상법 제340조의2의 주식매수선택권의 부여를 정하는 청구법인의 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 자 중 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권의 행사차액인 쟁점행사차액은 쟁점규정 등에 따라 손금에 산입하는 것이 타당함
상법 제340조의2의 주식매수선택권의 부여를 정하는 청구법인의 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 자 중 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권의 행사차액인 쟁점행사차액은 쟁점규정 등에 따라 손금에 산입하는 것이 타당함
[주 문] OO세무서장이 2023.11.14. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 상법제340조의2 소정의 주식매수선택권의 부여를 정하는 주주총회결의일 로부터 2년 미만 근무한 자 중 상법 시행령제30조 제5항의 사유로 퇴직한 자의 주식매수선택권 행사차액을 손금에 산입하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
• 조특법 준용
• 상장법인 대상
• 차액보상형 대상
• 2년 이상 근무 요건 2006.12.30. 개정 법인세법 시행령제20조: 조특법 제15조 제4항 규정에 의하여 지급하는 가액(차액보상형) 조특법 제15조 주요 내용: 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유(종업원 등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우)가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것
• 2년 이내 비자발적 퇴직 인정 2009.2.4. 법인세법 시행령제20조: 주권상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권(차액보상형)
• 조특법 제15조 삭제 →상법준용 2014.9.26. 법인세법 시행령제20조 및 같은 법 시행규칙 제10조의4: 주권상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권(차액보상형 및 신주발행형)
• 신주발행형 신설 2018.2.13. 법인세법 시행령제19조 제19의2(쟁점규정): 주권상장법인 및 비상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권(차액보상형 및 신주발행형)
• 비상장법인 포함 (2) 쟁점규정 가목 1)에서는 차액보상형을, 2)에서는 신주발행형을 동일한 형태로 규정하고 있는바, 만약 상장법인의 2년 미만 비자발적 퇴직자의 신주발행형 행사차액이 손금산입되지 않는다고 판단하게 되면 차액보상형의 행사차액 역시 손금산입되지 않는다고 보아야 하는데, 이는 사업과 관련하여 적법하게 발생한 순자산 감소를 손금으로 인정하는 세법의 기본 논리에 맞지 않는 의견이라 할 것이다. 또한, 조특법이 아닌 상법을 직접 참조하는 형태로 법인세법 시행령이 개정된 2009년에는 위 ＜표1＞에서 확인할 수 있듯이 상장법인의 차액보상형만이 손금산입 대상이었던바, 조특법을 참조하던 형식에서 상법을 참조하던 형식으로 개정된 것을 두고 “상장법인의 2년 내 비자발적 퇴직 인원이 적법하게 차액보상형 주식매수선택권을 행사하여 기업의 순자산 유출이 발생하였음에도 이를 손금산입 대상에서 배제”하고자 개정한 것이라고 볼만한 여지는 없다. (3) 쟁점규정에 따라 “상법제340조의2에 따라 부여받은 자”(부여요건)가 “약정된 주식매수시기에(취소사유 없이 적법하게) 주식매수선택권 행사”(행사요건)함에 따른 행사차액이 손금산입 대상이므로, “부여”는 “상법제340조의2에 따라”가 수식하는 것이고, “행사”는 “약정된 주식매수시기”가 수식하는 것임이 문언상 명확하며 다수의 판례에서도 부여와 행사요건을 구분하여 판단하고 있다. 행사요건에 있어서 “약정된 주식매수시기에 행사”란 요건을 뚜렷한 근거 없이 임의로 상법제340조의4를 충족하는 행사로 제한하여 해석하는 것은, 조세법률주의의 원칙을 벗어난 유추·확장해석이고 관련 조세심판원 선결정례 및 대법원 판례에서도 이러한 해석은 입법 형성과 다름이 없다고 판단하고 있는바, 구체적으로 조세심판원(조심 2014지963, 2017.1.9.) 및 대법원(대법원 2019.4.23. 선고 2018다287287 판결)에서는 지방세특례제한법제84조 제2항에서 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지로서(1요건) 관련법에 따라 지형도면의 고시가 된 토지(2요건)의 경우 재산세의 100 분의 50을 경감한다고 규정한 상황에서 2요건에 임의로 유사 조항의 제한문구를 넣어 ‘지형도면의 고시가 된 토지로서 미집행된 토지’를 감면대상으로 해석하는 것은 입법형성과 다름없다고 판단하고 있다. 처분청은 상법제542조의3 제4항에 따른 행사차액이 손금에 해당하기 위해서는 쟁점규정에 “상법제542의3에 따른 행사를 포함” 등의 단서가 포함되어야 한다는 의견이나, 부여와 행사를 수식하는 수식어가 각각 명확하고 앞선 (1), (2)에서 살펴본 바와 같이 상법 제542조의3 제4항에 따른 행사(상장법인 2년 미만 비자발적 퇴직자의 행사)를 배제할 하등의 개연성이 없는 상황에서 “약정된 주식매수시기에 행사”할 것의 요건은 문구 그대로 “취소사유 없이 약정된 매수시기에 적법하게 행사”로 해석함이 타당하고, 반대로 상장법인의 2년 미만 비자발적 퇴직자의 행사차액을 손금산입에서 배제할 의도가 있었다면 부여요건을 상법제340조의2로 명확히 제한한 것과 같이 행사요건에서도 상법제340조의4로 제한하는 문구를 법문에 명시하였어야 한다. 추가로 처분청은 부여규정의 확대해석에 따른 손금범위 확대의 가능성도 우려하고 있으나, 법인세법에서는 상법제340조의2에 따른 부여로 제한하고 있고 상법제340조의2에서는 주총결의로 부여, 해당회사 임직원에게만 부여, 발행주식총수의 10% 한도 내에서 부여할 것을 규정하고 있는바, 상법제340조의2에 대한 특례성격인 상법제542조의3 제1항부터 제3항까지에 따라 부여한 주식매수선택권(상장법인의 경우 이사회결의로 부여가능, 관계사 임직원까지 부여가능, 발행주식총수의 20% 한도 내에서 부여가능)이 행사될 경우 이에 따른 행사차액이 손금산입 불가함은 자명하다 할 것이다. (4) 처분청은 2년 내 비자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사는 상장 여부에 따라 손금산입에 차이가 있게 되는바(청구주장을 인정할 경우 상장법인은 손금 인정, 비상장법인은 손금 불인정), 형평성 관점에서도 손금으로 인정하여서는 안된다는 의견이다. 그러나 비상장법인의 경우 2년 내 비자발적 퇴직을 하게 되면 주식매수선택권이 취소되어 부여가 없었던 것으로 되는바 주식매수선택권 행사 자체가 있을 수 없게 되므로 순자산의 유출이나 자본의 과소납입 등은 애초에 발생하지 않는다. 따라서 실제 발생한 행사차액을 손금 산입하여 줄 것인지에 대하여 상장법인에 비해 세법상의 불이익을 받는다거나 형평성 관점에서 불공평하다는 의견은 있을 수 없다.
