쟁점비용이 공사원가라는 청구주장을 입증할 만한 구체적․객관적인 증빙자료(매입세금계산서, 금융거래자료, 원시장부 등)가 부족한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점비용을 공사원가로 인정하지 아니하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
쟁점비용이 공사원가라는 청구주장을 입증할 만한 구체적․객관적인 증빙자료(매입세금계산서, 금융거래자료, 원시장부 등)가 부족한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점비용을 공사원가로 인정하지 아니하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 사건의 경과는 다음과 같다. (가) B은 C의 대표이사로, 전원주택단지를 조성하고자 2009.8.19. 토지주 E와 OOO원(계약금 OOO원만 우선 지급)에 전체토지를 양수하는 계약을 체결하여 2009년 10월부터 대지조성사업 허가를 받아 시행하던 중 토지주(E)가 전체토지를 담보로 OOO농협으로부터 대출받은 OOO원에 대한 대출이자를 납부하지 못하자 해당 은행은 2015년 10월 전체토지에 대한 경매를 신청하였다. (나) 전체토지가 타인에게 낙찰되면 C에서 투입한 OOO여원은 손실을 보게 되므로 새로운 법인(청구법인)을 설립하여 사업을 진행하기로 하였다. 쟁점토지는 2015.10.5. B의 후배인 F이 낙찰받아 2015.11.2. 취득하였고, 경매에 투입된 자금은 A이 조달하였으며, 일련의 과정은 B의 주도로 진행되었다. C은 경매 당시 전체토지 매매계약금만 지급된 상태에서 지주로부터 사용승낙서를 받아 사업 인·허가를 받은 상태였으며(89필지, 필지당 대지 100평, 텃밭 100평), 2016년 대지조성사업 승인을 받아 2017년부터 2019년까지 토목공사를 하고, 2019년 11월 말 준공하였다.
(2) 대지조성공사 준공 후 미지급 공사비를 대출받아 지급하려고 하였으나, 코로나19 사태로 인해 금융권에서는 경기침체와 부동산시장의 불안으로 금융기관은 1인에 대한 거액의 대출을 모두 거절하여 청구법인은 금융권에서는 2년간 대출을 받을 수 없었고, 이에 공사비 대신 토지를 대물로 지급하기도 하였다. 청구법인은 쟁점사업을 완료한 후, 수입금액을 OOO원, 매출원가를 OOO원으로 하여 2021사업연도 법인세를 신고하였다.
(3) C은 2016년 10월경 전체토지 개발행위 허가 및 기한연장 신청을 득하고 2017년 4월부터 본격적으로 공사를 진행하였는데, C이 경매진행 전까지 공사에 투입한 비용은 OOO원으로, 경매 낙찰 후 C이 가지고 있던 쟁점사업 허가권을 청구법인에 위 금액으로 양도하기로 하였다. 청구법인과 C은 2017.7.21. 사업허가권 및 기 지출한 사업비용을 포함하여 OOO원에 쟁점사업의 양도·양수계약을 하였으나, 실제 이때까지 발생한 비용은 OOO원이었다. 청구법인 설립 이전의 공사는 C 명의로 계약하였으나 자금은 A이 지급하였다. 텃밭 딸린 주말주택을 만들기 위한 쟁점사업은 청구법인이 일괄로 추진하였으나 입주 후 입주민이 사용하게 될 텃밭은 농지법상 법인이 소유할 수 없어 어쩔 수 없이 청구법인의 대표이사인 A에게 일부 토지 소유권을 이전하고 청구법인과 A이 공동사업 계약을 체결하여 쟁점사업을 진행한 것이다.
(4) 청구법인이 지출한 공사비용(매출원가 계상)은 전부 계약서, 영수증 등으로 지출사실이 확인되고, 일부 미지급 공사비에 대해서는 토지로 변제한 사실 등이 확인되므로 이를 공사원가로 인정하여야 한다.
