「조세특례제한법」 제68조의 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등을 부인한 처분의 당부 등

[주 문]

1. OOO세무서장이 2023.4.26. 청구법인에게 한 법인세 2018사업연도분 OOO원, 2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 청구법인 의 위 사업연도 소득이 조세특례제한법 시행령제65조 제2항 제3호에 따른 농산물의 유통·가공·판매에서 발생한 소득인지 여부 및 그 소득금액을 재조사하여 조세특례제한법제68조 제1항 후단에 의한 감면(법인세의 100분의 50)을 적용하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2013.1.15. OOO에 설립되어 가시오가피, 두릅나무, 고로쇠, 꾸지뽕 등 약용나무와 약용식물(이하 “약용재화”라 한다)을 식재하여 판매하는 법인사업자이다.
• 나. 청구법인은 수확한 약용재화를 2018년부터 2021년까지 청구법인의 대표이사(AAA)가 설립한 OOO (이하 “ OOO”라 한다) 및 AAA의 배우자가 설립한 BBB 주식회사 (이하 “BBB”이라 한다) 등에 공급(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 이에 대해 전자계산서 (이하 “쟁점계산서”라 한다)를 발급하였으며 청구법인의 소득 전액에 대하여 조세특례제한법 제68조 제1항을 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 다. 처분청은 2022.11.9.부터 2022.12.28.까지 청구법인에 대한 조사를 실시한 결과, 약초·한약재 분말의 혼합·배합 및 황토 판매분 총 OOO원이 부가가치세 과세대상이고, 조세특례제한법제68조의 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 법인세 감면을 부인하여 2023.4.18. 아래 <표1>과 같이 청구법인에게 2018년 제2기～2021년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원 및 2018～2021사업연도 법인세 합계 OOO원 총합계 OOO원을 경정·고지하였다. <표1> 부가가치세 및 법인세 고지내역
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2023. 6.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인이 공급한 약용재화는 대한 부가가치세 과세대상이 아니다. (가) 청구법인은 약용재화를 식재·경작하였는데, 재배까지는 최소 5∼6년 정도의 기간이 소요되며, 2018년 하반기가 되어 처음으로 수확한 약용재화는 2018년부터 2021년까지 자연건조한 후 거래처인 OOO, BBB, CCC, 주식회사 DDD에 그대로 판매하거나, 절단·분쇄 후 판매하였다. 청구법인이 생산한 약용재화는 발명특허신약에 사용되는 원료 로 혼합·배합하기 전부터 충분한 경제적 가치를 가지고 있다고 판단하여, AAA은 약용재화를 친환경 건축자재 생산의 원료로 쓰기 위하여 2013.9.14. BBB을 설립하고, 화장품 원료로 쓰기 위하여 2017.7.17. AAA의 배우자(EEE)가 OOO를 설립하였다. (나) 청구법인은 약용재화 를 절단·분쇄한 후 BBB과 OOO에 매출하였고, BBB과 OOO는 분말상태의 약용재화를 혼합·배합한 다음 장기간 숙성을 거쳐 최종 제품 형태로 판매한다. 청구법인이 절단·분쇄한 약용재화를 BBB과 OOO산업개발에 공급하였음에도, 청구법인과 BBB, OOO를 하나로 보아 청구법인이 약용작물의 분말을 혼합했을 것이라고 보는 것은 잘못이다. (다) 청구법인이 절단·분쇄한 약용재화의 거래가액은 BBB과 OOO가 결정한 것이다.

1. BBB과 OOO가 생산·판매하게 되는 최종제품은 건강증대를 위하여 친환경적이면서도 원적외선 방사 등의 효과를 가진 다양한 천연재료를 사용하는데 그 특징이 있으며, 혼합·배합과 같은 기술은 해당 제품의 가격과 성능을 결정하는데 본질적인 요소가 아니다.

2. 칡, 더덕, 도라지 등을 단일품목으로 판매할 때와 약용재화들을 합하여 판매할 때의 거래가액이 다른 것은 당연하다.

• 가) AAA은 오랫동안 예방의학을 연구하였고, 이를 혼합하였을 때의 약효를 각종 논문 및 서적, 연구결과를 통해 체득하여 인지하고 있었으므로, 약용재화의 분말의 용량을 미리 정하여 BBB과 OOO에 공급하였다.
• 나) 약용재화의 형태와 용량을 일정하게 정하여 혼합하지 않은 상태로 판매하였고, 공급된 재화의 단가를 개별적으로 정할 수 없어서 쟁점계산서의 단가 란에 ‘종합’이라고 표기한 것이다.
• 다) BBB과 OOO에 공급되는 일정한 ‘약용재화의 형태 및 용량’은 AAA의 고유한 노하우(오랜 연구기간 동안 금전적·시간적·기술적 비용 발생)를 가격에 반영한 것이므로 개별품목의 약용재화와의 공급가액 차이는 지극히 정상적이다.