1. 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액 2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사 (제542조의3에 따른 행사를 포함한다)에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액 (2) 또한, 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권은 상장회사와 비상장회사 모두에게 적용되는 규정으로, 주주총회의 결의에 의해 그 회사의 이사, 집행임원, 감사 등에게만 부여할 수 있으며, 주주총회결의일로부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 행사가 가능하다. 법인세법은 상법에 따라 위 요건을 충족한 주식매수선택권의 행사차액만을 손금으로 인정하고 있는 것이고, 상법제542조의3은 상장회사에 한해 이사회 결의만으로 해당회사 및 관계회사의 이사, 집행임원 등에게 주식매수선택권을 부여할 수 있으며, 2년 이상 재직요건에 예외를 부여하여 비자발적 퇴직인 경우에도 선택권 행사가 가능하도록 규정하고 있는바, 이는 상장회사에 선택권 부여대상, 부여요건 등에 특례를 주는 것인데, 해당 규정에 따르면 상장회사가 주주총회의 결의가 아닌 이사회 결의만으로 관계회사의 이사 등에 주식매수선택권을 부여할 수 있고, 비자발적 퇴직 사유(권고사직 등)를 이유로 2년 이상 재직하지 않은 자가 선택권 행사를 할 수 있게 되며, 이를 남용하여 주식매수선택권을 부여할 수 있는바, 법인세법상 손비의 범위에 이러한 상법상 상장회사의 특례에 따른 행사차액까지 포함한다고 보기는 어렵다. 따라서, 주식매수선택권 행사에 따른 차액의 손금산입 여부를 결정함에 있어 그 행사가 상법제340조의4에 따른 행사인지 제542조의3에 따른 행사인지를 구분하여 결정하여야 한다. (3) 이와 관련하여 최근 기획재정부(기획재정부 법인세제과-484, 2023.9.12.로, 이하 “쟁점예규”라 한다) 및 국세청(기준-2022-법무법인-0172, 2023.9.14.)에서는 상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일로부터 2년 이내 비자발적인 사유로 퇴직하고 주식매수선택권을 행사하는 경우 상장내국법인은 동 행사로 인한 차액을 손금산입할 수 없다고 해석하였다.
□ 기획재정부 법인세제과-484, 2023.9.12. 【제목】
상장내국법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권 행사차액은 법인세법 시행령제19조에 따른 손금산입 대상에 해당하지 않음 【질의】 (질의요지) o 상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일로부터 2년 이내 비자발적인 사유로 퇴직하고 주식매수선택권을 행사하는 경우 상장내국법인이 동 행사로 인한 차액을 법인세법 시행령제19조 제19호의2에 따라 손금산입할 수 있는지 여부 제1안: 손금산입 가능 제2안: 손금산입 불가능 【회신】 귀 질의의 경우 제2안이 타당함
□ 국세청 기준-2022-법무법인-0172, 2023.9.14 【제목】
상장내국법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권 행사차액은 법인세법 시행령제19조에 따른 손금산입 대상에 해당하지 않음 【질의】 (사실관계) o A법인은 의약품의 연구·개발 및 제조업을 영위하는 상장내국법인으로 인재유치 및 동기 부여를 위해 임직원들에게 상법§340의2에 따라 주식매수선택권을 부여함. o A법인과 임직원이 작성한 계약서에는 교부주식의 종류와 수, 행사가격, 행사가능기간 및 행사방법 등과 함께
• 결의일로부터 재직기준 3년이 경과한 시점부터 8년까지 행사가 가능하고 매년 20%씩 순차적으로 행사 가능한 주식매수선택권의 효력이 발생한다고 규정되어 있음. o A법인은 퇴직자 30명이 행사한 주식매수선택권 행사차액을 손금산입 누락하여 2016∼2021 사업연도 법인세 경정청구 하였는데
• 이 중 재직기간 2년을 충족하지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 퇴직자가 상법§542의3에 따라 행사한 주식매수선택권 행사차액도 손금산입 금액에 포함. o 상법§340의2에서 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하기 위해서는 선택권 부여 결의일로부터 2년 이상 법인에서 재직할 것을 요구하고 있고
• 다만, 상장내국법인에 대한 특례규정인 상법§542의3에서는 임직원이 재직기간 2년 내에 비자발적으로 퇴직하더라도 주식매수선택권의 행사가 가능하도록 하고 있음. (질의내용) o 상장내국법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 상법제542조의3에 따라 행사하는 경우
• 해당 주식매수선택권 행사차액이 법인세법상 손금에 해당하는지 여 부 【회신】 귀 과세기준자문 경우, 기획재정부 해석(＜재법인-484, 2023.9.12.＞)을 참조하기 바람. ◈ 기획재정부 법인세제과-484(2023.9.12.) 귀 질의의 경우 제2안이 타당함. 이에 따르면, “상법제340조의2에 따라 부여된 주식매수선택권을 약정된 주식매수시기에 행사”한다는 것은 상법제340조의2 및 제340조의4에 따라 부여 및 행사하는 것을 의미하므로, 쟁점행사차액 역시 쟁점예규에 따라, 상장법인인 청구법인이 상법제340조의2에 따라 주식매수선택권을 부여하였다 하더라도, 그 행사가 상장회사 특례인 제542조의3에 따른 행사라면 그 행사차액은 손금산입대상이 될 수 없다 할 것이다. (4) 한편, 상법은 기업의 법률관계 및 상행위를 규율하며, 법인세법은 법인세의 과세 요건과 절차를 규정함으로써 법인세를 공정하게 과세하고 납세의무의 적절한 이행을 확보하며 재정수입의 원활한 조달에 이바지함을 목적으로 함과 같이 상법과 법인세법은 그 제정 목적을 달리하는바, 상법에서 특례를 규정하여 상장법인과 비상장법인의 주식매수선택권 행사요건에 차이를 두고 있다고 하여 법인세법상 손금의 범위까지 상장법인과 비상장법인이 달리 적용받을 이유는 없다.
주주총회결의일로부터 2년 이상 재직요건을 충족하지 못한 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권 행사차액이 법인세법 시행령제19조 제19호의2에 따라 손금으로 인정될 수 있는지 여부
(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액
2. 삭제 <2011.12.31.>
(2) 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 일부개정된 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 “주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액
1. 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액
2. 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액
(3) 법인세법(2014.1.1. 법률 제12166호로 일부개정된 것) 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.
② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 조세특례제한법제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 제1항의 손금으로 본다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.