(1) 청구법인은 2017.7.21. C에게 쟁점사업을 OOO원에 양도하는 내용의 쟁점계약을 체결하였는데, 동 계약서 제4조에 의하면, 유치권자 G 주식회사, H 주식회사가 쟁점토지에 근저당권을 설정한 금액(OOO원)은 위 양수도금액과는 별도로 청구법인이 지급한다고 기재되어 있어, OOO원은 공사원가로 인정되었다. 그러나, 청구법인과 C은 다른 법인격체로서, 쟁점계약 이전에 C이 지출한 비용은 청구법인의 공사원가로 반영할 수 없다. 거래처도 C의 미지급금을 청구법인에게 청구할 수 없으나, 양자 간에 서로 합의하여 청구법인이 대신 토지로 변제한 것으로, 쟁점계약 시 약정한 금액 외에 청구법인이 지급할 의무가 없음에도 청구법인의 비용으로 계상한 OOO원은 청구법인의 공사원가로 보기 어렵다.
(2) 청구법인이 쟁점계약 이후 신고한 공사원가 중 금융거래 내역 및 거래처 확인에 따라 거래사실이 불분명한 OOO원을 공사원가 부인하였다.
(3) 이 외 처분청은 거래처 확인에 의해 청구법인이 과소계상한 공사원가 OOO원과 세무조사 시 부인하였다가 심판청구 계류 시 공사원가임을 확인한 OOO원(부가가치세 OOO원, 임금 OOO원)을 공사원가로 보았다.
② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료의 주요내용은 다음과 같다. (가) 조사청의 청구법인에 대한 조사보고서 등에 의하면, 청구법인은 2017년 7월 경기도 부천시 OOO를 소재지로 하여 사업자등록을 하였으나, 실제 사업장은 A의 배우자 B이 운영하는 C 사업장인 경기도 부천시 OOO인 것으로 확인되고, 대표이사 A은 2010년부터 현재까지 어린이집에서 근무하고 있으며, 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 위반 사건(인천지방법원 OOO외 1건)에서 A의 진술서(2020.8.18.)에 의하면, A은 청구법인이 전체토지를 개발하고 있는 것에 대해 모르고, 배우자 B의 지시로 자금이체를 하였다고 진술하였고, B은 세무조사 시 사업전반에 대하여 자신이 총괄하였다고 진술하였다. (나) B은 1997.5.1. 건설업을 영위하는 C을 설립하고, C 명의로 2009년 8월 E로부터 전체토지를 OOO원에 매입하는 매매계약을 체결하고, 계약금 OOO원을 지급한 상태에서 쟁점사업을 진행하다가, 전체토지의 경매가 진행되자 지인 F 명의로 경락받았다. 이후, F은 전체토지 중 충청남도 당진시 OOO대 139㎡ 외 19필지 합계 50,272㎡를 2019.8.8. A에게 OOO원에 양도하고, 같은 OOO 대 158㎡ 외 6필지 합계 23,954㎡는 2019.11.15. 청구법인에게 OOO원에 양도하는 내용의 매매계약을 한 것으로 매매계약서 등에서 확인되고, 2019.9.10. 쟁점사업의 주체가 청구법인과 A으로 변경된 것으로 나타난다. <표1> 쟁점사업 신청 및 승인내역 개간 허가 대지조성사업 성명 허가일 내용 성명 허가일 내용 E 2010.11.19. 개간사업 시행인가 C 2010.12.8. 대지조성사업 계획승인 2012.12.3. 개간사업 연장승인 2012.12.21. 상호변경 2014.11.25. 개간허가취소 청문실시 2016.7. 개발행위 허가신청 2014.12.5. 개간허가 취소 2017.1.17. 사업기간 연장승인 F 2016.9.6. 개간사업 승인신청 2017.4.21. 사업재착수 승인 2016.9.26. 개간사업 시행계획 청구법인 2019.9.10. 사업주체 변경 2018.6.14. 개간허가 기간연장 2020.1.7. 대지조성사업 사용검사확인 A 2019.9.10. 개간허가 변경승인
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• 2019.12.17. 준공처리 알림
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• (다) 청구법인과 A(D)은 2021년 쟁점토지를 OOO원에 양도하고, 공사비를 대략 청구법인과 A(D) 간의 약정비율로 안분하여 2021사업연도 법인세 및 종합소득세를 각각 신고하였다. <표2> 청구법인 및 A의 매출액과 매출원가 (라) 청구법인이 2017.7.21. C과 체결한 쟁점계약의 주요내용은 아래 <표3>과 같은바, 매각대금은 OOO원으로 하고, 전체토지에 근저당권을 설정한 경매 당시 유치권자인 H(주)와 G(주)가 설정한 금액은 사업권 양수도 금액과는 별도로 양수인인 청구법인이 지급한다고 기재되어 있는바, 청구법인은 2016.7.11.부터 2017.6.16.까지 H 주식회사에 OOO원, 2015.9.30.부터 2016.7.11.까지 G 주식회사에 OOO원 합계 OOO원을 각각 지급하였으므로, 위 양수도금액 OOO원과 유치권자에게 지급한 OOO원을 합한 총 OOO원을 청구법인의 공사원가에 반영하였다. <표3> 쟁점계약 주요내용 C(“갑”)과 청구법인(“을”)은 C이 진행하는 사업에 대하여 사업(공사비, 대지조성허가권)권 일체를 청구법인에게 포괄적으로 양도하기로 하고 다음과 같이 상호 존중과 신뢰를 바탕으로 본 계약을 다음과 같이 체결한다.
