[요지] 청구법인이 조세심판관회의 시 제출한 쟁점거래처의 사실확인서(법인 인감증명서 첨부)상 쟁점부가가치세액을 제외한 쟁점공급가액만을 청구법인에게 되돌려 주었다는 내용으로 확인하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점거래처의 납세지 관할세무서장이 쟁점부가가치세액 상당액을 그 대표자 등에게 귀속된 것으로 보아 소득처분(상여 등)을 하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라, 동 부가가치세액은 이 건 소득금액변동통지상 상여처분액에서 차감하고 원천징수분 근로소득세를 감액경정하는 것이 타당하다고 판단된다
[참조결정] 조심2012서4299
[주 문] 파주세무서장이 2022.12.29. 청구법인에게 한 2019년〜2021년 귀속 원천징수분 근로소득세 합계 OOO원(2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원)의 각 부과처분은 ㈜A의 납세지 관할인 이천세무서장이 청구법인과 ㈜A 간 실물거래 없이 수수한 2018년도분 공급가액 합계 OOO원, 2019년도분 공급가액 합계 OOO원 및 2020년도분 공급가액 합계 OOO원 총 합계 OOO원의 매출세금계산서에 각각 기재된 부가가치세 합계 OOO원을 ㈜A 대표이사 등에게 소득처분하였는지 여부 등을 재조사한 후 그 결과에 따라 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 처분청이 쟁점금액과 관련하여 각 사업연도 법인세를 경정하기 전에 사외유출된 쟁점공급가액 상당액을 회수한 후 이를 익금산입하고 사내유보로 소득처분을 하였는바, 청구법인에게 소득금액변동통지(대표자 인정상여분)에 따른 원천징수분 근로소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 평소 사업과 관련하여 법인의 자금을 정상적으로 지출하였으나, 현금영수증 등의 적격증빙을 수취할 수 없는 비용을 대체하기 위하여 그간에 정상적으로 거래해 왔던 쟁점거래처의 허정일 영업이사에게 부탁하여 2018〜2020사업연도 중에 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취한 후 각 과세기간별 부가가치세 신고 시에 쟁점부가가치세액을 매입세액으로 공제받고, 법인세 신고 시에 쟁점공급가액을 매출원가로 계상하였다. (나) 청구법인은 위 쟁점세금계산서를 수수함에 있어 쟁점금액을 쟁점거래처의 법인계좌(국민은행 OOO)로 송금한 후, 쟁점부가가치세액을 제외한 쟁점공급가액 상당액을 현금으로 돌려받아 회사경비 등으로 사용하였다. (다) 청구법인은 조사청으로부터 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 거래내용이 있었는지 여부에 대한 확인요청이 있자, 2021.12.17. 사무실에 보관하고 있던 거래명세서 등을 근거로 쟁점세금계산서를 제외하고는 쟁점거래처와 정상거래를 하였다는 내용의 소명자료를 제출하였다. (라) 이후 청구법인은 2022.1.13. 스스로 쟁점부가가치세액(쟁점거래처에게 귀속)을 제외한 쟁점공급가액 상당액을 대표자로부터 회수한 후 이를 손금불산입하고 사내유보로 소득처분 등을 하여 2018〜2020사업연도 법인세 수정신고ㆍ납부를 하였다. (마) 청구법인은 위 소명자료 제출일(2021.12.17.)부터 법인세 수정신고일(2022.1.13.)까지 조사청의 쟁점거래처에 대한 세무조사 결과내용을 알 수 없었고, 처분청으로부터 과세자료 해명통지를 받은 바도 없으며, 과세자료 파생통보가 없는 상태에서 자발적으로 자기시정 차원에서 위 법인세 수정신고를 하였던 것이다. (바) 따라서 쟁점거래처가 조사청으로부터 세무조사를 받았다는 사실만으로 쟁점세금계산서와 관련한 ‘처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 법인세 수정신고를 하였다’고 단정할 수 없다(조심 2012서4299, 2013.5.27. 참조).
(2) 쟁점부가가치세액은 쟁점거래처에게 실제로 귀속되었으므로, 청구법인에게 한 소득금액변동통지금액 및 원천징수분 근로소득세에서 이에 상당하는 금액(세액)을 각각 감액경정하여야 한다. (가) 위 (1)에서 설명한 바와 같이 쟁점금액을 쟁점거래처의 법인 계좌로 송금하였다가, 쟁점공급가액만 현금으로 돌려받았다. (나) 쟁점부가가치세액은 쟁점거래처에게 사실상 귀속되었고,법인세법 시행령제106조 제1항 제1호 다목의 그 귀속자가 법인이므로, 동 세액 상당액은 대표자 상여처분이 아니라 기타사외유출로 소득처분하는 것이 타당하다.