2. 삭제 <2011.12.31.>
(4) 법인세법 시행령(2014.9.26. 대통령령 제25640호로 일부개정된 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
19. 임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 “주식기준보상”이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 “주식매수선택권등”이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액
3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액
1. 중소기업창업 지원법에 따른 창업자, 기술신용보증기금법에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다)
2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)
3. 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법제2조 제2호에 따른 부품·소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다) (6) 법인세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 일부 개정된 것) 제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각 목의 금액
1. 중소기업창업 지원법에 따른 창업자, 기술신용보증기금법에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다)
2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)
3. 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법제2조 제2호에 따른 부품·소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다) (8) 법인세법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21302호로 일부개정된 것) 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.
19. 상법제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
3. 다음 각 목의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정한다)을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액
3. 조세특례제한법제15조 제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액
(10) 조세특례제한법(2006.12.31. 법률 제8146호로 일부개정된 것) 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 제2조 제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 “부품·소재전문기업 ”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 “창업법인등”이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 “종업원등”이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 법인세법제52조의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.
② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다.
1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것
2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것
3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것
4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것에 한한다.
5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처企業의 경우에는 100分의 20의 범위안에서 大統領令이 정하는 率)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것
6. 삭제 <2006.12.30.>
③ 삭제 <2006.12.30.>
④ 제1항 및 제2항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 株式의 買受價額이 時價보다 낮은 경우의 差額을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.
⑤ 삭제 <2006.12.30.>
⑥ 제1항·제2항 및 제4항의 규정을 적용하는 경우 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (11) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 일부개정된 것) 제13조【주식매수선택권에 대한 과세특례】⑦ 법 제15조 제2항 제4호 단서에서 “사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 종업원등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우를 말한다.
(12) 조세특례제한법(2005.7.13. 법률 제7577호로 일부개정된 것) 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 부품·소재전문기업등의육성에관한특별조치법 제2조 제2호의 규정에 의한 부품·소재전문기업(이하 “부품·소재전문기업”이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 증권거래법에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 條에서 “創業法人등”이라 한다)의 종업원(벤처기업 및 부품·소재전문기업의 경우 大統領令이 정하는 者를 포함한다. 이하 이 條에서 “從業員등”이라 한다)이 주식매수선택권을 2006년 12월 31일까지 부여받아 이를 행사함으로써 얻는 이익(株式買受選擇權의 행사 당시의 時價와 실제 買受價額과의 差額을 말하며, 株式에는 新株引受權을 포함하는 것으로 한다)중 연간 3천만원 한도내의 금액은 이를 근로소득·사업소득 또는 기타소득으로 보지 아니한다.
② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각 호의 요건을 갖춘 것에 한한다.
1. 창업법인등이 당해 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량·매수가액·대상자 및 기간등에 관하여 주주총회 또는 이사회의 결의를 거쳐 당해 종업원등과 약정한 것일 것
2. 제1호의 규정에 의한 주식의 매수가액이 대통령령이 정하는 가액이상일 것
3. 제1호의 규정에 의한 주식매수선택권이 다른 사람에게 양도할 수가 없는 것일 것
4. 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것이어야 하며, 2년 이상 근무하고 퇴직한 경우에는 퇴직한 날부터 3월 이내에 행사하는 것에 한한다.
5. 창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처企業의 경우에는 100分의 20의 범위안에서 大統領令이 정하는 率)의 범위안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것
6. 종업원 모두를 대상으로 주식매수선택권을 부여하는 것이 아닐 것
③ 창업법인등이 제1항의 규정에 의하여 종업원등에게 제2항 제1호 내지 제5호의 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여하고 그 종업원등이 이를 행사함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우(제1항의 규정에 의하여 從業員등이 株式買受選擇權을 행사함으로써 얻는 이익이 연간 3千萬원을 초과하는 경우를 포함한다)에는 법인세법 제52조 의 규정에 불구하고 당해 법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 하지 아니한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 株式의 買受價額이 時價보다 낮은 경우의 差額을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.
⑤ 종업원등이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 매수한 주식을 양도하는 때에는 소득세법 제94조 의 규정을 적용함에 있어서 주식매수선택권을 행사하는 당시의 시가를 동법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 취득가액으로 한다.
⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 종업원의 범위, 주식의 시가산정 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (13) 상법 제340조의2 【주식매수선택권】① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립·경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 “주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 제1항의 주식매수선택권을 부여할 수 없다.
1. 의결권 없는 주식을 제외한 발행주식총수의 100분의 10 이상의 주식을 가진 주주
2. 이사·집행임원ㆍ감사의 선임과 해임 등 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 자
3. 제1호와 제2호에 규정된 자의 배우자와 직계존비속
③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.
④ 제1항의 주식매수선택권의 행사가액은 다음 각 호의 가액 이상이어야 한다.
1. 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액과 주식의 권면액(券面額) 중 높은 금액. 다만, 무액면주식을 발행한 경우에는 자본으로 계상되는 금액 중 1주에 해당하는 금액을 권면액으로 본다.
2. 자기의 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액 제340조의3【주식매수선택권의 부여】① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에는 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다.
1. 일정한 경우 주식매수선택권을 부여할 수 있다는 뜻
2. 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수
3. 주식매수선택권을 부여받을 자의 자격요건
5. 일정한 경우 이사회결의로 주식매수선택권의 부여를 취소할 수 있다는 뜻
② 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 주주총회의 결의에 있어서는 다음 각 호의 사항을 정하여야 한다.
1. 주식매수선택권을 부여받을 자의 성명
3. 주식매수선택권의 행사가액과 그 조정에 관한 사항
5. 주식매수선택권을 부여받을 자 각각에 대하여 주식매수선택권의 행사로 발행하거나 양도할 주식의 종류와 수
③ 회사는 제2항의 주주총회결의에 의하여 주식매수선택권을 부여받은 자와 계약을 체결하고 상당한 기간내에 그에 관한 계약서를 작성하여야 한다.
④ 회사는 제3항의 계약서를 주식매수선택권의 행사기간이 종료할 때까지 본점에 비치하고 주주로 하여금 영업시간내에 이를 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제340조의4【주식매수선택권의 행사】① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다.
② 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 이를 양도할 수 없다. 다만, 동조 제2항의 규정에 의하여 주식매수선택권을 행사할 수 있는 자가 사망한 경우에는 그 상속인이 이를 행사할 수 있다. 제542조의2【적용범위】① 이 절은 대통령령으로 정하는 증권시장(증권의 매매를 위하여 개설된 시장을 말한다)에 상장된 주권을 발행한 주식회사(이하 “상장회사”라 한다)에 대하여 적용한다. 다만, 집합투자(2인 이상에게 투자권유를 하여 모은 금전이나 그 밖의 재산적 가치가 있는 재산을 취득·처분, 그 밖의 방법으로 운용하고 그 결과를 투자자에게 배분하여 귀속시키는 것을 말한다)를 수행하기 위한 기구로서 대통령령으로 정하는 주식회사는 제외한다.
