4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점거래처들과 주문확인, 출고일정 확인, 배송기사 배차, 입고물건 확인(사진 포함) 등의 거래 과정이 담긴 OOO 연락 내역 및 거래명세서, 송금확인증 등을 제출하였다. (나) 청구법인은 쟁점거래처들이 자체적으로 창고를 보유하고 재고자산을 관리하는 업체라고 주장한다. (다) 청구법인은 쟁점거래처들이 보유한 상품 중 상품가치가 떨어지는 상품은 외부에 기부하기도 하였으므로 재고자산을 직접 관리한 업체들이라고 주장하며, OOO원의 현물기부를 한 기부금 영수증을 제출하였다. (라) 청구법인은 쟁점거래처들의 사업장에 방문하였다고 주장하며, 사업자등록증, 쟁점거래처들 직원의 명함 등을 제출하였다. (마) 처분청은 조사청의 조사결과 통보내용을 제출하였는바, 쟁점거래처들은 매출처로부터 주문을 받으면 OOO 보따리상을 통해 면세점에서 물품을 구입한 후 즉시 매출처에게 직배송하였으므로 물품을 직접 공급하지 않고 세금계산서를 발급하여 가공 세금계산서 발급 혐의가 있다고 본 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 (가) 먼저 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이고(대법원 2002.11.13. 선고 2002두6392 판결 참조), 어느 일련의 거래과정 가운데 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단해야 할 것인바(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결, 같은 뜻임), 조사청의 조사결과에 따르면 쟁점거래처들은 매입 없이 가공으로 매출세금계산서를 발급한 것으로 조사된 점, 쟁점거래처들은 OOO에서 면세품을 구입할 수 있는 OOO보따리상을 통해 면세물품을 조달하여 청구법인에게 공급하여 자료상 업체로 확인된 점, 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점세금계산서에 의한 거래와의 직접적 관련성이 확인되지 않아 구체적이고 객관적인 입증자료라고 할 수 없는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아야 할 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 선량한 관리자의 주의의무를 다하였다고 볼 수 없다는 의견이나, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 하는바(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277판결 등 참조), 청구법인은 쟁점거래처들의 사업장 등에 방문하여 사업자등록증, 명함 등을 확인한 것으로 나타나는 점, 쟁점거래처들과의 거래관계에서 발주‧대금지급‧운송‧입고 등 전 과정에서 일반적인 거래절차와 다른 특이한 정황은 발견되지 않으며, 쟁점거래처들의 직원과 지속적으로 업무연락을 하며 업무를 진행한 것으로 보이는 점, 청구법인이 OOO보따리상과 직접 연락한 정황은 나타나지 않는 점, 청구법인은 쟁점거래처들의 명의위장 사실을 알지 못하였거나, 알지 못하였음에 과실이 없다고 판단되는 점 등에 비추어 청구법인이 선량한 관리자의 주의의무를 다하지 못하였다고 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.