쟁점아파트는 이 사건 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권에 해당하게 되었고 소득세법§94①이 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득과 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득을 구분하고 있는 등 소득세법령이 주택과 조합원입주권을 엄격히 구분하고 있으므로 청구인이 관리처분계획인가 이후에도 쟁점아파트에서 계속 거주하였다는 사정만으로 이 사건 양도를 부동산을 취득한 수 있는 권리인 조합원입주권의 양도가 아닌 주택의 양도로 볼 수 없는 점, 소득세법§95②본문에서 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전 부동산 양도차익에 대해서만 장특공제를 적용한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단됨
심판청구를 기각한다.
(1) 쟁점아파트는 주택으로 의제할 수 있으므로 주택에 대한 장기보유특별공제 규정을 적용하여야 한다. (가) 청구인은 이 사건 관리처분계획인가 이후에도 쟁점아파트에 계속하여 거주하면서 실제 주거용으로 사용하였고, 2018.3.14. 이를 양도한 이후에도 매수인과 전세 임대차계약을 체결하고 임차인으로 계속하여 거주하였는바(이 사건 관리처분계획인가 이후 2019년까지도 계속하여 쟁점아파트에 대한 공동주택 공시가격이 공표되었음), 주택법 및 행정안전부 예규(행정안전부 지방세운영과1-2018.1.2.) 등에 의하면 이 사건 양도는 주택의 양도에 해당한다. (나) 따라서, 쟁점아파트의 취득일부터 양도일까지 양도차익 전부에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 산정함이 타당한바, 처분청이 관련 규정들에 대한 종합적인 검토 없이 쟁점아파트의 거주사실과 사실적 용도를 주택으로 인정하지 않고, 소득세법제95조 제2항만을 단편적으로 적용하여 이 사건 양도를 주택이 아닌 조합원입주권의 양도로 보아 이 사건 관리처분계획인가 이후부터 양도일까지의 기간에 대한 장기보유특별공제를 배제한 것은 관련 법령에 배치되고 납세자간 과세평형을 침해하여 조세평등원칙에 위배되는 부당한 처분이다. (다) 처분청은 쟁점아파트 양도당시 소득세법제88조 양도의 정의에 “조합원입주권”이 정의되어 있지 않았음에도 불구하고 관련법령인 도시 및 주거환경 정비법제74조를 인용해석한 소득세법 제95조 양도소득금액 기준을 근거로 청구주장이 부당하다고 하면서도, 청구인의 관련 법령 해석에 대해서는 확대해석이라고 부정하는 모순된 주장을 하고 있다. 2020.8.18. 법률 제17477호로 개정된 소득세법제88조에서 양도의 정의에 “조합원입주권”에 대한 정의가 규정되었으므로 쟁점주택 양도 당시 소득세법제88조 양도 정의에는 조합원입주권의 양도가 규정되어 있지 않았다. 이처럼 소득세법에서 양도의 정의에 조합원입주권의 정의가 규정된 것은 여러 법령에서 발생하는 이해충돌을 방지하고 명확한 기준의 필요성이 대두되었기 때문이었을 것이다. (라) 아울러 청구인이 “장기보유특별공제에 대해 지나치게 확대해석하였다”는 답변도 “처분청 또한 당시 관련 법령과 조세행정을 감안할 때 확대해석이 가능하다는 것과 청구인의 관련법을 포괄한 법령해석이 부당하지 않았음을 인정하고 있음”을 방증하는 내용이다.
(2) 처분청은 청구인이 2018년 4월 양도소득세 신고 후 2023년 3월 과세예고통지전까지 약 5년여 동안 어떠한 통지도 하지 않고, 청구인의 신고ㆍ납부내역을 방치하다가 국세청의 기획점검 지적을 받은 후 부과제척기간이 임박한 시점에서야 기납부내역 검토, 사실관계 소명절차, 관계 법령 유권해석 없이 과소신고를 사유로 신고불성실가산세와 약 5년분에 해당하는 고액의 납부불성실가산세까지 포함한 양도소득세를 일방적으로 경정ㆍ고지하였는바, 이는 국세부과권을 오용하여 조세경정시 그 책임을 오롯이 납세자에게 전가하는 것으로 납세자의 권익을 심각히 침해할 뿐만 아니라 국가공무원 복무규정 등에 반하는 행정행위에 해당하므로 경정ㆍ고지 이전 기간에 대한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. (가) “부과제척기간”은 “국세를 부과할 수 있는 기간”의 의미로서 “부과기간에 대한 정의”이지 “자진신고 세목에 대한 검토, 승인, 종결 기한에 대한 기준”은 아니다. 그럼에도 자진신고 세목은 부과제척기간 내에만 검토하고 경정처분하면 된다는 조세행정의 부당한 관행으로 처분청의 자진신고 인지 시기에 따라 납세자별 가산세가 차등 결정되고 제척기간 이후라면 가산세 없이 종결되어 버리는 복불복 식 불공정한 경정처분이 남용되어 납세자의 권익을 침해하고 있다. (나) 정상적인 신고기한내에 자진신고된 내역을 처분청이 조기에 검토, 승인, 종료할 의무와 책임이 있음에도 이를 해태하고 장기간 방치하다가 제척기간이 임박한 시점에 국세청의 기획감사가 있고 나서야 부과제척기한내 고지라는 법의 장막 뒤에 숨어서 처분청의 업무태만과 방관, 무지의 책임을 납세자에게 고액의 가산세로 전가시키는 부당한 관행을 지적하는 것이다. 즉 동일한 사항에 대해서는 동일한 업무처리과정에 의한 가산세 처분이 적용되어야 함에도 처분청의 업무태만과 방관, 무지의 정도에 따른 자진신고내역 인지시기에 따라 가산세가 없거나, 적거나, 많거나 하는 원칙 없고 공정하지 않은 조세행정에 대한 시정과 처분취소를 청구하는 것이다. 처분청이 답변서에 제시한 판례에서도 국세청의 기획감사가 없었다면 처분되지 않았을 상황으로 일선 처분청의 업무 해태와 납세자 권익 침해는 관행화 되어 있다. (다) 처분청이 청구인의 신고를 부정한 신고로 간주한다면, 그 사유는 “쟁점아파트와 같은 실제 건물상황과 사용용도를 주택으로 인정하고 있던 양도당시 관련 법령과 2018.1.1. 시행된 행정안전부-재개발, 재건축구역 멸실 예정 주택기준 등 조세행정”에 있다. 따라서 최초 청구인의 자진신고에는 정당한 사유가 있으며, 고의, 무지, 과실은 아니다.
