쟁점금액과 관련하여, 대여금 약정서나 이자지급 내역이 존재하지 않아 쟁점금액을 대여금이라고 보기는 어렵고, 쟁점금액은 건물신축에 참여하기 위한 일종의 비용분담으로 보이며, 이 건 토지의 취득원가는 청구법인이 이 건 토지의 지분을 취득할 당시 부담한 비용으로 보는 것이 타당해 보이는 점, 청구법인과 시공사는 재건축조합을 대신하여 미납공사비를 부담하는 대가로 재건축조합으로부터 이 건 토지의 지분을 넘겨받는 부동산 매매계약을 체결하는 등의 각각 개별적인 경제행위를 한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 건설업(전문건설하도급업)을 사업목적으로 2017.12.1. 설립한 영리법인으로 2021사업연도 각 사업연도소득금액을 OOO원으로 하여 2021사업연도 법인세 OOO원을 2022.3.31. 신고하였다. 청구법인은 OOO 재건축조합원(대표 OOO)이 시행 중인 OOO 주상복합건물 건축공사와 관련하여 주-AAA과 공동시행대행사(청구법인 지분 2/3)로 참여하여 건축자금을 지원하였고, 주-AAA을 시공사로 하여 2021년 완공하였다. 청구법인은 주-AAA과 함께 재건축조합의 미지급공사비(유치권 행사) OOO원과 추가공사비 OOO원 및 일체의 부대비용을 지원하고 아파트와 오피스텔 116호실을 취득하였으나, 미지급공사비 지원금 중 1,406,431,397원을 재건축조합에서 수취한 세금계산서로 손금계상하였고, 건축공사비 중 OOO원(부가세 OOO원)을 주-AAA으로부터 수취한 세금계산서 등으로 손금계상하였다. 청구법인은 재건축조합으로부터 취득한 아파트 등의 취득가액을 산정하는데 있어 취득원가에 누락된 금액을 확인하고 2022.11.8. 기 납부한 법인세 환급을 구하는 경 정청구를 제기하였으나, 처분청은 ‘사실관계가 상이하다’라는 이유로 이를 거부하였다.
(2) 청구법인은 주-AAA과 공동으로 재건축조합에 재건축 공사비를 대여하고 아파트 등 116세대를 대물변제로 취득하였고, 공사비 대여액 가운데 청구법인이 부담한 금액은 수입금액에 대응하는 매출원가이므로 당초 법인세를 신고할 당시 누락된 매출원가는 손금에 반영되어야 한다. 재건축조합은 BBB 주식회사(이하 “BBB-주”이라 한다)를 시공사로 선정하여 재건축(근린생활시설 14세대, 오피스텔 18세대, 도시형생활주택 124세대)을 진행하던 중 자금조달 문제로 중단하였고 ㈜CCC(이하 “㈜-CCC”이라 한다)을 새로운 시공사로 선정하여 지상 3층 공사를 진행 중 건축자금 조달 문제로 다시 공사가 중단되어 시공사가 유치권을 행사하던 중이었으며, 청구법인과 주-AAA은 2018년 11월 재건축조합의 미지급공사비 OOO원을 재건축조합을 대신하여 지급하는 조건의 확정지분제 방식으로 재건축조합과 시행대행 계약을 체결하였다. 청구법인과 주-AAA은 각 2/3 및 1/3 지분으로 시행대행에 참여하였고, 주-AAA을 시공사로 선정하여 OOO원(공급대가)에 잔여공사 계약을 체결하였으며, 2020.5.4. 이 건 공사를 모두 준공하였다. 재건축조합의 미지급공사비 OOO원과 잔여공사 건축비 OOO원은 청구법인과 주-AAA 차입금 OOO원(청구법인 차입 OOO원)과 자체조달 자금 OOO원(청구법인 OOO원) 등으로 지급하였으며, 미지급공사비 및 건축비 OOO원 중 청구법인 부담액은 OOO원이나 청구법인이 법인세 신고시 계상한 매출원가는 OOO원으로 OOO원을 매출원가에서 누락하였다(이 건 토지의 취득가액 고려할 경우의 손금누락액 OOO원, 뒤의 <표6> 참고). 재건축조합은 시행대행사와 공동사업 형태로 운영하여야 한다는 당시 세무대리인의 조언을 듣고 토지 소유권 일부를 청구법인과 주-AAA에 이전하였을 뿐 미지급 건축비 등 OOO원을 일체 부담한 사실이 없고, 건축 관련 부대비용(보존등기비, 사업운영비, 분양취소 위약금 등)도 부담하지 않았다. 이 건 공사 계약서 제3조 제1항에 따르면 청구법인은 시행대행사의 지위만 있을 뿐이고, 해당 계약서 제4조 제2항에 의하면 건축주(재건축조합) 확정면적으로 배정하고 남은 잔여 건축시설을 일반분양하여 공사비 및 사업경비로 충당하여, 시행․시공사는 잔여 건축시설을 분양하여 건축 사업비를 충당하지 못하더라도 손해분을 건축주에게 청구할 수 없는 것으로 되어 있다. 이러한 점을 볼 때 청구법인과 주-AAA은 시행대행사로서 건축비 등을 지원하고 아파트 등 116세대 대물변제로 취득한 것으로 보는 것이 합리적이고, 아파트 등 취득을 위해 청구법인이 부담한 비용을 매출원가로 인정하여 이 건 법인세를 경정하여야 한다.
