쟁점①토지 및 쟁점②토지의 각 양도를 하나의 양도로 보아 자경농민에 대한 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.9.15. 및 1998.8.21. OOO하여 보유하다가 AAA 주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 2017.12.14. 쟁점①토지를, 2018.1.4. 쟁점②토지를 각 양도한 후, OOO과 같이 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조에 따른 ‘자경농민에 대한 양도소득세 감면’을 각 양도에 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 2022.7.20.부터 2022.8.8.까지 청구인에 대한 양도소득세 일반세목별조사를 실시한 결과, 청구인이 감면한도 회피를 목적으로 쟁점토지의 양도시기를 임의로 조정한 것으로 보고 2회에 걸친 쟁점①․②토지의 양도거래를 하나의 거래(양도일 2018.1.4.)로 보아 감면한도 등을 재계산하여 2022.9.22. 청구인에게 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.12.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인과 양수법인의 쟁점①․②토지의 각 거래는 정상적인 거래로 인정받아야 한다. (가) 법원은 ‘국세기본법제14조에서 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그렇지만 한편 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다’고 판시OOO하였다. (나) 쟁점①토지와 쟁점②토지는 당초부터 별개의 필지이므로 각각 매매계약서를 작성할 것인지 아니면 하나의 매매계약서를 작성할 것인지는 오로지 당사자인 청구인과 양수법인이 결정할 사항이며, 그 계약내용 역시 당사자간 협의로 이루어질 문제이지 쟁점①․②토지가 최종적으로 양수법인에게 소유권이 이전되었다는 결론만으로 당사자들이 선택한 법률관계를 부인하는 것은 부당하다. (다) 양도소득세는 인별로 과세하는 것이 아니라 과세대상의 양도로 인하여 발생하는 이익(소득)을 과세대상으로 하고 있으므로 과세대상인 쟁점①․②토지의 각 필지별로 양도시기 및 과세요건 기준시기를 판단하여 양도소득세 과세 여부가 이루어져야 하는바, 양도시기와 관련하여, 쟁점①토지는 잔금청산(2018.1.4.) 전에 소유권이전등기(양수법인의 자금부족으로 인해 금융기관 대출로 자금을 마련하여 청구인에게 잔금을 지급하기 위한 것이었음)가 이루어졌으므로 ｢소득세법｣ 제98조 및 같은 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 소유권이전등기일인 2017.12.14.이, 쟁점②토지는 2018.1.4. 잔금청산이 이루어졌으므로 해당 일이, 각 토지의 양도시기가 되는 것이므로 각 양도일(2017.12.14. 및 2018.1.4.)을 기준으로 양도소득세 및 감면요건 해당여부를 판단하여야 한다. 이와 같이 과세기간이 연도를 달리함에도 쟁점①․②토지를 모두 2018년에 양도한 것으로 보는 것은 부당하다. (라) 청구인은 쟁점①․②토지를 각 양도하고 양도소득세를 신고하였으나 처분청이 쟁점①․②토지를 하나의 거래로 보아 이 건 양도소득세를 부과함에 따라 양도소득 기본공제 OOO원 부인, 합산에 따른 누진세율 적용으로 양도소득세 OOO원 추가 및 감면세액 OOO원 부담하게 되는 불이익을 당하고 있다. 즉, 단순히 청구인이 양도소득세 감면을 목적으로 쟁점①․②토지를 과세연도를 달리하여 계약한 것이라면 양도소득세 감면세액 OOO원만을 부인하여야 하나 추가적으로 양도소득세 OOO원을 부담하는 상황이 발생하므로 양도시기에 대하여 보다 엄격한 판단이 선행되어야 한다. (마) 또한 처분청은 청구인이 2017.7.4. 양수법인과 매매계약을 한 차례 체결한 것과 관련하여, 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서를 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 당초 2017.7.4.자 계약은 계약서상 잔금지급일인 2017.10.10.까지 잔금 OOO원을 지급한 사실이 없으므로 결과적으로 파기된 것이고, 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 2017.11.7.자 매매계약서가 쟁점①․②토지에 대한 실제 계약에 해당한다.

