[요지] 청구법인이 허위의 세금계산서를 수취한 것으로 보이므로 이 건 부가가치세 부과처분에 대해 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다는 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어려움다만, 청구법인이 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 이용하여 기존의 필터와 다른 형태의 CTS 필터의 상품화 및 양산화에 성공한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 이와 다른 전제에서 쟁점세금계산서 상 공급가액 상당액을 손금불산입하여 법인세를 부과하고, 그 공급대가 상당액이 사외유출되고 귀속이 불분명한 것으로 보아 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 한 소득금액변동통지는 잘못이 있음
[주 문] 김포세무서장이 2022.8.24. 및 2022.8.25. 청구법인에게 한 법인세 2012사업연도분 OOO원 및 2013사업연도분 OOO원의 부과처분과 2012년 귀속분 OOO 및 2013년 귀속분 OOO원의 소득금액변동통지(대표이사 AAA에 대한 상여로 소득처분)는 이를 취소하고, 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 사건 거래는 부가가치세 매입세액 공제 및 법인세 손금 산입을 위하여 실제 거래 없이 세금계산서만 수수하는 전형적인 “자료상” 사건과는 본질적으로 다름에도 처분청은 청구법인에 대한 아무런 조사나 확인도 없이 단지 주-AAA에 대한 7년 전 세무조사결과 만을 가지고 부과제척기간에 임박하여 기계적으로 이 사건 처분을 하였다. (가) 주-AAA은 비록 2016년경 폐업하였지만, 이 사건 거래 당시인 2012년에는 슬러지 제거 여과 기계를 개발·제조할 수 있는 기술과 능력을 보유하면서 실제로 관련 사업을 영위하고 있었던 실체가 분명한 회사였고, 청구법인 역시 마찬가지이다. 이 사건 거래는 선박평형수 처리시스템 의무화 정책 시행으로 선박평형수 관련 시장이 각광받자, 필터제조기술을 보유한 청구법인이 새로운 슬러지 여과ㆍ제거 장치에 탑재할 수 있는 필터개발을 위하여 슬러지 여과 기계 제조기술을 보유한 주-AAA과 시험설비(시제품)를 제작하기로 하는 통상적인 거래였다. (나) 만일 이 사건 거래가 조세회피목적으로 이루어진 가공의 거래라면, 주-AAA이 자신의 자본과 시간을 투입하여 시험설비를 제작ㆍ납품할 이유도 없고, 청구법인 역시 OOO억원이 넘는 거금을 주-AAA에게 실제로 지급할 이유가 없으며, 주-AAA 역시 관련 매출을 신고하고 법인세 및 부가가치세를 납부할 하등의 이유가 없다. (다) 또한 이 사건 거래가 가공거래라는 의심이 있다면, 처분청으로서는 응당 거래 당사자인 청구법인에 대하여 이 사건 거래에 대한 최소한의 조사나 확인을 했어야 했다. 그러나, 처분청은 OOO세무서장이 2015년경 주-AAA을 가공세금계산서 발급 및ž수취 혐의로 고발까지 하였음에도 불구하고 무려 7년 동안 청구법인에 대하여는 아무런 확인도 하고 있지 않고 있다가, 부과제척기간이 임박한 2022.4.1. 청구법인에게 해명자료 제출 안내문을 보낸 후 면밀한 검토도 없이 기계적으로 이 사건 처분을 하였다. (라) 처분사유에 대한 입증책임이 있는 처분청으로서는 이 사건 거래가 가공거래임을 적극적으로 입증해야 할 것이지만, 처분청은 주-AAA이 가공세금계산서 발급행위로 형사처벌을 받았다는 단 하나의 사정에만 의존하여 거래상대방인 청구법인과의 거래를 전부 가공거래로 보고 이 사건 처분을 한 것이다.
(2) 이 사건 거래는 청구법인과 주-AAA 간에 슬러지 제거ㆍ여과기계 개발 및 납품 계약(이하 “이 사건 계약”이라 한다)을 맺고 이에 따라 쌍방의 의무 이행이 이루어진 거래로서 그 실체가 객관적으로 존재하는 거래이다. (가) 대법원은 납세의무자가 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정도 원칙적으로 과세관청이 증명해야 하고(대법원 2021.9.16. 선고 2017두68813 판결, 참조), 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임도 과세관청이 부담하여야 한다(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결, 참조)는 입장인바, 처분청은 이 사건 처분을 하기 위해서는 청구법인이 주-AAA에게 이 사건 계약에 따른 대금을 전혀 지급하지 않았거나 지급한 외관만을 형성한 채 전부 반환받은 사실, 주-AAA이 청구법인에게 이 사건 계약에 따른 시험설비를 납품하지 않았거나 아무런 용역도 제공하지 않은 사실에 관한 증명책임을 부담한다. (나) 그러나 주-AAA은 이 사건 계약에 따라 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 제작하여 청구법인에게 인도하였고, 청구법인은 주-AAA에게 그 대금을 전부 지급하였으며(이를 반환 받은 적도 없다), 위 시험설비로 청구법인의 종전 필터 성능테스트 및 개발을 계속 진행하여 납품 실적을 쌓고 있는바, 이 사건 거래 전부가 가공거래임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법ㆍ부당하므로 취소되어야 한다. (다) 청구법인이 2012.11.5. 