② 이 절은 이 장 다른 절에 우선하여 적용한다. 제542조의3【주식매수선택권】① 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8 제2항 제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할 수 없다.
② 상장회사는 제340조의2 제3항에도 불구하고 발행주식총수의 100분의 20의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 주식매수선택권을 부여할 수 있다.
③ 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에도 불구하고 정관으로 정하는 바에 따라 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 대통령령으로 정하는 한도까지 이사회가 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 결의함으로써 해당 회사의 집행임원·감사 또는 피용자 및 제1항에 따른 관계 회사의 이사·집행임원·감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 이 경우 주식매수선택권을 부여한 후 처음으로 소집되는 주주총회의 승인을 받아야 한다.
④ 상장회사의 주식매수선택권을 부여받은 자는 제340조의4 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로 한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다.
⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 상장회사의 주식매수선택권 부여, 취소, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (14) 상법 시행령 제30조 【주식매수선택권】⑤ 법 제542조의3 제4항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 주식매수선택권을 부여받은 자가 사망하거나 그 밖에 본인의 책임이 아닌 사유로 퇴임하거나 퇴직한 경우를 말한다. 이 경우 정년에 따른 퇴임이나 퇴직은 본인의 책임이 아닌 사유에 포함되지 아니한다.
① 회사는 주주총회의 특별결의로 발행주식총수의 100분의 10 범위 내에서 주식매수선택권을 부여할 수 있다.
⑩ 주식매수선택권을 부여 받은 자는 제1항의 결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 행사할 수 있다. 다만, 주식매수선택권을 부여받은 자가 제1항의 결의일부터 2년 이내 사망하거나 정년으로 인한 퇴임 또는 퇴직 기타 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴임 또는 퇴직한 경우에는 그 행사기간 동안 주식매수선택권을 행사할 수 있다. ＜주주총회 결의 내용 중 일부＞ 별첨2. 주식매수선택권 부여 승인의 건
2. 제12차 임직원에 대한 주식매수선택권 부여
3. 행사기간: 부여일로부터 3년이 경과한 날부터 행사하되 총 행사 가능기간은 9년 이내로 함
6. 기타 사항: 상기 내용에 포함되지 않은 사항은 주식매수선택권과 관련된 제반 법규, 당사 정관, 계약서 등에 정하는 바에 따름 ＜주식매수선택권 부여계약서 중 일부＞ 제6조(행사기간)
② 선택권부여일로부터 3년이 경과한 날로부터 5년간 순차적으로 효력발생(행사 가능)하다. 제10조(선택권의 취소사유)
① 을이 제6조 ②항의 효력발생기간 이전 또는 동 기간 중에 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우, 갑은 을에 부여한 선택권을 취소한다.
1. 을이 본인의 의사에 따라 퇴임하거나 퇴직한 경우 제12조(준용) 이 계약에서 정하지 아니한 사항은 이 계약 체결일 현재 시행 중인 관련 법규 및 갑의 정관과 당사자간의 합의에 따른다. (2) 주식매수선택권 행사차액 손금산입과 관련한 조문의 개정 연혁은 아래 ＜표5＞와 같다. 개정시점 개정 내용 비고 2006.12.31. 이전 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호
• 제1항: 법 제20조 제1호에서 대통령령으로 정하는 성과급이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것
• 제3호: 조특법 제15조 제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액(차액보상형) 조특법 제15조
• 제4항: 제1항 내지 제3항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.
• 제1항: 주권상장법인 또는 협회등록법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인
• 제2항: 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것일 것. 다만, 창업법인 등의 종업원의 경우에는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것.
• 조특법 준용
• 2년 이상 근무 요건 2006.12.31. 개정 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호: 상동 조특법 제15조
• 제4항: 제1항 및 제2항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.
• 제1항: 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 법인
• 제2항 제4호: 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년이 경과한 후에 주식매수선택권을 행사하는 것. 다만, 창업법인등의 종업원의 경우에는 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여받은 날부터 2년 이상 근무한 후 행사하는 것에 한한다. 조특법 제15조 제7항
• 법 제15조 제2항 제4호 단서에서 “사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 종업원등이 사망하거나 정년 또는 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우를 말한다.
• 2년 이내 비자발적 퇴직 인정 2009.2.4. * 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호 가목
• 제1항: 법 제20조 제1호 단서에서 대통령령으로 정하는 성과급이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것
• 제3호: 다음 각 목의 주식매수선택권을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액(차액보상형)
• 가목: 주권상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권
• 조특법 제15조 삭제 →상법준용 2010.2.18. 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호 가목
• 제1항: 법 제20조 제1호 단서에서 대통령령으로 정하는 성과급이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것
• 제3호: 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각목의 금액
• 가목: 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액(차액보상형) 법인세법 시행규칙제10조의3 제1호
• 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당)
• 시행규칙에 규정 2014.9.26. 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호 가목·나목