(2) 낮은 조세부담이 발생하였다 하여 세법상 기본과세단위(과세기간)를 무시한 합산 과세가 정당화된다고 보기 어려울 뿐만 아니라 이를 무시할 경우, 조세법의 예측가능성과 법적안정성이 심각하게 훼손될 우려가 있어 납세자에게만 책임을 묻기 어렵고, 처분청이 쟁점토지의 거래를 하나의 거래로 보아 과세처분을 할 때 청구인이 쟁점①토지의 거래를 하면서 신고한 양도소득세는 ｢소득세법｣에 따른 신고로 그 자체를 부인하기 어려우므로 청구인의 쟁점①토지에 대한 양도소득세는 ｢소득세법｣에 따라 정당하게 신고를 한 것으로 보아 이 건 처분의 무신고 가산세 대상에서 제외되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 조세감면 적용 및 누진세율 회피 목적으로 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 2개로 나누어 거래한 것으로 쟁점①․②토지의 실제 잔금청산일은 2018.1.4.로 동일하다.

(1) 청구인은 2017.7.4. 양수법인과 쟁점①․②토지에 대해 매매계약서를 각 작성하고 부동산실거래가 신고를 하였고 해당 계약이 있기 전인 2017.6.15. 양수법인이 청구인에게 대금을 지급한 내역이 있으며, 이후 2017.11.7. 재차 쟁점①․②토지에 대한 매매계약서를 작성하고 양도소득세 신고 시 이를 첨부하였는바, 이와 같이 쟁점①․②토지에 대하여 2017.7.4.자 및 2017.11.7.자로 매매계약서를 작성하는 등 쟁점①․②토지에 대한 각 매매계약서를 신뢰하기 어렵다.

(2) 청구인은 양수법인의 자금부족으로 쟁점①토지의 소유권을 실제 잔금청산일인 2018.1.4.보다 앞선 2017.12.14. 이전등기하였다고 주장하나, 양수법인의 자금부족이 있었다는 객관적 증빙은 없으며 실제 자금부족이 있었다면 쟁점①토지의 소유권이전등기일인 2017.12.14. 근저당권을 설정하고 대출을 실행하였을 것이나 양수법인은 쟁점토지 전체를 공동담보로 하여 실제 잔금청산일인 2018.1.4. 근저당권을 설정하고 대출을 실행하였으며 쟁점①토지를 실제 잔금청산일보다 앞서서 소유권이전등기를 할 어떠한 특별한 사유도 없다. 또한 통상적으로 부동산 취득 시 양수인은 취득자금을 소유권이전등기 후 근저당권을 설정하여 대출자금으로 지급하는 것이 일반적이라 할 것이다.

(3) 쟁점①토지의 매매계약서 상 특약사항을 보면 ‘본 계약은 OOO와 동시계약이며

(4) 또한 양수법인은 2017.7.13. 최초 작성(2017.7.4.)된 쟁점①토지와 쟁점②토지의 매매계약서를 첨부하여 법인설립신고 및 사업자등록신청을 하였고 이후 2017.11.17. 쟁점토지 전체에 대해 건축허가 승인을 받았는바, 이는 쟁점①토지의 소유권이전등기일인 2017.12.14.과 실제 잔금청산일인 2018.1.4.보다 앞선 날로 이미 양수법인은 쟁점①․②토지 전체를 하나의 목적으로 사용하고 있었으며 순차적으로 쟁점①․②토지를 취득할 사유가 전혀 없었다는 것을 보여준다 할 것이다.

• 가. 쟁점

① 쟁점①토지 및 쟁점②토지의 각 양도를 하나의 양도로 보아 자경농민에 대한 감면을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