주-AAA과 슬러지 제거ㆍ여과기계의 개발 및 납품을 위하여 이 사건 계약을 체결하게 된 배경은 다음과 같다. 2004년 경 선박평형수의 무분별한 배출이 각종 생태계 교란과 수질 환경오염을 일으키는 주요 원인이 되고 있다는 지적에 따라 모든 외항선에 대한 선박평형수 처리 설비 설치가 의무화되었다. 이에 따라 국내 조선업계는 선박평형수 처리 시스템 개발 시장에 적극적으로 참여하였고, 이 과정에서 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)는 2010년 1월 경 당시 슬러지 여과 필터 제조 시장에서 독보적인 기술력과 품질을 인정받고 있었던 청구법인을 찾아와 슬러지 제거 기계와 내부필터의 국산화를 위한 공동개발을 제의하였다. 이에 청구법인은 2010.4.19. OOO에게 성심껏 회신하였으나 OOO측의 무리한 요구로 공동개발을 중단하기로 하고 자체개발로 사업방향을 전환하였으나, 필터 제조가 주 분야인 청구법인으로서는 필터 이외의 다른 추가적인 기술이 필요한 여과 기계까지 직접 개발하여 제작하는데 한계를 느끼고 내부 필터만 직접 개발하여 국산화하고, 슬러지 제거ㆍ여과 기계는 외부업체를 선정하여 연구개발 및 제작하기로 하였다. 때마침 2011년 초 경 주-AAA이 선박평형수 슬러지 여과ㆍ제거 기계를 개발해 보자는 제의를 해 옴에 따라 주-AAA의 기술력을 검토한 후 2012.11.5. 이 사건 계약을 체결하게 된 것이다. (라) 청구법인은 이 사건 계약에 따라 주-AAA로부터 실제로 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 인도받았으므로 이 사건 거래를 두고 실체가 없는 가공거래라고 할 수는 없다. 이 사건 계약은 주-AAA이 청구법인의 OOO 필터 장착이 가능한 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품(공장 내 시험설비 1대, 현장 시험설비 1대)을 설계 및 제작하고, 청구법인은 위 시험설비 제작 대금 및 해당 기계에 탑재될 필터를 제공하는 것을 내용으로 하는 계약으로서, 당시 청구법인이 개발 중이던 OOO 필터를 장착하여 정화 능력과 품질 등 성능테스트를 위한 시험설비(시제품) 제작을 목적으로 체결되었다. 청구법인은 이 사건 계약에 따라 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품 2대를 인도받았고, 이를 이용하여 OOO 필터 성능테스트 등 필터 개발을 진행하였다. 다만, OOO 필터를 탑재한 수처리장치의 상품화 및 양산화를 위하여는 추가적인 협업과 별도의 계약 체결이 필요한 상황이었으나, 2016년경 주-AAA이 내부사정으로 폐업을 하면서 슬러지 제거ㆍ여과 기계 시제품 자체는 시제품 테스트에 그치게 되었다(이후 청구법인은 OOO 필터 상품화 및 양산화에 성공하여 다른 업체에 OOO 필터를 납품하고 있음). (마) 청구법인은 이 사건 계약이 정한 바와 같이 주-AAA에게 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 제작 및 개발 기성고에 따른 대금 전액을 지급하였다. 처분청은 주-AAA이 사기 및 허위 세금계산서 발행 혐의 등으로 유죄판결을 받은 형사사건(이하 “이 사건 관련 형사사건”이라 한다), 주-AAA의 대표이사 BBB 및 관리부장 CCC의 일방적인 추측성ㆍ회피성 진술만을 근거로 청구법인이 대금전액을 반환받았다고 추단한 것으로 보이는데, 주-AAA로부터 시험설비 2대를 인도받은 마당에 청구법인으로서는 계약 상대방에게 지급한 대금을 반환받을 이유가 없으며, 실제로 반환받은 바도 없다. 위 형사사건의 피고인들인 BBB 및 CCC이 청구법인으로부터 지급받은 대금 전액을 출금하여 청구법인에게 현금으로 반환하였다는 취지로 진술하였고, 처분청이 그러한 피고인들의 진술을 과세자료 삼아 청구법인에 대한 과세처분에 나아가고자 하였다면, 과세요건사실에 관한 증명책임을 부담하는 처분청으로서는 주-AAA에 대한 세무조사 및 고발을 하였던 2015년경 당시 최소한 청구법인이 주-AAA에 대금을 지급한 전후로 그 지급된 대금에 상응하는 현금이 출금된 거래내역, 주-AAA이 청구법인에게 해당 대금을 반환한 경위(현금흐름) 및 그 범위 등을 확인한 후에 청구법인에게 해명자료 요청을 하였어야 한다. 그런데 처분청은 객관적 증거 확보를 위한 최소한의 노력도 하지 않은 채 만연히 시간을 보내다가, 청구법인으로서는 이 사건 거래 관련 자료를 확보하기조차 어려운 시점에 이르러서야 이 사건 거래를 가공거래로 보아 이 사건 처분을 한 것이다.
