[요지] 쟁점토지는 청구법인이 보유하고 있던 기간 동안 나대지로 매년 종합합산과세대상 토지로 분류되어 재산세가 부과된 것으로 나타나고, 쟁점토지의 착공신고서 상 착공예정일은 쟁점토지의 양도일 이후이고 20**년에 쟁점토지를 촬영한 항공사진 상에서도 나대지로 방치되어 있을 뿐 건축물 신축을 위한 착공은 이루어지지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이에 대한 청구주장은 받아들이기 어려움다만, 소득세법 제100조 제2항 등에 따르면 기준시가에 의하여 총 취득가액을 안분하고, 기준시가가 없는 경우 장부가액으로 안분하도록 되어 있는바, 처분청은 청구법인이 제출한 쟁점토지의 취득부대비용과 각 필지별 취득가액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당함
[참조결정] 조심2011서2808 / 조심2023서3508 / 국심2005서0885
[주 문] OOO세무서장이 2023.3.29. 청구법인에게 한 2017사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, 청구법인이 ＜별지3＞과 같이 제출한 쟁점토지의 취득부대비용과 각 필지별 기준시가 비율을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 쟁점토지를 개발 및 양도하게 된 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2010년부터 OOO 일대의 임야를 개발하여 주택부지를 공급할 목적으로 각종 인허가를 취득하고, 건축을 위한 토목공사·기초공사·조경공사 등을 진행하였다. (나) 쟁점토지는 군사기지 및 군사시설 보호법(이하 “군사기지법”이라 한다)에 따른 제한보호구역으로 지정되어 있어 지휘관초소, 벙커, 교통호 등 다양한 군사시설물이 존재하였고, 각종 군사훈련과 진지보수 등이 실시되고 있었다. (다) 쟁점토지와 관련하여 군사시설 훼손, 제한고도 준수, 대공방어 협조구역 저촉 등 군사기지 및 군사시설 보호구역 등 관리훈령(국방부 훈령)에 따른 11개의 작전성 평가와 관련하여 국방부와 협의할 것이 요구되었으며, 협의기간은 최대 1년 이상 소요될 것으로 예상되어 쟁점토지의 개발행위에 제한이 지속되었다. (라) 청구법인은 쟁점토지①에 주택을 건축하려고 하였으나, 시공 자격 요건(건축분야 및 토목분야기술자 3인 이상, 최근 5년간의 주택건설실적 100호 또는 100세대 이상의 요건 등)을 충족하기 어렵다고 판단되어, 쟁점토지①을 매도한 후 주택 건축에 참여하는 것으로 사업내용을 변경하였다. (마) 이에 청구법인은 AAA 외 17명에게 2017.6.20.부터 2017.10.20.까지 22차례에 걸쳐 OOO원에 쟁점토지를 양도하였다. (바) 청구법인은 위와 같은 공사과정에서 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금 납부를 위해 ‘사단법인 OOO’에 공사원가 산정을 의뢰하였고, OOO시청 도시정보과는 2021년 8월 산정된 총 공사원가 OOO원을 바탕으로 공사부담금 징수 여부를 검토하였으며, 검토 결과 지가상승분보다 공사원가가 높아 별도의 개발부담금을 부과하지 않았다.
(2) (쟁점①) 쟁점토지는 군사보호구역 내에 소재한 임야로 비사업용토지에서 제외되어야 한다. (가) 법인세법 제55조의2 제1항과 제2항 및 같은 법 시행령 제96조의6에 따르면 법인이 소유하는 임야는 비사업용토지로 보지만, 군사기지법에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역 안의 임야는 비사업용토지에서 제외하도록 되어 있는바, 쟁점토지는 군사기지법에 따라 군사기지 및 군사시설 보호구역 안에 소재하는 임야로서 군사시설 훼손, 제한고도 준수, 대공방어 협조구역 저촉 등에서 주택부지의 개발 및 주택건물 건설행위가 제한되어 있으므로 관련 규정에 따라 비사업용토지에 해당하지 아니한다. (나) 국세청은 법인이 보유하고 있는 임야가 취득 당시부터 군사시설 보호구역 내에 있더라도 비사업용토지로 보지 아니한다고 해석(법인세과-631, 서면인터넷방문상담2팀-1827)하고 있다.