3. 청구법인이 고가의 혼합·배합기계를 보유한 증거가 확인되지 않는 상황에서 처분청은 거래가액 차이를 이유로 청구법인에 혼합·배합공정이 있었을 것이라고 막연하게 추측한 것이다.

(2) 청구법인은 약용재화를 재배하여 이를 판매하였으므로 작물재배업을 영위하여 발생한 소득에 대하여 당초 조세특례제한법 제68조 를 적용한 청구법인에 대한 법인세의 감면은 적법하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 세무조사 과정에서 BBB과 OOO에 판매한 약용재화는 약초 분말, 첨가물, 황토를 AAA의 노하우에 따라 혼합·배합하여 판매한 것이라고 진술하였다. (가) 처분청은 2022.11.9. 청구법인이 BBB에 판매하였다는 약용재화 분말의 저장소를 방문했을 당시, 황토 혼합물 더미가 천막에 덮인 채 쌓여있는 것을 확인하였고, AAA도 황토에 약초·한약재 등 분말을 혼합하여 보관 중이라고 진술하였다. (나) 청구법인, OOO, BBB, AAA의 주택의 소재지가 모두 동일하고, 처분청은 이들의 사업장이 별도로 구분이 되어있지 않음을 확인하였다. (다) 청구법인은 처분청의 황토 매입관련 객관적 증빙(거래명세서 및 계산서 등) 자료 요구에 대해 이를 제출하지 못하였다. (라) 청구법인은 처분청이 2022.11.9. 저장소를 방문 했을 당시 ‘혼합 하여 보관하였다’고 진술한 것과 달리, 이후 쟁점거래가 부가 가치세 과세대상이라는 조사자의 의견을 듣고 나서 2022.12.19. 황토의 혼합·배합 공정은 매출처 OOO과 BBB이 하였고, 현재 저장되어 있는 황토는 혼합물이 아니며 황토 안에 약초·한약재 분말을 묻어 놓기만 한 것이라고 그 진술을 변경하였다. (마) 또한, 청구법인은 ‘각각의 재료를 단독으로 생산·판매하는 것이 아니라 이를 고유한 각 비율에 따라 혼합·배합하여 생산·판매하는 법인’이고, 거래 가격을 정할 때에는 ‘혼합·배합한 약재의 효능에 맞게 가격을 책정하였다’며 처분청의 조사당시의 진술과 달리 <표2>와 같이 진술을 변경하였다. <표2> 신약의 가격 책정에 대한 청구법인의 소명자료 (바) 청구법인은 2018.10.22.의 황토거래에 대해 약용작물과 친환경 황토를 혼합하여 생산한 신생약초원액을 화장품의 원료로 사용하고자 황토를 거래하였다는 취지로 <표3>과 같이 소명하였다. <표3> 청구법인의 소명서(2022.11.15.) (사) 청구법인이 BBB을 공급받는자로 하여 발행한 쟁점계산서(혼합 품목)의 경우, 1t당 OOO원(1kg당 약OOO원)이라는 고가의 가격이 책정되어 있는 반면, 단일품목의 발행된 계산서의 경우 1kg당 OOO원으로 가격의 차이가 난다.

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점거래를 부가가치세 과세대상으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세하고, 조세특례제한법 제68조 의 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등을 부인 한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품[식용(食用)으로 제공되는 농산물, 축산물, 수 산물과 임산물을 포함한다] 및 우리나라에서 생산되어 식용으로 제공 되지 아니하는 농산물, 축산물, 수산물과 임산물로서 대통령령으로 정하 는 것 (2) 부가가치세법 시행령 제34조(면세하는 미가공식료품 등의 범위) ① 법 제26조 제1항 제1호 에 따른 가공되지 아니한 식료품은 다음 각 호의 것으로서 가공되지 아니하거나 탈곡ㆍ정미ㆍ정맥ㆍ제분ㆍ정육ㆍ건조ㆍ냉동ㆍ염장ㆍ포장이나 그 밖에 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도의 1차 가공을 거쳐 식용으로 제공하는 것으로 한다. 이 경우 다음 각 호에 따른 미가공식료품의 범위에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

8. 유란류(우유와 분유를 포함한다)

9. 생선류(고래를 포함한다)

12. 제1호부터 제11호까지의 것 외에 식용으로 제공되는 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물

13. 소금[ 식품위생법 제7조 제1항 에 따라 식품의약품안전처장이 정한 식품의 기준 및 규격에 따른 천일염(天日鹽) 및 재제(再製)소금을 말한다. 이하 같다]

② 미가공식료품에는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 김치, 두부 등 기획재정부령으로 정하는 단순 가공식료품

2. 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니하는 정도로 1차 가공을 하는 과정에서 필수적으로 발생하는 부산물

3. 미가공식료품을 단순히 혼합한 것

4. 쌀에 식품첨가물 등을 첨가 또는 코팅하거나 버섯균 등을 배양한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것

③ 법 제26조 제1항 제1호에 따른 농산물, 축산물, 수산물과 임산물 은 다음 각 호의 것으로 한다.