(3) 이 사건 처분은 근거과세 원칙에 명백히 반하는 위법ㆍ부당한 처분이다. (가) 이 사건 관련 형사사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 행정소송에서도 유력한 증거자료가 될 것이나, 다른 증거에 비추어 형사판결의 사실판단을 그대로 채용하기 어렵다고 인정될 경우에는 당연히 이를 배척할 수 있다(대법원 2006.9.14. 선고 2006다27055 판결, 2010.5.27. 선고 2009다12603 판결 등 다수 참조). (나) 처분청은, 이 사건 관련 형사사건에서 주-AAA 직원이 한 일방적인 추측성 진술 외에 아무런 객관적인 근거도 없이, 거래상대방인 청구법인에 대하여는 실질적인 조사를 일절 하지 않은 채 이 사건 거래 이후 무려 10년이 지난 시점에 갑자기 이 사건 거래가 가공거래라면서 이 사건 처분을 하였다. 그러나, 청구법인은 이 사건 관련 형사사건에 아무런 관여도 하지 못했다. 즉, 청구법인이 이 사건 관련 형사사건에서 이 사건 거래와 관련한 자료를 제출하거나 진술의 기회를 갖는 등 방어권을 행사할 기회가 전혀 없었고, 심지어 주-AAA은 이 사건 거래에서 청구법인과 이해관계가 상반되는 자로서, 이 사건 거래가 가공거래로 인정되면 세무상으로는 매출도 부인되므로 법인세 및 부가가치세를 환급받게 되는 자인바, 이 사건 관련 형사사건에서 문제가 된 수많은 거래 중에 극히 일부에 불과한 이 사건 거래에 대하여 청구법인의 입장을 적극적으로 피력하였을 리 만무하며, 이 사건 관련 형사사건 조서에 기재된 피의자 내지 피고인들의 진술내용이 전부사실에 부합하는 것도 아니다. 실제로 이 사건 관련 형사사건에서 주-AAA 직원 CCC은 부정확한 기억에 의존하여 단순히 “대부분 매출금액이 비정상적으로 큰 것들”을 허위 매출거래라고 추측진술을 하거나, 청구법인으로부터 지급받은 자금의 유용사실을 회피 내지 축소하기 위한 방어적인 진술을 하였고, 주-AAA 대표이던 BBB 또한 청구법인으로부터 지급받은 자금의 유용과 관련하여 횡령 내지 배임 등 추가 혐의 성립 우려로 인하여, 아예 청구법인이 기억도 나지 않는다는 거짓진술을 하거나, 대금 반환 내역에 관한 질문에 대하여 “전액 현금으로 출금하여 송금하여 주지 않았나 싶습니다.”고 하여 불확실한 추측진술을 하였을 뿐이다. 이에 더하여 청구법인과의 대질조사 없이 이루어진 BBB 및 CCC의 일방적인 진술로서 사실과 다른 내용이 그대로 기재되어 있음에도 처분청이 청구법인에 대한 아무런 조사 없이 이 사건 처분의 과세근거로 삼는 것은 일반인의 상식으로도 납득하기 어렵다. (다) 특히 이 사건 관련 형사사건에서 가공거래로 인정된 거래 가운데 국세심사위원회 이의신청 과정에서 진성거래로 인정받은 사안이 존재한다. 이 사건 관련 형사사건에서 이 사건 거래와 함께 가공거래로 판단된 ‘주-AAA과 주식회사 BBB(이하 “주-BBB”라 한다) 사이의 거래’와 관련하여, 과세관청은 주-BBB에게 이 사건 관련 형사사건에 근거하여 위 거래에 따른 세금계산서가 실물거래 없는 가공매입임을 이유로 부가가치세 및 법인세를 경정ㆍ고지하였고, 이에 주-BBB가 이의신청을 하였는데, 국세심사위원회는 주-BBB가 제출한 설비납품 서류 등을 검토하여 이 사건 관련 형사사건의 사실인정에도 불구하고 주-BBB와 주-AAA 사이의 거래 전부를 가공거래로 볼 수 없다고 판단하였다. (라) 이 사건 거래의 경우에도 청구법인은 이 사건 계약에 따라 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 납품받고 그 대금을 전액 지급하였고, 청구법인이 위 설비를 이용하여 OOO 필터 개발을 계속 진행하여 현재까지 납품실적으로 쌓고 있으며, 이를 증명하는 각종 증빙서류들이 존재하는 등의 사실을 종합해 보면 이 사건 거래도 단지 이 사건 관련 형사사건에서 자료를 제출하거나 항변할 기회가 없었던 것일 뿐, 처분청이 내세우는 사정만으로는 이 사건 거래 전부를 가공거래라고 볼 수 없다. (마) 처분청이 답변서에서 이 사건 거래가 가공이라고 하면서 근거로 든 논리에 대하여 반박하자면, 청구법인이 2010년 OOO에 제출한 슬러지 제거ㆍ여과기술 개발 관련 보고서 내용과 2013년 주-AAA과의 이 사건 계약에 따라 작성한 슬러지 제거·여과기술 개발 관련 보고서는 OOO과 공동개발이 무산된 후 주-AAA과 진행한 사정 등을 고려하면 그 내용이 동일한 것이 당연하고, 2013.7.26.자 연구진행개요보고서는 이 사건 거래와 무관히 교육과학기술부 등에 보고를 위해 만든 자료이므로 청구법인 소속 연구진들만 기재되어 있는 것이 당연하며, 주-AAA이 2013.11.10. 작성한 잔금지급요청 시행문에 있는 잔금지급내역 역시 금융증빙과 대조해 보면 사실에 부합한다는 점을 알 수 있고, 2013.2.4. 청구법인 명의 법인계좌에서 이체된 금액 또한 이 사건 거래를 위한 사급자재 구매 등을 위하여 지출된 금액임이 확인되며, 청구법인은 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 인도받은 후 이를 ‘원재료(원자재)/외상매입금’ 계정과목에 전부 빠짐없이 계상하였는바, 이러한 내용들에 대한 확인 없이 부과한 이 사건 처분은 과세근거가 없다.