(3) 청구법인과 주-AAA이 2019.3.16. 재건축조합으로부터 취득한 조합원 명의의 이 건 토지의 매매가액은 매매계약서에 기재된 OOO원이 아니라 재건축조합이 취득한 아파트 등 40세대 건축비 상당액으로 보는 것이 타당하다. 청구법인과 주-AAA은 이 건 토지를 OOO원(청구법인 OOO원)에 매매계약을 체결하였으나 매매대금을 지급하지 않았다. 쟁점토지 매매계약을 체결한 사유는 재건축조합과의 공동사업 형식을 갖추기 위한 것일 뿐 실제 공동사업을 한 것은 아니며 청구법인과 주-AAA은 이 건 공사에서 시행대행사 역할을 하였다. 이 건 토지에 따른 소유권 지분율과 공동사업으로 볼 경우 건축비 분담액과 재건축조합 구성원이 취득한 아파트 등 면적은 아래 <표1>과 같다. <표1> 공동사업 지분율과 건축비 부담액 ㅇㅇㅇ 재건축조합의 구성원들은 보유 중인 이 건 토지(1,571.6㎡) 중 68.6% 해당분을 청구법인과 주-AAA에 소유권 이전하고 그 대가로 OOO 완공건축물의 37.77%에 상당하는 40세대 건축물의 건축비를 무상으로 지원받았다. 재건축조합은 공동사업 비율 31.4%를 6.37% 초과한 건축물을 취득하였을 뿐만 아니라 확정면적 세대를 보면 건축물의 가치가 가장 큰 근린생활시설과 세대당 면적이 큰 오피스텔 및 도시형생활주택을 취득한 것을 알 수 있다. 또한, 재건축조합은 보유 중인 쟁점토지 소유권 68.6%의 소유권을 청구법인과 주-AAA에 이전하고 그 대가로 아파트 등 40세대의 건축비분담금을 면제받았으므로 이 건 토지의 매매가액은 부동산 매매계약서에 기재된 OOO원이 아닌 총 건축비에서 재건축조합이 취득한 분양면적 비율에 상당하는 금액으로 보는 것이 타당하다.
(4) 처분청이 이 건 재건축사업을 청구법인과 주-AAA, 재건축사업이 공동사업을 한 것으로 판단하였다면 공동사업 구성원 전부를 1거주자로 보아 수입금액과 필요경비를 결정하여 소득금액을 산정한 후 출자지분 비율에 따라 소득을 배분하여야 하나, 사실상 각 구성원별도 각각 소득금액을 임의로 계상하였으므로 실지조사를 통해 공동사업 전체의 소득금액을 재계산하여야 한다. 결국, 청구법인은 재건축조합과 공동사업을 영위한 적이 없고 시행대행사로서 OOO(OOO) 공사비를 들여 조합원들에게 아파트 등을 공급하고 그 대가로 아파트 등 116세대를 대물변제 받은 것이므로 청구법인이 부담한 공사비 등은 손금에 산입되어야 한다.