• 다 음 -
□ 사업개요 1. 사업명칭:OOO 빌리지 전원주택 부지조성공사 2. 대지위치: 충남 당진시 OOO 일원 3. 사업구분: OOO 4. 토지면적: 사업부지 66,000㎡(약 20,000평) 5. 매각대상: 사업(공사비)권 및 허가권 일체 제1조(목적) 청구법인은 C이 진행하고 있는 위 사업개요의 사업에 대하여 사업권 및 허가권 일체를 C로부터 사업권을 포괄적으로 양수하여 본 사업을 진행하는데 그 목적이 있다. 제2조(역할 및 책임) 1) C의 역할 ① C은 위 대지위치에서 받은 사업권 및 허가권(대지조성사업)을 청구법인에게 양도하며, 청구법인이 C의 명의로 개발행위허가 및 기간연장 허가를 받은 후, 추후 토지소유권 이전을 하며 청구법인이 요구시 C은 허가권 관계자 변경에 필요한 모든 서류 일체를 청구법인에게 교부한다. ② C은 청구법인이 진행하는 허가 기타 등의 업무에 적극 협조한다. 2) 청구법인의 역할 ① 계약체결 후 청구법인은 C의 명의로 개발행위허가 및 대지조성사업 기간연장 신청한다. ② 사업권 양수양도비에 대한 지급 ③ 본 계약체결 후 청구법인은 본 사업진행에 필요한 모든 비용을 투입하여 공사 및 본사업을 완료한다. 제3조(매각대금 및 대금지급) ① 사업권 및 허가권 매각의 양수도 대금은 금 OOO으로 한다. ② 양도대금 지급은 청구법인이 본사업의 분양수익금에서 지급하기로 한다. 제4조(사업권 및 허가권 양도조건) ① C이 본 사업을 위하여 투입한 제3조 제1항의 매각대금은 토지매매계약금 및 중도금, 공사비, 인․허가비 기타 등은 C이 본 사업에 기투입한 금액으로 한다. ② 사업토지에 근저당권 설정한 경매 당시 유치권자 H(주)와 I(주)의 설정한 금액은 사업권 양도 양수 금액과는 별도로 청구법인이 지급한다. ③ 인, 허가권의 명의변경은 청구법인이 요구하는 즉시 C은 이에 필요한 서류를 즉시 교부한다. (중략) 2017.7.21. 갑(양도인) C(대표이사 B) 을(양수인) 청구법인(대표이사 A) (마) 청구법인이 2017.7.22. A과 체결한 공동사업계약서의 주요내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 공동사업계약서 주요내용 A(“갑”)과 청구법인 대표 A(“을”)은 아래 부동산상의 전원주택(세컨하우스)을 신축하기 위한 전원주택 신축 및 부지조성공사에 대하여 당사자 간에 사업에 따른 기본사항을 합의하고 본 사업이 원활하게 종료될 수 있도록 상호협의하기로 하고 다음과 같이 본 계약을 체결한다. - 다 음 - 제1조(사업개요) 1. 공사명: OOO빌리지 전원주택 부지조성 공사 2. 부동산: 충남 당진시 OOO 3. 토지면적: 64,446㎡(약 19,495평) 4. 지목/용도지역: 전/보전관리지역 5. 규모: 부지조성공사 ① 대지조성사업허가 면적: 29,752㎡(약 9,000평) ② 개간허가면적(텃밭사용): 34,694㎡(10,495평) ③ 1개호수당 대지, 전 포함 약 200평씩 89필지(단독주택89세대) * 본 사업개요는 토목공사 완료 후 확정측량에 의하여 면적의 감소가 있을 수 있다. 제2조(목적) 본 사업은 A과 청구법인은 위 사업 개요의 부동산에 대하여 택지조성 및 전원주택(텃밭 딸린 주말농장형 세컨하우스) 사업을 하기 위하여 기본적인 권리와 의무관계를 규정하고 상호 신의성실에 입각하여 공동사업을 원활히 수행함을 목적으로 한다. (중략) 제4조(공사비 책정) 공사비의 책정은 A과 청구법인이 투입한 총 공사비를 토지면적으로 나눈 금액으로 한다. (중략) 2017.7.22. 