(4) 주-AAA이 쟁점세금계산서의 매출세액을 전부 정상적으로 신고ㆍ납부하였으므로 대법원 판례에 따를 때, 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분은 부과 제척기간이 도과한 위법한 처분이다. (가) 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2022.5.26. 선고 2022두32825 판결, 대법원 2014.2.27. 선고 2013두19516 판결 등 참조)는 것이 대법원과 조세심판원의 입장이다. (나) 그런데, 청구법인은 주-AAA이 당연히 쟁점세금계산서상 매출세액을 적법하게 신고하고 그에 따른 세금을 납부한 것으로 알고 있었으며, 실제로도 주-AAA은 쟁점세금계산서상의 매출세액 전부를 정상적으로 신고ㆍ납부하였다. 따라서, 백 번 양보하여 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도 청구법인에게는 주-AAA이 쟁점세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 청구법인이 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 아무런 인식도 없었는 바, 청구법인의 쟁점세금계산서 수취행위는 ‘사기 기타 부정한 행위’로 국세를 포탈한 경우에 해당하지 않으므로 5년의 부과 제척기간이 적용되어야 한다. (다) 따라서 이 사건 처분 중 2012년 제2기 및 2013년 제2기에 대한 부가가치세 부과처분은 그 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 위법한 처분이다.
(1) 청구법인은 실제로 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 인도받고 그 대금을 지급하였으므로 쟁점세금계산서가 사실에 부합한다고 주장하나, 다음과 같은 점을 보면 이 사건 거래가 실물 수수 없이 이루어진 가공거래로 쟁점세금계산서가 허위의 세금계산서임을 알 수 있다. (가) 청구법인이 2010년 OOO에 제출한 슬러지 제거ㆍ여과기술 개발 관련 보고서 내용과 청구법인이 2013년 주-AAA과 공동개발 협약에 따라 작성한 슬러지 제거ㆍ여과기술 개발 관련 보고서 내용이 완전히 일치할 뿐만 아니라, 2013년 7월 26일 작성한 연구진행개요보고서에 기재된 참여연구진은 청구법인의 연구원들 명단만 나와 있고 주-AAA 연구원들이 참여한 정황이 확인되지 않는다. (나) 청구법인이 청구주장을 입증하기 위하여 제출한 잔금정산내역 시행문(2013.11.10.)을 보면 기입금내역 중 시행일자 이후인 2013.11.14.자 입금내역이 기재되어 있는 등 관련 서류가 조작 또는 허위로 작성되었을 가능성이 있어 제출서류의 신빙성을 담보할 수 없다. (다) 청구법인은 주-AAA로부터 슬러기 제거ㆍ여과기계 시제품의 납품 내지 개발용역을 제공받고 대금을 지급하였다고 주장하나, 청구법인이 제출한 금융거래내역을 보면 2013.2.4.자 송금액 OOO원의 상대계좌주는 주-AAA이 아니라 서울 강남에 위치한 유흥업소 직원 이○연으로 확인되고, 같은 날 OOO원은 주-AAA이 아닌 청구법인의 대표이사 AAA 명의의 계좌로 입금된 것으로 확인되는바 청구법인의 대금지급 주장 역시 신뢰하기 어렵다. (라) 청구법인은 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품 2대를 OOO공장으로 납품받았다고 주장하나, 2012년도 및 2013년도의 청구법인의 부가가치세 신고서 및 법인세 신고내용을 보면 기계장치 매입에 따른 고정자산 매입분 부가가치세 신고내역이 없고 대차대조표상에 기계장치 가액의 변동사실이 구매내역과 일치하지 않으며, 자사의 연구원이 투입되어 연구하였음에도 법인세 신고서상의 연구개발비 명세에는 이 사건 거래 내역에 대한 신고내용이 확인되지 않는바, 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵다. (마) 무엇보다 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 납품과 관련하여 실제 기계를 납품받은 내역을 확인할 수 없다. 청구법인은 납품받은 기계라고 하면서 사진을 제시하고 있지만, 소액의 상품에도 표시되는 제조원 및 제조상세내역을 확인할 수 있는 내역을 제시하지 못하고 있고, 해당 기계가 현재 공장에 설치되어 있는지 여부에 대하여 명확히 설명하지 못한다. (바) 이상과 같은 내용들을 보면 주-AAA 대표자 BBB이 2015.11.30. 인천지방검찰청에 출석하여 진술한 내용, 즉 청구법인이 주-AAA 법인계좌로 OOO원을 송금하였으나 추후 부가세를 제외한 금액을 현금으로 출금하여 돌려줬다는 진술이 보다 합리적이며 신뢰성이 있다 할 것이다.