• 제1항: 법 제20조 제1호 단서에서 대통령령으로 정하는 성과급이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것
• 제3호: 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각목의 금액
• 가목: 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액(차액보상형)
• 나목: 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액(신주발행형) 법인세법 시행규칙제10조의4 제1호
• 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당)
• 신주발행형 신설 2018.2.13. 법인세법제20조 1호 단서(다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다) 삭제 → 제19조에서 규정 법인세법 시행령제19조
• 제19의2호: 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액
• 가 목: 주식매수선택권을 부여받은 경우로 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액
• 1) 차액보상형
2. 신주발행형
• 비상장법인 포함
• 법 제20조 → 제19조로 이관
• 시행령 제20조 → 제19조 제19의2호로 이관 ＜표5＞ 주식매수선택권 행사차액 손금산입 관련 조문 개정 연혁 현 행 개 정 안
□ 주식매수선택권 행사에 따른 차액보상 은 잉여금 처분에 의한 성과급으로서 손금산입(§20①3호) 주식매수선택권 행사시 실제 주식을 양도하지 않고 행사가액과 시가와의 차액을 현금 또는 자기주식으로 지급하는 경우 ㅇ 적용대상 주식매수선택권의 범위․요건은 조특법(§15④) 준용 * 적용범위(조특법 §15①): 비상장법인 중 창업법인(창업자·신기술사업자·벤처기업·부품소재전문기업) 및 상장법인이 해당 법인의 임직원에게 부여한 주식매수선택권에 한정 ** 적용요건(조특법 §15②) ㆍ주총·이사회결의 및 임직원과의 약정 ㆍ행사가액은 시가·액면가액 중 높은 가액 이상 ㆍ양도불가 ㆍ2년 이상 재임ㆍ재직 ㆍ 1 인당 발행주식총수의 10% 범위 내 ㅇ 적용대상 주식매수선택권의 범위·요건을 별도로 규정 - 적용범위: 현행(조특법 §15①)과 동일 - 적용요건 ㆍ주식매수선택권 부여에 관한 근거법(증권거래법·벤처기업육성에 관한 특별조치법 등)을 준용하되 ․부여한도는 별도 규정: 발행주식총수의 10%를 한도로 손금산입
□ 차액보상형 스톡옵션 보상금액 손금산입 규정 보완 (영§20①3) <개정이유>
□ 스톡옵션에 대한 조세특례가 삭제됨에 따라 스톡옵션 행사차액 지급시 손금산입되는 요건을 법인령에서 직접 규정 <적용시기> 2009.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용 * 2008년 말 시행령 개정내용 (3) 처분청은 2024.2.14. 및 2024.3.20. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 다음의 자료를 제출하였다. 가. 쟁점규정의 문언에 대한 엄격해석 및 연관된 근거법령과의 체계적인 해석을 하여 보더라도, 쟁점규정은 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권을 부여받은 자에 대한 ‘약정된 주식매수시기’의 약정된 매수가액(또는 실제 매수가액)과 시가와의 행사차액을 손금산입대상 금액으로 규정하고 있을 뿐이므로, 상장법인이라 하더라도 ‘약정된 주식매수시기’는 위 근거법령인 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권의 부여절차인 ‘정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의’로 정한 ‘행사기간’ 이내의 ‘행사일’로 보아야 하고, 이 경우 주식매수선택권의 행사기간의 시기(始期)에 대해서는 강행규정인 상법제340조의3 제1항 제4호 및 제2항 제4호, 제340조의4 제1항에 따라 주주총회결의일부터 2년 이상 재임·재직하여야 행사할 수 있는 것이므로, 비자발적 퇴직으로 인한 2년 미만 재직자의 주식매수선택권 행사차액은 손금산입이 불가능하다. (1) 청구법인은 합리적인 이유 없이 손금산입 특례규정인 쟁점규정의 문언에 근거법령으로 명시되지 않은 ‘상법제542조의3’을 자의적으로 덧붙여서 손금산입 적용요건의 범위를 확대시키는 해석을 하고 있다. (가) 이는 문언의 해석 가능한 범위를 현저히 넘어서는 법형성적 해석으로서, 조세공평주의에 반하고 법적 안정성 및 예측가능성을 크게 해치는 결과를 초래할 수 있다. (나) 상장법인 등이 임직원에게 주식매수선택권을 부여하고, 그 행사에 따라 주식을 저가 양도하는 경우, 저가 발행하는 경우, 차액을 현금으로 지급하는 경우의 행사차액은 각각 부당행위계산부인을 적용하여 익금산입 대상이 되는 것이나, 쟁점규정에 따른 주식매수선택권 행사차액에 대해서는 부당행위계산부인의 적용을 배제하고 손비로 인정하는 것이므로, 쟁점규정은 손금산입 특례규정이다. (2) 상법제340조의4 제1항에서는 주식매수선택권은 주주총회결의일로부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다고 규정하고 있고(강행규정, 대법원 2011.3.24. 선고 2010다85027 판결), 한편 주식매수선택권의 행사기간은 정관의 규정에 포함되어야 하며 주주총회의 결의를 거치도록 되어 있으며(상법제340조의3 제1항 제4호, 제2항 제4호), 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권의 행사기간은 예외없이 2년 이상의 근무기간이 지난 후부터 주주총회의 결의를 거쳐 정관에 규정한 날까지라고 할 것이므로, 상장법인인 청구법인이 비록 상법제542조의3 제4항에 따라 주식매수선택권의 행사기간을 비자발적 퇴직의 경우를 제외하고 주주총회결의일부터 2년 이상 재임·재직하여야 행사할 수 있다고 계약하였더라도, 이는 쟁점규정에 따른 손금산입특례 적용요건을 충족한 주식매수선택권 부여계약으로 볼 수 없다. (가) 상법제340조의2(주식매수선택권)는, 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의로 임직원에게 미리 정한 주식매수선택권의 행사가액(약정된 매수가액 또는 실제 매수가액)으로 주식매수선택권을 부여할 수 있고, 이 경우 주식의 시가(실질가액)는 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다고 규정하고 있다.
□ 상법제340조의2(주식매수선택권) ① 부여절차(정관이 정하는 바에 따라 주주총회 결의), 부여법인(모든 회사) 및 부 여대 상(회사의 임직원), 부여방법, 주식의 실질가액 평가기준일(행사일) ② 부여제외대상, ③ 부여한도(발행주식총수의 100분의 10), ④ 행사가액 (나) 상법제340조의3(주식매수선택권의 부여)은, 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에 기재할 사항과 주주총회의 결의 사항으로 ‘주식매수선택권의 행사기간’을 열거하고 있고, 주주총회결의에 의하여 주식매수선택권 부여계약을 체결하도록 규정하고 있다.
□ 상법제340조의3(주식매수선택권의 부여) ① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권에 관한 정관의 규정에 기재할 사항 〇 부여대상 범위, 부여대상 주식의 종류와 수, 부여대상자의 자격요건, 행사기간, 부여 취소사유 ② 주식매수선택권에 관한 주주총회의 결의 사항 〇 부여대상자의 성명, 부여방법, 행사가액, 행사기간, 부여대상 주식의 종류와 수 ③ 부여계약 체결 및 부여계약서 작성, ④ 부여계약서 열람 (다) 상법제340조의4(주식매수선택권의 행사)는, 제340조의2 제1항의 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다고 규정하고 있다.
