조특법 제63조의 중소기업 지방이전 관련 세액감면요건이 충족되지 않은 것으로 보아 세액 감면을 거부한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2015.7.7. OOO에서 OOO이라는 상호로 교과서 등의 서적 출판 제조업을 영위하다, 2016.11.2. OOO로 사업장을 이전하였고, 2018.1.23. 수도권과밀억제권역 밖인 OOO로 이전하였으며, 2020.7.28. 수도권과밀억제권역 밖인 OOO로 이전한 후 현재까지 같은 장소에서 같은 사업을 영위 중이다.
• 나. 청구인은 2022.8.25. 처분청에 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하다가 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설의 전부를 이전하였음에도 착오로 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 적용하지 않았다며, 2018년 ∼ 2021년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2018년 귀속 OOO원, 2019년 귀속 OOO원 2020년 귀속 OOO원, 2021년 귀속 OOO원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구인의 수도권과밀억제권역 내 사업장이 조특법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 공장시설을 갖춘 사업장에 해당하지 않는다고 보아 2022.10.25. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.21. 이의신청을 거쳐 2023.4.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 소규모로 출판업을 영위하였고, 수도권과밀억제권역 밖으로 공장시설 전부를 이전하였으므로 조특법 제63조에 따른 수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용하여야 한다. (가) 청구인은 출판업을 영위함에 있어 원고, 조판, 디자인 교정, 교열, 번역, 편집 등의 작업을 위해 청구인이 개업 전부터 소유하고 있던 매킨토시 컴퓨터 및 관련 소프트웨어를 사용하였다. (나) 미국에서 출판 관련 컴퓨터와 소프트웨어를 개발한 후 많은 인력과 공간, 사진식자기, 도판, 활장 등의 장비를 요구하는 인쇄출판이 사라졌고, 1990년 이후부터는 소수의 인원과 좁은 공간에서도 컴퓨터 및 주변기기와 조판에 필요한 소프트웨어를 활용하는 전자출판이 대중화되어 종전보다 높은 생산성을 유지하고 있다. 청구인도 컴퓨터와 소프트웨어 등의 장비를 갖추고 출판의 주요 공정에 해당하는 기획, 원고 입수, 조판, 교정 등의 작업을 수행한 후, 효율성을 높이기 위해 필름작업, 인쇄 및 제본 등의 작업은 외주가공업체를 통해서 진행하고 있다. (다) 출판업의 특성상 단순히 외주가공비율만 가지고 ‘공장’ 여부를 판단하는 것은 현실에 맞지 않은 기준이다.

(2) 청구인은 청구인이 출판업에 사용하고 있는 매킨토시 컴퓨터를 출판업 개업 전 출판업계 근무 시 중고로 구입하였기 때문에 정확한 취득년도와 가액을 알 수 없어 재무상태표상에 계상하지 않았다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 수도권과밀억제권역인 OOO와 OOO에서 사업을 운영하면서 청구인의 주소지(아파트)를 사업장으로 하여 출판업을 운영하였고, 성장관리권역인 OOO로 이전하면서 주소지와 독립하여 사업장을 두게 된 경우이므로, 중소기업이 공장을 지방으로 이전하는 경우 감면해 주고자 하는 조특법 제63조의 취지를 감안할 때, 청구인을 공장시설 요건을 충족한 사업자로 볼 수 없다.

(2) 청구인은 매킨토시 컴퓨터 등을 중고로 구입하여 객관적 증빙자료가 없어 자산으로 인식할 수 없었고, 이에 따라 재무상태표에 기재하지 않았으며, 구사업장과 신사업장의 유형고정자산을 비교해볼 때 생산설비에 변동이 없기 때문에 구사업장에 있을 때부터 해당 컴퓨터 등을 사용하고 있었다고 주장하나, 소득세법 제160조의2 제1항 및 제2항 규정에 따르면 거주자가 사업소득금액에 대한 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일로부터 5년간 보관하도록 되어 있으며, 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 거기에 해당하는 증명서류를 받도록 되어 있으므로, 청구인이 구사업장에서부터 매킨토시 컴퓨터 등을 사용하였다는 주장은 신빙성이 없다.

