분은 이를 각각 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 2016.8.10. 설립된 후 경량기포 콘크리트 제조업 등을 영위하고 있고, 2022년 제1기 부가가치세 확정신고 시 OOO원의 환급신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2022년 11월경 청구법인의 부가가치세 환급신고 내용에 대한 서면검토를 실시한 결과, 청구법인이 2022.4.25. 및 2022.6.25. 매출처 A(주)(이하 “쟁점매출처”라 한다)에게 기성청구한 공급대가 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 매출을 신고누락한 것으로 보아 위 환급신고를 부인하고, 2022.12.7. 청구법인에게 2022년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.3.6. 이의신청을 거쳐 2023.7.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2018.10.18. 쟁점매출처와 가거도항 태풍피해 복구공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 대한 기본계약을 체결한 후, 공사를 진행하던 중 2019년과 2020년경 두 차례 태풍으로 공사기간이 지연되었고, 그에 따른 자재비 및 노무비 등의 상승으로 인해 당초 공사대금의 추가 증액을 요구하면서 쌍방 간에 수차례 협의를 거쳐 2022.12. 12.까지 3차 증액분을 정산하였다. 쟁점금액에 대한 기성청구서는 위 공사대금의 3차 증액분을 검토하기 위한 내부자료일 뿐 쟁점매출처와 협의에 따라 작성된 것이 아니고, 실제 기성청구가 이루어지지 않았으며, 기성청구한 쟁점금액을 수취하지도 아니하였던바, 그 매출을 신고누락한 것으로 보아 청구법인게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 쟁점매출처 간 작성한 자재거래 기본계약서, 정산 합의서 등에 의하면, 청구법인이 쟁점매출처와 최종 정산 이전에 쟁점금액 상당액의 경량콘크리트제품을 납품한 것으로 확인되는바, 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점금액의 매출을 신고누락한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제16조(용역의 공급시기) ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때

2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제29조(할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 법 제16조 제2항에 따른 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 역무의 제공이 완료되는 날 이후 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 역무의 제공이 완료되는 날을 그 용역의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부조건부 또는 그 밖의 조건부로 용역을 공급하는 경우

2. 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하는 경우

3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 용역을 공급하는 경우

4. 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우

② 법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우: 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청의 부가가치세 환급신고내용에 대한 서면검토 시 쟁점금액과 관련한 기성청구서(11회차․12회차), 기성부분 내역서 및 수량산출서 등을 제출하였는바, 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 쟁점금액과 관련한 기성청구서상 주요내용 (단위: 원) 제출일 수신처 제목 자재명 납품기간 기성청구액 (공급대가) 2022.4.25. A(주), 가거도항 태풍 피해복구공사 현장 대리인 경량기포콘크리트제조 납품 기성청구 (11회, 12회) 경량기포콘크리트 2022.4.1.∼ 2022.4.15. OOO 2022.6.25. 2022.6.21.∼ 2022.6.23. OOO 합계 OOO

(2) 청구법인은 2018년〜2022년 기간 동안 쟁점매출처에 대한 매출세금계산서 발급 및 기성청구한 내역을 제출하였는바, 주요내용은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점매출처에 대한 매출세금계산서 발급 및 기성청구한 내역 (단위: 원) OOO

(3) 청구법인은 2022.12.12. 쟁점매출처에게 발급한 세금계산서와 관련한 거래명세서를 제출하였는바, 주요내용은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 2022.12.12.자 세금계산서와 관련한 거래명세서 내역 (단위: 원) 구분 공급가액 자재명 규격 11 회차 OOO 레미콘 경량기포콘크리트 추가 물량 추가 물량(압송펌프송출) 소모성 잡자재(OOO) 물가변동조정금액 공기연장계약이행보증보험 작업대기비 시멘트 추가물량(시멘트비) 시멘트 추가물량(운송비)

(4) 청구법인과 쟁점매출처 간 작성한 자재거래 기본계약서(1차, 2차) 및 최종 정산합의서(3차)를 보면, 다음과 같다. ＜1차 자재거래 기본계약서(일부 발췌)＞

1. 계약방법: 총액계약

2. 계약내용

○ 물품명: 레미콘

○ 계약금액: OOO원(VAT 포함)

○ 납품기한: 2018.10.22.〜2020.5.31.