□ 상법제340조의4(주식매수선택권의 행사) ① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 제340조의3 제2항 각호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사 가능 * 행사기간의 시기(始期)는 강행규정임(대법 2010다85027, 2011.3.24.) ② 양도금지 (3) 상법제340조의2 내지 제340조의4 조문의 규정 형식 및 체계와 문언 등에 비추어 보면, 상법제340조의3(주식매수선택권의 부여) 및 제340조의4(주식매수선택권의 행사)는 상법제340조의2(주식매수선택권)에서 규정한 부여절차인 정관 규정 사항과 주주총회 결의 사항을 구체적으로 열거한 연계된 규정이고, 상법제340조의2 내지 제304조의4의 주식매수선택권 부여 및 행사의 규정은 1개의 조문으로 규정하기에는 여러 개 항으로 그 구조가 복잡하여 그 내용을 나누어 별개의 조항으로 분리한 조문 정리에 불과할 뿐이다. (가) 벤처기업의 주식매수선택권을 규정하고 있었던 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3(벤처기업의 주식매수선택권)의 조문도 1개로 규정하고 있었으나, 여러 개 항으로 그 구조가 너무 복잡하여 2023.1.3. 조문 정비를 통해 상법제340조의2 내지 제340조의4의 조문 구조와 같이, 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16의3(벤처기업의 주식매수선택권), 제16조의4(주식매수선택권의 부여), 제16조의5(주식매수선택권의 행사)로 3개 조문 분리를 하였다. <2023.1.3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3 개정 전>
□ 벤처기기업육성에 관한 특별조치법제16조의3(벤처기업의 주식매수선택권) ① 주식매수선택권 부여주체 및 부여대상, 부여방법 및 부여절차
○ 부여절차: 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회 결의
② 주식매수선택권에 관한 정관에 포함할 사항
○ 부여사유, 교부할 주식의 종류와 수, 부여대상자의 자격요건, 부여 취소사유
③ 주식매수선택권에 관한 주주총회 특별결의 사항
○ 부여주식의 한도, 부여대상자의 성명, 부여방법, 행사가격 및 행사기간, 주식매수선택권의 행사로 교부할 주식의 종류와 수 등
④ 부여할 주식의 100분 20 범위 내에서 임직원 외의 자에게 부여할 경우 주주총회 결의로 이사회가 정할 수 있음
⑥ 행사기간
○ 주주총회 결의 또는 이사회가 정한 날부터 비자발적 사유를 제외하고는 2년 이상 재임·재직하여야 행사 가능
⑦ 주식매입선택권의 양도금지 <2023.1.3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3〜제16조의5 개정 후 >
□ 벤처기업 육성에 관한 특별조치법제16조의3(벤처기업의 주식매수선택권) ① 주식매수선택권 부여주체 및 부여대상, 부여방법 및 부여절차
○ 부여절차: 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회 결의
② 부여한도, ③ 행사가격
□ 벤처기업 육성에 관한 특별조치법제16조의4(벤처기업 주식매수선택권의 부여) ① 주식매입선택권에 관한 정관에 포함할 사항
○ 부여사유, 교부할 주식의 종류와 수, 부여대상자의 자격요건, 부여 취소 사유
② 주식매입선택권에 관한 주주총회 특별결의 사항
○ 부여주식의 한도, 부여대상자의 성명, 부여방법, 행사가격 및 행사기간, 주식매입선택권의 행사로 교부할 주식의 종류와 수 등
□ 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제16조의5(주식매수선택권의 행사) ① 행사기간
○ 주주총회 결의 또는 이사회가 정한 날부터 비자발적 사유를 제외하고는 2년 이상 재임·재직하여야 행사 가능
② 주식매입선택권의 양도금지 (나) 납부특례 또는 손금산입 대상 등 주식매수선택권의 범위를 규정한 조특법(§16조의3 등) 또는 법인세법 시행령(§19. 19호의2 등)에서는 위 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3 조문을 3개 조문으로 분리 개정 후에도 여전히 ‘벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3에 따른 주식매수선택권’으로 인용하고 있으며, 벤처기업육성에 관한 특별조치법개정 전·후에 따라 준용하고 있는 관련 법령에서의 벤처기업 주식매수선택권의 적용요건이 달라진다고 볼 수 없다. <2023.1.3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3 개정 전>
□ 법인세법 시행령제19조(손비의 범위) 제19호의2 (개정 전)
○ 적용대상 주식매수선택권의 범위 및 적용요건
• 상법제340조의2, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 또는 소재·부품전문기업법제15조에 따른 주식매수선택권 또는 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음의 금액(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위로 한정)
○ 손금산입 대상 금액
□ 조특법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)
○ 벤처기업 임원 등이 2021년 12월 31일 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. <2023.1.3. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3〜제16조의5로 개정된 후>
□ 법인세법 시행령제19조(손비의 범위) 제19호의2 (2023.12.5.)
○ 적용대상 주식매수선택권의 범위 및 적용요건
• 상법제340조의2, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 또는 소재·부품·장비산업법제56조에 따른 주식매수선택권, 근로복지기본법제39조에 따른 우리사주매수선택권이나 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음의 금액(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위로 한정)
○ 손금산입 대상 금액
□ 조특법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)(2024.1.9) ① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. (다) 참고로, 현행 조특법 제16조의2(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례) 및 조특법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)를 보더라도, 상법제340조의2 또는 상법제542조의3에 따른 주식매수선택권으로 각각 구분하여 명시하고 있으며, 법인세법제17조 제1항 제2호 및 제6호를 보더라도, ‘상법제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환’ 또는 ‘상법제530조의2에 따른 분할 또는 분할합병’의 경우 상법에서는 제360조의2(주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립)부터 제360조의11까지 규정 및 제530조의2부터 제530조의11까지 규정이 있으나, 나머지 열거된 딸린 규정들을 모두 인용하지 않고 있다.
□ 조특법 제16조의2(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례) ② 제1항이 적용되는 주식매수선택권은 벤처기업육성에 관한 특별법제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)으로 한정한다.
□ 조특법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례) ① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별법제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 상법제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 (이하 생략) 나. 쟁점규정이 주식매수선택권 행사차액의 손금산입특례 적용요건 중 행사기간 요건은 조특법 제15조 제4항을 준용하여, 예외없이 ‘2년 이상 재직·근무’ 요건을 적용하다가, 2006.12.30. 준용 규정인 조특법 제15조 제4항의 개정으로 비자발적 퇴직의 경우 ‘2년 이상 재임·재직’ 요건의 예외를 인정하게 되었으나, 그 후 2009.2.4. 준용 규정인 조특법 제15조가 쟁점규정으로 이관되면서, 정책적인 이유로 ‘주권상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권’이라고 개정하여, 손금산입특례 적용요건을 주식매수선택권 부여에 관한 근거법령인 상법제340조의2를 직접 준용하도록 하였고, 이에 따르면 행사기간 요건의 경우 비자발적 퇴직 여부와 관계 없이 ‘2년 이상 재직·재임’ 요건을 적용하도록 하였으며, 다시 2010.2.18. 쟁점규정을 개정하면서, ‘주권상장법인이 부여한 주식매수선택권은 상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당’이라고 명확히 명시하였고, 현재까지 그대로 유지되고 있다. (1) 2000.1.21. 개정된 증권거래법은, 주권상장법인과 협회등록법인의 경우 증권거래법제189조의4에 의하여만 주식매수선택권을 부여하도록 하였고, 이에 따르면 주식매수선택권의 행사기간의 시기(始期)는 ‘비자발적 퇴직·퇴임을 제외하고는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 행사할 수 있도록 하였다.
