3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
- 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
- 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
(3) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다 (4) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2017.6.1. 주-AAA과 쟁점토지1의 양도가액을 OOO원, 잔금일자를 2017.9.30.로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 OOO원을 계약일 당일 지급하였고, 2017.6.1. AAA와 쟁점토지2의 양도가액을 OOO원, 잔금일을 2017.9.30.로 하는 매매계 약을 체결하면서 계약금 OOO원을 당일 지급하였으며, 2017.11.15. 쟁점토지1의 잔금일을 2017.11.30.로 수정하고, 쟁점토지2의 계약일을 2017.11.15., 잔금일을 2018.1.15.로 하는 수정계약을 체결하였는바, 주-AAA은 청구인에게 2017.11.30. 잔금 OOO원을 지급하고 쟁점토지1의 소유권이전등기를 하였고, AAA는 청구인에게 2018.1.15. 잔금 OOO원을 지급하고 쟁점토지2의 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.(<별지1> 당초계약서, <별지2> 쟁점토지2 수정계약서) <표1> 쟁점토지1·2 양도 경위 및 내용 ㅇㅇㅇ (나) 쟁점토지1·2 현황은 아래 <표2>와 같고, 청구인은 2017.11.27. OOO에게 공장신설승인을 사유로 토지이전신청을 하여 쟁점토지1·2는 2017.11.28. 4필지에서 16필지로 분할되었다. <표2> 쟁점토지1·2 현황 ㅇㅇㅇ (2) 쟁점토지1ㆍ2 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역에 의하면, 청구인은 쟁점토지1ㆍ2 양도에 대하여 8년 이상 자경농지 감면한도 1억원을 각각 적용하여 2017년 귀속 및 2018년 귀속 양도소득세를 신고 하였고, 처분청은 쟁점토지1ㆍ2 모두 2018.1.15. 양도된 하나의 거래로 보아 8년 이상 자경농지 감면한도 1억원을 적용하여 아래 <표3>과 같이 청구인에게 2018년 귀속으로 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다. <표3> 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역 ㅇㅇㅇ
(3) 청구인은 청구주장을 입증하기 위하여 아래와 같은 자료를 제시하였다. (가) 건물분 등기사항전부증명서에 의하면 OOO 2동 건물은 2018.9.6. 소유자 주-AAA으로 소유권보존등기되었고, 채무자를 주-AAA으로 한 근저당권이 설정된 내역이 나타나며, OOO 건물은 2018.9.6. 소유자 AAA로 소유권보존등기되었고, 채무자를 AAA로 한 근저당권이 설정되었다가 2018.11.14. 채무자를 주-AAA으로 한 2건의 근저당권이 설정되었던 이력이 나타나며, 2021.5.3. 채무자를 주식회사 대양스틸로 하여 근저당권이 설정된 것으로 나타난다. (나) ㈜BBB의 등기사항전부증명서에 의하면 2019.3.28. 쟁점토지2를 소재지로 하여 철근제조업 등을 영위하는 법인으로 등기되었고, AAA는 ㈜BBB의 사내이사로 등재되어 있다. (다) 처분청이 작성한 주-AAA 대표이사 BBB의 문답서 부분 중 매수인들의 자금사정으로 잔금일정을 조정하였음을 진술한 부분을 아래 <표4>와 같이 제시하였다. <표4> BBB 문답서(발췌) ㅇㅇㅇ
(4) 처분청은 이 건 처분에 대한 근거로 아래와 같은 자료를 제시하였다. (가) 쟁점토지1·2의 매수인들 현황은 아래 <표5>와 같고, AAA는 쟁점토지2를 취득한 후 주-AAA과 소유 토지의 위치와 관련한 분쟁으로 2018.9.6. 교환에 의하여 당초 주-AAA이 취득한 쟁점토지1중 OOO 토지를 취득하였고, 2019.4.1. ㈜BBB 법인을 설립하여 운영중이다. <표5> 매수인들 현황 ㅇㅇㅇ (나) 쟁점토지1·2를 중개한 부동산중개인은 청구인에게 중개수수료를 2018.1.15. 같은 날짜에 지급받은 후 아래 <표6>과 같이 현금영수증을 발행하였다. <표6> 청구인에게 발행한 쟁점토지1·2 중개수수료 현금영수증 내역 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점토지1·2에 건축된 주-AAA과 AAA 소유 공장사진은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점토지1·2에 신축된 공장건물 사진 ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 청구인이 쟁점토지1·2의 대금청산일을 의도적으로 해를 달리하여 정했다는 증빙으로 아 래 <표8>과 같이 주-AAA 대표이사 BBB의 문답서를 제시하였다. <표8> BBB 문답서(발췌) ㅇㅇㅇ (마) 국세청통합전산망에 따르면 주-AAA의 2016년 재무상태표에는 현금 및 현금성자산과 단기예금 합계 OOO원으로 나타난다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 매수인들이 법인과 개인으로 각각 다르고, 매수인들의 사정으로 잔금지급일을 변경한 것이며, 쟁점토지1·2 매입후 매수인들 각자의 사업을 영위하고 있으므로 쟁점토지1·2의 거래를 별개로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 매수인 주-AAA과 AAA는 공장신축을 목적으로 하여 쟁점토지1·2를 매입하였고, 2017.6.1. 계약서를 작성하여 청구인에게 계약금을 지급하였던 점, 또한 청구인은 토지사용승낙서를 작성하여 2017.6.1.자 발행된 인감증명서를 첨부하여 매수인들에게 교부하였던 점, 쟁점토지1·2의 당초계약서에 의하면 잔금은 허가를 득한 후 20일 이내 은행대출을 포함하여 처리한다고 기재되어 있고, 매수인들은 2017.11.17. 공장건물 건축허가를 받았으며, 주-AAA은 계약서대로 잔금을 2017.11.30. 청구인에게 지급한 반면, AAA는 2018.1.15. 잔금을 지급하였는바, 청구인은 매수인들의 자금사정이 좋지 않아 매수인들의 요청으로 잔금지급일을 늦췄다고 소명할 뿐 두 과세기간에 걸쳐 잔금을 수취한 데 대한 구체적인 사정이나 근거를 제시하지 못하는 점, 쟁점토지1·2에 공장을 신축한 이후 AAA 소유 공장건물에 채무자를 주-AAA으로 하여 근저당설정을 하였던 이력이 나타나는 점, 청구인은 OOO에 쟁점토지1·2 거래에 대한 부동산 중개수수료를 쟁점토지2의 잔금청산일인 2018.1.15. 함께 지급한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지1·2의 거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.