(1) 청구법인이 조사청에 제출한 확인서 등에 의하면, 청구법인은 조사청이 쟁점거래처에 대한 법인통합조사를 실시하던 중에 쟁점거래처와의 거래내역 중 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서 3매를 제외한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 것이라는 취지로 확인서를 작성한 후 청구법인의 대표자가 기명․서명날인을 한 것으로 나타나는바, 청구법인이 이 건의 ‘경정이 있을 것을 미리 안 경우’에 해당하므로 회수와 관계 없이 쟁점금액을 대표자에게 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지에 따른 원천징수분 근로소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다. 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2012서4299, 2013.5. 27.)는 해당 청구법인이 수정신고 전에 그 거래처의 조사내용에 대하여 인지하였음을 알 수 있는 입증자료가 제시되지 않아 청구법인의 수정신고가 ‘경정이 있을 것을 미리 안 경우’에 해당한다고 보기 어렵다는 취지로 결정된 것이므로 이 건의 사실관계와 다르다.
(2) ‘법인세법 집행기준’ 67-106-11(매출누락액 등의 상여처분)에 “각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락액 등의 금액은 그 총액(부가가치세 등 간접세를 포함한다)을 귀속자에 따라 처분한다”고 규정되어 있는바, 청구법인에게 소득금액변동통지(쟁점부가가치세액 포함)에 따른 원천징수분 근로소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 사외유출된 쟁점금액을 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 회수한 것으로 보아, 이를 대표자에게 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지에 따른 원천징수분 근로소득세를 부과한 처분의 당부
② 쟁점부가가치세액의 실제 귀속자는 쟁점거래처이므로 위 대표자 상여처분액에서 쟁점부가가치세액을 차감하고 원천징수분 근로소득세를 감액경정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 법인세법 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.
1. 제60조에 따른 신고
2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정 3.국세기본법제45조에 따른 수정신고
(2) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것
④ 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 세무조사의 통지를 받은 경우
2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우
3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우
4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우
5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우
(3) 소득세법 제7조(원천징수 등의 경우의 납세지) ① 원천징수하는 소득세의 납세지는 다음 각 호에 따른다.
3. 원천징수하는 자가 법인인 경우: 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지 제128조(원천징수세액의 납부) ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제131조(이자소득 또는 배당소득 원천징수시기에 대한 특례) ②법인세법제67조에 따라 처분되는 배당에 대하여는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날에 그 배당소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원천징수한다.
1. 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하는 경우: 대통령령으로 정하는 소득금액변동통지서를 받은 날
(4) 소득세법 시행령 제46조(배당소득의 수입시기) 배당소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다. 6.법인세법에 의하여 처분된 배당: 당해 법인의 당해 사업연도 의 결산확정일 제134조(추가신고) ① 종합소득 과세표준확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당ㆍ상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 같은 항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(법인세법에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음 다음 달 말일까지 추가신고한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고한 것으로 본다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 기초사실들이 나타난다. (가) 조사청의 쟁점거래처에 대한 세무조사 종결보고서 등에 따르면, 청구법인(대표자 A)이 2021.12.17. 조사청에게 제출한 확인서상 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 청구법인(대표자 A)의 확인서상 주요내용 (단위: 원) 거래대상자 거래내용: 2018년 제1기〜2020년 제2기 상호 쟁점거래처 거래일 공급가액 세액 합계금액 수취구분 소재지 경기도 이천시 OOO 2018년 OOO 실제거래내역없음 (쟁점세금계산서) 2019년 OOO 2020년 OOO 2020.3.13. OOO OOO OOO 실제거래내역있음 대표자 OOO 2020.3.31. OOO OOO OOO 업종 제조/석제품 2020.4.8. OOO OOO OOO 합계 OOO 상기 건은 정상적으로 석제품을 매입하여 원자재로 사용하였음을 확인합니다. 거래대금은 쟁점거래처 법인계좌로 입금함. 청구법인의 대표자 A(기명ㆍ서명) (나) 조사청은 쟁점거래처에 대한 세무조사를 종결하고, 2022.1.13. 처분청에게 쟁점세금계산서 수수와 관련한 부가가치세 과세자료(가공)를 파생ㆍ통보하였다. (다) 청구법인의 법인통장(KB국민은행 OOO) 사본 등에 의하면, 청구법인은 쟁점세금계산서 수수와 관련한 쟁점금액을 쟁점거래처의 법인계좌로 송금하였었고, 쟁점거래처 조사 직후인 2022.1.12. 쟁점공급가액만을 그 대표자 A로부터 법인계좌로 회수(무통장 입금)한 것으로 나타난다. (라) 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 쟁점거래처로부터 쟁점공급가액을 현금으로 돌려받아 회사경비로 사용하였다고 주장하고 있으나, 청구법인이 실제로 쟁점금액을 돌려받았는지 아니면, 쟁점공급가액(쟁점부가가치세액 제외)만을 돌려받았는지에 대한 증빙의 제시는 없는 것으로 나타난다. (마) 국세청 전산자료에 의하면, 쟁점거래처의 관할인 이천세무서장은 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 쟁점거래처의 매출과세표준 및 매출세액의 감액 및 세금계산서 관련 불성실가산세 등을 적용하여 2022년 2월경 쟁점거래처에게 2018년 제1기〜2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정ㆍ고지한 것으로 나타난다.