(3) 따라서 청구인은 수도권과밀억제권역에서 성장관리권역으로 공장을 이전하여 세액감면 요건을 갖춘 출판업 영위 사업자가 아니라, 성장관리권역에 신규로 출판업 공장시설을 갖춘 사업자로 봄이 타당하므로, 청구인의 종합소득세 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조특법 제63조의 중소기업 지방이전 관련 세액감면요건이 충족되지 않은 것으로 보아 세액 감면을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 국세청 통합전산망에서 청구인의 총사업 내역과 청구인의 사업장 변경 이력 및 주소지 변경 이력은 <표1>, <표2> 및 <표3>과 같이 확인된다. <표1> 청구인의 총사업내역 ㅇㅇㅇ <표2> 청구인의 사업장 소재지 변경 이력 ㅇㅇㅇ <표3> 청구인의 주소지 변경 이력 ㅇㅇㅇ (나) 청구인의 2015년 ∼ 2021년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고 시 OOO 사업장의 수입금액, 표준원가명세서상 급여, 임차료, 지급수수료, 외주가공비 내역은 <표4>와 같다. <표4> 청구인 OOO 사업장의 수입금액, 표준원가명세서상 지급수수료 등 ㅇㅇㅇ (다) 청구인은 2015.7.7. 출판사 신고를 마쳤음을 주장하며 OOO시장이 증명하는 출판사 신고확인증을 제출하였고, 출판사 개업 전부터 출판업계 근무 이력(OOO, OOO, OOO 등)을 입증하기 위하여 국민연금가입자 가입증명서 및 경력증명서를 제출하였으며, 아래 <표5>와 같다. <표5> 청구인이 제출한 출판사 신고확인증과 국민연금가입증명서 사본 ㅇㅇㅇ (라) 청구인은 원고, 조판, 디자인, 교열, 변역 등의 작업을 처리하기 위해 매년 수인에게 지급수수료, 외주가공비로 계상하여 해당 금액을 지급하였다고 주장하고 있으며, 외주가공비의 입증을 위해 2015년부터 2021년까지의 거주자의 사업소득(기타소득)지급명세서를 제출하였고, 아래 <표6>과 같이 소득자별 업무 내용(글 원고, 그림 원고)을 수기로 기록하였다. <표6> 청구인이 제출한 사업소득 지급명세서 중 일부 발췌 ㅇㅇㅇ (마) 청구인은 2015.1.1.부터 2021.12.31.까지의 기간동안 OOO서장이 발급한 표준재무제표증명을 통해 표준재무상태표, 표준손익계산서 및 표준원가명세서를 제출하였고, 위 기간 중 표준재무상태표에 유형자산으로 계상된 생산설비는 없는 것으로 확인되며, 주요 계정과목의 내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 2015년 〜 2021년 기간 동안 표준손익계산서 요약 ㅇㅇㅇ <표8> 2015년 〜 2021년 기간 동안 표준원가명세서 요약 ㅇㅇㅇ (바) 청구인은 심판청구 시 종전사업장이 조특법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 공장시설을 갖춘 사업장에 해당한다는 증빙자료로 청구인이 개업 전부터 소유하고 있었다고 주장하는 매킨토시 컴퓨터 및 주변기기의 사진을 제출하였고, 아래 <표9>와 같다. <표9> 청구인이 개업 전부터 소유하고 있었다고 주장하는 컴퓨터(2003년 제작) 등 사진 ㅇㅇㅇ (사) OOO청장이 2009.10.9. OOO와 관련하여 출판업에 대한 사업장의 ‘공장’ 판단기준 설정을 위한 감면법인의 사업운영실태 확인 결과는 <표10>와 같다. <표10> 출판업에 대한 사업장의 ‘공장’ 판단기준 설정을 위한 감면법인의 사업 운영실태 확인 결과 중 일부(조심 2013중4227, 2014.12.16. ‘판단’ 부분에서 인용) ㅇㅇㅇ (아) 처분청이 작성하여 제출한 ‘종합소득세 경정청구 검토서’ 중 결론에 해당하는 부분은 아래 <표11>과 같다. <표11> 처분청이 작성하여 제출한 경정청구 검토서 중 결론 발췌 ㅇㅇㅇ (2) 이상의 사실관계와 법령 등을 종합하여 살피건대, 조특법 시행령 제54조에서는 ‘공장’이란 제조장 또는 자동차관리법 시행규칙제131조의 규정에 의한 자동차종합정비업 또는 소형자동차정비업의 사업장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것으로 규정하고 있는바, OOO 관할 OOO청장이 2009.10.9. 출판업에 대한 사업장의 ‘공장’ 판단기준 설정을 위한 감면법인의 사업운영실태를 확인한 결과에 의하면, 미국의 AAA가 1987년 매킨토시 컴퓨터 및 관련 소프트웨어를 개발한 이후 종전의 인쇄출판에서 전자출판으로 급속히 발전하여 1990년 이후에는 많은 인력과 공간 및 사진식자기, 도판, 활자 등의 장비를 요구하는 인쇄출판이 사라지고, 숙련된 소수의 인원과 좁은 공간에서도 컴퓨터 및 주변기기와 조판에 필요한 소프트웨어를 사용하여 인쇄·출판작업 보다 더 높은 생산성을 유지하고 있는 것이 일반화됨에 따라 제조활동의 일부에 해당하는 공정(인쇄, 제본)을 외주가공처리하고 있거나, 사무실 내에 내부공정에 필요한 컴퓨터와 관련 소프트웨어 등의 장비를 갖추고 출판의 주요공정에 해당하는 기획, 원고입수, 조판, 교정 등을 수행한 후 투입비용에 비해 효율이 떨어지는 필름작업, 인쇄, 제본 등의 작업을 외주가공처리하고 있더라도 중소기업 이전에 따른 감면대상에 해당하는 것으로 출판업에 있어서 ‘공장’의 판단기준을 설정하여 세액감면업무를 집행하고 있는 점(조심 2013중4227, 2014.12.16. 참조), 청구인은 2015.7.7.부터 2018.1.22.까지 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 서적출판·제조업을 영위한 사실이 있어, 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업에 해당하는 점, 현재의 출판업의 특성상 사업장의 물리적 실체를 보다 넓게 해석할 수 있는 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구인이 공장시설 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제63조(수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면) ① 수도권과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2020년 12월 31일까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일 이후 해당 공장에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도 개시일부터 6년(수도권정비계획법 제6조제1항제2호 의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 3년(수도권정비계획법 제6조제1항제2호 의 성장관리권역, 같은 항 제3호의 자연보전권역, 수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제54조(공장의 범위 등) ① 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2에서 “공장”이라 함은 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다.