동업인(갑): A 동업인(을): 청구법인 (2) 조사청은 거래사실문답서, 거래명세표, 공사대금 미지급정산 확인각서 등을 첨부하여 쟁점비용을 공사원가에서 부인한 내역을 다음과 같이 제출하였다. (가) 조사청은 쟁점계약(2017.7.21.) 전 C이 수행한 공사 관련 대금 OOO원은 쟁점계약에 따라 청구법인이 지급해야 할 의무가 없는 것으로 보아 부인하였다. <표5> 쟁점계약 전 C 관련 공사원가 부인내역 1) 위 <표5>의 연번1을 보면, ㈜J 관련 거래사실문답서, 거래명세서 등에 의하면, J은 2017년 4월 초 C과 보강토 및 자재 납품 거래를 하였는데, C이 신규법인을 설립하면 세금계산서를 발행하라고 해서 세금계산서를 발행하지 아니하였다고 진술하였고, 거래명세서에 C과 거래한 것으로 기재되어 있으므로 2017년 제1기 과세기간에 J과 거래한 OOO원은 C의 공사원가인 것으로 보아 부인하였다. 2) 위 <표5>의 연번2를 보면, K 관련 거래사실문답서, 거래명세서, 수기작성문서 내역에 의하면, 2017.3.1.부터 2020.10.31.까지 K가 C에게 중기를 임대하였으나, 대금 OOO원을 미수취하여 2021.11.25. 토지로 대물변제를 받았는바, 이는 C의 공사원가인 것으로 확인되어 부인하였다. 3) 위 <표5>의 연번3을 보면, 청구법인은 쟁점토지의 근저당과 관련하여 2016년부터 2021년까지 OOO원의 이자를 지급한 것으로 계상하였으나, 쟁점계약 전에 지급된 OOO원은 C이 지급한 것이므로 C의 공사원가인 것으로 확인되어 부인하였다. 4) 위 <표5>의 연번4부터 연번6을 보면, 거래사실문답서, 거래명세서, 작업지시 확인서 등에 의하면, Q(거래대금 OOO원), R(거래대금OOO원), S(거래대금OOO원)는 C과 거래한 것으로 확인되어 청구법인의 공사원가에서 부인하였다. 5) 위 <표5>의 연번7을 보면, 청구법인이 공사원가로 계상한 OOO원은 C이 2016.11.17. OOO 이장과 마을발전기금을 지급하겠다고 합의하고, A 명의로 2016.11.22. OOO원, 2017.6.4. OOO원을 각각 지급한 것이므로 C의 공사원가인 것으로 확인되어 부인하였다. 6) 위 <표5>의 연번8～연번15를 보면, 함밥식당, L, M 현장소장, ㈜N, O 주식회사, P과의 거래분은 쟁점계약 전에 C과 거래한 것으로 확인되어 부인하였다. (나) 조사청은 쟁점계약(2017.7.21.) 후에 발생한 공사원가 중 금융거래내역, 용역계약서, 거래사실문답서 회신결과 등에 따라 아래 <표6>의 공사비용을 부인하였다. <표6> 쟁점계약 후 공사원가 부인내역 1) 위 <표6>의 연번1을 보면, 청구법인은 T(주)로부터 2017.12.13. OOO원, 2018.6.14. OOO원, 2018.12.10. U로부터 OOO원의 대출을 받고, 2021.11.25. 원금 OOO원, 이자 OOO원을 상환하였으나, 관련 이자를 OOO원으로 계상하여 최종적으로 차액 OOO원을 부인하였다. 2) 위 <표6>의 연번2를 보면, 청구법인은 관리부장 V의 인건비로 2017.3.26.부터 2017.12.31.까지 임금 OOO원을 계상하였으나, 2021.5.6.부터 2021.12.31.까지 OOO원을 지급한 것으로 확인되고, 근무사실과 관련하여 증빙이 제출되지 아니하여 당초 OOO원을 공사원가 부인하였으나, 조사종결 후, V이 제출한 거래내역 회신자료에 따라 임금 OOO원을 추가 인정하여, 최종 OOO원을 공사원가 부인하였다. 