(2) 처분청이 제시한 ‘법인세법 집행기준’은 다음과 같다.
○ 법인세법 집행기준 67-106-11(매출누락액 등의 상여처분) ① 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하는 매출누락액 등의 금액은 다음 각 호에 게기하는 경우를 제외하고는 그 총액(부가가치세 등 간접세를 포함한다)을 영 제106조에 따라 처분한다.
1. 외상매출금 계상누락
2. 매출누락액의 사실상 귀속자가 별도로 부담한 동 매출누락액에 대응하는 원가상당액으로서 부외처리되어 법인의 손금으로 계상하지 아니하였음이 입증되는 금액
(3) 청구법인은 2024.4.16. 조세심판관회의에 참석하여 다음과 같이 쟁점거래처의 사실확인서 등(2024.3.13. 법원행정처로부터 발급받은 쟁점거래처의 인감증명서 첨부)을 제시하면서 쟁점부가가치세액의 실제 귀속자가 쟁점거래처이므로 이 건 청구법인의 대표자 상여처분액에서 쟁점부가가치세액을 차감하고 원천징수분 갑종근로소득세를 감액경정하여야 한다고 항변하였다. ＜사실확인서상 주요내용＞ 쟁점거래처는 쟁점세금계산서 수수와 관련한 OOO원(부가가치세 포함)이 법인계좌로 입금되면 2〜3일내에 쟁점부가가치세액을 제외한 쟁점공급가액을 수 차례에 걸쳐 현금으로 청구법인의 실질대표자 김지섭에게 반환한 사실이 있음을 명확하게 확인하며, 반환하지 않은 쟁점부가가치세액은 당해 법인의 경비로 사용하였음.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 쟁점금액과 관련하여 각 사업연도 법인세를 경정(2022.12.22.)하기 전에 사외유출된 쟁점공급가액 상당액을 회수(2022.1.12.)한 후 이를 익금산입하고 사내유보로 소득처분을 하였으므로, 청구법인에게 소득금액변동통지(대표자 상여)에 따른 원천징수분 근로소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하나,법인세법 시행령제106조 제4항은 “내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하면서 제2호에 “세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우”, 제6호에 “그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우” 등을 열거하고 있는바, 청구법인은 조사청이 2021년 말경 쟁점거래처에 대한 법인통합조사를 실시하던 중 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 쟁점거래처와 실제 거래한 내용이 있었는지 여부에 대한 확인요청을 받은 후 2021.12.17. 동 세금계산서를 실물거래 없이 수취하였다는 내용의 확인서를 제출하였던 점, 청구법인은 위 확인서를 제출한 후 2022.1.12. 그 대표자(A)로부터 쟁점공급가액 상당액을 법인계좌로 회수하고 그 다음날인 2022.1.13. 동 가액을 손금불산입하고 사내유보로 소득처분하여 각 사업연도에 대한 법인세 수정신고․납부를 한 점 등에 비추어, 쟁점금액과 관련하여 처분청의 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우에 해당한다고 보이므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대,법인세법 시행령제106조 제1항 제1호에 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 당해 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 보아 그에게 상여처분한다고 규정되어 있는바, 조사청이 쟁점세금계산서를 가공자료로 확정하였으나, 조사청의 조사종결보고서 및 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 청구법인과 쟁점거래처 간 수수된 쟁점세금계산서 외에 다른 거래분에 대하여는 정상거래로 인정하고, 쟁점거래처를 완전 자료상으로는 확정하지 아니한 점, 쟁점거래처의 관할인 이천세무서장이 쟁점세금계산서 수수와 관련하여 쟁점거래처의 그 매출과세표준 및 매출세액을 각각 감액경정한 후 쟁점부가가치세액 상당액이 청구법인에게 반환되었거나 귀속되었다고 볼만한 자료의 제시가 없는 점, 청구법인이 조세심판관회의 시 제출한 쟁점거래처의 사실확인서(법인 인감증명서 첨부)상 쟁점부가가치세액을 제외한 쟁점공급가액만을 청구법인에게 되돌려 주었다는 내용으로 확인하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점거래처의 납세지 관할인 이천세무서장이 쟁점부가가치세액 상당액을 그 대표자 등에게 귀속된 것으로 보아 소득처분(상여 등)을 하였는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라, 동 부가가치세액은 이 건 소득금액변동통지상 상여처분액에서 차감하고 원천징수분 갑종근로소득세를 감액경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.