(1) 소득세법제95조 제2항에서 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있어 이 사건 양도에 대하여 이 사건 관리처분계획인가 이후 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 배제하고 한 이 사건 처분은 정당하다.
(2) 청구인은 이 사건 처분 중 가산세 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 이 사건 처분은 국세기본법제26조의2에 의한 부과제척기간 내 적법하게 고지되었으며, 달리 청구인이 올바른 신고를 할 수 없을 만한 사유 등이 확인되지 않으므로 가산세 부과처분을 취소할 이유가 없다.
① 이 사건 양도는 조합원입주권의 양도가 아닌 주택의 양도에 해당하므로 양도차익 전부에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② 이 사건 처분 중 가산세를 감면하여야 할 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제155조(1세대1주택의 특례) ⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액
② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다. 제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.
2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다.
④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 관리처분계획등에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.
2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 “양도일 또는 취득일전후”는 “관리처분계획등 인가일 전후”로 본다.
⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.
1. 제1항 제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항 제2호 나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간
2. 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간
(1) 이 사건 재건축조합의 주택재건축정비사업 진행내역, 이 사건 양도 관련 청구인의 신고내역 등 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 이 사건 재건축조합은 쟁점아파트를 포함한 OOO 일대 26,607.7㎡의 재건축정비사업을 위하여 설립된 후 2017.11.17. 이 사건 관리처분계획인가를 받았고, AAA 주식회사를 시공사로 하여 2022.8.30. 준공인가를 받았다. (나) 청구인은 2018.1.5. BBB 및 CCC과 쟁점아파트에 관한 매매계약서를 작성하고, 2018.3.14. 이들 앞으로 소유권이전등기를 경료하였는데, 위 매매계약서의 특약사항으로 기재된 내용은 아래 <표1>과 같다. 한편, 청구인은 쟁점아파트에 관한 소유권이전등기일과 같은 날에 BBB 및 CCC과 전세보증금 OOO원에 쟁점아파트에 관한 전세임대차계약(계약기간 2년)을 체결하였다. <표1> 쟁점아파트 매매계약서의 특약사항 ㅇㅇㅇ (다) 청구인은 이 사건 양도와 관련하여 고가주택에 관한 1세대 1주택 비과세규정 등을 적용하여 아래 <표2>와 같이 양도소득세 신고를 하였고, 처분청은 이 사건 양도를 조합원입주권의 양도로 보아 소득세법제95조 제2항 등에 따라 이 사건 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용하여 이 사건 처분(아래 <표2> 참조)을 하였다. <표2> 이 사건 처분의 상세내역 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여 청구인은 이 사건 관리처분계획인가 이후에도 쟁점아파트에 거주하였으므로 이 사건 양도를 주택의 양도로 보아 쟁점아파트의 취득일부터 양도일까지의 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 조합원입주권, 즉 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 그 사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대ㆍ복리시설을 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위)는 장차 그 분양받을 주택 등에 대한 소유권을 취득할 때까지는 소득세법제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당(대법원 2007.6.15. 선고 2005두5369 판결, 참조)하는바, 쟁점아파트는 이 사건 관리처분계획인가에 따라 ‘조합원입주권’에 해당하게 되었다고 봄이 타당한 점, 소득세법제94조 제1항이 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득(제1호)과 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득(제2호)을 구분하고 있는 등 소득세법령이 ‘주택’과 ‘조합원입주권’을 엄격히 구분하는 입장에 서 있는 것으로 보이므로 청구인이 이 사건 관리처분계획인가 이후에도 쟁점아파트에서 계속 거주하였다는 사정만으로 이 사건 양도를 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’인 ‘조합원입주권’의 양도가 아닌 ‘주택’의 양도로 볼 수는 없는 점, 소득세법제95조 제2항 본문에서 조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가 전 부동산 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면 이 사건 양도에 관하여 그 양도차익 전부를 장기보유특별공제 대상으로 삼아야 한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②와 관련하여 청구인은 이 사건 처분 중 처분청의 업무해태로 인하여 발생한 가산세를 청구인에게 부담시키는 것은 부당하다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이므로 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는바(OOO 판결), 소득세법이 조합원입주권의 양도에 관하여 관리처분계획인가일 전 양도차익에 한정하여 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 명시적으로 규정하고 있으므로 그 해석상 의의(疑意)가 있다고 할 수 없고, 청구인이 자기 나름의 해석에 의하여 이 사건 양도가 주택의 양도라고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는 것으로 보이며, 청구인이 정당한 이유 없이 법에 규정된 납세의무를 위반한 이상 설령 처분청이 다른 납세자보다 청구인에게 과세처분을 늦게 하였다고 하더라도 이 같은 사정만으로 청구인에게 가산세 감면의 정당한 이유가 있다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 이 사건 처분 중 가산세를 감면하여야 할 정당한 사유가 있다는 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.