(2) 청구법인은 처분청이 아무런 객관적인 증빙 없이 이 사건 관련 형사사건의 신문조서 및 판결문만으로 이 사건 거래를 가공거래라고 판단하였다고 하나, 상술한 바와 같이 청구법인은 쟁점세금계산서가 사실에 부합하는 세금계산서임을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙을 전혀 제출하고 있지 못하고 있다. (가) 청구법인은 이해관계에 따라서 임의작성이 가능한 납품계약 및 공동개발협약서, 견적서, 설계도, 출처를 알 수 없는 제품 사진만을 제시할 뿐, 그 외 구체적인 공동개발 및 납품 관련 서류 등 청구법인의 주장을 입증할만한 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있다. 즉, 청구법인은 주-AAA과 공동으로 슬러지 제거ㆍ여과기계 및 필터 개발을 하였다고 하지만, 청구법인의 용역보고서만 확인될 뿐 주-AAA이 기술개발에 참여하면서 발생한 용역은 확인되지 않는다(주-AAA의 연구결과에 대한 보고가 전혀 존재하지 않음). (나) 또한 청구법인이 쟁점세금계산서의 거래대금을 지급한 것이라고 하여 제출한 증빙서류는 쟁점세금계산서와 그 거래시기 및 금액 등이 일치하지 아니하여 청구법인이 주장하는 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 공동개발 및 납품 관련 대금을 지급한 것으로 인정하기 어렵다. (다) 이 사건 관련 형사사건 당시 주-AAA의 대표자 BBB과 관리부장 CCC은 검찰에서 다음과 같은 내용 즉, ‘2012년에 매출이 줄어 직원들의 임금 체불된 상태였다, 2012년 제2기 및 2013년 제2기에 청구법인에 발급한 쟁점세금계산서는 가공거래에 따른 세금계산서이다, 청구법인으로부터 공급가액의 5%인 OOO원을 수취하고 세금계산서를 발급해주었다, 청구법인은 비자금을 만들기 위해 허위 세금계산서를 수취하였다’는 진술 등은 그 내용이 합리적이며 신뢰성이 있다. (라) 또한, BBB과 CCC이 쟁점세금계산서 등의 허위 세금계산서를 발급한 혐의 등으로 각 징역 2년 6월, 징역 1년을 선고받은 판결이 확정되었는바, 다른 증거들에 비추어 위 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 것으로 판단된다(대법원 98두10424, 1999.11.26.).
(3) 청구법인은 주-AAA이 쟁점세금계산서 관련 부가가치세를 전액 납부하였으므로 이 사건 처분 중 부가가치세부과처분에 대해서 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없다고 주장하나, 이는 사실과 다르다. (가) 주-AAA은 2012년 제1기부터 2015년 제2기까지 계속하여 가공매출세금계산서를 발급하였는데 CCC은 가공매출로 인한 세액을 줄이기 위해 고의적으로 가공매입세금계산서도 발급한 것으로 진술하였고, 실제 가공매입세금계산서도 확인되어 주-AAA은 처음부터 부가가치세를 줄이려는 의도가 있었다. (나) 또한 부천세무서장이 주-AAA에 대한 조사 종결 후 가공매출, 가공매입을 부인하고 부가가치세를 경정하면서 발생한 OOO백만원의 경정감 내역과 현재는 소멸시효 완성된 체납액인 OOO백만원을 합산하면 주-AAA은 자료상 행위를 하였던 기간에 총 OOO백만원의 부가가치세를 체납한 것으로 확인되므로, 부가가치세를 정상적으로 납부하여 부과제척기간을 5년으로 하여야 한다는 청구법인의 주장은 부당하다.
3. 심리 및 판단
① 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 청구주장의 당부
② 이 사건 처분 중 부가가치세 부과처분의 경우 부과제척기간(5년)을 도과하였다는 청구주장의 당부
(1) 부가가치세법 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 부가가치세법 시행령 제67조(세금계산서) ② 법 제32조 제1항 제5호에 따라 세금계산서에 적을 그 밖의 사항은 다음 각 호와 같다.
1. 공급하는 자의 주소
2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소
3. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목
4. 공급품목
5. 단가와 수량
6. 공급 연월일
7. 거래의 종류
(3) 국세기본법 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.
1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)
2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우: 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.
(4) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.
(5) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위