□ 증권거래법제189조의4(주식매수선택권) <2000.1.21.> ① 주식매수선택권 부여법인 및 부여대상, 부여방법 및 절차 〇 부여법인: 주권상장법인 또는 협회등록법인은 증권거래법제189조의4에 따라 부여하여야 함 〇 부여대상, 부여방법 〇 부여절차: 정관이 정하는 바에 따라 주주총회 결의 ② 주식매수선택권에 관한 정관 규정 사항 ③ 주식매수선택권에 관한 주주총회 특별결의 사항 ④ 주식매수선택권의 행사기간 〇 비자발적 퇴직·퇴임을 제외하고는 주주총회 특별결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 행사 가능 ⑤ 주식매수선택권의 양도금지(다만, 사망의 경우 상속인 부여 간주) 그러나 조특법 제15조를 준용한 쟁점규정은 주권상장법인의 주식매수선택권 행사차액 손금산입특례 적용요건 중의 행사기간 요건은 예외없이 ‘2년 이상 재직·근무’ 요건을 적용하다가 2006.12.30. 준용 규정인 조특법 제15조 개정을 통해서 2008년까지 비자발적 퇴직의 경우 ‘2년 이상 재임·재직’ 요건의 예외를 인정하게 되었다. (2) 이후 증권거래법이 2007.8.3. 폐지되면서 주권상장법인은 2009.1.30. 상법의 ‘상장회사에 대한 특례’ 규정으로 신설된 상법제542조의3(주식매수선택권)에 따라서도 주식매수선택권을 부여할 수 있도록 하였는데, 이에 따르면 비자발적 사유를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로 한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있도록 하였다.
□ 상법제542조의3(주식매수선택권)(2009.1.30. 신설): 상장회사에 대한 특례 ① 부여대상, 부여방법 및 부여절차 〇 부여대상 - 상법340조의2 제1항 본문에 규정된 자 외에도 관계회사의 임직원에 대하여 주식매수선택권을 부여할 수 있음 - 부여제외대상: 위 임직원의 최대주주·주요주주 및 그 특수관계인 ② 부여한도 ③ 이사회 결의로 부여한도 중 일정비율 가능 ④ 주식매입선택권의 행사기간 〇 상법제340조의4 제1항에도 불구하고, 비자발적 퇴직·퇴임을 제외하고는 주주총회 결의일 또는 이사회가 정한 날부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 행사 가능 위와 같이 2009.1.30. 이후에는 상법에서 주권상장법인 주식매수선택권을 부여할 수 있는 근거법령으로, ① 상장/비상장회사의 공통의 요건을 규정하고 있는 상법제340조의2와 ② 상장회사 특례요건을 규정하고 있는 상법제542조의3의 2개의 규정이 있었으나, 2009.2.4. 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호 개정을 통해서 ‘주권상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권’으로 명시하여 그 근거법령을 명확히 하였으며, 현재까지 유지되고 있는데, 2009.2.4. 개정된 법인세법 시행령부칙 제8조의 주식매수선택권에 관한 적용례를 보면, 적용시기인 2008.12.31. 이전 부여받는 분과 2009.1.1. 이후 부여받는 분에 대한 개정 전·후의 개정법령 적용을 명확히 하고 있다. <2008년 간추린 개정세법>
□ 법인세법 시행령제20조(성과급 등의 범위) 제1항 제3호(2009.2.4. 개정) 〇 다음의 주식매수선택권(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 주식매수선택권을 부여한 경우에 한정)을 부여받은 자에게 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 현금 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액(차액보상형 지급) - 창업자, 신기술사업자 및 주권상장법인이 상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권 - 벤처기업이 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3에 따라 부여한 주식매수선택권 - 부품·소재전문기업이 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법제15조에 따라 부여한 주식매수선택권
□ 법인세법 시행령제20조(성과급 등의 범위) 제1항 제3호(2010.2.18. 개정)
○ 부여대상법인
• 창업자, 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당)
• 벤처기업이 부여하거나 지금한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 벤처기업육성에 관한 특별조치법제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당)
• 부품·소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 부품·소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법제15조에 따라 부여한 경우만 해당)
(3) 주식매수선택권에 대한 과세특례 또는 주식매수선택권 행사차액 손금산입 관련 조특법 및 법인세법 시행령입법 연혁 등을 종합하여 보더라도, 쟁점규정인 법인세법 시행령제19조 제19의2호에서의 ‘상법제340조의2’ 의미는 상장/비상장회사의 공통적인 적용요건을 규정하고 있는 상법제340조의2 내지 제340조의4를 포괄하는 것이다. 조특법 제15조(주식매수선택권에 대한 과세특례)의 규정 내용을 보더라도, 상법제340조의2 내지 제340조의4에서 규정한 부여·행사요건과 동일하게 적용대상법인 및 적용대상자, 부여절차, 행사가액 및 행사기간(재임·재직 요건), 양도금지, 부여한도 등을 적용요건으로 하고 있다. (4) 쟁점규정에 대한 입법자의 의도가 확인된 기획재정부 법인세제과-484(2023.9.12) 예규를 보더라도, ‘상장법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적인 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권 행사 차액은 법인세법 시행령 제19조 제19호 의2에 따른 따른 손금산입 대상에 해당하지 아니한다’고 하였다. 상법제340조의2 내지 제340조의4 조문의 규정 형식 및 체계와 문언, 주식매수선택권에 대한 과세특례 또는 행사차액 손금산입 관련 조특법 및 법인세법입법취지와 개정 연혁 등을 종합하여 보면, ‘상법제340조의2에 따라 부여한 주식매수선택권의 요건’에는 상법제340조의3(주식매수선택권의 부여) 및 제340조의4(주식매수선택권의 행사)도 포함된다는 것이 명확하여, 위 예규는 ‘국세예규심사위원회 심의’ 없이 회신하였다.