2. 원생산물 본래의 성상(性狀)이 변하지 아니하는 정도의 원시가공 을 거친 것

3. 제2호에 따른 원시가공을 하는 과정에서 필수적으로 발생하는 부산물 (3) 부가가치세법 시행규칙 제24조(면세하는 미가공식료품의 범위) ① 영 제34조 제1항 및 제2항 (영 제49조제1항 본문에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 미가공 식료품의 범위는 별표 1의 면세하는 미가공식료품 분류표에 따른다.

② 제1항에 따른 미가공식료품 분류표를 적용할 때에는 관세법 별표의 관세율표를 기준으로 한다. (4) 조세특례제한법 제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인에 대해서는 2023년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제하고, 작물재배업에서 발생하는 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 대해서는 최초로 해당 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등) ①법 제68조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 범위”란 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하를 말한다.

② 법 제68조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 소득”이란 다음 각 호의 소득(농업인이 아닌 자가 지배하는 기획재정부령으로 정하는 농업회사법인의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 업종에서 발생하는 소득은 제외한다)을 말한다.

1. 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령 제2조 에 따른 축산업, 임업에서 발생한 소득

2. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 농업회사법인의 같은 법 시행령 제20조의5 제1항 제6호 가목부터 마목까지의 사업에서 발생한 소득

3. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항 에 따른 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득

(6) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 국세청 전산망에 조회되는 청구법인과 BBB, OOO의 기본사항은 <표4>와 같다. <표4> 청구법인 및 거래처의 사업장 현황 (나) 청구법인이 약용재화를 공급한 법인세 신고내역과 처분청이 경정한 내역은 <표5>와 같다. <표5> 법인세 신고 및 경정내역 (단위: 백만원)

(2) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구법인이 암반토 및 황토·철골·통나무 건조 실 설치공사를 위해 BBB에 도급한 계약서는 <표6>과 같다. <표6> 건축공사하도급표준계약서 (나) 청구법인의 특허출원서는 <표7>와 같다. <표7> 특허출원서의 내용 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점거래가 부가가치세 과세대상인지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인은 약용재화를 혼합되지 않은 각각의 분말 상태로 BBB과 OOO에 판매한 것이므로 부가가치세 면세대상이라고 주장한다. 그러나, 청구법인은 여러 가지의 약용재화와 황토를 함께 거래처에 공급하였고, 계산서 발행내역을 볼 때, 단일품목을 판매했을 때와 여러 개의 품목을 판매했을 때의 가격차이가 커 특허의 가치가 반영(혼합)되어 원생산물 본래의 성질이 변하지 아니한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인은 특허출원서의 주체이고 특허출원서의 내용(건축용 자재)에 의하면 ‘약용재화의 혼합된 분말을 수액 등을 첨가하여 배합한 후 황토와 배합하여 제조한다’고 되어 있어 이를 면세대상인 미가공식료품으로 보기 어려운 점, 청구법인이 아닌 BBB과 OOO가 약용작물을 혼합하였다고 주장하나, 이들이 청구법인의 특허사용권한을 부여받았다는 구체적·객관적인 증빙 제시가 없는 점 등에 비추어, 쟁점거래를 부가가치세 과세대상으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 청구법인이 조세특례제한법 제68조 제1항 에 따른 법인세 감면 대상인지 여부에 대해 살펴본다. 과세전적부심사결정서에 따르면, 청구법인이 농업경영체로 등록되어 있고 법인세 신고 시 관련 서류가 적정하게 제출되어 있는 것으로 볼 때, 청구법인은 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제19조 제1항에 따른 농업회사법인에 해당하는 것으로 보인다. 그러므로 청구법인의 소득이 조세특례제한법 시행령 제65조 제2항 제3호 에 따른 농산물(약용작물)을 유통·가공·판매한 것에서 발생한 것이라면, 조세특례제한법 제68조 제1항 후단에 의한 법인세 감면대상이라 할 것이다. 따라서, 처분청도 청구법인 의 이 건 법인세 과세처분 대상 사업연도 소득이 조세특례제한법 시행령제65조 제2항 제3호에 따른 농산물의 유통·가공·판매에서 발생한 소득인지 여부 및 그 소득금액을 재조사하여 조세특례제한법제68조 제1항 후단에 의한 감면(법인세의 100분의 50)을 적용하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.