(1) 이 사건 관련 형사사건에 대한 검찰 수사 당시 BBB 등이 진술한 내용, 쟁점세금계산서 관련 대금이체 금융증빙, 청구법인과 주-AAA 간 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품 제작 관련 협약서 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인 및 주-AAA에 관한 기본정보는 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 청구법인 및 주-AAA의 기본정보 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인은 2012.11.5. 주-AAA과 사이에 아래 ＜표3＞과 같이 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품 납품 계약 및 공동개발 협약(이 사건 계약)을 체결하고, 2012년 제2기 및 2013년 제2기에 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 납품받거나 그 개발용역을 제공받아 쟁점세금계산서를 발급받았다고 주장하고 있고, 그 쟁점세금계산서의 상세내역은 아래 ＜표4＞와 같다. ＜표3＞ 청구법인과 주-AAA 간 체결한 이 사건 계약 ㅇㅇㅇ ＜표4＞ 쟁점세금계산서의 상세내역 (단위: 원) 순번 작성일자 품목 공급가액 세액 1 2012.11.16. 슬러지 제거 여과기계 OOO OOO 2 2012.12.3. 슬러지 제거 여과기계(중도금) OOO OOO 3 2012.12.24. 슬러지 제거 여과기계 OOO OOO 4 2013.8.28. 슬러지 제거 여과기계 OOO OOO 합 계 OOO OOO (다) 청구법인이 주-AAA에게 쟁점세금계산와 관련하여 지급한 대금이라고 주장하면서 제출한 은행계좌 송금내역을 정리하면 아래 ＜표5＞와 같다. ＜표5＞ 청구법인의 주-AAA에 대한 대금지급내역 ㅇㅇㅇ (라) 검찰은 BBB 및 CCC(주-AAA에서 자금관리 등을 담당하였던 부장)이, 2011년 경 매출 감소 및 매출채권의 회수율 저하로 주-AAA의 경영상황이 악화되자, 국책 연구과제 등을 정상적으로 수행할 것처럼 꾸며서 정부출연금을 교부받아 사용하고 수수료를 챙겨 사용하기 위하여 쟁점세금계산서 등(아래 ＜표6＞ 참조)을 허위로 수수하였다고 보아 2015년 경 이들을 기소하였다. ＜표6＞ 법원이 주-AAA의 허위 매출세금계산서라고 판단한 것 중 일부 (단위: 원) 연 번 거래처명 과세기간 계산서 공급가액 세액 2 주-BBB 2012년 2기 확정 2 OOO OOO 3 청구법인 2012년 2기 확정 3 OOO OOO 8 주-BBB 2013년 1기 확정 1 OOO OOO 10 주-BBB 2013년 2기 예정 5 OOO OOO 12 청구법인 2013년 2기 예정 1 OOO OOO 15 주-BBB 2013년 2기 확정 1 OOO OOO
1. 이 사건 관련 형사사건의 검찰수사 당시 CCC은 쟁점세금계산서가 허위의 세금계산서이고, 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인으로부터 지급받은 금액 중 부가가치세를 제외한 금액을 돌려주었다는 취지로 진술하였다. ＜표7＞ CCC의 검찰 진술내용 ㅇㅇㅇ
2. 이 사건 관련 형사사건의 검찰수사 당시 BBB은 쟁점세금계산서가 허위의 세금계산서이고, 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인으로부터 지급받은 금액 중 부가가치세를 제외한 금액을 돌려준 것 같다는 취지로 진술하였다. ＜표8＞ BBB에 대한 2015.11.30.자 심문조서 ㅇㅇㅇ
3. 1심 법원은 검찰의 공소사실을 인정하여 BBB을 징역 2년 6월, CCC을 징역 1년 6월에 처한다고 선고(인천지방법원 2016.5.10. 선고 OOO 판결)하였고, 2심 법원은 CCC의 형을 징역 1년으로 감형하였다(BBB 및 CCC 등이 상고하지 아니하거나 상고를 취하하여 항소심이 그대로 확정되었음). ＜표9＞ 인천지방법원 2016.5.10. 선고 OOO 판결 ㅇㅇㅇ (마) OOO세무서장은 2015.12.3.부터 2016.1.11.까지 주-AAA에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과, 주-AAA이 실물 거래 없이 쟁점세금계산서 등을 수수하였다고 보아 관련 조사내용을 처분청에 통보하였고, 처분청은 청구법인에게 2021년 3월 경 및 2022년 4월 경에 쟁점세금계산서 수수 관련 해명자료 제출 안내통지를 한 후, 이 사건 처분을 하였다. (바) 청구법인과 주-AAA 간 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 실물거래가 있었는지 여부에 관하여 청구법인과 처분청의 구체적인 주장을 살펴보면 다음과 같다.
1. 청구법인이 2010년 경 OOO에 제출한 슬러지 제거ㆍ여과기술 개발 관련 보고서의 내용과 청구법인이 2013년 경 주-AAA에 제시한 필터 개발을 위한 자료 검토 문서의 내용은 대부분이 일치하는 것으로 나타나는데, 처분청은 이와 같은 사실을 근거로 실제로 슬러지 제거ㆍ여과기술 개발이 이루어진 것으로 보이지 않는다는 입장인 반면, 청구법인은 ‘2010년 보고서는 당시 OOO의 요청에 따라 청구법인이 OOO 내부필터 개발 및 슬러지 제거ㆍ여과장치 시제품 제작에 관하여 작성한 청구법인의 제안서 내지 계획서로 연구개발이 완료된 이후 작성된 사후보고서가 아니고, OOO과의 공동개발이 무산되면서 주-AAA과 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 개발하기로 한 것이기 때문에 2013년 경 주-AAA에 제시한 필터 개발을 위한 자료 검토 문서와 2010년 경 OOO에 제출한 자료는 그 내용이 동일할 수밖에 없다’고 반박한다.
2. 청구법인의 2013.7.26.자 OOO 개발 연구과제’에 대한 연구진행개요보고서를 보면 당시 청구법인 소속 연구원들만 기재된 것으로 보이는데, 처분청은 이를 근거로 주-AAA이 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 공동개발에 참여한 것으로 보이지 않는다는 의견인 반면, 청구법인은 ‘당해 연구진행개요보고서는 교육과학기술부 등에 청구법인의 기업부설연구소를 신고하는 과정에서 청구법인이 진행하고 있는 연구과제에 대하여 작성한 보고서이므로 청구법인의 연구원들만 기재하는 것이 당연하고, 오히려 당해 보고서 작성 무렵 청구법인이 실제로 이 사건 거래 관련 연구개발을 진행하고 있었다는 증거가 된다’고 반박한다.