(3) (쟁점②) 쟁점토지는 법인의 주된 사업과 직결되므로 사업용토지로 보아야 한다. (가) 법인세법 시행령 제92조의4에 따르면 비사업용 토지를 판정함에 있어 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의하고, 사실상의 현황이 분명하지 않은 경우에는 공부상의 현황에 따르도록 되어 있다. (나) 법해석을 함에 있어 법령에서 쓰인 용어에 관해 정의규정이 없는 경우에는 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여진 의미를 따르되(대법원 2017.12.21. 선고 2015도8335 판결 참조), 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원(대법원 2010.12.23. 선고 2010다81254 판결 참조)해야 하는바, 법인세법은 사업용토지에 관해 별도로 규정하고 있지 않지만, ‘사업’의 사전적 의미는 어떤 일을 일정한 목적과 계획을 가지고 짜임새 있게 지속적으로 경영하는 것을 의미하고, 사업용토지는 사업하는데 쓰이는 토지라고 정의할 수 있다. 청구법인은 부동산을 취득한 이후 일련의 개발행위를 거쳐, 취득 당시와는 그 성질 및 형태 등이 완전히 상이한 상태로 개발된 부동산을 처분하여 영리활동을 하는 법인으로, 쟁점토지는 청구법인의 목적사업에 직접 사용된 토지이므로 그 자체로 사업용 토지로 보는 것이 합리적인 해석이다. (다) 과세관청 또한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간 동안은 비사업용토지에 해당하지 아니하며, 법인세법 시행규칙 또한 위의 해석과 마찬가지로 취득일로부터 2년 등의 기간은 사업용토지로 보고 있다(서면-2017-법령해석법인-2897)
1. 청구법인은 쟁점토지①에서 전기, 가스 공사 등을 하기 위해 건축·대수선·용도변경 신고필증 취득 후 굴착, 터파기 등의 일련 공사를 거쳐 전기 배선 공사, 가스 배관 공사, 상ㆍ하수도 공사 등을 완료하였으며, 이는 건축물 관련 기초공사로 착공이 진행된 토지에 해당한다.
2. 따라서, 청구법인이 매도한 쟁점토지①은 착공일 이후 건설이 진행 중이므로, 비사업용토지에 해당하지 않는다. (라) 청구법인이 제출한 공사증빙이 쟁점토지 취득일 이전 또는 양도일 이후의 증빙이므로 공사를 진행하였음이 입증되지 않는다고 하는 처분청의 의견은 부당하다.
1. 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전 공사를 진행한 것은 지주(전소유주)와의 협의하에 진행되었던 것이고, 제출된 각종 인·허가, 사진 등을 보았을 때 실제 청구법인이 진행한 공사임이 입증되므로 단지 취득일 이전 또는 양도일 이후 공사라는 이유로 청구법인이 이행한 공사가 아니라고 할 수 없다.
2. 설령, 제출된 증빙이 쟁점토지의 취득일 이전 또는 양도일 이후라고 하더라도, 청구법인이 쟁점토지의 보유기간 중 수취한 세금계산서를 보았을 때 공사를 진행한 것이 확인되므로 청구법인이 소유한 쟁점토지는 법인의 업무와 직접 관련이 있는 임야에 해당한다.
(4) (쟁점③) 2필지 이상의 토지를 일괄 취득함에 있어서, 전체 토지의 취득가액은 확인되나 각 필지별 실지 취득가액을 알 수 없는 경우 각 토지의 취득가액 산정은 전체 토지의 실지취득가액에 대해 각 필지의 기준시가 비율로 안분하여 산정하여야 한다(국심 2005서885, 2005.9.27. 참조). (가) 청구법인이 제출한 계정별원장, 세금계산서, 은행거래내역 등으로 확인되는 쟁점토지의 취득부대비용 OOO원은 쟁점토지의 취득가액에 포함되어야 한다. (나) 이와 같이 취득부대비용 OOO원을 합한 총 토지가액 OOO원을 취득 당시 각 필지의 개별공시지가 비율로 안분하여 쟁점토지의 양도차익을 산정할 경우 쟁점토지의 양도차익은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 쟁점토지 양도차익 재산정
(1) (쟁점①) 쟁점토지는 청구법인이 취득 당시 이미 군사시설 보호구역 안의 임야였으므로 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제1호에 따라 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지라 할 수 없으며, 쟁점토지 중 11필지 총 25,479㎡는 공부상 임야로 되어 있으나, 취득 이전인 2016년 항공사진을 보면 토목공사가 진행 중이거나 완료된 것으로 보이고, 청구법인이 취득하기 전부터 종합합산과세대상 토지(나대지)로 분류되어 사실상 임야로 볼 수 없다.