3) 위 <표6>의 연번3을 보면, K의 거래사실문답서, 거래명세서, 수기작성 내역 등에 의하면, 당초 OOO원을 원가부인하였다가 부가가치세를 토지공사원가에 포함하여 최종 OOO원을 공사원가 부인하였다. 4) 위 <표6>의 연번4를 보면, 청구법인이 2021.11.25. W에 토지 소유권을 이전하면서 허위로 장비사용료 및 차량유지비 합계 OOO원을 계상한 것으로 보아 공사원가 부인하였다. 5) 위 <표6>의 연번8․연번14를 보면, ㈜X, ㈜Y와의 거래분은 대금지급내역이 확인된 공사원가만 인정하고 일부는 부인하였다. 6) 위 <표6>의 연번9를 보면, 청구법인은 2017.3.30. 공사원가를 OOO원 계상하였으나, Z은 2017.12.18. 청구법인과 OOO원 상당의 보강토 공사계약을 하였다가 계약이 중도해지되어 공사원가가 불분명하여 서로 다투고 있는바, 대금 지급내역이 확인된 금액을 공사원가로 인정하였다. 7) 위 <표6>의 연번22를 보면, 청구법인이 2017.9.29. a과 작성한 계약서에 의하면, 계약금액은 OOO원(부가가치세 포함)으로 되어 있고, 안전진단 용역을 수행하여 그 결과를 청구법인에 보고서를 제출한다고 되어 있으나, 2018.9.20. 작성된 용역계약서에는 계약금이 OOO원(부가가치세 별도)으로 되어 있고, 계약금액 중 OOO원이 입금되어 있다고 기재되어 있는바, 위 계약내용이 불분명하여 실제 대금지급한 OOO원을 공사원가로 인정하였다. 8) 그 외 처분청은 당초 부가가치세를 포함하여 공사원가 부인하였다가 부가가치세는 토지원가에 포함되므로 이를 공사원가 인정하였다. (다) 조사청은 거래사실문답서 및 거래처 확인에 의해 과소계상된 것으로 확인되는 OOO원은 공사원가로 추가 인정하였다. <표7> 추가 인정비용 (3) 청구법인은 쟁점비용이 전액 청구법인의 공사원가라고 주장하며, 부동산매매계약서, 쟁점계약(위 <표3> 참조), 공동사업계약서(위 <표4> 참조), 계정별 원장, 판매관리비 발생 및 결제내역 명세, 공사비발생내역 및 결제내역 명세 등을 제출하였다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점비용을 공사원가로 인정하여야 한다고 주장하나, 쟁점계약의 계약서상 청구법인은 2017.7.21. C로부터 쟁점사업의 허가권을 OOO원에 양수한 것으로 기재되어 있는바, 청구법인과 C은 독립된 법인으로서 별개의 회계처리를 하여야 하므로 2017년 7월 청구법인 설립 및 쟁점계약 체결 전에 C 명의로 지출한 공사비용을 청구법인이 지출한 공사원가로 인정하기 어려워 보이는 점, 처분청은 청구법인의 매입처가 제출한 거래사실문답서, 금융거래내역 및 용역계약서 등을 토대로 청구법인이 지출한 사실이 확인되지 아니하는 금원에 대하여 원가부인한 것으로 보이는 점, 쟁점비용이 공사원가라는 청구주장을 입증할 만한 구체적․객관적인 증빙자료(매입세금계산서, 금융거래자료, 원시장부 등)가 부족한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점비용을 공사원가로 인정하지 아니하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
쟁점비용이 공사원가라는 청구주장을 입증할 만한 구체적․객관적인 증빙자료(매입세금계산서, 금융거래자료, 원시장부 등)가 부족한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점비용을 공사원가로 인정하지 아니하고 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