3. 처분청은 ‘청구법인의 2012년 및 2013년 부가가치세 및 법인세 신고서에 기계장치 매입에 따른 고정자산 매입 관련 내용이 없고, 대차대조표상 기계장치 가액의 변동사실이 구매내역과 일치하지 않으며, 청구법인의 연구원이 연구에 참여하였음에도 법인세 신고서 상 연구개발비 명세에는 이 사건 거래에 대한 신고내용이 확인되지 않으므로 청구법인이 슬러지 제거ㆍ여과 기계장치 시제품을 매입하였다고 볼 수 없다’는 의견인 반면, 청구법인은 ‘이 사건 거래를 “원재료(원자재)/외상매입금 계정과목”으로 장부에 빠짐없이 계상하였고, 오히려 금융거래내역을 더하여 보면 청구법인이 주-AAA에게 이 사건 거래와 관련하여 대금을 지급한 사실이 분명히 확인된다’고 반박하면서 아래 ＜표10＞과 같은 전표 입력내역을 제출하였다. ＜표10＞ 청구법인의 슬러지 제거ㆍ여과기계 관련 전표 입력내역 (단위: 천원) 전표일자 계정과목명 차변 대변 적 요 2012.11.16. 외상매입금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2012.11.16. 부가세대급금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2012.11.16. 원재료 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2012.12.3. 외상매입금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 (중도금) 2012.12.3. 부가세대급금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 (중도금) 2012.11.16. 원재료 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 (중도금) 2012.12.24. 외상매입금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2012.12.24. 부가세대급금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2012.12.24. 원재료 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2013.8.28. 외상매입금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2013.8.28. 부가세대급금 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계 2013.8.28. 원재료 OOO 슬러지 제거ㆍ여과기계
4. 청구법인은 주-AAA이 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 제작을 위하여 청구법인에게 필터의 견적 및 사양을 요청하였고, 이를 토대로 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 설계도를 작성한 후 2013년 11월 경 해당 설계도에 따라 제작한 시험설비 2대를 청구법인의 OOO공장으로 인도하였다고 하면서 주-AAA의 BBB 명의로 발송된 2013.1.4.자 이메일(다중여과기 등의 견적 및 사양을 요청한다는 내용이 기재되어 있음), 슬러지 제거ㆍ여과기계의 설계도 및 사진을 제출하였고, 처분청은 이에 대하여 위 사진이 주-AAA이 납품한 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품임을 알 수 있는 제조원 내역 및 제조상세내역 등의 증빙이 제시되지 않았으며, 위 기계가 현재 청구법인의 공장에 설치되어 있는지도 확인되지 않는다고 반박한다.
5. 처분청은 주-AAA의 대표이사 BBB 및 관리부장 CCC이 검찰에서 위 ＜표7＞ 및 ＜표8＞과 같이 진술한 내용을 근거로 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 주-AAA에게 지급한 물품대금을 현금으로 되돌려 받았다는 입장인 반면, 청구법인은 대금을 반환받은 사실이 없고, 이에 관한 금융거래조사가 이루어지지도 않았으며, BBB이 검찰 수사 당시 횡령금액을 줄이기 위한 목적에서 쟁점세금계산서를 허위로 발급하였다고 진술한 것이라고 하면서 BBB 명의의 확인서(아래 ＜표11＞ 참조)를 제출하였다. ＜표11＞ BBB 명의 확인서의 주요 내용 ㅇㅇㅇ
6. 주-AAA이 2013.11.10. 청구법인에게 “잔금 정산내역”이라는 제목으로 보낸 문서의 내용은 아래 ＜표12＞와 같은데, 처분청은 위 문서의 ‘기입금내역’을 보면 시행일(2013.11.10.) 이후 입금내역(2013.11.14.자)까지 기재되어 있는 등 조작 또는 허위로 작성되었을 가능성이 있다는 의견인 반면, 청구법인은 위 문서 시행 이전에 주-AAA과 사이에 2013.11.14.자로 잔금 OOO원을 지급하기로 약정하였었는데 주-AAA이 청구법인으로부터 지급받아야 하는 잔금이 OOO원보다 많다고 하면서 위 문서를 보내온 것이고 실제로 2013.11.19. 주-AAA에게 나머지 OOO원을 추가 송금하였다고 반박한다. ＜표12＞ 주-AAA의 2013.11.10.자 공문 ㅇㅇㅇ
7. 처분청은 청구법인이 2013.2.4. 입금한 OOO원(위 ＜표5＞의 순번 4번 거래)의 경우 그 상대방 계좌주가 주-AAA이 아닌 서울 강남에 위치한 유흥업소 직원인 이○연의 계좌(OOO은행 OOO)로 확인되므로 사급자재비 명목으로 지급한 돈이라는 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵다는 의견인 반면, 청구법인은 주-AAA이 2013.2.2. 이 사건 계약에 따라 청구법인에게 사급자재 금액내역서 및 외주가공 거래명세표를 첨부하여 사급자재 대금결제를 요청해 옴에 따라 주-AAA이 알려준 계좌번호로 OOO원을 송금하였을 뿐이라고 반박한다.
8. 처분청은 청구법인이 2013.2.4. 주-AAA에 송금하였다는 OOO원(위 ＜표5＞의 순번 5번 거래)은 실제로는 청구법인의 대표이사 AAA의 개인계좌로 입금된 사실이 확인된다고 지적하고 있는데, 이에 대하여 청구법인은 주-AAA과의 이 사건 계약 체결 당시 OOO 필터의 장착배치(mounting)의 경우 청구법인이 직접 설계하고 자재를 발주하기로 하였기 때문에 청구법인이 이 사건 계약 상 약정된 금액에서 일부를 OOO 필터 장작배치의 자재 발주 대금으로 사용한 것이라고 주장하면서 2013.2.21.자 전자세금계산서(공급하는 자가 DDD, 공급가액이 OOO원으로 기재되어 있음) 등의 자료를 제시하였다.