(1) 공사계약은 시공사의 개발이익 참여 여부에 따라 지분제와 도급제로 나뉘는바 지분제는 조합원지분을 우선 결정하고 나머지는 모두 시공사의 지분으로 귀속되며, 도급제는 시공사가 도급공사 금액만을 가져가고 나머지는 모두 조합의 손익으로 하는 방식이다. 이 건 사업은 확정지분제 방식으로 건축조합의 지분을 확정하고 공사비는 청구법인과 주-AAA이 손익과 상관없이 일반분양을 통해 충당하는 방식으로 사업을 진행하였다. 통상적으로 지분제에서 공사대금은 조합원 분담금과 일반분양대금을 가산하여 이루어지고, 일반 분양대금이 감소하면 건설사의 수입금액도 감소하여 공사대금 정산절차를 반드시 거치지만 청구법인은 이 건 사업에서 정산한 내역은 존재하지 않는다. 준공시 소유권보존등기는 건축주인 건축조합 명의로 이루어지고 일반분양을 통한 대금을 시공사가 가져가는 구조이고, 만약 일반분양이 이루어지지 아니하면 대물변제를 원인으로 건축을 시공사가 취득하여야 하는 이 건은 청구법인과 주-AAA, 재건축조합 명의로 등기가 이루어졌는바 일반적인 지분제 공사와 사실관계가 상이하다. 청구법인은 건축조합과 주-AAA 간의 공사계약과는 상관없이 자금대여를 하였다고 주장하나, 자금대여에 따른 이자지급약정서 등도 확인할 수 없고 일반분양 저조에 따른 위험을 부담하고 토지 및 기존 건물의 취득 지분율에 의해서 세금계산서를 수취하였는바, 공동사업자 또는 공동건축주의 지위에서 이 건 공사에 참여한 것으로 볼 수 밖에 없다.
(2) 청구법인과 주-AAA이 시행대행과 시공사의 입장으로 이 건 공사에 참여하였다면 조합원이 출자한 이 건 공사의 토지는 청구법인과 주-AAA에게 이전될 이유가 전혀 없다. 그러나, 부동산매매계약서에 따르면 OOO원에 청구법인과 주-AAA에게 일부 토지 지분이 이전되었고 특약사항에 위 매매계약은 위 부동산의 건물신축으로 조합원 확정지분을 제외한 일반분양분에 대한 대지권 비율을 산정하여 준공한 후 각 호수별 토지지분에 적용될 전체 토지인 것으로 기재되어 있다. 청구법인이 조합원 지분을 제외한 토지 지분을 이전받은 것은 명목 여하에 상관없이 공동 건축주로 참여한 것으로 판단된다.
(3) 건축관계자 변경신고서를 보면 2019.1.31. 건축주를 주-AAA, 청구법인, 재건축조합으로 최종 변경한 것으로 나타난다. 청구법인이 직접 건축주로 변경신고를 하였음에도 특별한 사정 및 증거 없이 건축관계자 변경신고내역의 효력을 부인할 수 없는 것인바, 청구법인은 공동건축주에 해당한다. 청구법인은 시행대행사, 주-AAA은 시공사로 이 건 공사에 참여하였다면 토지를 취득하고 공동건축주로 신고할 필요가 없는 것이므로 단지 공사비를 대여하였다는 등 청구주장은 개연성이 없다. 청구법인은 쟁점토지 이전에 대해 매매대금 지급사실이 없어 단지 공동사업자로 등재하기 위해 매매형식으로 소유권을 이전하였다는 취지로 주장한다. 그러나 청구법인의 회계처리내역을 검토하면 토지이전 등 관련 부채는 기존에 지급한 조합 관련 지급된 선급금으로 대부분 변제된 것으로 확인되는바, 청구주장은 청구법인의 회계를 부정하는 모순이 발생하게 된다. 청구주장과 같이 토지 매입과 관련하여 가공부채를 계상하였다면 외상매입금을 선급금으로 상계한 내용에 대하여 해명하여 함에도 이에 대한 언급이 없다. 이 건 토지의 소유지분에 따른 지분율에 근거하여 주-AAA의 공사 관련 세금계산서 등이 일관되게 발급되는바 청구법인과 주-AAA, 재건축조합은 공동건축주로 판단된다. 청구주장과 같이 이 건 공사와 관련하여 자금대여의 역할만 수행하였다면 건축주가 통상 부담하는 설계용역비, 감리용역비 세금계산서를 수취할 필요가 없음에도 건물의 설계, 감리 등에 관하여 세금계산서를 수취한 사실에 미루어 단순 자금대여로 보기에 무리가 있다. 청구법인이 재건축조합을 대신하여 지급한 미지급공사비 OOO원 가운데 OOO원(2/3)을 손금으로 인정하여야 한다고 주장하나, 이에 대한 계산 및 지급근거가 불분명하다. 당초 시공사인 BBB-주 및 ㈜-CCC이 재건축조합에 발급한 세금계산서의 공급가액은 OOO원으로 청구법인이 주장하는 미지급공사비와 상이하고 미지급공사비의 변제내역이 불명확하다.