(2) (쟁점②) 청구법인이 제출한 쟁점토지①의 개발관련 서류를 살펴보면, 항공사진, 개발행위허가서, 벌목ㆍ표토정리 등 관련자료는 쟁점토지①을 취득하기 전에 이루어진 행위로 보이고, 건축ㆍ용도변경 신고필증은 쟁점부동산의 소재지 중 일부 지번 및 일부 면적만 기재되어 있으며, 공사계약서 등은 계약일과 계약기간 등이 쟁점부동산 취득일 이전 또는 양도일 이후가 포함되어 있어 쟁점부동산의 공사관련 증빙으로 보기 어렵다.
(3) (쟁점③) 토지를 일괄취득하여 각 필지별 실지 취득가액을 알 수 없는 경우 각 필지의 취득가액을 산정할 때에 전체 토지의 취득가액을 각 필지의 기준시가 비율로 안분하여 산정하는 것이 타당하나, 쟁점토지의 경우 합병, 분할 등으로 지번이 변경되어 각 필지의 취득당시 기준시가를 산정할 수 없는 경우에 해당하므로 기준시가 비율이 아닌 면적기준으로 안분하는 것이 타당하다. 청구법인은 쟁점토지의 취득부대비용 OOO원이 장부에 누락되어 있어 쟁점토지의 취득가액을 다시 산정하여야 한다는 취지의 주장을 하는 것으로 보이나, 청구법인은 취득부대비용으로 취득세 외 법무비용, 옹벽 공사비용, 측량 및 설계비용, 수도 및 가스공사비용, 인허가비용 관련 계정별원장을 제출하였는데, 2017년 당시 청구법인은 쟁점토지 외에 다수의 부동산을 보유하고 있어 제출한 관련 비용이 쟁점토지와 관련된 것인지 알 수 없고, 처분청은 이 건 세무조사 당시 청구법인에게 쟁점토지의 취득가액 산정을 위해 장부가액을 확인할 수 있는 증빙 등을 요청하였으나 청구법인은 매매계약서 및 취득세 납부내역만을 제출하였는바, 청구법인이 심판청구 단계에서 제출한 취득부대비용의 진위를 확인할 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점토지는 ‘군사보호구역 안의 임야’이므로 비사업용토지가 아니라는 청구주장의 당부
② 쟁점토지는 법인의 주된 사업과 직결되는 사업용 토지라는 청구주장의 당부
③ 쟁점토지 취득부대비용 OOO원을 취득 당시 개별공시지가로 안분하여 취득가액을 재산정해야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제55조의2(토지등 양도소득에 대한 과세특례) ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액
② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다.
4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지
(2) 법인세법 시행령 제92조의3(비사업용 토지의 기간기준) 법 제55조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.
2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간. 다만, 소유기간이 2년 미만이면 가목은 적용하지 아니한다.
8. 군사기지 및 군사시설 보호법에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역 안의 임야 제92조의8(사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위) ① 법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지 제92조의11(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
(3) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
(4) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.