9. 청구법인은 ‘2016년 경 주-AAA이 폐업하면서 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품은 테스트에 그치게 되고, 이후 위 시험설비를 활용하여 OOO 필터 성능테스트 등 필터 개발을 진행한 결과 OOO 필터의 상품화 및 양산화에 성공하여 2016년도부터 다른 업체에 OOO 필터를 납품할 수 있게 되었다’고 주장하면서 OOO 필터의 매출내역을 제출하였다. (사) 쟁점②와 관련하여 국세청통합전산망(NTIS) 자료에 따르면, 주-AAA은 쟁점세금계산서에 관하여 정상적으로 신고하였으나 일부만 자진납부하고 일부는 지연납부하고 있었고, 부천세무서장이 주-AAA을 조사한 후 쟁점세금계산서를 실물 공급 없이 발행한 허위세금계산서라고 보아 쟁점세금계산서 등에 관한 체납세액을 결정취소한 것으로 나타난다. ＜표13＞ 주-AAA의 2012년 제2기 및 2013년 제3기 납부내역 ㅇㅇㅇ ＜표14＞ 주-AAA의 부가가치세 감액경정 및 체납내역 ㅇㅇㅇ (아) 한편, 부천세무서장은 청구법인 뿐만 아니라 주-BBB도 주-AAA로부터 실물 거래 없이 허위로 아래 ＜표15＞의 세금계산서를 발급받았다고 보아 이천세무서장에게 관련 조사결과를 통보하였고, 검찰 또한 이 사건 관련 형사사건의 수사 결과 BBB의 진술 등을 근거로 주-AAA이 주-BBB에게도 실물 공급 없이 허위로 세금계산서를 발급하였다고 보았으며 법원 역시 이를 인정하였다. 이천세무서장이 OOO세무서장으로부터 위와 같은 조사결과를 통보받고 아래 ＜표15＞의 세금계산서의 매입세액을 불공제하고 공급가액 상당액을 손금불산입하는 등 하여 주-BBB에게 부가가치세 및 법인세를 경정ㆍ고지하자, 주-BBB는 2013년에 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서 중 OOO원의 세금계산서는 실제 거래가 있는 정상 세금계산서라고 주장하며 이의신청을 제기하였는데, OOO세무서장은 주-BBB가 제출한 자료 등으로 보아 실지거래 사실이 인정된다고 보아 주-BBB의 주장을 인용하였다. ＜표15＞ 주-AAA이 주-BBB에게 발급한 매출세금계산서 (단위: 원) 과세기간 계산서(장) 공급가액 세액 2012년 2기 확정 2 OOO OOO 2013년 1기 확정 1 OOO OOO 2013년 2기 예정 5 OOO OOO 2013년 2기 확정 1 OOO OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여 청구법인은 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품의 납품 내지 개발용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 발급받은 것이므로 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 주장하나, 이 사건 관련 형사사건에 대한 검찰 수사 당시 주-AAA의 대표이사 BBB 및 자금관리 담당 CCC은 청구법인과 실제 거래 없이 허위로 쟁점세금계산서를 발급하였다고 진술한 것으로 나타나고, 검찰은 주-AAA이 쟁점세금계산서를 허위로 발급하였다고 보아 대표이사 BBB 등을 조세범 처벌법위반 등의 혐의로 기소하였고, 법원이 이를 인정하여 BBB을 징역 2년 6월에 처한다고 선고한 점 등을 고려하면 청구법인이 주-AAA로부터 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 공급받은 것으로 보기는 어려워 보인다. 다만, 청구법인은 이 사건 거래를 “원재료/외상매입금 계정과목”으로 장부에 빠짐없이 계상하였다며 관련 전표 입력내역 등을 제출하였고, 청구법인이 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 이용하여 기존의 필터와 다른 형태의 OOO 필터의 상품화 및 양산화에 성공한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 OOO 필터의 개발을 위하여 슬러지 제거ㆍ여과기계 시제품을 받아 사용하였음을 부인하기는 어려운 것으로 보이는바, 처분청이 이와 다른 전제에서 쟁점세금계산서 상 공급가액 상당액을 손금불산입하여 법인세를 부과하고, 그 공급대가 상당액이 사외유출되고 귀속이 불분명한 것으로 보아 청구법인의 대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 한 소득금액변동통지는 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②와 관련하여 청구법인은 주-AAA이 쟁점세금계산서와 관련한 부가가치세 매출세액을 전액 납부하는 등 청구법인의 쟁점세금계산서 수취행위를 ‘사기 기타 부정한 행위’로 국세를 포탈한 경우에 해당하지 않으므로 이 건 부가가치세 부과처분에 대하여 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 국세청통합전산망 자료에 따르면 주-AAA은 쟁점세금계산서 발급과세기간인 2012년 제2기 및 2013년 제2기 부가가치세를 체납하고 있었고 OOO세무서장이 쟁점세금계산서를 허위의 세금계산서로 보아 그 매출세액을 감액경정하는 등 사실상 주-AAA이 쟁점세금계산서 관련 매출세액을 납부한 것으로 볼 수 없고, 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 주-AAA로부터 허위의 세금계산서를 수취한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부가가치세 부과처분에 대해 5년의 부과제척기간을 적용하여야 한다는 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.