○ 납품장소: 가거도항

○ 인도조건: 현장하차도

○ 분할납품: 가

3. 대금지급: 현금(검수후) 2018.10.18. ＜2차 자재거래 기본계약서(일부 발췌)＞

1. 계약방법: 총액계약

2. 계약내용

○ 물품명: 소모성잡자재(OOO) 외 2종

○ 계약금액: OOO원(VAT 포함), OOO원 증액

○ 납품기한: 2018.10.22.〜2022.3.31.

○ 납품장소: 가거도항

○ 인도조건: 현장하차도

○ 분할납품: 가

3. 대금지급: 현금(검수후) 2022.1.31. ＜최종 정산합의서(3차, 일부 발췌)＞

1. 현장명: 가거도항

2. 물품명: 레미콘(경량기포콘크리트: 블록)

3. 납품기한: 2018.10.22.〜2022.3.31.

4. 계약금액: OOO원[VAT 포함, 법원공탁금 OOO원(2022.8.12.) 포함) 상기 물품의 구매 및 납품을 정산함에 있어 당초 계약금액보다 금 OOO원 증액하여 금 OOO원(OOO원 증액)으로 최종 정산함에 확인하며, 양 당사자 모두 향후 어떠한 명목으로도 이의를 제기하지 아니할 것을 확약함. 2022.12.12.

(5) 청구법인이 쟁점금액 상당액의 납품을 위하여 매입처인 미래기포(OOO)로부터 매입한 내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 청구법인이 수취한 매입세금계산서상 매입내역 (단위: 원) 공급일 품목 매입 공급가액 2022.4.30. 경량기포 시공비 외(가거도항) OOO 2022.6.30. 경량기포 시공비 외(가거도항) OOO 계 OOO

(6) 청구법인은 2018년〜2022년 기간 동안 쟁점매출처로부터 수취한 기성청구금액과 관련한 계좌거래내역(전체)은 제시하지 아니하였고, 최종 정산서(3차) 작성 시 쟁점매출처가 이미 청구법인을 상대로 공탁한 법원공탁금 OOO원을 계약금액(공사대금 증액분)에 포함시킨 것으로 나타난다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)부가가치세법제16조 제1항은 “용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다”고 규정하면서 제1호에 “역무의 제공이 완료되는 때”, 제2호에 “시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때”라고 열거하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제29조 제2항은 “법 제16조 제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다”고 규정하면서 제1호에 “역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때”라고 열거하고 있다. (나) 처분청은 청구법인이 2022년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점매출처에게 기성청구(11회차〜12회차)한 쟁점금액의 매출을 신고누락하였으므로 이 건 처분이 정당하다는 의견이나, 청구법인과 쟁점매출처 간 체결한 자재거래 기본계약서(1차․2차)와 세금계산서 수수 및 기성청구내역(1회차〜10회차) 등을 볼 때, 청구법인이 이 건의 기성청구 전까지 쟁점매출처에게 발급한 매출세금계산서상 공급대가 합계액(OOO원)과 이미 기성청구한 금액(OOO원, 선급금 포함)이 거의 일치하는 것으로 나타나는 점, 최종 정산합의서(3차)에 의하면, 청구법인과 쟁점매출처는 쟁점공사에 대한 증액 협의를 거친 후 2022.12.12. OOO원을 증액하여 최종 정산하는 것으로 확약하고 있는 점, 청구법인이 보관하고 있던 쟁점금액에 대한 위 기성청구(11회차〜12회차)는 공사대금의 3차 증액분을 검토하기 위한 내부자료일 뿐 쟁점매출처와 협의에 따라 작성된 것이 아니고, 실제 기성청구도 이루어지지 않았다는 청구주장에 신빙성이 있는 점 등에 비추어, 쟁점공사에 대한 공급가액이 최종 정산합의서(3차)가 작성되기 전까지는 확정되지 아니한 것으로 보인다. 따라서 청구법인이 2022년 제1기 부가가치세 신고 시 쟁점금액의 매출을 신고누락한 것으로 보아, 청구법인의 당초 환급신고를 거부하고 부가가치세를 경정․고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 같은 법 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.