② 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다. 제60조(수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면) ① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(대기환경보전법,수질환경보전법또는소음ㆍ진동규제법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 구 공장을 다른 사람에게 양도하거나 구 공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

② 법 제63조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액”이라 함은 공장의 이전일 이후 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조 제2항 제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역 안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

③ 법 제63조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우”라 함은 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

④ 법 제63조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 수도권정비계획법 제6조(권역의 구분과 지정) ① 수도권의 인구와 산업을 적정하게 배치하기 위하여 수도권을 다음과 같이 구분한다.

1. 과밀억제권역: 인구와 산업이 지나치게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 이전하거나 정비할 필요가 있는 지역

2. 성장관리권역: 과밀억제권역으로부터 이전하는 인구와 산업을 계획적으로 유치하고 산업의 입지와 도시의 개발을 적정하게 관리할 필요가 있는 지역

3. 자연보전권역: 한강 수계의 수질과 녹지 등 자연환경을 보전할 필요가 있는 지역

② 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 대통령령으로 정한다. (4) 수도권정비계획법 시행령 제9조(권역의 범위) 법 제6조에 따른 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위는 별표 1과 같다. < 수도권정비계획법 시행령 [별표1](개정 2017.6.20.) 과밀억제권역, 성장관리권역 및 자연보전권역의 범위 과밀억제권역 성장관리권역 자연보전권역

1. 인천광역시(일부)

2. 남양주시(일부)