- 라. 결론
(1) 쟁점규정의 ‘상법제340조의2에 따른 주식매수선택권’이란 ‘정관이 정하는 바에 따라 주주총회의 결의를 거쳐 부여되는 것’이고, 상법제340조의3(주식매수선택권의 부여)에는 ‘정관 규정사항과 주주총회 결의사항’이 명시되어 있으며, 이 중 행사기간에 대해서는 상법제340조의4 제1항에 명시되어 있는 ‘2년 이상 재임·재직 요건’을 충족하여야 하는 것이 당연함에도, 상법제542조의3 규정 중의 행사기간 요건(2년 이내 비자발적 근무요건)만을 덧붙여서 쟁점규정을 해석한 청구법인의 주장은 지나치게 자의적인 유추·확장해석으로 보여진다. (2) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로, 손금산입특례 규정인 쟁점규정의 해석에 있어서는 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하고, 특혜규정의 법문언에 대해서 엄격해석에 의하여 일의적 개념구성이 되지 않을 때에는 특혜규정의 의미가 부당히 확대되지 않도록 축소·제한해석을 하는 것이 조세의 보편적 원칙인 공평의 이념이 본질적으로 훼손되지 않는 것으로 보여진다. (3) 참고로, 청구법인은 쟁점규정에서 ‘상법제340조의2에 따른 주식매수선택권’이라고 하였다면서 뚜렷한 근거 없이 임의로 상법제340조의4를 충족하는 행사로 제한하여 해석하는 것은 조세법률주의 원칙을 벗어난 유추·확장해석이라면서 원용하고 있는 광주고법 판결(2020.10.28. 선고 2020누1287 판결)은 주식매수선택권 행사로 부여할 주식의 부여비율은 행사시점이 아니라 ‘부여나 지급시점’ 기준으로 판단해야 한다는 것으로 이 건 쟁점과는 전혀 다른 사안이며, 나머지 원용하고 있는 조세심판원 선결정례 및 대법원 판례도 마찬가지이다.
□ 광주고등법원 2020.10.28. 선고 2020누1287 판결 ‘해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위’는 주식매수선택권의 부여 주체인 ‘법인’을 기준으로, 주식매수선택권의 ‘부여나 지급 시점’을 기준으로 판단해야 한다고 해석함이 타당함 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청에서는 쟁점규정은 ‘상법제340조의2에 따른 주식매수선택권을 부여받은 자에 대한 ‘약정된 주식매수시기’의 실제 매수가액과 시가와의 차액을 손금산입대상 금액으로 규정하고 있을 뿐이므로, 상장법인이라 하더라도 ‘약정된 주식매수시기’는 위 근거법령인 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권의 부여절차인 ‘정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의’로 정한 ‘행사기간’ 이내의 ‘행사일’로 보아야 하고, 이 경우 주식매수선택권의 행사기간의 시기(始期)에 대해서는 강행규정인 상법제340조의3 제1항 제4호 및 제2항 제4호, 제340조의4 제1항에 따라 주주총회결의일부터 2년 이상 재임·재직하여야 행사할 수 있는 것이므로, 비자발적 퇴직으로 인한 2년 미만 재직자의 주식매수선택권 행사차액은 손금산입이 불가능한 점, 쟁점규정에 대한 입법자의 의도가 확인된 쟁점예규에서도 ‘상장법인에서 2년의 재직기간을 채우지 못하고 비자발적 사유로 퇴직한 임직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권 행사차액은 쟁점규정에 따른 손금산입 대상에 해당하지 아니한다’고 판단하였던 점 등에 비추어 주주총회결의일부터 2년 이상 근무 요건을 채우지 못한 비자발적 퇴직자들의 행사차액인 쟁점행사차액은 손금산입 대상에 해당하지 아니한다는 의견이다. (나) 그러나 법인세법 시행령제19조 제19의2호에서는 상법제340조의2에 따른 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액을 손비에 산입하는 것으로 규정하고 있는바 ① ‘상법제340조의2에 따른 주식매수선택권을 부여받은 경우’로서, ② ‘약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우’ 등의 조건을 모두 충족하여야 법인세법상 손비로 인정된다 할 것인데, 이 건 쟁점행사차액과 관련한 주식매수선택권이 상법제340조의2에 따라 부여된 주식매수선택권임에 대하여는 양측의 이견이 없고, 청구법인의 정관 제11조 제10항에는 ‘결의일부터 2년 이상 재직하여야 행사할 수 있으나, 결의일부터 2년 이내 사망하거나 정년으로 인한 퇴직 기타 본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우에는 그 행사기간 동안 주식매수선택권을 행사할 수 있다’고 규정되어 있으며, 주식매수선택원의 부여를 정한 청구법인의 주주총회에서는 임직원에 대한 주식매수선택권 부여와 관련하여, ‘상기 내용에 포함되지 않은 사항은 주식매수선택권과 관련한 제반 법규, 당사 정관, 계약서 등에 정하는 바에 따른다’고 정하였고, 청구법인과 임직원이 작성한 주식매수선택권 부여계약서 제12조에서는 ‘이 계약에서 정하지 않은 사항은 이 계약 체결일 현재 시행중인 관련 법규 및 정관과 당사자 간 합의에 따른다’고 정하였으며, 이에 따라 청구법인은 주식매수선택권의 부여를 정하는 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 비자발적 퇴직자에 대하여도 관련 법규(상법제542조의3 제4항 등) 및 청구법인의 정관, 당사자 간의 합의 등에 따라 주주총회결의일로부터 2년 미만 근무한 비자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사를 허용하여 주식을 시가보다 낮게 발행하고 있는 것으로 나타나는바 쟁점행사차액은 위 요건을 모두 충족하고 있다 할 것인 점, 주식매수선택권 행사차액에 대한 법인세법령의 개정 연혁에 따르면, 2009.2.4.까지는 조특법 제15조 제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액을 법인세법제20조 제1호의 대통령령으로 정하는 성과급으로 하여 손금에 산입하는 것으로 규정되었는데, 조특법 제15조에서는 2006.12.31. 개정 전까지는 2년 이상 근무할 것을 요건으로 하다가 2006.12.31. 개정으로 사망 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유(본인의 귀책사유가 아닌 사유로 퇴직한 경우)가 인정되는 경우에는 예외적으로 2년 이상 근무 요건을 충족하지 아니하여도 되는 것으로 개정되었다가 2009.2.4. 조특법이 아닌 상법규정을 직접 준용하는 형태로 개정되었으며, 그 개정취지는 2008.12.26. 조특법에서 주식매수선택권에 대한 조세특례가 삭제됨에 따라 행사차액 지급시 손금산입되는 요건을 법인세법령에서 직접 규정하기 위한 것으로 명시되어 있는 반면 이 개정을 통해 주식매수선택권 행사차액의 손금인정 범위를 축소(2년 미만 근무자 중 비자발적 퇴직자의 주식매수선택권 행사차액 손금 불인정)하고자 하는 등의 취지는 나타나지 않는 점, 그 후 2014.9.26. 개정으로 차액보상형뿐만 아니라 이 건과 같은 신주발행형 주식매수선택권 행사차액 역시 손금으로 인정되었고, 2018.2.13. 개정으로 비상장법인의 주식매수선택권 행사차액 역시 손금으로 인정되는 등 관련 법령에서 주식매수선택권 행사차액의 손금인정 범위가 확대되고 있는 점 등을 종합할 때 상법제340조의2의 주식매수선택권의 부여를 정하는 청구법인의 주주총회결의일 로부터 2년 미만 근무한 자 중 비자발적 퇴직자가 행사한 주식매수선택권의 행사차액인 쟁점행사차액은 쟁점규정 등에 따라 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관 합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.