(5) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지감정평가 및 감정평가사에 관한 법률제2조 제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
(1) 심판청구서 및 처분청의 답변서 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 법인세 신고내역과 처분청의 경정내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 법인세 신고 및 경정 내역 (나) 청구법인의 등기사항전부명세서에 기재되어 있는 목적사업은 아래와 같다. (다) 청구법인은 OOO 단지 조성공사 사진(＜별지2＞ 참조)과 OOO시장이 발급한 쟁점토지가 포함된 지적도 등본 및 허가현황도 등을 제출하였다. (라) 쟁점토지에 대한 토지이용계획의 주요 내용은 아래와 같다. (마) 국세청 전산자료에 따르면 쟁점토지의 공부상 지목은 임야이나 현황 지목은 나대지로 종합합산과세대상으로서 재산세가 부과된 것으로 나타난다. (바) 청구법인은 쟁점토지의 취득부대비용 OOO원이 취득가액에서 누락되었다며 ＜별지3＞과 같이 세금계산서와 은행거래내역 등의 증빙서류를 제출하였고, 이와 관련하여 처분청은 세무조사 당시 제출되지 않은 증빙으로 신뢰할 수 없다는 의견을 제시하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지는 ‘군사보호구역 안의 임야’이므로 비사업용토지가 아니라고 주장하나, 법인세법 시행령 제92조의4에 따르면 비사업용토지에 관한 규정을 적용할 때 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 사실상의 현황에 의하고, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다고 규정되어 있는바, 쟁점토지의 공부상 등재현황은 군사시설 보호구역 안의 임야이지만, 청구법인이 제출한 단지 조성공사 사진을 보면 쟁점토지에 주택철거, 벌목, 표토정리 등이 진행된 것으로 보이고, 청구법인 스스로가 쟁점토지를 취득하기 이전부터 임야를 개발하여 주택부지를 공급할 목적으로 토목공사·기초공사·조경공사 등을 진행하였다고 주장하고 있어 사실상 임야로 보기 어려운 점, 국세청 전산자료에 따르면 쟁점토지는 청구법인이 보유하고 있던 기간 동안 나대지로써 매년 종합합산과세대상 토지로 분류되어 재산세가 부과된 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 부동산 개발업 등을 영위하는 법인으로 쟁점토지를 사업목적에 사용하였으므로 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법 제55조의2에서는 내국법인을 적용대상으로 규정하고 있을 뿐 부동산 개발업 등의 업종에 대해 별도로 규정하고 있지 아니하므로 청구법인의 경우와 같이 부동산 개발 및 분양업을 주업으로 하는 법인이 보유하던 토지라고 하여 비사업용 토지의 요건을 달리 적용하는 것은 아닌 점, 쟁점토지의 취득일부터 양도일까지 기간 동안 쟁점토지 위에 건축물 등을 착공하였음을 입증할 수 있는 공사 도급계약서나 세금계산서 등의 증빙이 확인되지 않는 점, 쟁점토지의 착공신고서 상 착공예정일은 쟁점토지의 양도일 이후이고 2020년에 쟁점토지를 촬영한 항공사진 상에서도 나대지로 방치되어 있을 뿐 건축물 신축을 위한 착공은 이루어지지 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 보건대, 청구법인은 쟁점토지의 각 필지별 취득가액을 재산정해야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 청구법인이 지출한 비용이 쟁점토지와 관련된 것인지 알 수 없다는 의견을 제시하였는데, 법인세법은 부동산을 일괄하여 취득하여 그 취득가액의 구분이 불명확할 경우 양도소득을 계산하는 방법에 대하여 명시적으로 규정하고 있지 않으나, 소득세법 제100조 제2항 등에 따르면 기준시가에 의하여 총 취득가액을 안분하고, 기준시가가 없는 경우 장부가액으로 안분하도록 되어 있는바, 이 건과 같이 토지를 일괄 취득하여 각 필지별 취득가액을 알 수 없는 경우, 각 토지의 취득가액 산정은 전체 토지의 취득가액에 대해 각 필지의 기준시가 비율로 안분하여 산정해야 하는 것이 타당(조심 2011서2808, 2011.11.15., 조심 2023서3508, 2023.10.4., 참조)하고, 청구법인은 2023.11.23. 심판관회의에 출석하여 쟁점토지가 분할·합병되어 각 필지별 취득당시의 기준시가를 알 수 없다는 처분청의 의견에 대해, 취득당시의 기준시가를 제시할 수 있다고 진술한 점, 청구법인이 쟁점토지의 취득부대비용이라고 주장하며 제출한 ＜별지3＞의 세금계산서, 은행거래내역 등의 증빙들이 심판청구단계에서 제출되어 처분청에서 이를 구체적으로 검증하지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인이 제출한 쟁점토지의 취득부대비용과 각 필지별 취득가액이 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 청구법인의 쟁점토지 양수·양도 내역 ＜별지2＞ 청구법인 제출 쟁점토지 조성공사 사진(2010년∼2017년) ＜별지3＞ 청구법인 제출 쟁점토지 취득부대비용