(4) 청구주장과 같이 이 건 공사의 총공사비를 청구법인과 주-AAA의 손금으로 인정하여야 한다면 당초 수수한 세금계산서 등을 수정신고하여야 한다. 청구법인은 청구법인, 주-AAA, 재건축조합 간의 새로운 합의사항 또는 3자 상호 간의 다툼에 대한 판결 등 기존에 신고한 내용을 경정할만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하였다. 청구법인, 주-AAA, 재건축조합이 수익과 비용에 대하여 당사자 간의 이견이 있다면 이는 당사자 간에 다툴 사항에 해당하고, 과세관청이 결정한 사항이 아니다. 청구법인, 주-AAA, 재건축조합은 각자의 명의로 토지 및 건물의 소유권을 취득하였고, 정당하게 각자의 장부에 따라 수입과 경비를 계산하였는바, 1거주자로 보아 소득금액을 재계산하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 청구법인은 이 건 사업에 확정지분제 방식으로 차명하여 청구법인 45.7%, 주-AAA 22.95%, 재건축조합 31.4%의 지분율에 따라 토지매입, 공사비 지출, 건물 취득, 세금계산서(계산서) 수취 등을 사업종료 시까지 일관되게 진행하여 왔다. 누락된 손금에 대한 명확한 금융내역이나 사업자 간의 정산내역을 제시하지 아니하고 쟁점금액을 추가로 손금산입하여야 한다는 청구주장은 이유 없다.
① 쟁점금액을 손금산입 하여야 하는지 여부
② 이 건 토지의 취득가액은 재건축조합이 취득한 아파트 등 40세대 건축비 상당액이라는 청구주장의 당부
③ 청구법인 등은 공동사업자로서 1거주자이므로 소득금액을 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제16조(근거과세)
① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.
④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.
⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. (2) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법 제100조의18 제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(1) 청구법인이 이 건 공사의 시행사로, 주-AAA이 시공사로 각각 참여하여 함께 이 건 공사비 가운데 일부를 부담하기로 약정한 것에 대하여는 다툼이 없다.
(2) 청구법인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 재건축조합이 미지급공사비(OOO원)에 대해 청구법인 및 주-AAA에게 발급한 세금계산서 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 재건축조합의 세금계산서 발급내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인, 주-AAA 및 재건축조합이 체결한 이 건 공사 가운데 잔여공사(OOO원)에 대하여 시공사인 주-AAA이 발급한(세금)계산서 내역을 살펴보면, 청구법인에게 OOO원(45.7%), 재건축조합에게 OOO원(31.4%)을 각각 발급하였다(주-AAA 해당분 OOO원에 대해서는 세금계산서 미발급). (다) 이 건 공사의 건축비는 아래 <표3>과 같다. <표3> 이 건 공사 건축비용 ㅇㅇㅇ (라) OOO의 준공 후 소유권이전등기 현황(소유현황)은 아래 <표4>와 같다. <표4> OOO 소유현황 ㅇㅇㅇ (마) 이 건 토지에 대한 회계처리 내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (바) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 청구법인이 수취한 OOO에 대한 설계용역비 세금계산서 내역은 아래 <표5>와 같다. <표5> OOO에 대한 설계용역비 등 세금계산서 수취내역 ㅇㅇㅇ (사) 처분청이 제출한 이 건 관련 건축관계자 신고내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아) 청구법인은 2020.5.4. 준공된 OOO에 대하여 청구법인, 주-AAA 및 재건축조합이 확인하여 제출한 확인서는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (자) 청구법인은 청구법인 2/3지분, 주-AAA 1/3지분으로 이 건 공사에 참여하였다고 주장하면서, 아래의 OOO 매각 정산서 1장을 제출하였다. ㅇㅇㅇ (차) 청구법인은 아래와 같이 OOO 신축공사의 당초 시공사였던 ㈜-CCC 및 BBB-주과 체결한 합의서를 제출하였다.
