쟁점매입세액을 ｢부가가치세법｣ 제39조 제1항 제8호에 따른 사업자등록전 매입세액으로 보고 불공제한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 청구인은 주택신축판매업을 영위한 개인사업자로, OOO 지상에 오피스텔 30호(이하 “쟁점오피스텔”이라 한다), 공동주택 9세대로 구성된 14층 건물(이하 “이 건 건물”이라 한다)을 신축하여 2017.10.18. 사용승인을 받았고, 이 건 건물을 2017～2018년 기간 동안 분양을 완료한 후 쟁점오피스텔의 공급을 부가가치세 면제 대상으로 보아 종합소득세만 신고‧납부하였다.

2. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점오피스텔의 공급이 ｢조세특례제한법｣ 제106조 제1항 제4호 에 따른 부가가치세 면제 대상인 국민주택의 공급에 해당하지 아니한 것으로 보아 처분청에 2017년 제2기 및 2018년 제1기 부가가치세를 과세하도록 지시하였고, 처분청은 이에 따라 2022.4.18. 청구인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함) 및 2018년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 포함) 합계 OOO원을 결정‧고지하였다.

3. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.14. 이의신청을 거쳐 2022.12.20. 심판청구를 제기하였다.

4. 쟁점오피스텔 신축과 관련한 매입세액 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)은 공제되어야 하므로 처분청이 과세한 부가가치세 OOO원 중 OOO원은 환급되어야 한다.

5. 매입세액 불공제 사유에 대한 입증책임은 처분청에 있으므로 과세사업용 또는 면세사업용에 사용할지 여부가 불분명한 상황인 사업계획단계에서 면세사업자등록증을 신청하였다는 사실만으로 쟁점매입세액을 불공제하는 경우 납세자 간의 형평성에 어긋나고 전단계세액공제 체계 및 ｢부가가치세법｣(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 법리에 반한다.

6. 사업자가 주거용 오피스텔을 임대(면세사업)할 목적으로 면세사업자등록을 신청하였으나, 경제여건에 의하여 분양사업(과세사업)으로 전환한 경우 면세사업이 과세사업으로 전환될 수 있다. 이처럼 재화나 용역을 공급받은 시기와 공급하는 시기 사이에 사업의 구분이 변경될 수 있기 때문에 면세사업용 매입세액이 불공제된 이후에 그 매입세액이 과세사업에 사용되는 경우 ｢부가가치세법｣ 제43조 를 적용하여 공제되는 매입세액을 재계산하여야 한다.

7. 오피스텔이 부가가치세 과세대상인지에 대하여 세법 해석상 견해의 대립이 있었고, 청구인이 면세사업자로 등록하게 된 데에는 처분청의 귀책사유가 더 크므로 가산세는 취소되어야 한다.

1. 면세사업자로 받은 쟁점매입세액은 ‘등록 전 매입’으로 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다.

2. 청구인이 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간에 발생한 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조 제1항 제8호 에서 규정하는 사 업자등록을 신청하기 전의 매입세액으로서 공제대상에 해당하지 않는다.

3. 청구인이 쟁점오피스텔을 주택임대 목적으로 면세사업자등록을 하였다가 과세사업으로 전환되었다고 볼만한 사정이 없다.

4. ｢부가가치세법｣ 제43조 는 같은 법 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 경우에 적용하는 규정이고, ｢부가가치세법｣상 사업자가 아닌 면세사업자가 받은 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호에 따른 ‘등록전 매입세액’에 해당하여 공제되지 않는 것(대법원 2004.3.12. 2002두5146 판결)이므로 쟁점매입세액은 같은 법 제43조 적용대상이 아니다.

5. 오피스텔 공급에 대한 가산세를 면할 정당한 사유가 없지만(대법원 2021.1.28. 선고 2020두44725 판결 등), 처분청은 조세심판관합동회의 결정(조심 2017서991, 2017.12.20.)을 반영하여 세금계산서 미발급 가산세는 2017.12.20. 후 공급시기 도래분에 대해서만 부과하였고, 신고불성실 가산세는 신고기한이 모두 2017.12.20. 후여서 과세대상으로 하여 부과하였으므로 가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

① 쟁점매입세액을 ｢ 부가가치세법｣ 제39조 제1항 제8호 에 따른 사업자등록전 매입세액으로 보고 불공제한 처분의 당부

② 청구인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

8. 관련 법률: <별지> 기재

10. 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

1. 청구인은 2016.9.1. 아래 <표>와 같이 주업태/주종목을 건설 업/주택신축판매로 하고 면세사업자로 하여 사업자등록을 신청하였다. ㅇㅇㅇ

2. 청구인은 2017 ∼2018년 기간 동안 쟁점오피스텔을 분양하고 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

3. 처분청은 쟁점오피스텔의 공급이 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2021.7.2. 청구인을 일반과세자업자로 직권등록하고 2022.4.18. 청구인에게 이 건 부가가치세를 결정‧고지하였다. ㅇㅇㅇ

11. 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

12. 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 ｢부가가치세법｣ 제43조 에서 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하는 날 등이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고 있으므로 최종 공급시기의 사업의 구분에 따라 매입세액 공제 여부를 결정하여야 한다고 주장하나, 아래와 같은 이유로 청구주장을 받아들이기 어렵다.

13. ｢부가가치세법｣ 제43조 는 면세사업에 관련된 매입세액 불공제 감가상각자산을 과세사업에 사용하는 경우에 적용할 수 있는 것이나, 과세사업인 오피스텔 신축판매업을 영위한 청구인이 면세사업을 위한 감가상각자산을 소유하였다고 보기 어렵다.

14. 청구인이 면세사업인 주택임대사업을 계획하였다거나 이를 영위하였다고 볼 자료의 제시도 없어, 쟁점오피스텔이 면세사업을 위한 감가상각자산에서 과세사업에 사용되었다고 볼 수도 없다.

15. 청구인은 과세사업자임에도 면세사업자등록을 한 상태에서 발생한 쟁점매입세액은 사업자등록 전 매입세액으로서 공제대상에 해당하지 않는다(조심 2022서8152, 2023.2.16. 외 다수, 같은 뜻임).

16. 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 부가가가치세 과세대상 사업을 영위하였으므로 그 수입금액에 대하여 부가가치세를 신고할 의무가 있는 점, 청구인의 주장과 같이 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정(조심 2017서991)이 있기 전까지는 공부상 업무시설로 되어 있는 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상인지 여부에 대하여 견해의 대립이 있었으나, 이 건 가산세의 전제가 되는 2017년 제2기 및 2018년 제1기 부가가치세의 과세표준 신고기한은 위 결정일 이후에 도래한 점 등을 감안하면, 청구인에게 가산세를 감면할 수 있는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다(조심 2021중673, 2021.8.26. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률

1. 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

6. “과세사업”이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

7. “면세사업”이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. 제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

⑧ 사업장 관할 세무서장은 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업자등록증을 갱신하여 발급할 수 있다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 제43조(면세사업등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례) 사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

2. 국세기본법(2018.12.31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제47조(가산세 부과) ① 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다. 제47조의2(무신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, ｢교육세법｣ 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 ｢농어촌특별세법｣ 및 ｢종합부동산세법｣에 따른 신고는 제외한다)를 하지 아니한 경우에는 그 신고로 납부하여야 할 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “무신고납부세액”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우: 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위인 경우에는 100분의 60)

2. 제1호 외의 경우: 100분의 20 제47조의4(납부불성실ㆍ환급불성실가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.