4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제75조(세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제) 법 제39조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우
2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)
4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우
5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조 제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우
6. 실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우 (3) 법인세법 제67조(소득 처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다. (4) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.
- 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 사용인인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
- 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
- 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
- 라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2015.10.5. AAA(주)와 건설공사 하도급계약을 체결하였고, 하도급 계약서에 의하면 하도급공사명은 OOO 물류센터 신축공사 중 토공사, 공사기간은 2015.10.5.부터 2016.8.31.까지이며, 계약금액은 OOO원(부가가치세 포함)으로 기재되어 있고, 2016.7.18. 체결한 하도급공사 변경계약서(2차)에 의하면 변경된 공사범위는 발주처 지시에 의한 민원처리 배수로 정비공사 추가로 기재되어 있고, 당초 계약금액은 OOO원(부가가치세 포함), 변경계약금액은 OOO(부가가치세 포함)으로 기재되어 있다. (나) 청구법인과 OOO의 2015.10.5.자 장비임대 및 토사운반 도급계약서에 의하면 계약금액은 OOO원(부가가치세 별도)이고, 대금결제는 사용량 및 물량증감에 의해 정산하기로 하며, 현장명은 OOO 물류센터 신축공사 중 토공사, 공사기간은 2015.10.5.부터 2016.2.28.까지이고, 중기 가동에 소요되는 유류대는 청구법인이 모두 부담하고 수리비도 청구법인이 우선적으로 지불한다고 기재(<별지1> 참조)되어 있고, 쟁점세금계산서는 4매로 공급자는 OOO, 공급받는 자는 청구법인이며, 그 내역은 아래 <표1>과 같고, 청구법인이 OOO에 입금한 내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 쟁점세금계산서 내역 ㅇㅇㅇ <표2> 청구법인의 OOO에 대한 계좌이체내역 (다) OOO에 대한 조사종결보고서에 의하면 OOO는 2015년 제2기 부가가치세 과세기간동안 매출액 OOO원 전액이 가공매출로 확정되었고, 대표자 EEE는 자(子) DDD의 신용불량으로 중기차량을 구입할 수 없기 때문에 자신의 명의로 사업자등록을 하였으며, EEE의 계좌를 통해 거래처로부터 운송용역에 대한 대가를 지급받았고, DDD는 2015년 제2기 부가가치세 신고시 OOO원의 매출세금계산서는 실제 거래사실이 없는 거짓세금계산서를 발행하였다고 진술하였으며, 나머지 OOO원은 중기차량들을 모집하여 운행한 정상거래로 거래처로부터 대가를 수령하였다고 진술하였으나 거래를 입증할 서류인 공사현장별 계약서, 덤프 트럭운행일지, 거래명세서, 중기차량 모집명부, 유류대매입내역 등 서류가 없는 것으로 확인되어 정상거래를 했다고 볼 수 없다는 이유로 조사청은 이를 실물거래없이 발행한 거짓세금계 산서로 판단하였고, EEE의 OOO계좌(356-1054-****-*3) 거래내역에 의하면 거래처로부터 매출 대금입금 후 전액 현금으로 출금되거나 관련 부가가치세액만 입금한 경우로 사업관련 경비 등은 없는 것으로 확인되었으며, 위와 같은 거래에 대하여 DDD는 출금된 금액에 대하여 개인차용금을 상환한 것으로 소명하였으나 이와 관련된 차용증 등을 미제출하여 소명내용에 신뢰성이 없다고 기재되어 있다. <표3> OOO 대표자 EEE 계좌 출금내역 ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 OOO가 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서를 실물거래없이 발급한 가공세금계산서라고 보아 관련 매입세액을 불공제하고, 쟁점공급가액을 손금불산입하여 청구법인에 2022.8.5. 2015년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2015사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였으며, 2022.8.10. 쟁점대가를 대표자 AAA의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지하였다. <표4> 청구법인에 대한 부가가치세 및 법인세 경정내역 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 쟁점거래가 실제거래라는 증빙으로 아래와 같이 자료를 제출하였다.
1. 청구법인이 AAA(주)와 제출한 견적내역서에 의하면 전체 금액 중 토공사 금액은 OOO원이고, 토공사 중 성토용, 되메우기용 등에 대한 토사운반, 사토처리에 대한 각 수량과 노무비, 경비 등이 단가와 함께 기재되어 있다(<별지2> 참조).
2. 청구법인은 업체별 토사반출일지 및 청구내역 중 OOO로 기재된 자료 4매를 제출하였고, 토사반출일지는 일자별로 사토반출 규격, 수량, 단가, 금액이 기재되어 있으며, 유류비는 공제하고 기재한 것으로 나타나고(<별지3> 참조), 이에 대한 각 지출결의서 4매를 첨부하였으며, 지출결의서에는 ‘OOO주유소 주유량 철저 확인바람’, ‘공사잔량 확인후 정산확인바람 기성대비 물량점검’ 등의 내용이 수기로 기재되어 있다<별지4> 참조).
3. 청구법인은 OOO가 사용한 유류비를 직접 지급했다는 근거로 OOO주유소로부터 수취한 매입전자세금계산서 3매와 청구법인의 계좌 입출금거래내역을 제출하였다.
4. BBB(OOO) 확인서(2023.1.5.)에 의하면 OOO와 관련하여 자신이 2015년 10월부터 OOO 물류센터 신축현장에서 OOO의 요청으로 청구법인에게 토공장비를 지입하여 작업을 진행하였고, 그 대가로 2016년 1월 OOO원을 OOO로부터 지급받았으며, 현재까지 OOO와 관련하여 세무서 등에 어떠한 문의나 고지를 받은 적이 없다고 기재하고 사업자등록증을 첨부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 매입대금을 이체하면 OOO는 당일 전액을 다른 사람에게 이체하였고, OOO 조사시 쟁점거래가 실제 거래임을 입증하지 못하였으므로 쟁점거래를 가공거래로 본 처분은 타당하다는 의견이나, 청구법인은 AAA(주)로부터 토공사 등의 하도급계약을 체결하고 그 하도급계약 중 일부를 OOO에 재하도급하였다는 사실이 하도급계약서로 확인되고, OOO는 그 중 일부를 또 재하도급하거나 장비를 임차하여 용역을 제공하였다고 소명하고 있으며, OOO가 재하도급하였다고 소명한 업체 중 BBB(OOO)는 토공장비를 지입하여 청구법인에 용역을 제공하고 그 대가를 OOO로부터 지급받았다고 소명하였던 점, 청구법인은 쟁점거래가 실제거래임을 입증하기 위한 자료로 장비임대 및 토사운반도급계약서, 업체별 토사반출일지 및 청구내역, 지출결의서 등을 제출하였고, 유류비와 관련한 서류에서 정산, 수량확인 등의 수기메모가 확인되는 점 등을 볼 때 청구법인은 AAA(주)로부터 하도급 받았던 토공사 등을 재하도급의 방법으로 실제 수행한 것으로 보이는 점, 또한 청구법인은 OOO에 쟁점대가를 모두 지급하였고, 청구법인이 OOO에 지급한 대금을 다시 돌려받거나 한 사실이 나타나지 않으므로 쟁점대가의 귀속이 불분명한 것으로 보기는 어려운 점, 한편 청구법인과 OOO가 한 계약서대로 OOO가 이를 수행하였다는 사실이 명확하게 확인되지 아니하고, OOO가 청구법인으로부터 지급받은 대가를 당일 다른 사람에게 이체한 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단되나, 쟁점거래를 가공거래로 보아 청구법인에 법인세를 과세하고 쟁점대가를 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.