1. ㈜-CCC과의 합의서 ㅇㅇㅇ
2. BBB-주과의 합의서 ㅇㅇㅇ (카) 이 건 공사 계약서의 주요 내용(발췌분)은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (타) 청구법인이 제출한 부동산 매매계약서의 주요 내용은 아래와 같다(이 건 토지 지분 일부 이전 관련). ㅇㅇㅇ (파) 청구법인, 주-AAA, 재건축조합이 2019.5.21. 체결한 도급공사계약서는 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (하) 청구법인은 이 건 공사의 잔여공사 건축비와 관련하여 공사비 등을 부담한 비율은 2/3라고 주장하면서 제출한 청구법인 명의의 예금계좌(OOO, OOO) 거래내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (거) 청구법인의 선급금 계정별 원장 내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (너) 청구법인이 제출한 이 건 공사비용 중 손금반영내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 이 건 공사 손금반영 내역 ㅇㅇㅇ
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액(OOO원)이 대여금으로서 이 건 공사를 위해 재건축조합에 해당 금액을 대여하고 아파트 등 116세대를 대물변제로 취득하였으므로 이를 손금산입하여야 한다고 주장하나, 이와 관련한 대여금 약정서나 이자지급내역이 존재하지 않아 쟁점금액을 대여금이라 보기는 어려운 점, 청구법인은 이 건 토지의 지분(45.7%)을 취득하고 이와 관련하여 관련 세금계산서(계산서)를 수취하였고, 건축관계자 변경신고서에 청구법인, 주-AAA, 재건축조합이 건축주로 기재되어 있는바, 쟁점금액은 자금대여라기 보다는 청구법인이 OOO 주상복합건물을 신축에 참여하기 위한 일종의 비용분담으로 보이는 점, 이 건 토지는 재건축조합이 모두 부담한 점 등에 비추어 쟁점금액을 손금산입 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지의 취득가액이 청구법인과 주-AAA이 부담하고 재건축조합이 취득한 아파트 등 40세대의 건축비 상당액 부분이라 주장하나, 이 건 토지의 취득원가는 청구법인이 이 건 토지의 지분을 취득할 당시 부담한 비용으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인이 이 건 토지 지분을 취득한 후 발생한 공사비는 이 건 토지의 취득원가라기 보다는 이후 발생하게 되는 건축물 취득원가를 구성하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 위의 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인 등(주-AAA, 재건축조합 포함)은 공동사업자로서 1거주자로 보아 소득금액을 산정하고 지분비율로 소득금액을 배분하여야 한다고 주장하나, 청구법인은 이러한 공동사업과 관련한 공동사업약정서를 제출하지 아니하였고, 청구법인 등은 모두 건물(OOO 주상복합건물)에 소유권이전등기를 하는 별도의 사업주체이며, 청구법인 등이 이 건 공사를 추진하여 위의 건물을 완공하기 위해 각자의 지분율에 근거하여 공사비용을 분담하고 이후 청구법인 등이 소유하게 된 건물을 양도함에 따라 수익이 발생하게 되는 사업형태로 보이는 점, 주-AAA은 시공사로서 이 건 공사를 진행하면서 재건축조합 및 청구법인에게 각각 세금계산서를 발급하고, 청구법인, 주-AAA은 재건축조합을 대신하여 미납공사비를 부담하는 대가로 재건축조합으로부터 이 건 토지의 지분을 넘겨받는 부동산 매매계약을 체결하는 등의 각각 개별적인 경제행위를 한 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.