② 과소신고가산세 적용이 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

(4) 조세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “과세연도”란 ｢소득세법｣에 따른 과세기간 또는 ｢법인세법｣에 따른 사업연도를 말한다. 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 매매계약서, 부동산실거래가신고서, 양도소득세신고서, 등기사항전부증명서, 금융거래내역 등의 심리자료에 의하여 확인된 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구인(매도인)과 양수법인(매수인)은 2017.7.4. 쟁점①토지와 쟁점②토지에 대하여 OOO와 같이 매매계약을 체결하고 같은 날 부동산실거래가 신고를 하였으며, 양수법인은 2017.7.13. 당초 체결한 매매계약서를 첨부하여 법인설립신고(개업일 2017.7.7.)를 하였다. (나) 청구인(매도인)과 양수법인(매수인)은 2017.11.7. 쟁점①토지 및 쟁점②토지에 대하여 위 2017.7.4.자 계약서의 매매대금과 동일한 내용(대금지급내역은 달리함)으로 OOO과 같이 재차 작성하였는바, 쟁점①토지의 매매계약서에 의하면, 특약사항 란에 ‘7) 본 계약은 OOO와 동시계약이며 OOO가 해지될 경우 본 계약도 조건없이 해지된다”는 내용이 기재되어 있다. (다) 청구인은 2017.7.4.자 매매계약과 관련하여 양수법인으로부터 지급받은 OOO원을 양수법인에게 반환하였으며, 2017.11.7.자 매매계약과 관련하여 양수법인으로부터 수령한 매매대금내역은 OOO와 같다. (라) 쟁점토지에 대한 등기사항과 관련하여, 쟁점①토지는 청구인이 잔금을 수령(2018.1.4.)하기 전인 2017.12.14. 양수법인 앞으로 소유권이전등기되었고 같은 날 ‘채권자 청구인, 채권최고액 OOO’으로 하여 근저당권설정등기되었다가 2018.1.4.(청구인의 잔금수령일) 말소되었으며, 쟁점②토지는 2018.1.4.(잔금수령일) 양수법인에게 소유권이전등기되었다. (마) 양수법인은 2017.11.17. 쟁점토지상에 공장을 신축하는 내용의 건축허가를 받아 2017.12.15. 착공하였으며, 공장은 2018.6.18. 사용승인되었고, 그 부지인 쟁점①․②토지는 2018.7.26. 쟁점①토지로 합병되었다. (바) 청구인의 양도소득세 신고 및 처분청의 과세 내역은 OOO와 같으며, 청구인의 쟁점토지 양도가 자경농민에 대한 감면대상이라는 것에 대하여는 청구인과 처분청 간에 이견이 없다.

(2) 국세기본법제14조 제3항에서 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점①토지와 쟁점②토지에 대한 각 거래를 하나의 거래로 보는 것이 부당하다고 주장하나, 쟁점①토지 및 쟁점②토지에 대한 매매계약이 2017.11.7. 동일 매수인(양수법인)과 이루어진 점, 2017.11.7.자 쟁점①토지의 매매계약서상 특약사항에 “본 계약은 동 *-**번지(쟁점②토지)와 동시계약이고 OOO가 해지될 경우 본 계약도 조건없이 해지된다”는 내용이 기재되어 있고 양수법인은 쟁점①․②토지에 대한 매매계약체결 후 쟁점토지 전체를 부지로 하여 공장 건축허가를 받아 착공을 하였으며 쟁점토지 취득 후 합병을 통해 하나의 필지로 사용하고 있는 것으로 보아 당초부터 쟁점①․②토지는 일괄 매매대상이었던 것으로 보이는 점, 이와 같이 양수법인이 쟁점①․②토지를 하나의 부지로 사용할 것이 예상되어 있던 상황에서 두 토지를 분리하여 매매계약을 체결할만한 특별한 사정이 나타나지 않는 점 등에 비추어 청구인은 쟁점토지에 대한 하나의 거래를 과세연도를 달리하여 나누어 거래함으로써 감면한도 OOO원을 각 적용OOO 받는 등 부당하게 조세를 감소시키려 했던 것으로 보이므로 처분청이 2회에 걸친 쟁점토지의 양도를 하나의 거래로 보아 감면한도 등을 재계산하여 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 위와 같이 쟁점①․②토지의 거래를 하나의 거래로 본 이상 청구인의 신고세액이 감면한도 재계산으로 인한 결정세액보다 부족함에 따른 부족세액에 대하여 과소신고가산세를 적용한 것은 정당한 것으로 보이고, 달리 가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 존재하지도 아니하므로 과소신고가산세 적용을 배제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.